Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000489226
• Subject: XM_011241643.2
• Aligned Length: 3656
• Identities: 3155
• Gaps: 162

Alignment

Query    1  ATGGTCCTTCTGTTGATCCTGTCAGTCTTACTTTTGAAAGAAGATGTCCGTGGGAGTGCACAGTCCAGTGAGAG  74
            |||||||||||||||||.|||||||||.|||||.|||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGTCCTTCTGTTGATTCTGTCAGTCCTACTTCTGAAAGAAGATGTACGAGGAAGTGCACAGTCCAGTGAGAG  74

Query   75  GAGGGTGGTGGCTCACATGCCGGGTGACATCATTATTGGAGCTCTCTTTTCTGTTCATCACCAGCCTACTGTGG  148
            |||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||.|||||.||.|||||||
Sbjct   75  GAGGGTGGTGGCTCACATGCCAGGTGACATTATTATTGGAGCTCTCTTCTCGGTCCACCACCAACCAACTGTGG  148

Query  149  ACAAAGTTCATGAGAGGAAGTGTGGGGCGGTCCGTGAACAGTATGGCATTCAGAGAGTGGAGGCCATGCTGCAT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  149  ACAAAGTTCATGAGAGGAAGTGTGGGGCAGTCCGTGAGCAGTATGGCATTCAGAGAGTGGAAGCCATGCTGCAT  222

Query  223  ACCCTGGAAAGGATCAATTCAGACCCCACACTCTTGCCCAACATCACACTGGGCTGTGAGATAAGGGACTCCTG  296
            |||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||
Sbjct  223  ACCTTGGAAAGGATCAATTCAGATCCCACACTCTTGCCCAACATCACACTAGGCTGTGAGATAAGAGATTCCTG  296

Query  297  CTGGCATTCGGCTGTGGCCCTAGAGCAGAGCATTGAGTTCATAAGAGATTCCCTCATTTCTTCAGAAGAGGAAG  370
            |||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct  297  CTGGCATTCTGCTGTGGCCCTAGAGCAAAGCATTGAGTTTATAAGGGATTCCCTCATCTCTTCGGAAGAGGAAG  370

Query  371  AAGGCTTGGTACGCTGTGTGGATGGCTCCTCCTCTTCCTTCCGCTCCAAGAAGCCCATAGTAGGGGTCATTGGG  444
            |||||||||||||||||||.|||||   |||.||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct  371  AAGGCTTGGTACGCTGTGTAGATGG---CTCTTCTTCCTTCCGCTCCAAGAAACCCATAGTGGGAGTCATTGGG  441

Query  445  CCTGGCTCCAGTTCTGTAGCCATTCAGGTCCAGAATTTGCTCCAGCTTTTCAACATACCTCAGATTGCTTACTC  518
            ||||||||.||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  442  CCTGGCTCGAGTTCTGTGGCCATTCAAGTTCAGAACTTGCTCCAGCTTTTCAACATACCTCAGATTGCTTACTC  515

Query  519  AGCAACCAGCATGGATCTGAGTGACAAGACTCTGTTCAAATATTTCATGAGGGTTGTGCCTTCAGATGCTCAGC  592
            .|||||.|||||||||.||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct  516  TGCAACTAGCATGGATTTGAGTGACAAGACTCTATTCAAGTACTTCATGAGGGTTGTACCTTCGGATGCCCAGC  589

Query  593  AGGCAAGGGCCATGGTGGACATAGTGAAGAGGTACAACTGGACCTATGTATCAGCCGTGCACACAGAAGGCAAC  666
            |.||..|.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct  590  AAGCCCGAGCCATGGTAGACATAGTGAAGAGATACAACTGGACTTATGTCTCAGCTGTGCACACAGAAGGCAAC  663

Query  667  TATGGAGAAAGTGGGATGGAAGCCTTCAAAGATATGTCAGCGAAGGAAGGGATTTGCATCGCCCACTCTTACAA  740
            ||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  664  TATGGAGAAAGTGGGATGGAGGCTTTCAAAGATATGTCAGCGAAGGAAGGGATTTGCATCGCCCACTCTTACAA  737

Query  741  AATCTACAGTAATGCAGGGGAGCAGAGCTTTGATAAGCTGCTGAAGAAGCTCACAAGTCACTTGCCCAAGGCCC  814
            |||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||.||||.|||||||.||||||.||.||.||.||||
Sbjct  738  AATCTACAGCAATGCTGGGGAACAGAGCTTTGACAAGCTGTTGAAAAAGCTCAGAAGTCATTTACCTAAAGCCC  811

Query  815  GGGTGGTGGCCTGCTTCTGTGAGGGCATGACGGTGAGAGGTCTGCTGATGGCCATGAGGCGCCTGGGTCTAGCG  888
            |||||||.||||||||||||||.||||||||.||..||||||||||.|||||||||||.|||.||||||||||.
Sbjct  812  GGGTGGTAGCCTGCTTCTGTGAAGGCATGACAGTTCGAGGTCTGCTCATGGCCATGAGACGCTTGGGTCTAGCA  885

Query  889  GGAGAATTTCTGCTTCTGGGCAGTGATGGCTGGGCTGACAGGTATGATGTGACAGATGGATATCAGCGAGAAGC  962
            ||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  886  GGGGAATTTCTACTTCTGGGCAGTGATGGCTGGGCTGACAGGTATGACGTGACAGATGGGTATCAGCGAGAAGC  959

Query  963  TGTTGGTGGCATCACAATCAAGCTCCAATCTCCCGATGTCAAGTGGTTTGATGATTATTATCTGAAGCTCCGGC  1036
            |||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  960  TGTCGGTGGGATTACAATCAAGCTCCAGTCTCCTGATGTCAAGTGGTTTGATGATTATTATCTGAAGCTCCGGC  1033

Query 1037  CAGAAACAAACCACCGAAACCCTTGGTTTCAAGAATTTTGGCAGCATCGTTTTCAGTGCCGACTGGAAGGGTTT  1110
            ||||||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 1034  CAGAAACAAACCTCAGAAACCCTTGGTTTCAAGAATTTTGGCAGCATCGTTTTCAGTGCCGGCTAGAAGGGTTT  1107

Query 1111  CCACAGGAGAACAGCAAATACAACAAGACTTGCAATAGTTCTCTGACTCTGAAAACACATCATGTTCAGGATTC  1184
            .||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||.|||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1108  GCACAGGAGAACAGCAAGTACAACAAGACTTGCAACAGTTCTCTAACTCTGAGAACGCATCATGTTCAAGATTC  1181

Query 1185  CAAAATGGGATTTGTGATCAACGCCATCTATTCGATGGCCTATGGGCTCCACAACATGCAGATGTCCCTCTGCC  1258
            |||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 1182  CAAAATGGGATTTGTGATCAATGCAATCTATTCTATGGCTTATGGGCTCCACAACATGCAGATGTCCCTGTGTC  1255

Query 1259  CAGGCTATGCAGGACTCTGTGATGCCATGAAGCCAATTGATGGACGGAAACTTTTGGAGTCCCTGATGAAAACC  1332
            |||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1256  CAGGCTATGCAGGCCTCTGTGATGCAATGAAGCCAATTGATGGGCGGAAACTTTTGGACTCCCTGATGAAAACC  1329

Query 1333  AATTTTACTGGGGTTTCTGGAGATACGATCCTATTCGATGAGAATGGAGACTCTCCAGGAAGGTATGAAATAAT  1406
            ||.||||||||.|||||.|||||||.|||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330  AACTTTACTGGAGTTTCCGGAGATATGATTCTATTTGATGAAAATGGAGACTCTCCAGGAAGGTATGAAATAAT  1403

Query 1407  GAATTTCAAGGAAATGGGAAAAGATTACTTTGATTATATCAACGTTGGAAGTTGGGACAATGGAGAATTAAAAA  1480
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1404  GAATTTCAAGGAAATGGGAAAAGATTATTTTGATTACATCAATGTTGGAAGTTGGGACAATGGGGAATTAAAAA  1477

Query 1481  TGGATGATGATGAAGTATGGTCCAAGAAAAGCAACATCATCAGATCTGTGTGCAGTGAACCATGTGAGAAAGGC  1554
            ||||||||||||||||.|||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 1478  TGGATGATGATGAAGTGTGGTCCAAGAAAAATAACATCATCAGATCTGTGTGCAGTGAACCGTGTGAGAAAGGA  1551

Query 1555  CAGATCAAGGTGATCCGAAAGGGAGAAGTCAGCTGTTGTTGGACCTGTACACCTTGTAAGGAGAATGAGTATGT  1628
            |||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552  CAGATAAAGGTGATCCGGAAGGGAGAAGTCAGCTGTTGTTGGACCTGCACACCTTGTAAGGAGAATGAGTATGT  1625

Query 1629  CTTTGATGAGTACACATGCAAGGCATGCCAACTGGGGTCTTGGCCCACTGATGATCTCACAGGTTGTGACTTGA  1702
            .||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||..|.|||||||||||.||||
Sbjct 1626  TTTTGATGAGTACACCTGCAAGGCGTGCCAACTGGGGTCCTGGCCCACTGACGACTTGACAGGTTGTGATTTGA  1699

Query 1703  TCCCAGTACAGTATCTTCGATGGGGTGACCCTGAACCCATTGCAGCTGTGGTGTTTGCCTGCCTTGGCCTCCTG  1776
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.
Sbjct 1700  TCCCAGTCCAGTATCTTCGATGGGGTGACCCTGAGCCCATTGCAGCTGTGGTGTTTGCCTGCCTCGGTCTGCTA  1773

Query 1777  GCCACCCTGTTTGTTACTGTAGTCTTCATCATTTACCGTGATACACCAGTAGTCAAGTCCTCAAGCAGGGAACT  1850
            ||||||||.||.|||||||||.|||||||||||||.||.||.||.|||||.||||||||.||.|||||||||||
Sbjct 1774  GCCACCCTCTTCGTTACTGTAATCTTCATCATTTATCGGGACACTCCAGTGGTCAAGTCTTCCAGCAGGGAACT  1847

Query 1851  CTGCTACATTATCCTTGCTGGCATCTGCCTGGGCTACTTATGTACCTTCTGCCTCATTGCGAAGCCCAAACAGA  1924
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1848  CTGCTACATTATCCTTGCTGGCATCTGCCTGGGTTACTTGTGTACCTTCTGCCTCATTGCAAAGCCCAAACAGA  1921

Query 1925  TTTACTGCTACCTTCAGAGAATTGGCATTGGTCTCTCCCCAGCCATGAGCTACTCAGCCCTTGTAACAAAGACC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1922  TTTACTGCTACCTTCAGAGAATTGGCATCGGTCTCTCTCCAGCCATGAGCTACTCAGCCCTTGTAACGAAGACC  1995

Query 1999  AACCGTATTGCAAGGATCCTGGCTGGCAGCAAGAAGAAGATCTGTACCAAAAAGCCCAGATTCATGAGTGCCTG  2072
            |||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1996  AACCGTATTGCAAGGATTCTAGCTGGCAGCAAGAAGAAGATCTGTACCAAAAAGCCCAGATTCATGAGCGCCTG  2069

Query 2073  TGCCCAGCTAGTGATTGCTTTCATTCTCATATGCATCCAGTTGGGCATCATCGTTGCCCTCTTTATAATGGAGC  2146
            |||.|||.|||||||.||||||||||||||.||.||.||||||||.||.||.||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 2070  TGCTCAGTTAGTGATCGCTTTCATTCTCATCTGTATACAGTTGGGTATTATTGTGGCCCTCTTTATCATGGAGC  2143

Query 2147  CTCCTGACATAATGCATGACTACCCAAGCATTCGAGAAGTCTACCTGATCTGTAACACCACCAACCTAGGAGTT  2220
            ||||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 2144  CTCCGGATATAATGCATGACTATCCAAGCATCCGAGAAGTCTACTTGATTTGTAACACCACCAACCTAGGGGTT  2217

Query 2221  GTCACTCCACTTGGATACAATGGATTGTTGATTTTGAGCTGCACCTTCTATGCGTTCAAGACCAGAAATGTTCC  2294
            ||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218  GTCACTCCTCTTGGATACAATGGATTATTGATTTTGAGTTGCACATTCTATGCGTTCAAGACCAGAAATGTTCC  2291

Query 2295  AGCTAACTTCAACGAGGCCAAGTATATCGCCTTCACAATGTACACGACCTGCATTATATGGCTAGCTTTTGTGC  2368
            |||.|||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||.||.|||||||
Sbjct 2292  AGCCAACTTTAACGAGGCCAAATATATTGCTTTCACCATGTACACAACCTGCATCATATGGCTGGCCTTTGTGC  2365

Query 2369  CAATCTACTTTGGCAGCAACTACAAAATCATCACCATGTGTTTCTCGGTCAGCCTCAGTGCCACAGTGGCCCTA  2442
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2366  CTATCTACTTTGGCAGCAACTACAAAATCATCACCATGTGTTTCTCAGTCAGCCTCAGTGCCACAGTGGCCCTG  2439

Query 2443  GGCTGCATGTTTGTGCCGAAGGTGTACATCATCCTGGCCAAACCAGAGAGAAACGTGCGCAGCGCCTTCACCAC  2516
            ||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 2440  GGTTGCATGTTTGTGCCGAAGGTGTACATCATCCTAGCCAAACCGGAGAGAAATGTGCGCAGCGCCTTCACAAC  2513

Query 2517  ATCTACCGTGGTGCGCATGCATGTAGGGGATGGCAAGTCATCCTCCGCAGCCAGCAGATCCAGCAGCCTAGTCA  2590
            .|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514  CTCTACAGTGGTGCGCATGCACGTAGGAGATGGCAAGTCATCATCCGCTGCCAGCAGATCCAGCAGCCTAGTCA  2587

Query 2591  ACCTGTGGAAGAGAAGGGGCTCCTCTGGGGAAACCTTA------------------------------------  2628
            |||||||||||||.||||||||.||||||||||||.||                                    
Sbjct 2588  ACCTGTGGAAGAGGAGGGGCTCGTCTGGGGAAACCCTAAGGTACAAAGACAGGAGACTGGCCCAGCACAAGTCG  2661

Query 2629  ------------------------------------------------------------AGTTCCAATGGAAA  2642
                                                                        ||.|||||||||||
Sbjct 2662  GAAATAGAGTGTTTCACCCCCAAAGGGAGTATGGGGAATGGTGGGAGAGCAACAATGAGCAGCTCCAATGGAAA  2735

Query 2643  ATCCGTCACGTGGGCCCAGAATGAGAAGAGCAGCCGGGGGCAGCACCTGTGGCAGCGCCTGTCCATCCACATCA  2716
            ||||||.||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||..||||.||||
Sbjct 2736  ATCCGTGACTTGGGCCCAGAATGAGAAGAGCACCCGGGGGCAGCACCTGTGGCAGCGACTGTCTGTCCATATCA  2809

Query 2717  ACAAGAAAGAAAACCCCAACCAAACGGCCGTCATCAAGCCCTTCCCCAAGAGCACGGAGAGCCGTGGCCTGGGC  2790
            |||||||.||.|||||||||||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|.|   
Sbjct 2810  ACAAGAAGGAGAACCCCAACCAGACAGCAGTCATCAAACCCTTCCCCAAGAGCACAGAGAGCCGCGGGCAG---  2880

Query 2791  GCTGGCGCTGGCGCAGGCGGGAGCGCTGGGGGCGTGGGGGCCACGG-GC----GGTGCGGGCTGCGCAG---GC  2856
               ||.||.||.|||||.||..||.||           ||||.||| ||    |||||.||..||||||   ||
Sbjct 2881  ---GGTGCAGGGGCAGGTGGTGGCTCT-----------GGCCCCGGTGCAGCTGGTGCTGGTAGCGCAGGATGC  2940

Query 2857  GCCGGCCCAGGCGGGCCCGAGTCCCCAGACGCCGGCCCCAAGGCGCTGTATGATGTGGCCGAGGCTGAGGAGCA  2930
            .|.|...|||||||.||.|||.|.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||.
Sbjct 2941  ACAGCGACAGGCGGCCCAGAGCCACCAGACGCCGGCCCCAAGGCGCTTTATGATGTCGCAGAGGCAGAGGAGCG  3014

Query 2931  CTTCCCGGCGCCCGCGCGGCCGCGCTCACCGTCGCCCATCAGCACGCTGAGCCACCGCGCGGGCTCGGCCAGCC  3004
            ||||||.|||.|.||..||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||..||.||||||||..|||
Sbjct 3015  CTTCCCAGCGGCTGCCAGGCCGCGCTCGCCATCGCCCATCAGTACGCTGAGCCACCTGGCAGGCTCGGCGGGCC  3088

Query 3005  GCACGGACGACGATGTGCCGTCGCTGCACTCGGAGCCTGTGGCGCGCAGCAGCTCCTCGCAGGGCTCCCTCATG  3078
            ||||.||||||||.|.|||||||||||||||||||.|.|..||.|||||||||||.||.||||||||.||||||
Sbjct 3089  GCACAGACGACGACGCGCCGTCGCTGCACTCGGAGACCGCTGCACGCAGCAGCTCATCCCAGGGCTCGCTCATG  3162

Query 3079  GAGCAGATCAGCAGTGTGGTCACCCGCTTCACGGCCAACATCAGCGAGCTCAACTCCATGATGCTGTCCACCGC  3152
            ||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 3163  GAGCAGATTAGCAGCGTGGTGACGCGCTTCACCGCCAACATCACCGAGCTCAACTCCATGATGTTGTCCACCGC  3236

Query 3153  GGCCCCCAGCCCCGGCGTC----GGCGCCCCGCTCTGCTCGTCCTACCTGATCCCCAAAGAGATCCAGTTGCCC  3222
            ||    |.||.||||.|.|    ||..||||..|||||||.|||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 3237  GG----CTGCGCCGGGGCCCCCTGGTACCCCTATCTGCTCTTCCTACCTGATCCCCAAAGAGATCCAGCTGCCC  3306

Query 3223  ACGACCATGACGACCTTTGCCGAAATCCAGCCTCTGCCGGCCATCGAAGTCACGGGCGGCGCGCAGCCCGCGGC  3296
            |||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||.||.||.||.|||||.|||.|
Sbjct 3307  ACGACCATGACGACCTTCGCAGAGATCCAGCCTCTGCCGGCCATCGAGGTGACCGGAGGAGCTCAGCCGGCGAC  3380

Query 3297  AGGGGC-GCAGGCGGCTGGGGACGCGGCCCGGGAGAGCCCCGCGGCCGGTCCCGAGGCTGCGGCCGCC------  3363
            ||||.| .||             .|.||||..||||..|||||.|        || ||||..||||||      
Sbjct 3381  AGGGCCATCA-------------CCTGCCCAAGAGACGCCCGCAG--------GA-GCTGAAGCCGCCCCAGGA  3432

Query 3364  AAGCCAGACCTGGAGGAGCTGGTGGCTCTCACCCCGCCGTCCCCCTTCAGAGACTCGGTGGACTCGGGGAGCAC  3437
            ||.||.||.|||||||||||||||||.|||||.||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 3433  AAACCGGATCTGGAGGAGCTGGTGGCCCTCACTCCACCATCGCCCTTCAGGGACTCGGTGGACTCGGGGAGCAC  3506

Query 3438  AACCCCCAACTCGCCAGTGTCCGAGTCGGCCCTCTGTATCCCGTCGTCTCCCAAATATGACACTCTTATCATAA  3511
            .|||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.|||||.|
Sbjct 3507  CACCCCAAACTCTCCAGTCTCCGAATCGGCCCTCTGCATCCCATCCTCTCCCAAATATGACACTCTCATCATCA  3580

Query 3512  GAGATTACACTCAGAGCTCCTCGTCGTTGG  3541
            ||||||||||.|||||.||.||.|||||| 
Sbjct 3581  GAGATTACACGCAGAGTTCTTCATCGTTG-  3609