Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000489423
• Subject: XM_011248748.2
• Aligned Length: 3557
• Identities: 3039
• Gaps: 232

Alignment

Query    1  ----------------------------------------------------ATGA-ACTCTCCCAACGAGT--  19
                                                                |||| ||        |||||  
Sbjct    1  ATGCTGCTGGTGCCCAAGGCACAGGGGCTTGTGGAGATGCTGCAGACCATCTATGAGAC--------CGAGTCC  66

Query   20  ----------CGGATGGGATGTCAGGTCGGGAACCATCCTTGGAAATCCTGCCGCGGACTTCTCTGCACAGCAT  83
                      |.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||||||||
Sbjct   67  TGTTTCTCAGCAGATGGCATGTCAGGCCGGGAACCATCCTTGGAAATCCTGCCACGGACTCCTCTGCACAGCAT  140

Query   84  CCCTGTGACAGTGGAGGTGAAGCCGGTGCTGCCAAGAGCCATGCCCAGTTCCATGGGGGGTGGGGGTGGAGGCA  157
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|
Sbjct  141  CCCTGTGGCAGTGGAGGTGAAGCCGGTGCTGCCAGGAGCCATGCCCAGCTCCATGGGGGGTGGAGGTGGAGGTA  214

Query  158  GCCCCAGCCCTGTGGAGCTACGGGGGGCTCTGGTGGGCTCTGTGGACCCCACACTGCGGGAGCAGCAACTGCAG  231
            ||||||||||.||||||||.|||||||||||||.||||.|..|||||||..|.||.||||||||||||||||||
Sbjct  215  GCCCCAGCCCCGTGGAGCTTCGGGGGGCTCTGGCGGGCCCCATGGACCCTGCGCTACGGGAGCAGCAACTGCAG  288

Query  232  CAGGAGCTCCTGGCGCTCAAGCAGCAGCAGCAGCTGCAGAAGCAGCTCCTGTTCGCTGAGTTCCAGAAACAGCA  305
            |||||||||||||..||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  289  CAGGAGCTCCTGGTCCTCAAGCAGCAGCAGCAGCTCCAGAAGCAGCTCCTGTTCGCCGAGTTCCAGAAGCAGCA  362

Query  306  TGACCACCTGACAAGGCAGCATGAGGTCCAGCTGCAGAAGCACCTCAAGCAGCAGCAGGAGATGCTGGCAGCCA  379
            .||||||.||||..|||||||.|||||||||||||||||||||||||                           
Sbjct  363  CGACCACTTGACGCGGCAGCACGAGGTCCAGCTGCAGAAGCACCTCA---------------------------  409

Query  380  AGCAGCAGCAGGAGATGCTGGCAGCCAAGCGGCAGCAGGAGCTGGAGCAGCAGCGGCAGCGGGAGCAGCAGCGG  453
               |||||||||||||||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  410  ---AGCAGCAGGAGATGCTGGCGGCTAAGAGGCAGCAGGAGCTGGAGCAGCAGCGGCAGCGGGAGCAGCAGCGG  480

Query  454  CAGGAAGAGCTGGAGAAGCAGCGGCTGGAGCAGCAGCTGCTCATCCTGCGGAACAAGGAGAAGAGCAAAGAGAG  527
            |||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  481  CAGGAGGAGCTGGAGAAACAGCGGCTGGAGCAGCAGCTGCTCATCCTGCGCAACAAGGAGAAGAGCAAAGAGAG  554

Query  528  TGCCATTGCCAGCACTGAGGTAAAGCTGAGGCTCCAGGAATTCCTCTTGTCGAAGTCAAAGGAGCCCACACCAG  601
            ||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct  555  TGCCATCGCCAGCACCGAGGTAAAGCTGAGGCTCCAGGAATTCCTGTTGTCCAAGTCAAAGGAGCCCACGCCAG  628

Query  602  GCGGCCTCAACCATTCCCTCCCACAGCACCCCAAATGCTGGGGAGCCCACCATGCTTCTTTGGACCAGAGTTCC  675
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  629  GCGGCCTCAACCATTCCCTCCCACAGCACCCCAAATGCTGGGGAGCCCACCACGCTTCTTTGGACCAGAGTTCC  702

Query  676  CCTCCCCAGAGCGGCCCCCCTGGGACGCCTCCCTCCTACAAACTGCCTTTGCCTGGGCCCTACGACAGTCGAGA  749
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||.|||||.||.||
Sbjct  703  CCTCCCCAGAGCGGCCCTCCTGGGACGCCTCCCTCCTACAAATTGCCTTTGCTTGGGCCCTATGACAGCCGTGA  776

Query  750  CGACTTCCCCCTCCGCAAAACAGCCTCTGAACCCAACTTGAAAGTGCGTTCAAGGCTAAAACAGAAGGTGGCTG  823
            .|||||.||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||.|
Sbjct  777  TGACTTTCCCCTCCGTAAAACGGCCTCGGAACCCAACTTAAAAGTACGTTCGAGGCTAAAACAGAAGGTAGCCG  850

Query  824  AGCGGAGAAGCAGTCCCCTCCTGCGTCGCAAGGATGGGACTGTTATTAGCACCTTTAAGAAGAGAGCTGTTGAG  897
            ||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||||
Sbjct  851  AGAGGAGAAGCAGTCCCCTCCTGCGTCGAAAGGATGGCACTGTTATTAGTACTTTTAAGAAGAGAGCAGTTGAG  924

Query  898  ATCACAGGTGCCGGGCCTGGGGCGTCGTCCGTGTGTAACAGCGCACCCGGCTCCGGCCCCAGCTCTCCCAACAG  971
            |||||.||..|.||||||||||.||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  925  ATCACCGGCACGGGGCCTGGGGTGTCGTCCGTGTGTAACAGTGCGCCCGGCTCTGGCCCCAGCTCTCCCAACAG  998

Query  972  CTCCCACAGCACCATCGCTGAGAATGGCTTTACTGGCTCAGTCCCCAACATCCCCACTGAGATGCTCCCTCAGC  1045
            .|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.||||
Sbjct  999  TTCCCACAGCACCATCGCTGAGAACGGCTTTACTGGCTCAGTCCCCAACATCCCCACTGAGATGATCCCCCAGC  1072

Query 1046  ACCGAGCCCTCCCTCTGGACAGCTCCCCCAACCAGTTCAGCCTCTACACGTCTCCTTCTCTGCCCAACATCTCC  1119
            ||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073  ACCGGGCCCTCCCTCTGGACAGTTCCCCAAACCAGTTCAGCCTCTATACGTCTCCTTCTCTGCCCAACATCTCC  1146

Query 1120  CTAGGGCTGCAGGCCACGGTCACTGTCACCAACTCACACCTCACTGCCTCCCCGAAGCTGTCGACACAGCAGGA  1193
            |||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1147  CTAGGGCTGCAGGCCACTGTCACTGTCACCAACTCGCACCTCACCGCCTCCCCGAAGCTGTCAACACAGCAGGA  1220

Query 1194  GGCCGAGAGGCAGGCCCTCCAGTCCCTGCGGCAGGGTGGCACGCTGACCGGCAAGTTCATGAGCACATCCTCTA  1267
            |||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1221  GGCTGAGAGGCAGGCCCTTCAGTCCCTGCGGCAGGGCGGCACACTGACCGGCAAGTTCATGAGCACATCCTCCA  1294

Query 1268  TTCCTGGCTGCCTGCTGGGCGTGGCACTGGAGGGCGACGGGAGCCCCCACGGGCATGCCTCCCTGCTGCAGCAT  1341
            |.||||||||||||.||||.||||||||||||||.|||...||||||||||||||.||.||||||||||||||.
Sbjct 1295  TCCCTGGCTGCCTGTTGGGAGTGGCACTGGAGGGTGACACAAGCCCCCACGGGCACGCTTCCCTGCTGCAGCAC  1368

Query 1342  GTGCTGTTGCTGGAGCAGGCCCGGCAGCAGAGCACCCTCATTGCTGTGCCACTCCACGGGCAGTCCCCACTAGT  1415
            ||..||.|.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1369  GTTTTGCTCCTGGAGCAGGCCCGGCAACAGAGCACGCTCATAGCAGTGCCGCTCCATGGGCAGTCCCCACTGGT  1442

Query 1416  GACGGGTGAACGTGTGGCCACCAGCATGCGGACGGTAGGCAAGCTCCCGCGGCATCGGCCCCTGAGCCGCACTC  1489
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||.||.|||||||||.||||.||.||.|||||||||||||
Sbjct 1443  GACGGGTGAACGTGTGGCCACCAGCATGAGGACGGTGGGTAAGCTCCCGAGGCACCGACCTCTGAGCCGCACTC  1516

Query 1490  AGTCCTCACCGCTGCCGCAGAGTCCCCAGGCCCTGCAGCAGCTGGTCATGCAACAACAGCACCAGCAGTTCCTG  1563
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||
Sbjct 1517  AGTCCTCCCCGCTGCCGCAGAGTCCCCAGGCCCTGCAGCAGCTGGTCATGCAGCAGCAGCACCAGCAGTTCCTG  1590

Query 1564  GAGAAGCAGAAGCAGCAGCAGCTACAGCTGGGCAAGATCCTCACCAAGACAGGGGAGCTGCCCAGGCAGCCCAC  1637
            |||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||.|.|||||||||||
Sbjct 1591  GAGAAGCAGAAGCAGCAGCAGATGCAGCTGGGCAAGATCCTTACCAAAACTGGGGAGCTGTCAAGGCAGCCCAC  1664

Query 1638  CACCCACCCTGAGGAGACAGAGGAGGAGCTGACGGAGCAGCAGGAGGTCTTGCTGGGGGAGGGAGCCCTGACCA  1711
            |||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct 1665  CACTCACCCGGAGGAGACAGAAGAGGAGCTGACGGAGCAGCAGGAGGCCTTGCTGGGAGAGGGGGCCCTGACCA  1738

Query 1712  TGCCCCGGGAGGGCTCCACAGAGAGTGAGAGCACACAGGAAGACCTGGAGGAGGAGGACGAGGAAGAGGATGGG  1785
            |.||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||   |
Sbjct 1739  TTCCCCGGGAAGGCTCTACAGAAAGTGAGAGCACCCAGGAAGACCTAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGA---G  1809

Query 1786  GAGGAGGAGGAGGATTGCATCCAGGTTAAGGACGAGGAGGGCGAGAGTGGTGCTGAGGAGGGGCCCGACTTGGA  1859
            |||||.||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||.||||.||.||.||.|||||.||
Sbjct 1810  GAGGAAGAGGAGGACTGCATTCAGGTCAAGGATGAGGATGGCGAGAGTGGTCCTGATGAAGGCCCTGACTTAGA  1883

Query 1860  GGAGCCTGGTGCTGGATACAAAAAACTGTTCTCAGATGCCCAGCCGCTGCAGCCTTTGCAGGTGTACCAGGCGC  1933
            .|||.|..|||||||.||||||||..|||||.||||||||||||.|.|.|||||..|.||||||||||||||.|
Sbjct 1884  AGAGTCCAGTGCTGGTTACAAAAAGTTGTTCGCAGATGCCCAGCAGTTACAGCCCCTCCAGGTGTACCAGGCAC  1957

Query 1934  CCCTCAGCCTGGCCACTGTGCCCCACCAGGCCCTGGGCCGTACCCAGTCCTCCCCTGCTGCCCCTGGGGGCATG  2007
            ||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||.|||||
Sbjct 1958  CCCTCAGCCTGGCCACTGTGCCTCATCAGGCCCTGGGCCGCACCCAGTCCTCACCTGCTGCTCCTGGGAGCATG  2031

Query 2008  AAGAGCCCCCCAGACCAGCCC------GTCAAGCACCTCTTCACCACAGGTGTGGTCTACGACACGTTCATGCT  2075
            |||||||||.|||||||.|||      ||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 2032  AAGAGCCCCACAGACCAACCCACTGTGGTGAAGCACCTCTTCACCACAGGTGTGGTCTATGACACGTTCATGCT  2105

Query 2076  AAAGCACCAGTGCATGTGCGGGAACACACACGTGCACCCTGAGCATGCTGGCCGGATCCAGAGCATCTGGTCCC  2149
            .|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 2106  GAAGCACCAGTGTATGTGCGGAAACACACACGTGCACCCAGAGCACGCCGGCCGCATCCAGAGCATCTGGTCCC  2179

Query 2150  GGCTGCAGGAGACAGGCCTGCTTAGCAAGTGCGAGCGGATCCGAGGTCGCAAAGCCACGCTAGATGAGATCCAG  2223
            ||||||||||.||.||.|||||..|||||||.|||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||
Sbjct 2180  GGCTGCAGGAAACTGGTCTGCTCGGCAAGTGTGAGCGGATCCGGGGTCGTAAAGCCACACTGGATGAAATCCAG  2253

Query 2224  ACAGTGCACTCTGAATACCACACCCTGCTCTATGGGACCAGTCCCCTCAACCGGCAGAAGCTAGACAGCAAGAA  2297
            ||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 2254  ACCGTGCACTCTGAGTACCACACCCTGCTCTATGGGACCAGCCCCCTTAACCGGCAGAAGCTGGACAGCAAGAA  2327

Query 2298  GTTGCTCGGCCCCATCAGCCAGAAGATGTATGCTGTGCTGCCTTGTGGGGGCATCGGGGTGGACAGTGACACCG  2371
            |.||||.|||||||||||||||||||||||.||..|||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 2328  GCTGCTTGGCCCCATCAGCCAGAAGATGTACGCCATGCTGCCCTGTGGGGGCATTGGGGTGGACAGTGACACGG  2401

Query 2372  TGTGGAATGAGATGCACTCCTCCAGTGCTGTGCGCATGGCAGTGGGCTGCCTGCTGGAGCTGGCCTTCAAGGTG  2445
            ||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2402  TGTGGAATGAGATGCACTCCTCAAGTGCCGTGCGAATGGCAGTGGGCTGCCTGGTGGAGCTGGCCTTCAAGGTG  2475

Query 2446  GCTGCAGGAGAGCTCAAGAATGGATTTGCCATCATCCGGCCCCCAGGACACCACGCCGAGGAATCCACAGCCAT  2519
            |||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||
Sbjct 2476  GCTGCAGGAGAGCTCAAGAATGGATTTGCTATCATCCGGCCCCCAGGACACCATGCTGAGGAGTCCACAGCCAT  2549

Query 2520  GGGATTCTGCTTCTTCAACTCTGTAGCCATCACCGCAAAACTCCTACAGCAGAAGTTGAACGTGGGCAAGGTCC  2593
            |||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.|||||||||.|||.||||||||||||||
Sbjct 2550  GGGATTCTGCTTCTTCAACTCCGTAGCCATCACAGCTAAACTCCTGCAGCAGAAGCTGAGCGTGGGCAAGGTCC  2623

Query 2594  TCATCGTGGACTGGGACATTCACCATGGCAATGGCACCCAGCAGGCGTTCTACAATGACCCCTCTGTGCTCTAC  2667
            ||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||||||
Sbjct 2624  TCATCGTGGACTGGGATATTCACCATGGCAACGGCACCCAGCAAGCATTCTACAACGATCCCTCTGTGCTCTAC  2697

Query 2668  ATCTCTCTGCATCGCTATGACAACGGGAACTTCTTTCCAGGCTCTGGGGCTCCTGAAGAGGTTGGTGGAGGACC  2741
            |||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2698  ATCTCCCTGCATCGCTACGACAACGGGAACTTCTTTCCAGGCTCTGGGGCTCCTGAAGAGGTTGGTGGAGGGCC  2771

Query 2742  AGGCGTGGGGTACAATGTGAACGTGGCATGGACAGGAGGTGTGGACCCCCCCATTGGAGACGTGGAGTACCTTA  2815
            |||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|
Sbjct 2772  AGGTGTGGGGTACAACGTAAATGTGGCGTGGACAGGAGGTGTGGATCCCCCCATTGGAGATGTGGAATACCTGA  2845

Query 2816  CAGCCTTCAGGACAGTGGTGATGCCCATTGCCCACGAGTTCTCACCTGATGTGGTCCTAGTCTCCGCCGGGTTT  2889
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||
Sbjct 2846  CAGCCTTCAGGACAGTGGTGATGCCCATTGCCCAGGAGTTCTCACCTGACGTCGTCCTAGTCTCCGCTGGGTTT  2919

Query 2890  GATGCTGTTGAAGGACATCTGTCTCCTCTGGGTGGCTACTCTGTCACCGCCAGATGTTTTGGCCACTTGACCAG  2963
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2920  GATGCTGTTGAAGGACATCTGTCTCCACTGGGTGGCTATTCTGTCACCGCCAGATGTTTTGGCCACTTGACCAG  2993

Query 2964  GCAGCTGATGACCCTGGCAGGGGGCCGGGTGGTGCTGGCCCTGGAGGGAGGCCATGACTTGACCGCCATCTGTG  3037
            ||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2994  GCAGCTCATGACACTGGCTGGGGGCCGGGTGGTGCTGGCCCTGGAGGGAGGCCATGACTTGACCGCCATCTGTG  3067

Query 3038  ATGCCTCTGAGGCTTGTGTCTCGGCTCTGCTCAGTGTAGAGCTGCAGCCCTTGGATGAGGCAGTCTTGCAGCAA  3111
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 3068  ATGCCTCTGAGGCCTGTGTCTCGGCTCTGCTCAGCGTGGAGCTGCAGCCCTTGGATGAAGCAGTCTTGCAGCAA  3141

Query 3112  AAGCCCAACATCAACGCAGTGGCCACGCTAGAGAAAGTCATCGAGATCCAGA----------------------  3163
            |||||||.|.||||.||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||                      
Sbjct 3142  AAGCCCAGCGTCAATGCGGTTGCCACACTAGAGAAAGTCATCGAGATCCAGAGTGCGTGGGCGCAGGCAGAGGG  3215

Query 3164  --------------------------------------------------------------------------  3163
                                                                                      
Sbjct 3216  GCTCTTATCTCAGCCTGCCCGGGAGGCGGGGCTTCTGGGAGCGGGCTACCTCTGGATCAGTCTGCTCTCCCTGA  3289

Query 3164  ------------------------GCAAACACTGGAGCTGTGTGCAGAAGTTCGCCGCTGGTCTGGGCCGGTCC  3213
                                    |||||||||||||||||||.||||.|||.|||||||||||||||.|.||.
Sbjct 3290  ACCTGTCTGTCCTTCTTGCCATAGGCAAACACTGGAGCTGTGTACAGAGGTTTGCCGCTGGTCTGGGCTGCTCG  3363

Query 3214  CTGCGAGAGGCCCAAGCAGGTGAGACCGAGGAGGCCGAGACTGTGAGCGCCATGGCCTTGCTGTCGGTGGGGGC  3287
            |||||.|||||.||..|||||||||..||||||||||||||||||||||||||||||.||||.||.||||||||
Sbjct 3364  CTGCGGGAGGCTCAGACAGGTGAGAAAGAGGAGGCCGAGACTGTGAGCGCCATGGCCCTGCTTTCCGTGGGGGC  3437

Query 3288  CGAGCAGGCCCAGGCTGCGGCAGCCCGGGAACACAGCCCCAGGCCGGCAGAGGAGCCCATGGAGCAGGAGCCTG  3361
            .||||||||||||||||..||..|.|..||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3438  TGAGCAGGCCCAGGCTGTTGCCACTCAAGAGCACAGCCCCAGGCCAGCAGAGGAGCCCATGGAGCAGGAGCCTG  3511

Query 3362  CCCTG  3366
            |||||
Sbjct 3512  CCCTG  3516