Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000489356
• Subject: NM_001242559.2
• Aligned Length: 3917
• Identities: 3554
• Gaps: 362

Alignment

Query    1  ATGGCGAACGACTCCCCTGCAAAAAGTCTGGTGGACATCGACCTCTCCTCCCTGCGGGATCCTGCTGGGATTTT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGAACGACTCCCCTGCAAAAAGTCTGGTGGACATCGACCTCTCCTCCCTGCGGGATCCTGCTGGGATTTT  74

Query   75  TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGT  148

Query  149  TGGCAGCCATCAGAGTTATGGATGTCACTGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTAAAG  222
            ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGGCAGCCATCAAAGTTATGGATGTCACTGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTAAAG  222

Query  223  AAATACTCTCATCACAGAAACATTGCAACATATTATGGTGCTTTCATCAAAAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAATACTCTCATCACAGAAACATTGCAACATATTATGGTGCTTTCATCAAAAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA  296

Query  297  CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTCTGTGGGGCTGGGTCCATTACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTCTGTGGGGCTGGGTCCATTACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA  370

Query  371  CACTCAAAGAAGACTGGATCGCTTACATCTCCAGAGAAATCCTGAGGGGACTGGCACATCTTCACATTCATCAT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CACTCAAAGAAGACTGGATCGCTTACATCTCCAGAGAAATCCTGAGGGGACTGGCACATCTTCACATTCATCAT  444

Query  445  GTGATTCACCGGGATATCAAGGGCCAGAATGTGTTGCTGACTGAGAATGCAGAGGTGAAACTTGTTGACTTTGG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTGATTCACCGGGATATCAAGGGCCAGAATGTGTTGCTGACTGAGAATGCAGAGGTGAAACTTGTTGACTTTGG  518

Query  519  TGTGAGTGCTCAGCTGGACAGGACTGTGGGGCGGAGAAATACGTTCATAGGCACTCCCTACTGGATGGCTCCTG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGTGAGTGCTCAGCTGGACAGGACTGTGGGGCGGAGAAATACGTTCATAGGCACTCCCTACTGGATGGCTCCTG  592

Query  593  AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGATGCCACCTATGATTACAGAAGTGATCTTTGGTCTTGTGGCATTACA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGATGCCACCTATGATTACAGAAGTGATCTTTGGTCTTGTGGCATTACA  666

Query  667  GCCATTGAGATGGCAGAAGGTGCTCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCACTGTTTCTCATTCCCAG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCCATTGAGATGGCAGAAGGTGCTCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCACTGTTTCTCATTCCCAG  740

Query  741  AAACCCTCCTCCCCGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCGAAGAAGTTTTTTAGTTTTATAGAAGGGTGCCTGGTGA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AAACCCTCCTCCCCGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCGAAGAAGTTTTTTAGTTTTATAGAAGGGTGCCTGGTGA  814

Query  815  AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAGCTTTTGAAACATCCTTTTATAAGGGATCAGCCAAATGAAAGG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAGCTTTTGAAACATCCTTTTATAAGGGATCAGCCAAATGAAAGG  888

Query  889  CAAGTTAGAATCCAGCTTAAGGATCATATAGATCGTACCAGGAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAAACTGAGTA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CAAGTTAGAATCCAGCTTAAGGATCATATAGATCGTACCAGGAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAAACTGAGTA  962

Query  963  TGAGTACAGTGGGAGTGAGGAAGAAGAGGAGGAAGTGCCTGAACAGGAAGGAGAGCCAAGTTCCATTGTGAACG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGAGTACAGTGGGAGTGAGGAAGAAGAGGAGGAAGTGCCTGAACAGGAAGGAGAGCCAAGTTCCATTGTGAACG  1036

Query 1037  TGCCTGGTGAGTCTACTCTTCGCCGAGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAACGTTCCGAGGCTCTT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TGCCTGGTGAGTCTACTCTTCGCCGAGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAACGTTCCGAGGCTCTT  1110

Query 1111  CGGAGACAACAGTTACTACAGGAGCAACAGCTCCGGGAGCAGGAAGAATATAAAAGGCAACTGCTGGCAGAGAG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CGGAGACAACAGTTACTACAGGAGCAACAGCTCCGGGAGCAGGAAGAATATAAAAGGCAACTGCTGGCAGAGAG  1184

Query 1185  ACAGAAGCGGATTGAGCAGCAGAAAGAACAGAGGCGACGGCTAGAAGAGCAACAAAGGAGAGAGCGGGAAGCTA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ACAGAAGCGGATTGAGCAGCAGAAAGAACAGAGGCGACGGCTAGAAGAGCAACAAAGGAGAGAGCGGGAAGCTA  1258

Query 1259  GAAGGCAGCAGGAACGTGAACAGCGAAGGAGAGAACAAGAAGAAAAGAGGCGTCTAGAGGAGTTGGAGAGAAGG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GAAGGCAGCAGGAACGTGAACAGCGAAGGAGAGAACAAGAAGAAAAGAGGCGTCTAGAGGAGTTGGAGAGAAGG  1332

Query 1333  CGCAAAGAAGAAGAGGAGAGGAGACGGGCAGAAGAAGAAAAGAGGAGAGTTGAAAGAGAACAGGAGTATATCAG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CGCAAAGAAGAAGAGGAGAGGAGACGGGCAGAAGAAGAAAAGAGGAGAGTTGAAAGAGAACAGGAGTATATCAG  1406

Query 1407  GCGACAGCTAGAAGAGGAGCAGCGGCACTTGGAAGTCCTTCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCGACAGCTAGAAGAGGAGCAGCGGCACTTGGAAGTCCTTCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC  1480

Query 1481  TGGAGTGCCGATGGCGGGAGATGGAGGAGCACCGGCAGGCAGAGAGGCTCCAGAGGCAGTTGCAACAAGAACAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TGGAGTGCCGATGGCGGGAGATGGAGGAGCACCGGCAGGCAGAGAGGCTCCAGAGGCAGTTGCAACAAGAACAA  1554

Query 1555  GCATATCTCCTGTCTCTACAGCATGACCATAGGAGGCCGCACCCGCAGCACTCGCAGCAGCCGCCACCACCGCA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GCATATCTCCTGTCTCTACAGCATGACCATAGGAGGCCGCACCCGCAGCACTCGCAGCAGCCGCCACCACCGCA  1628

Query 1629  GCAGGAAAGGAGCAAGCCAAGCTTCCATGCTCCCGAGCCCAAAGCCCACTACGAGCCTGCTGACCGAGCGCGAG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GCAGGAAAGGAGCAAGCCAAGCTTCCATGCTCCCGAGCCCAAAGCCCACTACGAGCCTGCTGACCGAGCGCGAG  1702

Query 1703  --------------------------------------------------------------------------  1702
                                                                                      
Sbjct 1703  AGGTGGAAGATAGATTTAGGAAAACTAACCACAGCTCCCCTGAAGCCCAGTCTAAGCAGACAGGCAGAGTATTG  1776

Query 1703  --------------------------------------------------------------------------  1702
                                                                                      
Sbjct 1777  GAGCCACCAGTGCCTTCCCGATCAGAGTCTTTTTCCAATGGCAACTCCGAGTCTGTGCATCCCGCCCTGCAGAG  1850

Query 1703  --------------AGGTTCCTGTGAGAACAACATCTCGCTCCCCTGTTCTGTCCCGTCGAGATTCCCCACTGC  1762
                          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ACCAGCGGAGCCACAGGTTCCTGTGAGAACAACATCTCGCTCCCCTGTTCTGTCCCGTCGAGATTCCCCACTGC  1924

Query 1763  AGGGCAGTGGGCAGCAGAATAGCCAGGCAGGACAGAGAAACTCCACCAGCAGTATTGAGCCCAGGCTTCTGTGG  1836
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AGGGCAGTGGGCAGCAGAATAGCCAGGCAGGACAGAGAAACTCCAC---CAGTATTGAGCCCAGGCTTCTGTGG  1995

Query 1837  GAGAGAGTGGAGAAGCTGGTGCCCAGACCTGGCAGTGGCAGCTCCTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGCC  1910
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996  GAGAGAGTGGAGAAGCTGGTGCCCAGACCTGGCAGTGGCAGCTCCTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGCC  2069

Query 1911  CGGGTCTCACCCTGGGTCTCAGAGTGGCTCCGGGGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGCT  1984
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070  CGGGTCTCACCCTGGGTCTCAGAGTGGCTCCGGGGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGCT  2143

Query 1985  CTCCATCTCAGCGCCTGGAAAATGCAGTGAAAAAACCTGAAGATAAAAAGGAAGTTTTCAGACCCCTCAAGCCT  2058
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144  CTCCATCTCAGCGCCTGGAAAATGCAGTGAAAAAACCTGAAGATAAAAAGGAAGTTTTCAGACCCCTCAAGCCT  2217

Query 2059  GCTGATCTGACCGCACTGGCCAAAGAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTACGGCCACCTCACAAAGTAACGGACTA  2132
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218  GCTGATCTGACCGCACTGGCCAAAGAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTACGGCCACCTCACAAAGTAACGGACTA  2291

Query 2133  CTCCTCATCCAGTGAGGAGTCGGGGACGACGGATGAGGAGGACGACGATGTGGAGCAGGAAGGGGCTGACGAGT  2206
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292  CTCCTCATCCAGTGAGGAGTCGGGGACGACGGATGAGGAGGACGACGATGTGGAGCAGGAAGGGGCTGACGAGT  2365

Query 2207  CCACCTCAGGACCAGAGGACACCAGAGCAGCGTCATCTCTGAATTTGAGCAATGGTGAAACGGAATCTGTGAAA  2280
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366  CCACCTCAGGACCAGAGGACACCAGAGCAGCGTCATCTCTGAATTTGAGCAATGGTGAAACGGAATCTGTGAAA  2439

Query 2281  ACCATGATTGTCCATGATGATGTAGAAAGTGAGCCGGCCATGACCCCATCCAAGGAGGGCACTCTAATCGTCCG  2354
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2440  ACCATGATTGTCCATGATGATGTAGAAAGTGAGCCGGCCATGACCCCATCCAAGGAGGGCACTCTAATCGTCCG  2513

Query 2355  CCAGAGTACAGTTGACCAAAAGCGTGCCAGCCATCATGAGAGCAATGGCTTTGCCGGTCGCATTCACCTCTTGC  2428
            ||                                                                        
Sbjct 2514  CC------------------------------------------------------------------------  2515

Query 2429  CAGATCTCTTACAGCAAAGCCATTCCTCCTCCACTTCCTCCACCTCCTCCTCCCCATCCTCCAGCCAGCCGACA  2502
                                                                                      
Sbjct 2516  --------------------------------------------------------------------------  2515

Query 2503  CCCACCATGTCCCCACAGACACCCCAGGACAAGCTCACTGCTAATGAGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCCA  2576
                                                          ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516  ----------------------------------------------AGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCCA  2543

Query 2577  GAAACACAAATCTTCCTCCTCCTTTACACCTTTTATAGACCCCAGATTACTACAGATTTCTCCATCTAGCGGAA  2650
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2544  GAAACACAAATCTTCCTCCTCCTTTACACCTTTTATAGACCCCAGATTACTACAGATTTCTCCATCTAGCGGAA  2617

Query 2651  CAACAGTGACATCTGTGGTGGGATTTTCCTGTGATGGGATGAGACCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACCCGG  2724
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2618  CAACAGTGACATCTGTGGTGGGATTTTCCTGTGATGGGATGAGACCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACCCGG  2691

Query 2725  AAAGGCTCAGTGGTCAATGTGAATCCTACCAACACTAGGCCACAGAGTGACACCCCGGAGATTCGTAAATACAA  2798
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2692  AAAGGCTCAGTGGTCAATGTGAATCCTACCAACACTAGGCCACAGAGTGACACCCCGGAGATTCGTAAATACAA  2765

Query 2799  GAAGAGGTTTAACTCTGAGATTCTGTGTGCTGCCTTATGGGGAGTGAATTTGCTAGTGGGTACAGAGAGTGGCC  2872
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2766  GAAGAGGTTTAACTCTGAGATTCTGTGTGCTGCCTTATGGGGAGTGAATTTGCTAGTGGGTACAGAGAGTGGCC  2839

Query 2873  TGATGCTGCTGGACAGAAGTGGCCAAGGGAAGGTCTATCCTCTTATCAACCGAAGACGATTTCAACAAATGGAC  2946
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2840  TGATGCTGCTGGACAGAAGTGGCCAAGGGAAGGTCTATCCTCTTATCAACCGAAGACGATTTCAACAAATGGAC  2913

Query 2947  GTACTTGAGGGCTTGAATGTCTTGGTGACAATATCTGGCAAAAAGGATAAGTTACGTGTCTACTATTTGTCCTG  3020
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2914  GTACTTGAGGGCTTGAATGTCTTGGTGACAATATCTGGCAAAAAGGATAAGTTACGTGTCTACTATTTGTCCTG  2987

Query 3021  GTTAAGAAATAAAATACTTCACAATGATCCAGAAGTTGAGAAGAAGCAGGGATGGACAACCGTAGGGGATTTGG  3094
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2988  GTTAAGAAATAAAATACTTCACAATGATCCAGAAGTTGAGAAGAAGCAGGGATGGACAACCGTAGGGGATTTGG  3061

Query 3095  AAGGATGTGTACATTATAAAGTTGTAAAATATGAAAGAATCAAATTTCTGGTGATTGCTTTGAAGAGTTCTGTG  3168
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3062  AAGGATGTGTACATTATAAAGTTGTAAAATATGAAAGAATCAAATTTCTGGTGATTGCTTTGAAGAGTTCTGTG  3135

Query 3169  GAAGTCTATGCGTGGGCACCAAAGCCATATCACAAATTTATGGCCTTTAAGTCATTTGGAGAATTGGTACATAA  3242
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3136  GAAGTCTATGCGTGGGCACCAAAGCCATATCACAAATTTATGGCCTTTAAGTCATTTGGAGAATTGGTACATAA  3209

Query 3243  GCCATTACTGGTGGATCTCACTGTTGAGGAAGGCCAGAGGTTGAAAGTGATCTATGGATCCTGTGCTGGATTCC  3316
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3210  GCCATTACTGGTGGATCTCACTGTTGAGGAAGGCCAGAGGTTGAAAGTGATCTATGGATCCTGTGCTGGATTCC  3283

Query 3317  ATGCTGTTGATGTGGATTCAGGATCAGTCTATGACATTTATCTACCAACACATATCCAGTGTAGCATCAAACCC  3390
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3284  ATGCTGTTGATGTGGATTCAGGATCAGTCTATGACATTTATCTACCAACACATATCCAGTGTAGCATCAAACCC  3357

Query 3391  CATGCAATCATCATCCTCCCCAATACAGATGGAATGGAGCTTCTGGTGTGCTATGAAGATGAGGGGGTTTATGT  3464
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3358  CATGCAATCATCATCCTCCCCAATACAGATGGAATGGAGCTTCTGGTGTGCTATGAAGATGAGGGGGTTTATGT  3431

Query 3465  AAACACATATGGAAGGATCACCAAGGATGTAGTTCTACAGTGGGGAGAGATGCCTACATCAGTAGCATATATTC  3538
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3432  AAACACATATGGAAGGATCACCAAGGATGTAGTTCTACAGTGGGGAGAGATGCCTACATCAGTAGCATATATTC  3505

Query 3539  GATCCAATCAGACAATGGGCTGGGGAGAGAAGGCCATAGAGATCCGATCTGTGGAAACTGGTCACTTGGATGGT  3612
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3506  GATCCAATCAGACAATGGGCTGGGGAGAGAAGGCCATAGAGATCCGATCTGTGGAAACTGGTCACTTGGATGGT  3579

Query 3613  GTGTTCATGCACAAAAGGGCTCAAAGACTAAAATTCTTGTGTGAACGCAATGACAAGGTGTTCTTTGCCTCTGT  3686
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3580  GTGTTCATGCACAAAAGGGCTCAAAGACTAAAATTCTTGTGTGAACGCAATGACAAGGTGTTCTTTGCCTCTGT  3653

Query 3687  TCGGTCTGGTGGCAGCAGTCAGGTTTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGAGCTGGTAGAC  3755
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
Sbjct 3654  TCGGTCTGGTGGCAGCAGTCAGGTTTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGAGCTGG-----  3717