Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000489356
• Subject: NM_001252202.1
• Aligned Length: 3918
• Identities: 3119
• Gaps: 457

Alignment

Query    1  ATGGCGAACGACTCCCCTGCAAAAAGTCTGGTGGACATCGACCTCTCCTCCCTGCGGGATCCTGCTGGGATTTT  74
            ||||||||||||||.||.||.||.||.|||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGAACGACTCTCCCGCGAAGAGCCTGGTGGACATTGACCTGTCGTCCCTGCGGGACCCTGCTGGGATTTT  74

Query   75  TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGT  148
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct   75  TGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTATGGACAAGTCTATAAGGGTCGACATGTTAAAACGGGTCAGC  148

Query  149  TGGCAGCCATCAGAGTTATGGATGTCACTGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTAAAG  222
            ||||.|||||||..||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  149  TGGCCGCCATCAAGGTTATGGACGTCACCGAGGATGAAGAGGAAGAAATCAAACTGGAGATAAATATGCTGAAG  222

Query  223  AAATACTCTCATCACAGAAACATTGCAACATATTATGGTGCTTTCATCAAAAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA  296
            ||.||.||||||||..||||.|||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAGTATTCTCATCATCGAAATATTGCCACGTACTATGGTGCTTTCATTAAGAAGAGCCCTCCAGGACATGATGA  296

Query  297  CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTCTGTGGGGCTGGGTCCATTACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA  370
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCAACTCTGGCTTGTTATGGAGTTTTGTGGGGCTGGGTCCATCACAGACCTTGTGAAGAACACCAAAGGGAACA  370

Query  371  CACTCAAAGAAGACTGGATCGCTTACATCTCCAGAGAAATCCTGAGGGGACTGGCACATCTTCACATTCATCAT  444
            |.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||.||||||||||.||.|||||.||.
Sbjct  371  CTCTCAAAGAAGACTGGATTGCTTACATCTCCAGGGAAATCCTCAGGGGATTGGCACATCTCCATATTCACCAC  444

Query  445  GTGATTCACCGGGATATCAAGGGCCAGAATGTGTTGCTGACTGAGAATGCAGAGGTGAAACTTGTTGACTTTGG  518
            ||.||||||||.||||||||||||||.||||||.|||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct  445  GTTATTCACCGAGATATCAAGGGCCAAAATGTGCTGCTGACCGAGAATGCTGAGGTGAAACTTGTTGATTTTGG  518

Query  519  TGTGAGTGCTCAGCTGGACAGGACTGTGGGGCGGAGAAATACGTTCATAGGCACTCCCTACTGGATGGCTCCTG  592
            |||.||.|||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct  519  TGTAAGCGCTCAGCTGGACAGGACGGTTGGACGGAGAAATACGTTCATAGGCACACCCTACTGGATGGCTCCAG  592

Query  593  AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGATGCCACCTATGATTACAGAAGTGATCTTTGGTCTTGTGGCATTACA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||
Sbjct  593  AGGTCATCGCCTGTGATGAGAACCCAGACGCCACTTACGACTACAGAAGTGACCTCTGGTCCTGTGGCATCACA  666

Query  667  GCCATTGAGATGGCAGAAGGTGCTCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCACTGTTTCTCATTCCCAG  740
            |||||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  667  GCCATCGAGATGGCTGAAGGGGCCCCCCCTCTCTGTGACATGCATCCAATGAGAGCGCTGTTTCTCATCCCCAG  740

Query  741  AAACCCTCCTCCCCGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCGAAGAAGTTTTTTAGTTTTATAGAAGGGTGCCTGGTGA  814
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||.|||||||
Sbjct  741  AAACCCTCCTCCCAGGCTGAAGTCAAAAAAATGGTCAAAGAAATTTTTCAGCTTTATAGAAGGCTGTCTGGTGA  814

Query  815  AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAGCTTTTGAAACATCCTTTTATAAGGGATCAGCCAAATGAAAGG  888
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  815  AGAATTACATGCAGCGGCCCTCTACAGAGCAACTTTTAAAACACCCTTTCATAAGGGATCAGCCCAATGAAAGG  888

Query  889  CAAGTTAGAATCCAGCTTAAGGATCATATAGATCGTACCAGGAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAAACTGAGTA  962
            ||.|||.|||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct  889  CAGGTTCGAATCCAGCTTAAGGATCACATAGACCGGACCAGAAAGAAGAGAGGCGAGAAAGATGAGACGGAGTA  962

Query  963  TGAGTACAGTGGGAGTGAGGAAGAAGAGGAGGAAGTGCCTGAACAGGAAGGAGAGCCAAGTTCCATTGTGAACG  1036
            .||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.|
Sbjct  963  CGAGTACAGCGGGAGCGAGGAGGAGGAGGAGGAAGTGCCTGAGCAGGAGGGAGAGCCAAGTTCCATCGTCAATG  1036

Query 1037  TGCCTGGTGAGTCTACTCTTCGCCGAGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAACGTTCCGAGGCTCTT  1110
            |||||||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||.
Sbjct 1037  TGCCTGGAGAGTCAACTCTGCGACGTGATTTCCTGAGACTGCAGCAGGAGAACAAGGAGCGGTCTGAGGCTCTG  1110

Query 1111  CGGAGACAACAGTTACTACAGGAGCAACAGCTCCGGGAGCAGGAAGAATATAAAAGGCAACTGCTGGCAGAGAG  1184
            ||||||||.|||.|.||.||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||.|||||
Sbjct 1111  CGGAGACAGCAGCTTCTGCAGGAGCAGCAGCTCCGGGAGCAGGAGGAGTATAAGAGGCAGCTGCTGGCTGAGAG  1184

Query 1185  ACAGAAGCGGATTGAGCAGCAGAAAGAACAGAGGCGACGGCTAGAAGAGCAACAAAGGAGAGAGCGGGAAGCTA  1258
            .||||||||||||||.||||||||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|
Sbjct 1185  GCAGAAGCGGATTGAACAGCAGAAAGAACAGAGGAGGCGGCTGGAAGAGCAACAAAGAAGAGAACGGGAAGCCA  1258

Query 1259  GAAGGCAGCAGGAACGTGAACAGCGAAGGAGAGAACAAGAAGAAAAGAGGCGTCTAGAGGAGTTGGAGAGAAGG  1332
            |.|||||||||||.|||||.|||||..||.|.||||||||.||.|||||||||||.|||||..||||.||..||
Sbjct 1259  GGAGGCAGCAGGAGCGTGAGCAGCGGCGGCGTGAACAAGAGGAGAAGAGGCGTCTCGAGGAACTGGAAAGGCGG  1332

Query 1333  CGCAAAGAAGAAGAGGAGAGGAGACGGGCAGAAGAAGAAAAGAGGAGAGTTGAAAGAGAACAGGAGTATATCAG  1406
            ||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1333  CGTAAAGAAGAGGAAGAGAGGAGACGGGCAGAAGAGGAGAAGAGGAGAGTGGAGAGGGAACAGGAGTACATCAG  1406

Query 1407  GCGACAGCTAGAAGAGGAGCAGCGGCACTTGGAAGTCCTTCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC  1480
            |||.||||||||.|||||||||||||||.||||..||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCGGCAGCTAGAGGAGGAGCAGCGGCACCTGGAGATCCTGCAGCAGCAGCTGCTCCAGGAGCAGGCCATGTTAC  1480

Query 1481  TGGAGTGCCGATGGCGGGAGATGGAGGAGCACCGGCAGGCAGAGAGGCTCCAGAGGCAGTTGCAACAAGAACAA  1554
            |                                                                         
Sbjct 1481  T-------------------------------------------------------------------------  1481

Query 1555  GCATATCTCCTGTCTCTACAGCATGACCATAGGAGGCCGCACCCGCAGCACTCGCAGCAGCCGCCACCACCGCA  1628
                                |||.|||||.||||||||||||.|.|||||   |||||.||||||.||.|.|||
Sbjct 1482  --------------------GCACGACCACAGGAGGCCGCACGCACAGCA---GCAGCCGCCGCCCCCGCAGCA  1532

Query 1629  GCAGGAAAGGAGCAAGCCAAGCTTCCATGCTCCCGAGCCCAAAGCC-CACTACGAGCCTGCTGACCGAGC----  1697
            ||||||.||||||||.||.|||||.||||||||.|||||| ||||| |||||.||.|||||||||.||||    
Sbjct 1533  GCAGGACAGGAGCAAACCGAGCTTTCATGCTCCAGAGCCC-AAGCCTCACTATGACCCTGCTGACAGAGCTCGG  1605

Query 1698  --------------------------------------------------------------------------  1697
                                                                                      
Sbjct 1606  GAGGTGGAAGATAGATTTAGAAAGACTAACCACAGCTCCCCTGAGGCCCAGGCTAAGCAAACGGGCAGAGGACT  1679

Query 1698  --------------------------------------------------------------------------  1697
                                                                                      
Sbjct 1680  GGAGCCACCCGTGCCTTCCCGGTCAGAGTCTTTTTCCAATGGCAACTCCGAGTCTGTGCACCCTGCCCTGCAGA  1753

Query 1698  ----------GCGAGAGGTTCCTGTGAGAACAACATCTCGCTCCCCTGTTCTGTCCCGTCGAGATTCCCCACTG  1761
                      ||.|.|||||||.||||||||.||.|||||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 1754  GACCAGCGGAGCCACAGGTTCCCGTGAGAACGACCTCTCGTTCCCCTGTCCTCTCCCGTCGGGATTCCCCACTG  1827

Query 1762  CAGGGCAGTGGGCAGCAGAATAGCCAGGCAGGACAGAGAAACTCCACCAGCAGTATTGAGCCCAGGCTTCTGTG  1835
            ||||||.||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||.||
Sbjct 1828  CAGGGCGGTGGACAGCAGAATAGCCAAGCAGGACAGAGAAATTCCACCAGCAGTATTGAGCCCCGGCTTCTTTG  1901

Query 1836  GGAGAGAGTGGAGAAGCTGGTGCCCAGACCTGGCAGTGGCAGCTCCTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGC  1909
            ||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1902  GGAGAGAGTGGAAAAGCTGGTCCCCAGGCCAGGCAGTGGCAGCTCTTCAGGGTCCAGCAACTCAGGATCCCAGC  1975

Query 1910  CCGGGTCTCACCCTGGGTCTCAGAGTGGCTCCGGGGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGC  1983
            |.||.||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1976  CTGGCTCCCATCCTGGGTCTCAGAGCGGCTCCGGTGAACGCTTCAGAGTGAGATCATCATCCAAGTCTGAAGGT  2049

Query 1984  TCTCCATCTCAGCGCCTGGAAAATGCAGTGAAAAAACCTGAAGATAAAAAGGAAGTTTTCAGACCCCTCAAGCC  2057
            ||||||||.|..||||.|||||.|||||..|||||.|||||.|||||.||.|||||.|||.|.||.||||||||
Sbjct 2050  TCTCCATCGCCACGCCAGGAAAGTGCAGCCAAAAAGCCTGACGATAAGAAAGAAGTATTCCGGCCTCTCAAGCC  2123

Query 2058  TGCTGATCTGACCGCACTGGCCAAAGAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTACGGCCACCTCACAAAGTAACGGACT  2131
            |||.||..||||.||..|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 2124  TGCGGACTTGACTGCGTTGGCCAAAGAGCTTCGAGCAGTGGAAGATGTTCGGCCACCTCACAAAGTAACAGACT  2197

Query 2132  ACTCCTCATCCAGTGAGGAGTCGGGGACGACGGATGAGGAGGACGACGATGTGGAGCAGGAAGGGGCTGACGAG  2205
            ||||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||.||||||||.||.
Sbjct 2198  ACTCATCCTCCAGTGAGGAGTCTGGGACCACAGATGAGGAGGAGGAGGACGTGGAACAGGAGGGGGCTGATGAT  2271

Query 2206  TCCACCTCAGGACCAGAGGACACCAGAGCAGCGTCATCTCTGAATTTGAGCAATGGTGAAACGGAATCTGTGAA  2279
            ||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||.|||..|||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 2272  TCTACCTCGGGACCAGAAGACACCAGAGCAGCGTCATCTCCGAACCTGAGCAACGGTGAAACAGAATCTGTGAA  2345

Query 2280  AACCATGATTGTCCATGATGATGTAGAAAGTGAGCCGGCCATGACCCCATCCAAGGAGGGCACTCTAATCGTCC  2353
            |||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 2346  AACAATGATCGTTCATGATGATGTAGAAAGTGAGCCAGCCATGACCCCGTCCAAGGAGGGCACCCTCATCGTCC  2419

Query 2354  GCCAGAGTACAGTTGACCAAAAGCGTGCCAGCCATCATGAGAGCAATGGCTTTGCCGGTCGCATTCACCTCTTG  2427
            |||                                                                       
Sbjct 2420  GCC-----------------------------------------------------------------------  2422

Query 2428  CCAGATCTCTTACAGCAAAGCCATTCCTCCTCCACTTCCTCCACCTCCTCCTCCCCATCCTCCAGCCAGCCGAC  2501
                                                                                      
Sbjct 2423  --------------------------------------------------------------------------  2422

Query 2502  ACCCACCATGTCCCCACAGACACCCCAGGACAAGCTCACTGCTAATGAGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCC  2575
                                                           |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2423  -----------------------------------------------AGACTCAGTCCGCTAGTAGCACACTCC  2449

Query 2576  AGAAACACAAATCTTCCTCCTCCTTTACACCTTTTATAGACCCCAGATTACTACAGATTTCTCCATCTAGCGGA  2649
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.
Sbjct 2450  AGAAACACAAATCTTCCTCCTCCTTTACACCTTTTATAGACCCCAGGTTACTACAGATCTCTCCATCTAGTGGG  2523

Query 2650  ACAACAGTGACATCTGTGGTGGGATTTTCCTGTGATGGGATGAGACCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACCCG  2723
            ||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2524  ACGACAGTGACTTCCGTGGTGGGATTTTCCTGTGATGGGCTGAGACCAGAAGCCATAAGGCAAGATCCTACTCG  2597

Query 2724  GAAAGGCTCAGTGGTCAATGTGAATCCTACCAACACTAGGCCACAGAGTGACACCCCGGAGATTCGTAAATACA  2797
            ||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct 2598  GAAAGGCTCAGTGGTCAATGTGAACCCCACGAACACTAGGCCACAGAGTGATACCCCCGAGATTCGTAAATACA  2671

Query 2798  AGAAGAGGTTTAACTCTGAGATTCTGTGTGCTGCCTTATGGGGAGTGAATTTGCTAGTGGGTACAGAGAGTGGC  2871
            |||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.
Sbjct 2672  AGAAGAGATTTAACTCAGAGATCCTGTGTGCTGCCTTATGGGGAGTGAACTTGCTGGTTGGTACAGAGAGCGGT  2745

Query 2872  CTGATGCTGCTGGACAGAAGTGGCCAAGGGAAGGTCTATCCTCTTATCAACCGAAGACGATTTCAACAAATGGA  2945
            ||||||||..||||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||||.|||||||||.||.||.||||||||
Sbjct 2746  CTGATGCTCTTGGACAGAAGTGGCCAAGGGAAAGTATACCCTCTGATCAGCCGAAGACGGTTCCAGCAAATGGA  2819

Query 2946  CGTACTTGAGGGCTTGAATGTCTTGGTGACAATATCTGGCAAAAAGGATAAGTTACGTGTCTACTATTTGTCCT  3019
            .||.||.||.|||.|.||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 2820  TGTGCTCGAAGGCCTAAATGTCCTGGTGACAATATCTGGCAAAAAGGATAAGTTACGTGTCTACTATTTATCCT  2893

Query 3020  GGTTAAGAAATAAAATACTTCACAATGATCCAGAAGTTGAGAAGAAGCAGGGATGGACAACCGTAGGGGATTTG  3093
            ||.||||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.||.||.||.|||
Sbjct 2894  GGCTAAGAAATAAGATTCTTCATAATGATCCAGAGGTTGAGAAGAAGCAGGGGTGGACCACTGTGGGCGACTTG  2967

Query 3094  GAAGGATGTGTACATTATAAAGTTGTAAAATATGAAAGAATCAAATTTCTGGTGATTGCTTTGAAGAGTTCTGT  3167
            |||||.||.||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2968  GAAGGGTGCGTGCACTATAAAGTCGTAAAATATGAAAGAATCAAGTTTCTGGTAATTGCTTTGAAGAGTTCTGT  3041

Query 3168  GGAAGTCTATGCGTGGGCACCAAAGCCATATCACAAATTTATGGCCTTTAAGTCATTTGGAGAATTGGTACATA  3241
            ||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||
Sbjct 3042  GGAAGTCTATGCATGGGCACCGAAGCCATATCACAAATTTATGGCCTTTAAGTCATTTGGAGAACTGCTACATA  3115

Query 3242  AGCCATTACTGGTGGATCTCACTGTTGAGGAAGGCCAGAGGTTGAAAGTGATCTATGGATCCTGTGCTGGATTC  3315
            |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 3116  AGCCATTACTGGTGGATCTCACTGTGGAGGAAGGCCAGAGGTTGAAAGTGATCTATGGATCCTGTGCGGGATTC  3189

Query 3316  CATGCTGTTGATGTGGATTCAGGATCAGTCTATGACATTTATCTACCAACACATATCCAGTGTAGCATCAAACC  3389
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 3190  CATGCTGTTGATGTGGATTCAGGCTCAGTCTATGACATTTATCTACCAACACATATTCAGTGTAGCATCAAACC  3263

Query 3390  CCATGCAATCATCATCCTCCCCAATACAGATGGAATGGAGCTTCTGGTGTGCTATGAAGATGAGGGGGTTTATG  3463
            ||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|
Sbjct 3264  CCATGCAATCATTATCCTCCCCAACACGGATGGGATGGAGCTGCTGGTGTGCTACGAAGACGAGGGGGTTTACG  3337

Query 3464  TAAACACATATGGAAGGATCACCAAGGATGTAGTTCTACAGTGGGGAGAGATGCCTACATCAGTAGCATATATT  3537
            |.|||||.||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.
Sbjct 3338  TTAACACGTACGGAAGGATCACCAAGGACGTGGTTCTGCAGTGGGGAGAGATGCCGACATCTGTAGCATATATC  3411

Query 3538  CGATCCAATCAGACAATGGGCTGGGGAGAGAAGGCCATAGAGATCCGATCTGTGGAAACTGGTCACTTGGATGG  3611
            ||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3412  CGGTCGAATCAGACAATGGGCTGGGGAGAGAAGGCAATAGAGATACGATCTGTGGAAACTGGTCACTTGGATGG  3485

Query 3612  TGTGTTCATGCACAAAAGGGCTCAAAGACTAAAATTCTTGTGTGAACGCAATGACAAGGTGTTCTTTGCCTCTG  3685
            |||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 3486  TGTATTTATGCACAAAAGGGCTCAGAGACTAAAGTTCCTGTGTGAACGCAATGACAAGGTGTTCTTTGCCTCCG  3559

Query 3686  TTCGGTCTGGTGGCAGCAGTCAGGTTTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGAGCTGGTAGAC  3755
            |.||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
Sbjct 3560  TCCGCTCTGGTGGCAGCAGCCAGGTCTATTTCATGACCTTAGGCAGGACTTCTCTTCTGAGCTGG-----  3624