Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000489356
• Subject: NM_001252201.1
• Aligned Length: 3765
• Identities: 3309
• Gaps: 112

Alignment

Query    1  ATGGCGAACGACTCCCCTGCAAAAAGTCTGGTGGACATCGACCTCTCCTCCCTGCGGGATCCTGCTGGGATTTT  74
            ||||||||||||||.||.||.||.||.|||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGAACGACTCTCCCGCGAAGAGCCTGGTGGACATTGACCTGTCGTCCCTGCGGGACCCTGCTGGGATTTT  74

Query   75  TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGT  148
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct   75  TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGC  148

Query  149  TGGCAGCCATCAGAGTTATGGATGTCACTGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTAAAG  222
            ||||.|||||||..||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  149  TGGCCGCCATCAAGGTTATGGACGTCACCGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTGAAG  222

Query  223  AAATACTCTCATCACAGAAACATTGCAACATATTATGGTGCTTTCATCAAAAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA  296
            ||.||.||||||||..||||.|||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAGTATTCTCATCATCGAAATATTGCCACGTACTATGGTGCTTTCATTAAGAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA  296

Query  297  CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTCTGTGGGGCTGGGTCCATTACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA  370
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTTTGTGGGGCTGGGTCCATCACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA  370

Query  371  CACTCAAAGAAGACTGGATCGCTTACATCTCCAGAGAAATCCTGAGGGGACTGGCACATCTTCACATTCATCAT  444
            |.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||.||||||||||.||.|||||.||.
Sbjct  371  CTCTCAAAGAAGACTGGATTGCTTACATCTCCAGGGAAATCCTCAGGGGATTGGCACATCTCCATATTCACCAC  444

Query  445  GTGATTCACCGGGATATCAAGGGCCAGAATGTGTTGCTGACTGAGAATGCAGAGGTGAAACTTGTTGACTTTGG  518
            ||.||||||||.||||||||||||||.||||||.|||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct  445  GTTATTCACCGAGATATCAAGGGCCAAAATGTGCTGCTGACCGAGAATGCTGAGGTGAAACTTGTTGATTTTGG  518

Query  519  TGTGAGTGCTCAGCTGGACAGGACTGTGGGGCGGAGAAATACGTTCATAGGCACTCCCTACTGGATGGCTCCTG  592
            |||.||.|||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct  519  TGTAAGCGCTCAGCTGGACAGGACGGTTGGACGGAGAAATACGTTCATAGGCACACCCTACTGGATGGCTCCAG  592

Query  593  AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGATGCCACCTATGATTACAGAAGTGATCTTTGGTCTTGTGGCATTACA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||
Sbjct  593  AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGACGCCACTTACGACTACAGAAGTGACCTCTGGTCCTGTGGCATCACA  666

Query  667  GCCATTGAGATGGCAGAAGGTGCTCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCACTGTTTCTCATTCCCAG  740
            |||||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  667  GCCATCGAGATGGCTGAAGGGGCCCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCGCTGTTTCTCATCCCCAG  740

Query  741  AAACCCTCCTCCCCGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCGAAGAAGTTTTTTAGTTTTATAGAAGGGTGCCTGGTGA  814
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||.|||||||
Sbjct  741  AAACCCTCCTCCCAGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCAAAGAAATTTTTCAGCTTTATAGAAGGCTGTCTGGTGA  814

Query  815  AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAGCTTTTGAAACATCCTTTTATAAGGGATCAGCCAAATGAAAGG  888
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  815  AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAACTTTTAAAACACCCTTTCATAAGGGATCAGCCCAATGAAAGG  888

Query  889  CAAGTTAGAATCCAGCTTAAGGATCATATAGATCGTACCAGGAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAAACTGAGTA  962
            ||.|||.|||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct  889  CAGGTTCGAATCCAGCTTAAGGATCACATAGACCGGACCAGAAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAGACGGAGTA  962

Query  963  TGAGTACAGTGGGAGTGAGGAAGAAGAGGAGGAAGTGCCTGAACAGGAAGGAGAGCCAAGTTCCATTGTGAACG  1036
            .||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.|
Sbjct  963  CGAGTACAGCGGGAGCGAGGAGGAGGAGGAGGAAGTGCCTGAGCAGGAGGGAGAGCCAAGTTCCATCGTCAATG  1036

Query 1037  TGCCTGGTGAGTCTACTCTTCGCCGAGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAACGTTCCGAGGCTCTT  1110
            |||||||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||.
Sbjct 1037  TGCCTGGAGAGTCAACTCTGCGACGTGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAGCGGTCTGAGGCTCTG  1110

Query 1111  CGGAGACAACAGTTACTACAGGAGCAACAGCTCCGGGAGCAGGAAGAATATAAAAGGCAACTGCTGGCAGAGAG  1184
            ||||||||.|||.|.||.||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||.|||||
Sbjct 1111  CGGAGACAGCAGCTTCTGCAGGAGCAGCAGCTCCGGGAGCAGGAGGAGTATAAGAGGCAGCTGCTGGCTGAGAG  1184

Query 1185  ACAGAAGCGGATTGAGCAGCAGAAAGAACAGAGGCGACGGCTAGAAGAGCAACAAAGGAGAGAGCGGGAAGCTA  1258
            .||||||||||||||.||||||||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|
Sbjct 1185  GCAGAAGCGGATTGAACAGCAGAAAGAACAGAGGAGGCGGCTGGAAGAGCAACAAAGAAGAGAACGGGAAGCCA  1258

Query 1259  GAAGGCAGCAGGAACGTGAACAGCGAAGGAGAGAACAAGAAGAAAAGAGGCGTCTAGAGGAGTTGGAGAGAAGG  1332
            |.|||||||||||.|||||.|||||..||.|.||||||||.||.|||||||||||.|||||..||||.||..||
Sbjct 1259  GGAGGCAGCAGGAGCGTGAGCAGCGGCGGCGTGAACAAGAGGAGAAGAGGCGTCTCGAGGAACTGGAAAGGCGG  1332

Query 1333  CGCAAAGAAGAAGAGGAGAGGAGACGGGCAGAAGAAGAAAAGAGGAGAGTTGAAAGAGAACAGGAGTATATCAG  1406
            ||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1333  CGTAAAGAAGAGGAAGAGAGGAGACGGGCAGAAGAGGAGAAGAGGAGAGTGGAGAGGGAACAGGAGTACATCAG  1406

Query 1407  GCGACAGCTAGAAGAGGAGCAGCGGCACTTGGAAGTCCTTCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC  1480
            |||.||||||||.|||||||||||||||.||||..||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCGGCAGCTAGAGGAGGAGCAGCGGCACCTGGAGATCCTGCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC  1480

Query 1481  TGGAGTGCCGATGGCGGGAGATGGAGGAGCACCGGCAGGCAGAGAGGCTCCAGAGGCAGTTGCAACAAGAACAA  1554
            |                                                                         
Sbjct 1481  T-------------------------------------------------------------------------  1481

Query 1555  GCATATCTCCTGTCTCTACAGCATGACCATAGGAGGCCGCACCCGCAGCACTCGCAGCAGCCGCCACCACCGCA  1628
                                |||.|||||.||||||||||||.|.|||||   |||||.||||||.||.|.|||
Sbjct 1482  --------------------GCACGACCACAGGAGGCCGCACGCACAGCA---GCAGCCGCCGCCCCCGCAGCA  1532

Query 1629  GCAGGAAAGGAGCAAGCCAAGCTTCCATGCTCCCGAGCCCAAAGCC-CACTACGAGCCTGCTGACCGAGCGCGA  1701
            ||||||.||||||||.||.|||||.||||||||.|||||| ||||| |||||.||.|||||||||.||||.||.
Sbjct 1533  GCAGGACAGGAGCAAACCGAGCTTTCATGCTCCAGAGCCC-AAGCCTCACTATGACCCTGCTGACAGAGCTCGG  1605

Query 1702  GAGGTTCCTGTGAGAACAACATCTCGCTCCCCTGTTCTGTCCCGTCGAGATTCCCCACTGCAGGGCAGTGGGCA  1775
            ||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||.||||.||
Sbjct 1606  GAGGTTCCCGTGAGAACGACCTCTCGTTCCCCTGTCCTCTCCCGTCGGGATTCCCCACTGCAGGGCGGTGGACA  1679

Query 1776  GCAGAATAGCCAGGCAGGACAGAGAAACTCCACCAGCAGTATTGAGCCCAGGCTTCTGTGGGAGAGAGTGGAGA  1849
            ||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||.||||||||||||||.|
Sbjct 1680  GCAGAATAGCCAAGCAGGACAGAGAAATTCCACCAGCAGTATTGAGCCCCGGCTTCTTTGGGAGAGAGTGGAAA  1753

Query 1850  AGCTGGTGCCCAGACCTGGCAGTGGCAGCTCCTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGCCCGGGTCTCACCCT  1923
            |||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.|||
Sbjct 1754  AGCTGGTCCCCAGGCCAGGCAGTGGCAGCTCTTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGCCTGGCTCCCATCCT  1827

Query 1924  GGGTCTCAGAGTGGCTCCGGGGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGCTCTCCATCTCAGCG  1997
            |||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|..||
Sbjct 1828  GGGTCTCAGAGCGGCTCCGGTGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGTTCTCCATCGCCACG  1901

Query 1998  CCTGGAAAATGCAGTGAAAAAACCTGAAGATAAAAAGGAAGTTTTCAGACCCCTCAAGCCTGC---------TG  2062
            ||.|||||.|||||..|||||.|||||.|||||.||.|||||.|||.|.||.|||||||||||         .|
Sbjct 1902  CCAGGAAAGTGCAGCCAAAAAGCCTGACGATAAGAAAGAAGTATTCCGGCCTCTCAAGCCTGCGGGAGAAGTGG  1975

Query 2063  ATCTGACCGCACTGGCCAAAGAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTACGGCCACCTCACAAAGTAACGGACTACTCC  2136
            |..||||.||..|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.
Sbjct 1976  ACTTGACTGCGTTGGCCAAAGAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTTCGGCCACCTCACAAAGTAACAGACTACTCA  2049

Query 2137  TCATCCAGTGAGGAGTCGGGGACGACGGATGAGGAGGACGACGATGTGGAGCAGGAAGGGGCTGACGAGTCCAC  2210
            ||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||.||||||||.||.||.||
Sbjct 2050  TCCTCCAGTGAGGAGTCTGGGACCACAGATGAGGAGGAGGAGGACGTGGAACAGGAGGGGGCTGATGATTCTAC  2123

Query 2211  CTCAGGACCAGAGGACACCAGAGCAGCGTCATCTCTGAATTTGAGCAATGGTGAAACGGAATCTGTGAAAACCA  2284
            |||.||||||||.||||||||||||||||||||||.|||..|||||||.||||||||.||||||||||||||.|
Sbjct 2124  CTCGGGACCAGAAGACACCAGAGCAGCGTCATCTCCGAACCTGAGCAACGGTGAAACAGAATCTGTGAAAACAA  2197

Query 2285  TGATTGTCCATGATGATGTAGAAAGTGAGCCGGCCATGACCCCATCCAAGGAGGGCACTCTAATCGTCCGCCAG  2358
            ||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||
Sbjct 2198  TGATCGTTCATGATGATGTAGAAAGTGAGCCAGCCATGACCCCGTCCAAGGAGGGCACCCTCATCGTCCGCCAG  2271

Query 2359  AGTACAGTTGACCAAAAGCGTGCCAGCCATCATGAGAGCAATGGCTTTGCCGGTCGCATTCACCTCTTGCCAGA  2432
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272  AGTACAGTTGACCAAAAGCGTGCCAGCCATCATGAGAGCAATGGCTTTGCGGGTCGCATTCACCTCTTGCCAGA  2345

Query 2433  TCTCTTACAGCAAAGCCATTCCTCCTCCACTTCCTCCACCTCCTCCTCCCCATCCTCCAGCCAGCCGACACCCA  2506
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2346  TCTCTTACAGCAAAGCCATTCCTCCTCCACTTCCTCCACCTCTTCCTCCCCATCCTCCAGCCAGCCGACACCCA  2419

Query 2507  CCATGTCCCCACAGACACCCCAGGACAAGCTCACTGCTAATGAGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCCAGAAA  2580
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2420  CCATGTCCCCACAGACACCCCAGGACAAGCTCACTGCTAATGAGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCCAGAAA  2493

Query 2581  CACAAATCTTCCTCCTCCTTTACACCTTTTATAGACCCCAGATTACTACAGATTTCTCCATCTAGCGGAACAAC  2654
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.||.||
Sbjct 2494  CACAAATCTTCCTCCTCCTTTACACCTTTTATAGACCCCAGGTTACTACAGATCTCTCCATCTAGTGGGACGAC  2567

Query 2655  AGTGACATCTGTGGTGGGATTTTCCTGTGATGGGATGAGACCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACCCGGAAAG  2728
            ||||||.||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2568  AGTGACTTCCGTGGTGGGATTTTCCTGTGATGGGCTGAGACCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACTCGGAAAG  2641

Query 2729  GCTCAGTGGTCAATGTGAATCCTACCAACACTAGGCCACAGAGTGACACCCCGGAGATTCGTAAATACAAGAAG  2802
            |||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 2642  GCTCAGTGGTCAATGTGAACCCCACGAACACTAGGCCACAGAGTGATACCCCCGAGATTCGTAAATACAAGAAG  2715

Query 2803  AGGTTTAACTCTGAGATTCTGTGTGCTGCCTTATGGGGAGTGAATTTGCTAGTGGGTACAGAGAGTGGCCTGAT  2876
            ||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.|||||
Sbjct 2716  AGATTTAACTCAGAGATCCTGTGTGCTGCCTTATGGGGAGTGAACTTGCTGGTTGGTACAGAGAGCGGTCTGAT  2789

Query 2877  GCTGCTGGACAGAAGTGGCCAAGGGAAGGTCTATCCTCTTATCAACCGAAGACGATTTCAACAAATGGACGTAC  2950
            |||..||||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||||.|||||||||.||.||.||||||||.||.|
Sbjct 2790  GCTCTTGGACAGAAGTGGCCAAGGGAAAGTATACCCTCTGATCAGCCGAAGACGGTTCCAGCAAATGGATGTGC  2863

Query 2951  TTGAGGGCTTGAATGTCTTGGTGACAATATCTGGCAAAAAGGATAAGTTACGTGTCTACTATTTGTCCTGGTTA  3024
            |.||.|||.|.||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.||
Sbjct 2864  TCGAAGGCCTAAATGTCCTGGTGACAATATCTGGCAAAAAGGATAAGTTACGTGTCTACTATTTATCCTGGCTA  2937

Query 3025  AGAAATAAAATACTTCACAATGATCCAGAAGTTGAGAAGAAGCAGGGATGGACAACCGTAGGGGATTTGGAAGG  3098
            ||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.||.||.||.||||||||
Sbjct 2938  AGAAATAAGATTCTTCATAATGATCCAGAGGTTGAGAAGAAGCAGGGGTGGACCACTGTGGGCGACTTGGAAGG  3011

Query 3099  ATGTGTACATTATAAAGTTGTAAAATATGAAAGAATCAAATTTCTGGTGATTGCTTTGAAGAGTTCTGTGGAAG  3172
            .||.||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3012  GTGCGTGCACTATAAAGTCGTAAAATATGAAAGAATCAAGTTTCTGGTAATTGCTTTGAAGAGTTCTGTGGAAG  3085

Query 3173  TCTATGCGTGGGCACCAAAGCCATATCACAAATTTATGGCCTTTAAGTCATTTGGAGAATTGGTACATAAGCCA  3246
            |||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||
Sbjct 3086  TCTATGCATGGGCACCGAAGCCATATCACAAATTTATGGCCTTTAAGTCATTTGGAGAACTGCTACATAAGCCA  3159

Query 3247  TTACTGGTGGATCTCACTGTTGAGGAAGGCCAGAGGTTGAAAGTGATCTATGGATCCTGTGCTGGATTCCATGC  3320
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 3160  TTACTGGTGGATCTCACTGTGGAGGAAGGCCAGAGGTTGAAAGTGATCTATGGATCCTGTGCGGGATTCCATGC  3233

Query 3321  TGTTGATGTGGATTCAGGATCAGTCTATGACATTTATCTACCAACACATATCCAGTGTAGCATCAAACCCCATG  3394
            ||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 3234  TGTTGATGTGGATTCAGGCTCAGTCTATGACATTTATCTACCAACACATATTCAGTGTAGCATCAAACCCCATG  3307

Query 3395  CAATCATCATCCTCCCCAATACAGATGGAATGGAGCTTCTGGTGTGCTATGAAGATGAGGGGGTTTATGTAAAC  3468
            |||||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||
Sbjct 3308  CAATCATTATCCTCCCCAACACGGATGGGATGGAGCTGCTGGTGTGCTACGAAGACGAGGGGGTTTACGTTAAC  3381

Query 3469  ACATATGGAAGGATCACCAAGGATGTAGTTCTACAGTGGGGAGAGATGCCTACATCAGTAGCATATATTCGATC  3542
            ||.||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||
Sbjct 3382  ACGTACGGAAGGATCACCAAGGACGTGGTTCTGCAGTGGGGAGAGATGCCGACATCTGTAGCATATATCCGGTC  3455

Query 3543  CAATCAGACAATGGGCTGGGGAGAGAAGGCCATAGAGATCCGATCTGTGGAAACTGGTCACTTGGATGGTGTGT  3616
            .|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 3456  GAATCAGACAATGGGCTGGGGAGAGAAGGCAATAGAGATACGATCTGTGGAAACTGGTCACTTGGATGGTGTAT  3529

Query 3617  TCATGCACAAAAGGGCTCAAAGACTAAAATTCTTGTGTGAACGCAATGACAAGGTGTTCTTTGCCTCTGTTCGG  3690
            |.|||||||||||||||||.||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.
Sbjct 3530  TTATGCACAAAAGGGCTCAGAGACTAAAGTTCCTGTGTGAACGCAATGACAAGGTGTTCTTTGCCTCCGTCCGC  3603

Query 3691  TCTGGTGGCAGCAGTCAGGTTTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGAGCTGGTAGAC  3755
            ||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
Sbjct 3604  TCTGGTGGCAGCAGCCAGGTCTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGAGCTGG-----  3663