Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000489242
• Subject: XR_939730.2
• Aligned Length: 4450
• Identities: 2681
• Gaps: 1768

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AAGGGGAGGGGGAGGAGCGGCGAAAGCGGAAGCCATGTTGGAGTTTCACCCCGAGCGAGGGGCTGCGAGGGTTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TCCTCTCCTTGTGGGTGTGACCAGGTTCGGCGCGGCGGCGGGCCGCGGGGGGCGGGGACGATTGGCCGCTTGTC  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  GTCGTCCGCAGCGGCGTGAGGGGAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCCGCAGCGTGGAGCCGGGTGATTGTGACCGC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  CGGGGGAGCCGGGAGCCGGCCGCGGCGCCCTCTCTCCGTGTGGCCCCCTGAGCGGCCCCCCTCCCCTGCCCGGG  296

Query    1  -----------------------------ATGAACCCCGGCTTCGATTTGTCCCGCCGGAACCCGCAGGAGGAC  45
                                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGGGAGGCGGGGGGCACCTGGGGCCCGCCATGAACCCCGGCTTCGATTTGTCCCGCCGGAACCCGCAGGAGGAC  370

Query   46  TTCGAGCTGATTCAGCGCATCGGCAGCGGCACCTACGGCGACGTCTACAAGGCACGGAATGTTAACACTGGTGA  119
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TTCGAGCTGATTCAGCGCATCGGCAGCGGCACCTACGGCGACGTCTACAAGGCACGGAATGTTAACACTGGTGA  444

Query  120  ATTAGCAGCAATTAAAGTAATAAAATTGGAACCAGGAGAAGACTTTGCAGTTGTGCAGCAAGAAATTATCATGA  193
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  445  ATTAGCAGCAATTAAAGTAATAAAATTGGAACCAGGAGAAGACTTTGCAGTTGTGCAGCAAGAAATTATTATGA  518

Query  194  TGAAAGACTGTAAACACCCAAATATTGTTGCTTATTTTGGAAGCTATCTCAGGCGAGATAAGCTTTGGATTTGC  267
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGAAAGACTGTAAACACCCAAATATTGTTGCTTATTTTGGAAGCTATCTCAGGCGAGATAAGCTTTGGATTTGC  592

Query  268  ATGGAGTTTTGTGGAGGTGGTTCTTTACAGGATATTTATCACGTAACTGGACCTCTGTCAGAACTGCAAATTGC  341
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATGGAGTTTTGTGGAGGTGGTTCTTTACAGGATATTTATCACGTAACTGGACCTCTGTCAGAACTGCAAATTGC  666

Query  342  ATATGTTAGCAGAGAAACACTGCAGGGATTATATTATCTTCACAGTAAAGGAAAAATGCACAGAGATATAAAGG  415
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ATATGTTAGCAGAGAAACACTGCAGGGATTATATTATCTTCACAGTAAAGGAAAAATGCACAGAGATATAAAGG  740

Query  416  GAGCTAACATTCTATTAACGGATAATGGTCATGTGAAATTGGCTGATTTTGGAGTATCTGCACAGATAACAGCT  489
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GAGCTAACATTCTATTAACGGATAATGGTCATGTGAAATTGGCTGATTTTGGAGTATCTGCACAGATAACAGCT  814

Query  490  ACAATTGCCAAACGGAAGTCTTTCATTGGCACACCATATTGGATGGCTCCAGAAGTTGCAGCTGTTGAGAGGAA  563
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ACAATTGCCAAACGGAAGTCTTTCATTGGCACACCATATTGGATGGCTCCAGAAGTTGCAGCTGTTGAGAGGAA  888

Query  564  GGGGGGTTACAATCAACTCTGTGATCTCTGGGCAGTGGGAATCACTGCCATAGAACTTGCAGAGCTTCAGCCTC  637
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GGGGGGTTACAATCAACTCTGTGATCTCTGGGCAGTGGGAATCACTGCCATAGAACTTGCAGAGCTTCAGCCTC  962

Query  638  CTATGTTTGACTTACACCCAATGAGAGCATTATTTCTAATGACAAAAAGCAATTTTCAGCCTCCTAAACTAAAG  711
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CTATGTTTGACTTACACCCAATGAGAGCATTATTTCTAATGACAAAAAGCAATTTTCAGCCTCCTAAACTAAAG  1036

Query  712  GATAAAATGAAATGGTCAAATAGTTTTCATCACTTTGTGAAAATGGCACTTACCAAAAATCCGAAAAAAAGACC  785
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GATAAAATGAAATGGTCAAATAGTTTTCATCACTTTGTGAAAATGGCACTTACCAAAAATCCGAAAAAAAGACC  1110

Query  786  TACTGCTGAAAAATTATTACAGCATCCTTTTGTAACACAACATTTGACACGGTCTTTGGCAATCGAGCTGTTGG  859
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TACTGCTGAAAAATTATTACAGCATCCTTTTGTAACACAACATTTGACACGGTCTTTGGCAATCGAGCTGTTGG  1184

Query  860  ATAAAGTAAATAATCCAGATCATTCCACTTACCATGATTTCGATGATGATGATCCTGAGCCTCTTGTTGCTGTA  933
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ATAAAGTAAATAATCCAGATCATTCCACTTACCATGATTTCGATGATGATGATCCTGAGCCTCTTGTTGCTGTA  1258

Query  934  CCACATAGAATTCACTCAACAAGTAGAAACGTGAGAGAAGAAAAAACACGCTCAGAGATAACCTTTGGCCAAGT  1007
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCACATAGAATTCACTCAACAAGTAGAAACGTGAGAGAAGAAAAAACACGCTCAGAGATAACCTTTGGCCAAGT  1332

Query 1008  GAAATTTGATCCACCCTTAAGAAAGGAGACAGAACCACATCATGAACTTCCCGACAGTGATGGTTTTTTGGACA  1081
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GAAATTTGATCCACCCTTAAGAAAGGAGACAGAACCACATCATGAACTTCCCGACAGTGATGGTTTTTTGGACA  1406

Query 1082  GTTCAGAAGAAATATACTACACTGCAAGATCTAATCTGGATCTGCAACTGGAATATGGACAAGGACACCAAGGT  1155
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GTTCAGAAGAAATATACTACACTGCAAGATCTAATCTGGATCTGCAACTGGAATATGGACAAGGACACCAAGGT  1480

Query 1156  GGTTACTTTTTAGGTGCAAACAAGAGTCTTCTCAAGTCTGTTGAAGAAGAATTGCATCAGCGAGGACACGTCGC  1229
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GGTTACTTTTTAGGTGCAAACAAGAGTCTTCTCAAGTCTGTTGAAGAAGAATTGCATCAGCGAGGACACGTCGC  1554

Query 1230  ACATTTAGAAGATGATGAAGGAGATGATGATGAATCTAAACACTCAACTCTGAAAGCAAAAATTCCACCTCCTT  1303
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  ACATTTAGAAGATGATGAAGGAGATGATGATGAATCTAAACACTCAACTCTGAAAGCAAAAATTCCACCTCCTT  1628

Query 1304  TGCCACCAAAGCCTAAGTCTATCTTCATACCACAGGAAATGCATTCTACTGAGGATGAAAATCAAGGAACAATC  1377
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TGCCACCAAAGCCTAAGTCTATCTTCATACCACAGGAAATGCATTCTACTGAGGATGAAAATCAAGGAACAATC  1702

Query 1378  AAGAGATGTCCCATGTCAGGGAGCCCAGCAAAGCCATCCCAAGTTCCACCTAGACCACCACCTCCCAGATTACC  1451
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AAGAGATGTCCCATGTCAGGGAGCCCAGCAAAGCCATCCCAAGTTCCACCTAGACCACCACCTCCCAGATTACC  1776

Query 1452  CCCACACAAACCTGTTGCCTTAGGAAATGGAATGAGCTCCTTCCAGTTAAATGGTGAACGAGATGGCTCATTAT  1525
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CCCACACAAACCTGTTGCCTTAGGAAATGGAATGAGCTCCTTCCAGTTAAATGGTGAACGAGATGGCTCATTAT  1850

Query 1526  GTCAACAACAGAATGAACATAGAGGCACAAACCTTTCAAGAAAAGAAAAGAAAGATGTACCAAAGCCTATTAGT  1599
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GTCAACAACAGAATGAACATAGAGGCACAAACCTTTCAAGAAAAGAAAAGAAAGATGTACCAAAGCCTATTAGT  1924

Query 1600  AATGGTCTTCCTCCAACACCTAAAGTGCATATGGGTGCATGTTTTTCAAAAGTTTTTAATGGGTGTCCCTTGAA  1673
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AATGGTCTTCCTCCAACACCTAAAGTGCATATGGGTGCATGTTTTTCAAAAGTTTTTAATGGGTGTCCCTTGAA  1998

Query 1674  AATTCACTGTGCATCATCATGGATAAACCCAGATACAAGAGATCAGTACTTGATATTTGGTGCCGAAGAAGGGA  1747
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AATTCACTGTGCATCATCATGGATAAACCCAGATACAAGAGATCAGTACTTGATATTTGGTGCCGAAGAAGGGA  2072

Query 1748  TTTATACCCTCAATCTTAATGAACTTCATGAAACATCAATGGAACAGCTATTCCCTCGAAGGTGTACATGGTTG  1821
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TTTATACCCTCAATCTTAATGAACTTCATGAAACATCAATGGAACAGCTATTCCCTCGAAGGTGTACATGGTTG  2146

Query 1822  TATGTAATGAACAATTGCTTGCTATCAATATCTGGTAAAGCTTCTCAGCTTTATTCCCATAATTTACCAGGGCT  1895
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TATGTAATGAACAATTGCTTGCTATCAATATCTGGTAAAGCTTCTCAGCTTTATTCCCATAATTTACCAGGGCT  2220

Query 1896  TTTTGATTATGCAAGACAAATGCAAAAGTTACCTGTTGCTATTCCAGCACACAAACTCCCTGACAGAATACTGC  1969
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  TTTTGATTATGCAAGACAAATGCAAAAGTTACCTGTTGCTATTCCAGCACACAAACTCCCTGACAGAATACTGC  2294

Query 1970  CAAGGAAATTTTCTGTATCAGCAAAAATCCCTGAAACCAAATGGTGCCAGAAGTGTTGTGTTGTAAGAAATCCT  2043
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CAAGGAAATTTTCTGTATCAGCAAAAATCCCTGAAACCAAATGGTGCCAGAAGTGTTGTGTTGTAAGAAATCCT  2368

Query 2044  TACACGGGCCATAAATACCTATGTGGAGCACTTCAGACTAGCATTGTTCTATTAGAATGGGTTGAACCAATGCA  2117
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TACACGGGCCATAAATACCTATGTGGAGCACTTCAGACTAGCATTGTTCTATTAGAATGGGTTGAACCAATGCA  2442

Query 2118  GAAATTTATGTTAATTAAGCACATAGATTTTCCTATACCATGTCCACTTAGAATGTTTGAAATGCTGGTAGTTC  2191
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GAAATTTATGTTAATTAAGCACATAGATTTTCCTATACCATGTCCACTTAGAATGTTTGAAATGCTGGTAGTTC  2516

Query 2192  CTGAACAGGAGTACCCTTTAGTTTGTGTTGGTGTCAGTAGAGGTAGAGACTTCAACCAAGTGGTTCGATTTGAG  2265
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CTGAACAGGAGTACCCTTTAGTTTGTGTTGGTGTCAGTAGAGGTAGAGACTTCAACCAAGTGGTTCGATTTGAG  2590

Query 2266  ACGGTCAATCCAAATTCTACCTCTTCATGGTTTACAGAATCAGATACCCCACAGACAAATGTTACTCATGTAAC  2339
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  ACGGTCAATCCAAATTCTACCTCTTCATGGTTTACAGAATCAGATACCCCACAGACAAATGTTACTCATGTAAC  2664

Query 2340  CCAACTGGAGAGAGATACCATCCTTGTATGCTTGGACTGTTGTATAAAAATAGTAAATCTCCAAGGAAGATTAA  2413
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  CCAACTGGAGAGAGATACCATCCTTGTATGCTTGGACTGTTGTATAAAAATAGTAAATCTCCAAGGAAGATTAA  2738

Query 2414  AATCTAGCAGGAAATTGTCATCAGAACTCACCTTTGATTTCCAGATTGAATCAA--------------------  2467
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    
Sbjct 2739  AATCTAGCAGGAAATTGTCATCAGAACTCACCTTTGATTTCCAGATTGAATCAATAGTAATTGAGCTGTTCTTG  2812

Query 2468  -----TAGTGTGCCTACAAGACAGTGTGCTAGCTTTCTGGAAACATGGAATGCAAGGTAGAAGTTTTAGATCTA  2536
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  CCTGCTAGTGTGCCTACAAGACAGTGTGCTAGCTTTCTGGAAACATGGAATGCAAGGTAGAAGTTTTAGATCTA  2886

Query 2537  ATGAGGTAACACAAGAAATTTCAGATAGCACAAGAATTTTCAGGCTGCTTGGATCTGACAGGGTCGTGGTTTTG  2610
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  ATGAGGTAACACAAGAAATTTCAGATAGCACAAGAATTTTCAGGCTGCTTGGATCTGACAGGGTCGTGGTTTTG  2960

Query 2611  GAAAGTAGGCCAACTGATAACCCCACAGCAAATAGCAATTTGTACATCCTGGCGGGTCATGAAAACAGTTAC--  2682
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
Sbjct 2961  GAAAGTAGGCCAACTGATAACCCCACAGCAAATAGCAATTTGTACATCCTGGCGGGTCATGAAAACAGTTACTG  3034

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 3035  AGAATTGTTGTGCTTTGACAGTTAACTCTAGAAAGAAAGAACACTACCACTGCAACATTAATGGATGCTTGAAG  3108

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 3109  CTGTACAAAAGCTGCAGTAACCTGTCTTCAGTTACTTTGTAATTTATTGTGGCATGAGATAAGATGGGGAAAAT  3182

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 3183  TTTGTTTTAAGTGGTATGGATATATTTAGCATATTGAACCACACAAGTGCTTAATTCATTGTTATGTAATCTTT  3256

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 3257  GTACATATAGGCAGTATTTTTTCTGTGAAACTTCATATTGCTGAAGACATACACTAAGAATTTATGTAGATAAT  3330

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 3331  GTACTTTTATGAGATGTACAAGTAAGTGTCTTATCTGTACAGATGTAAATGTTGATGAAAATGCAATTGGGGTT  3404

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 3405  AATATTTTAAGAATTCTTTAGTATATTCTTGGGTGTGGCTATATTACAAAATGGGATGCTGGCAATGAAACAAT  3478

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 3479  ACATTTAACACTATTGTATTTTTATTATATGTAATTTAGTAATATGAATATAAATCTTGTAACTTTTAAAATTG  3552

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 3553  TAATGGAGGCTGTAATCATTTTATAATCTTTTTAATTTTAATGCAAGTACACTGGTGTTTATATTTGCACAAAG  3626

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 3627  TATTGATATGTGATGTATTAAGTCACAAAAGTAAGCTGTGACATTGTCTATAAGCATTTGGCTCCACAAATGTA  3700

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 3701  TTTGGATTGTTTTCTATGTGAAGCAAACCAATTATAATTAACCACATGTTGTAGTAACTGGTCTTTTTATATTT  3774

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 3775  AAGCAGAATCCTGTAAGATTGCTTGTCTTTGCTTAAAAACAATACCTTTGAACATTTTTGAATCACAGAATAGC  3848

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 3849  GGTACCATGATAGAATACTGCAATTGTGGTCAGAATTACAGTATGCACAAAGAATTAATTAGCATTATTAAAGA  3922

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 3923  GTCCTCACTAAACATTTCATATGATCACACTGAAGAACTGTAACATTCCATAGAGTGAAGTGGTTCAAATTTCT  3996

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 3997  CTTGGAATTTTTACTTTTGTTGGCCTTATTTTATGATCCTTTTCATATTTCTTTTGACTTAGAGTATTAATACA  4070

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 4071  TGGCCAAAATAATTTAGTTACTACCTCATACAAACAATATAATGGTTACTACACATCACAGGAACTTAGTTTTG  4144

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 4145  GTTTAAGTCATTTTTGATTGCTTTTTTCCAATGGAATATGTATATACCAGGTTTTAGCAAAATGCACACTTTTG  4218

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 4219  GCTCTTTTTGGTATATGTTCTTTATATTTTAATGTGAGTATATACACTAAGAACAAACTAAATTGTGATTTATG  4292

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 4293  ATCTTCATTTATTTTAATGATAATGGTTTTAAAATATGTTCCTGATTGTACATATTGTAAAATAAACATGTTTT  4366

Query 2683  --------------------------------------------------------------------------  2682
                                                                                      
Sbjct 4367  TTAACATGCTGTTGTATAGTAGCTTGTCATCTGGTTTAATCTGTATATAGTAACACTAAAATATATTAAGAGGG  4440

Query 2683  ----------  2682
                      
Sbjct 4441  GAAAGCTTTA  4450