Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000489251
• Subject: XM_011524087.2
• Aligned Length: 3109
• Identities: 2227
• Gaps: 878

Alignment

Query    1  ATGGAGGTGGTGGGTGACTTCGAGTACAGCAAGAGGGATCTCGTGGGACACGGGGCCTTCGCCGTGGTCTTCCG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGGGCGGCACCGCCAGAAAACTGATTGGGAGGTAGCTATTAAAAGTATTAATAAAAAGAACTTGTCAAAATCAC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AAATACTGCTTGGAAAGGAAATTAAAATCTTAAAGGAACTTCAGCATGAAAATATTGTAGCACTCTATGATGTT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CAGGAATTACCCAACTCTGTCTTTTTGGTGATGGAGTATTGCAATGGTGGAGACCTCGCAGATTATTTGCAAGC  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  GAAAGGGACTCTCAGTGAAGACACGATCAGAGTGTTTCTGCATCAGATTGCTGCTGCCATGCGAATCCTGCACA  370
                                                                      ||||||||||||||||
Sbjct    1  ----------------------------------------------------------ATGCGAATCCTGCACA  16

Query  371  GCAAAGGAATCATCCACAGAGATCTCAAACCACAGAACATCTTGCTGTCCTATGCCAATCGCAGAAAATCAAGT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   17  GCAAAGGAATCATCCACAGAGATCTCAAACCACAGAACATCTTGCTGTCCTATGCCAATCGCAGAAAATCAAGT  90

Query  445  GTCAGTGGTATTCGCATCAAAATAGCGGATTTTGGTTTTGCTCGTTACCTACATAGTAACATGATGGCTGCAAC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   91  GTCAGTGGTATTCGCATCAAAATAGCGGATTTTGGTTTTGCTCGTTACCTACATAGTAACATGATGGCTGCAAC  164

Query  519  ACTGTGTGGATCCCCGATGTACATGGCTCCTGAGGTTATTATGTCTCAACATTATGATGCTAAGGCTGACTTGT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  165  ACTGTGTGGATCCCCGATGTACATGGCTCCTGAGGTTATTATGTCTCAACATTATGATGCTAAGGCTGACTTGT  238

Query  593  GGAGCATAGGAACAGTGATATACCAATGCCTAGTTGGAAAACCACCTTTTCA----------------------  644
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                      
Sbjct  239  GGAGCATAGGAACAGTGATATACCAATGCCTAGTTGGAAAACCACCTTTTCAGGCCAATAGTCCTCAAGACTTA  312

Query  645  --------------------------------------------------------------------------  644
                                                                                      
Sbjct  313  AGGATGTTTTATGAAAAAAACAGGAGCTTAATGCCTAGTATTCCCAGAGAAACATCACCTTATTTGGCTAATCT  386

Query  645  ----------------------------------------------GAAGCGTTTTTTAGCCATCCTTTTCTTG  672
                                                          |||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  387  CCTTTTGGGTTTGCTTCAGAGAAACCAAAAAGATAGAATGGACTTTGAAGCATTTTTTAGCCATCCTTTTCTTG  460

Query  673  AGCAAGGTCCAGTAAAAAAATCTTGCCCAGTTCCAGTGCCCATGTATTCTGGTTCTGTCTCTGGAAGCTCCTGT  746
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  461  AGCAAGGTCCAGTAAAAAAATCTTGCCCAGTTCCAGTGCCCATGTATTCTGGTTCTGTCTCTGGAAGCTCCTGT  534

Query  747  GGCAGCTCTCCATCTTGTCGTTTTGCTTCTCCACCA--------------------------------------  782
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                      
Sbjct  535  GGCAGCTCTCCATCTTGTCGTTTTGCTTCTCCACCATCCCTTCCAGATATGCAGCATATTCAGGAAGAAAACTT  608

Query  783  --------------------------------------------------------------------------  782
                                                                                      
Sbjct  609  ATCTTCCCCACCATTGGGTCCTCCCAACTATCTACAAGTTTCCAAAGATTCTGCCAGTACTAGTAGCAAGAACT  682

Query  783  ------------------------------------------------------------GTGATATGCCAATG  796
                                                                        |||||||||||.||
Sbjct  683  CTTCTTGTGACACGGATGACTTTGTTTTGGTGCCACACAACATCTCGTCAGACCACTCATGTGATATGCCAGTG  756

Query  797  GGGACTGCTGGCAGACGTGCTTCAAATGAATTCTTGGTGTGTGGAGGGCAGTGTCAGCCTACTGTGTCACCTCA  870
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  757  GGGACTGCTGGCAGACGTGCTTCAAATGAATTCTTGGTGTGTGGAGGGCAGTGTCAGCCTACTGTGTCACCTCA  830

Query  871  CAGCGAAACAGCACCAATTCCAGTTCCTACTCAAATAAGGAATTATCAGCGCATAGAGCAGAATCTTACATCTA  944
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  831  CAGCGAAACAGCACCAATTCCAGTTCCTACTCAAATAAGGAATTATCAGCGCATAGAGCAGAATCTTACATCTA  904

Query  945  CTGCCAGCTCAGGCACAAATGTACATGGTTCTCCAAGATCTGCAGTGGTACGAAGGTCCAACACCAGCCCCATG  1018
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  905  CTGCCAGCTCAGGCACAAATGTACATGGTTCTCCAAGATCTGCAGTGGTACGAAGGTCCAACACCAGCCCCATG  978

Query 1019  GGCTTCCTCCGGCCGGGATCATGCTCCCCAGTACCAGCAGACACAGCACAGACAGTTGGACGAAGGCTCTCCAC  1092
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  979  GGCTTCCTCCGGCCGGGATCATGCTCCCCAGTACCAGCAGACACAGCACAGACAGTTGGACGAAGGCTCTCCAC  1052

Query 1093  TGGGTCTTCTAGGCCTTACTCACCTTCCCCTTTGGTTGGTACCATTCCTGAGCAATTCAGTCAGTGCTGCTGTG  1166
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1053  TGGGTCTTCTAGGCCTTACTCACCTTCCCCTTTGGTTGGTACCATTCCTGAGCAATTCAGTCAGTGCTGCTGTG  1126

Query 1167  GGCATCCTCAGGGCCATGACTCCAGGAGTAGAAACTCCTCAGGTTCTCCAGTGCCACAAGCTCAGTCCCCACAG  1240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127  GGCATCCTCAGGGCCATGACTCCAGGAGTAGAAACTCCTCAGGTTCTCCAGTGCCACAAGCTCAGTCCCCACAG  1200

Query 1241  TCTCTCTTATCGGGTGCTAGACTGCAGAGCGCCCCCACCCTCACTGACATCTATCAGAACAAGCAGAAGCTCAG  1314
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201  TCTCTCTTATCGGGTGCTAGACTGCAGAGCGCCCCCACCCTCACTGACATCTATCAGAACAAGCAGAAGCTCAG  1274

Query 1315  AAAACAGCACTCTGACCCCGTGTGCCCATCCCATACTGGGGCTGGGTACAGCTACTCGCCTCAGCCCAGTCGGC  1388
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275  AAAACAGCACTCTGACCCCGTGTGCCCATCCCATACTGGGGCTGGGTACAGCTACTCGCCTCAGCCCAGTCGGC  1348

Query 1389  CTGGCAGCCTTGGAACTTCTCCCACCAAGCACTTGGGGTCCTCTCCACGGAGTTCTGACTGGTTCTTTAAAACT  1462
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1349  CTGGCAGCCTTGGAACTTCTCCCACCAAGCACTTGGGGTCCTCTCCACGGAGTTCTGACTGGTTCTTTAAAACT  1422

Query 1463  CCTTTGCCAACAATCATTGGCTCTCCTACTAAGACCACAGCTCCTTTCAAAATCCCTAAAACTCAAGCATCTTC  1536
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1423  CCTTTGCCAACAATCATTGGCTCTCCTACTAAGACCACAGCTCCTTTCAAAATCCCTAAAACTCAAGCATCTTC  1496

Query 1537  CAACCTGTTAGCCTTGGTTACTCGTCATGGGCCTGCTGAAGAACAGTCGAAAGATGGGAATGAGCCACGGGAAT  1610
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497  CAACCTGTTAGCCTTGGTTACTCGTCATGGGCCTGCTGAAGAACAGTCGAAAGATGGGAATGAGCCACGGGAAT  1570

Query 1611  GTGCCCATTGCCTCTTAGTGCAAGGAAGTGAGAGGCAGCGGGCCGAGCAGCAGAGCAAGGCAGTGTTTGGCAGA  1684
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1571  GTGCCCATTGCCTCTTAGTGCAAGGAAGTGAGAGGCAGCGGGCCGAGCAGCAGAGCAAGGCAGTGTTTGGCAGA  1644

Query 1685  TCTGTCAGTACCGGGAAGTTATCAGATCAACAAGGAAAGACTCCTATATGTCGACATCAGGGCAGCACAGACAG  1758
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645  TCTGTCAGTACCGGGAAGTTATCAGATCAACAAGGAAAGACTCCTATATGTCGACATCAGGGCAGCACAGACAG  1718

Query 1759  TTTAAATACAGAACGACCAATGGATATAGCTCCGGCAGGAGCCTGTGGTGGTGTTCTGGCACCTCCTGCAGGTA  1832
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1719  TTTAAATACAGAACGACCAATGGATATAGCTCCGGCAGGAGCCTGTGGTGGTGTTCTGGCACCTCCTGCAGGTA  1792

Query 1833  CAGCAGCAAGTTCCAAGGCTGTCCTCTTCACTGTAGGGTCTCCTCCACACAGTGCAGCAGCCCCCACTTGTACC  1906
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1793  CAGCAGCAAGTTCCAAGGCTGTCCTCTTCACTGTAGGGTCTCCTCCACACAGTGCGGCAGCCCCCACTTGTACC  1866

Query 1907  CACATGTTCCTTCGAACAAGAACAACCTC---------------------------------------------  1935
            |||||||||||||||||||||||||||||                                             
Sbjct 1867  CACATGTTCCTTCGAACAAGAACAACCTCAGTGGGGCCCAGCAACTCCGGGGGCTCTCTTTGTGCCATGAGTGG  1940

Query 1936  --------------------------------------------------------------------------  1935
                                                                                      
Sbjct 1941  CCGCGTGTGCGTGGGGTCCCCGCCTGGCCCAGGCTTCGGCTCTTCCCCTCCAGGAGCAGAGGCAGCTCCCAGCC  2014

Query 1936  --------------------------------------------------------------------------  1935
                                                                                      
Sbjct 2015  TGAGATACGTGCCTTACGGTGCTTCACCCCCCAGCCTAGAGGGGCTCATCACCTTTGAAGCCCCTGAACTGCCG  2088

Query 1936  ----------------AGCGGGAACACACAGACACCTTACGCCATCTGAATGTGATGCTGATGTTCACTGAGTG  1993
                            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2089  GAGGAGACGCTGATGGAGCGGGAACACACAGACACCTTACGCCATCTGAATGTGATGCTGATGTTCACTGAGTG  2162

Query 1994  TGTGCTGGACCTGACAGCCATGAGGGGAGGAAACCCTGAGCTGTGCACATCTGCTGTGTCCTTGTACCAGATCC  2067
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163  TGTGCTGGACCTGACAGCCATGAGGGGAGGAAACCCTGAGCTGTGCACATCTGCTGTGTCCTTGTACCAGATCC  2236

Query 2068  AGGAGAGTGTGGTGGTGGACCAGATCAGTCAGCTGAGCAAAGACTGGGGGCGGGTGGAGCAGCTGGTGTTGTAC  2141
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2237  AGGAGAGTGTGGTGGTGGACCAGATCAGTCAGCTGAGCAAAGACTGGGGGCGGGTGGAGCAGCTGGTGTTGTAC  2310

Query 2142  ATGAAAGCAGCACAGCTGCTTGCGGCTTCTCTGCATCTTGCCAAAGCCCAGATCAAGTCCGGGAAACTGAGCCC  2215
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2311  ATGAAAGCAGCACAGCTGCTTGCGGCTTCTCTGCATCTTGCCAAAGCCCAGATCAAGTCCGGGAAACTGAGCCC  2384

Query 2216  ATCCACAGCTGTGAAACAAGTTGTCAAGAATCTGAACGAACGATATAAATTCTGCATCACCATGTGCAAGAAAC  2289
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2385  ATCCACAGCTGTGAAACAAGTTGTCAAGAATCTGAACGAACGATATAAATTCTGCATCACCATGTGCAAGAAAC  2458

Query 2290  TTACAGAAAAGCTGAATCGATTCTTCTCTGACAAACAGAGGTTTATTGATGAAGTCAACAGTGTGACTGCAGAG  2363
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2459  TTACAGAAAAGCTGAATCGATTCTTCTCTGACAAACAGAGGTTTATTGATGAAATCAACAGTGTGACTGCAGAG  2532

Query 2364  AAACTCATCTATAATTGTGCTGTAGAAATGGTTCAGTCTGCAGCCCTGGATGAGATGTTTCAGCAGACCGAAGA  2437
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2533  AAACTCATCTATAATTGTGCTGTAGAAATGGTTCAGTCTGCAGCCCTGGATGAGATGTTTCAGCAGACCGAAGA  2606

Query 2438  TATTGTTTATCGCTATCATAAGGCAGCCCTTCTTTTGGAAGGCCTAAGTAGGATTCTACAGGACCCTGCAGATA  2511
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2607  TATTGTTTATCGCTATCATAAGGCAGCCCTTCTTTTGGAAGGCCTAAGTAGGATTCTACAGGACCCTGCAGATA  2680

Query 2512  TTGAAAATGTGCATAAATATAAATGTAGTATTGAGAGAAGACTGTCGGCGCTCTGCCATAGCACCGCAACCGTG  2585
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2681  TTGAAAATGTGCATAAATATAAATGTAGTATTGAGAGAAGACTGTCGGCGCTCTGCCATAGCACCGCAACCGTG  2754

Query 2586  G  2586
             
Sbjct 2755  -  2754