Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000489242
• Subject: XM_006524199.3
• Aligned Length: 2715
• Identities: 2132
• Gaps: 300

Alignment

Query    1  ATGAACCCCGGCTTCGATTTGTCCCGCCGGAACCCGCAGGAGGACTTCGAGCTGATTCAGCGCATCGGCAGCGG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CACCTACGGCGACGTCTACAAGGCACGGAATGTTAACACTGGTGAATTAGCAGCAATTAAAGTAATAAAATTGG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AACCAGGAGAAGACTTTGCAGTTGTGCAGCAAGAAATTATCATGATGAAAGACTGTAAACACCCAAATATTGTT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GCTTATTTTGGAAGCTATCTCAGGCGAGATAAGCTTTGGATTTGCATGGAGTTTTGTGGAGGTGGTTCTTTACA  296
                                                         |||||.||.|||||||||||.||||||||
Sbjct    1  ---------------------------------------------ATGGAATTCTGTGGAGGTGGCTCTTTACA  29

Query  297  GGATATTTATCACGTAACTGGACCTCTGTCAGAACTGCAAATTGCATATGTTAGCAGAGAAACACTGCAGGGAT  370
            |||.||.|||||.|||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct   30  GGACATATATCATGTAACTGGACCCCTTTCAGAACTGCAGATTGCATATGTTAGCAGAGAAACTCTACAGGGAT  103

Query  371  TATATTATCTTCACAGTAAAGGAAAAATGCACAGAGATATAAAGGGAGCTAACATTCTATTAACGGATAATGGT  444
            |.|||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||||..||||||||||||||
Sbjct  104  TGTATTACCTTCACAGTAAAGGAAAAATGCACCGAGATATAAAGGGCGCTAACATTCTCCTAACGGATAATGGT  177

Query  445  CATGTGAAATTGGCTGATTTTGGAGTATCTGCACAGATAACAGCTACAATTGCCAAACGGAAGTCTTTCATTGG  518
            ||.||||||.|.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  178  CACGTGAAACTAGCTGATTTTGGAGTTTCTGCACAGATAACAGCTACAATTGCCAAACGGAAGTCCTTCATTGG  251

Query  519  CACACCATATTGGATGGCTCCAGAAGTTGCAGCTGTTGAGAGGAAGGGGGGTTACAATCAACTCTGTGATCTCT  592
            .||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||.||||
Sbjct  252  AACGCCATATTGGATGGCCCCAGAAGTCGCGGCTGTTGAGAGGAAAGGCGGGTACAATCAACTGTGTGACCTCT  325

Query  593  GGGCAGTGGGAATCACTGCCATAGAACTTGCAGAGCTTCAGCCTCCTATGTTTGACTTACACCCAATGAGAGCA  666
            ||||.|||||.|||||||||||.||.||.||.|||||.|||||.||.|||||||||.|.|||||.|||||.|||
Sbjct  326  GGGCGGTGGGCATCACTGCCATCGAGCTGGCGGAGCTCCAGCCACCCATGTTTGACCTTCACCCGATGAGGGCA  399

Query  667  TTATTTCTAATGACAAAAAGCAATTTTCAGCCTCCTAAACTAAAGGATAAAATGAAATGGTCAAATAGTTTTCA  740
            ||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||..||||.||||||||||||||.||
Sbjct  400  TTGTTTCTAATGACAAAAAGCAATTTCCAGCCTCCTAAACTAAAAGATAAGTTGAAGTGGTCAAATAGTTTCCA  473

Query  741  TCACTTTGTGAAAATGGCACTTACCAAAAATCCGAAAAAAAGACCTACTGCTGAAAAATTATTACAGCATCCTT  814
            |||.||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||||||||.|.|||.|||||..|.|||||||||||.|
Sbjct  474  TCATTTTGTGAAGATGGCTCTTACCAAAAATCCAAAGAAAAGACCCAATGCAGAAAAGCTGTTACAGCATCCCT  547

Query  815  TTGTAACACAACATTTGACACGGTCTTTGGCAATCGAGCTGTTGGATAAAGTAAATAATCCAGATCATTCCACT  888
            ||||.|||||.|.|.|||||||||||||||||||||||.||.||||.|||||.|||||||||||.||||||||.
Sbjct  548  TTGTCACACAGCCTCTGACACGGTCTTTGGCAATCGAGTTGCTGGACAAAGTGAATAATCCAGACCATTCCACA  621

Query  889  TACCATGATTTCGATGATGATGATCCTGAGCCTCTTGTTGCTGTACCACATAGAATTCACTCAACAAGTAGAAA  962
            |||||.|||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||..|||||.||||||||
Sbjct  622  TACCACGATTTTGATGATGATGACCCAGAGCCTCTTGTTGCCGTACCACATAGAATTCCTTCAACGAGTAGAAA  695

Query  963  CGTGAGAGAAGAAAAAACACGCTCAGAGATAACCTTTGGCCAAGTGAAATTTGATCCACCCTTAAGAAAGGAGA  1036
            .|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||||
Sbjct  696  TGTGAGAGAAGAAAAAACACGCTCAGAGATAAACTTTGGCCAGGTAAAATTTGATCCGCCCTTAAGGAAGGAGA  769

Query 1037  CAGAACCACATCATGAACTTCCCGACAGTGATGGTTTTTTGGACAGTTCAGAAGAAATATACTACACTGCAAGA  1110
            ||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  770  CAGAGCCACATCACGAACTTCCCGACAGTGATGGTTTTTTCGACAGTTCAGAAGAAATATACTACACTGCAAGA  843

Query 1111  TCTAATCTGGATCTGCAACTGGAATATGGACAAGGACACCAAGGTGGTTACTTTTTAGGTGCAAACAA------  1178
            ||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||.|...||.|||.|||||||..|||||      
Sbjct  844  TCTAATCTGGATCTGCAACTAGAGTACGGACAAGGACACCAAAGCCATTGCTTCTTAGGTGGCAACAAGAACTG  917

Query 1179  ---------------------------GAGTCTTCTCAAGTCTGTTGAAGAAGAATTGCATCAGCGAGGACACG  1225
                                       |||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|
Sbjct  918  TATTCTATATAACGAGTCATTGGCAAGGAGTCTTCTGAAGTCTGTTGAAGAGGAATTACATCAGCGAGGACATG  991

Query 1226  TCGCACATTTAGAAGATGATGAAGGAGATGATGATGAATCTAAACACTCAACTCTGAAAGCAAAAATTCCACCT  1299
            |.|||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||.|||||.||.|||||..|||||||||||.|.||.|||
Sbjct  992  TGGCACACTTAGAAGATGACGAAGGCGACGATGACGACTCTAAGCATTCAACCATGAAAGCAAAAGTCCCGCCT  1065

Query 1300  CCTTTGCCACCAAAGCCTAAGTCTATCTTCATACCACAGGAAATGCATTCTACTGAGGATGAAAATCAAGGAAC  1373
            |||.||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|..||||||.|||||||.|..|||||||||||
Sbjct 1066  CCTCTGCCACCAAAGCCTAAATCCATCTTCATACCACAGGATACACATTCTGCTGAGGACGGTAATCAAGGAAC  1139

Query 1374  AATCAAGAGATGTCCCATGTCAGGGAGCCCAGCAAAGCCATCCCAAGTTCCACCTAGACCACCACCTCCCAGAT  1447
            ||||||||||||||||...|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.|
Sbjct 1140  AATCAAGAGATGTCCCTCATCAGGGAGCCCGGCAAAGCCATCCCACGTTCCACCTAGACCACCTCCGCCCAGGT  1213

Query 1448  TACCCCCACACAAACCTGTTGCCTTAGGAAATGGAATGAGCTCCTTCCAGTTAAATGGTGAACGAGATGGCTCA  1521
            ||||.|||||.||.||||.||..||||||||||||.|||.||||||||||.||||||||||.|||||.||.|||
Sbjct 1214  TACCGCCACAGAAGCCTGCTGTTTTAGGAAATGGAGTGAACTCCTTCCAGCTAAATGGTGAGCGAGACGGATCA  1287

Query 1522  TTATGTCAACAACAGAATGAACATAGAGGCACAAACCTTTCAAGAAAAGAAAAGAAAGATGTACCAAAGCCTAT  1595
            ||||.|||.||.||||.|||.||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.||.||.||.||.||
Sbjct 1288  TTATATCAGCAGCAGAGTGAGCAAAGAGGCACAAACCTTTCAAGAAAGGAGAAGAAGGACGTCCCGAAACCAAT  1361

Query 1596  TAGTAATGGTCTTCCTCCAACACCTAAAGTGCATATGGGTGCATGTTTTTCAAAAGTTTTTAATGGGTGTCCCT  1669
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 1362  TAGTAATGGTCTTCCCCCAACACCTAAAGTGCATATGGGAGCGTGTTTTTCAAAGGTTTTTAATGGATGTCCCT  1435

Query 1670  TGAAAATTCACTGTGCATCATCATGGATAAACCCAGATACAAGAGATCAGTACTTGATATTTGGTGCCGAAGAA  1743
            |||||||.||||||||..||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||.|||||.
Sbjct 1436  TGAAAATCCACTGTGCCACATCCTGGATAAACCCAGACACGAGAGACCAGTACTTGATATTTGGCGCTGAAGAG  1509

Query 1744  GGGATTTATACCCTCAATCTTAATGAACTTCATGAAACATCAATGGAACAGCTATTCCCTCGAAGGTGTACATG  1817
            ||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.||
Sbjct 1510  GGCATTTATACCCTTAATCTCAATGAACTTCATGAAACATCAATGGAACAGCTGTTCCCCCGCAGGTGTACGTG  1583

Query 1818  GTTGTATGTAATGAACAATTGCTTGCTATCAATATCTGGTAAAGCTTCTCAGCTTTATTCCCATAATTTACCAG  1891
            |.|||||||.||||||||||||.||||.|||.|.||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.|
Sbjct 1584  GCTGTATGTGATGAACAATTGCCTGCTGTCAGTCTCGGGCAAAGCCTCTCAGCTTTACTCCCACAACTTACCGG  1657

Query 1892  GGCTTTTTGATTATGCAAGACAAATGCAAAAGTTACCTGTTGCTATTCCAGCACACAAACTCCCTGACAGAATA  1965
            |||||||.||||||||||||||.|||||.|||.|.||.||.||.||.|||||||||||.|||||.|||.|||||
Sbjct 1658  GGCTTTTCGATTATGCAAGACAGATGCAGAAGCTTCCAGTAGCCATCCCAGCACACAAGCTCCCCGACCGAATA  1731

Query 1966  CTGCCAAGGAAATTTTCTGTATCAGCAAAAATCCCTGAAACCAAATGGTGCCAGAAGTGTTGTGTTGTAAGAAA  2039
            |||||.|||||||||.|||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.|||||
Sbjct 1732  CTGCCCAGGAAATTTGCTGTATCAGCAAAGATTCCTGAAACCAAATGGTGCCAGAAGTGCTGCGTGGTGAGAAA  1805

Query 2040  TCCTTACACGGGCCATAAATACCTATGTGGAGCACTTCAGACTAGCATTGTTCTATTAGAATGGGTTGAACCAA  2113
            ||||||||||||||||||.|||||.||.||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1806  TCCTTACACGGGCCATAAGTACCTGTGCGGGGCGCTTCAGACCAGCATTGTTCTATTAGAATGGGTTGAGCCAA  1879

Query 2114  TGCAGAAATTTATGTTAATTAAGCACATAGATTTTCCTATACCATGTCCACTTAGAATGTTTGAAATGCTGGTA  2187
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||..|.||||||||.||||||||.
Sbjct 1880  TGCAGAAATTTATGTTAATTAAGCACATAGAGTTTCCTATGCCGTGTCCACTCCGGATGTTTGAGATGCTGGTG  1953

Query 2188  GTTCCTGAACAGGAGTACCCTTTAGTTTGTGTTGGTGTCAGTAGAGGTAGAGACTTCAACCAAGTGGTTCGATT  2261
            ||.|||||.||||||||||||.|.||.||||||||.|||||.|||||..||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1954  GTCCCTGAGCAGGAGTACCCTCTGGTCTGTGTTGGCGTCAGCAGAGGGCGAGACTTCAACCAAGTGGTTCGGTT  2027

Query 2262  TGAGACGGTCAATCCAAATTCTACCTCTTCATGGTTTACAGAATCAGATACCCCACAGACAAATGTTACTCATG  2335
            |||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||||||.||||.|||||||..||.|||||||
Sbjct 2028  TGAGACGGTCAATCCCAATTCTACCTCGTCGTGGTTTACAGAGTCAGATGCCCCGCAGACAAGCGTCACTCATG  2101

Query 2336  TAACCCAACTGGAGAGAGATACCATCCTTGTATGCTTGGACTGTTGTATAAAAATAGTAAATCTCCAAGGAAGA  2409
            |.|||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.
Sbjct 2102  TGACCCAGCTGGAGAGAGACACCATCCTTGTGTGCTTGGATTGTTGTATAAAAATAGTCAATCTCCAAGGAAGG  2175

Query 2410  TTAAAATCTAGCAGGAAATTGTCATCAGAACTCACCTTTGATTTCCAGATTGAATCAATAGTGTGCCTACAAGA  2483
            ||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.|||||.||.||||||||
Sbjct 2176  TTGAAATCCAGCAGGAAATTGTCATCAGAACTCACCTTCGATTTCCAGATAGAGTCCATAGTTTGTCTACAAGA  2249

Query 2484  CAGTGTGCTAGCTTTCTGGAAACATGGAATGCAAGGTAGAAGTTTTAGATCTAATGAGGTAACACAAGAAATTT  2557
            ||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2250  CAGTGTGCTAGCGTTCTGGAAACACGGGATGCAAGGTAGAAGCTTTAGATCTAATGAGGTAACACAAGAAATTT  2323

Query 2558  CAGATAGCACAAGAATTTTCAGGCTGCTTGGATCTGACAGGGTCGTGGTTTTGGAAAGTAGGCCAACTGATAAC  2631
            ||||||.|||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 2324  CAGATAACACAAGAATCTTCAGACTCCTTGGATCTGACAGGGTTGTGGTTTTGGAAAGTCGGCCAACTGATAAC  2397

Query 2632  CCCACAGCAAATAGCAATTTGTACATCCTGGCGGGTCATGAAAACAGTTAC  2682
            ||.|||||||||||||||||.||||||.||||||||||.||||||||.|||
Sbjct 2398  CCAACAGCAAATAGCAATTTATACATCTTGGCGGGTCACGAAAACAGCTAC  2448