Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000489543
• Subject: XM_005253604.2
• Aligned Length: 1411
• Identities: 1112
• Gaps: 296

Alignment

Query    1  ATGATTTTATTTTGACTGATAGTGACCTGTTCGTTGCAACAAATTGATGAGCAATGCTTTTTTATAATGCCAAC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TTTGTACAAAAAAGCAGGCACCATGGCGGCTAGTGATACAGAGCGAGATGGACTAGCCCCAGAAAAGACATCAC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CAGATAGAGATAAGAAAAAAGAGCAGTCAGAAGTATCTGTTTCTCCTAGAGCTTCAAAACATCATTATTCAAGA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TCACGATCAAGGTCAAGAGAAAGAAAACGAAAGTCAGATAATGAAGGAAGAA--AAC--------ACAGGAGCC  286
                                                    ||||  .|||||  |||        |        
Sbjct    1  ----------------------------------------ATGA--TAAGAACCAACTTCTTCTTA--------  24

Query  287  GGAGCAGAAGCAAAGAGGGAAGAAGACATGAATCCAAAGATAAATCCTCTAAGAAACATAAGTCTGAGGAACAT  360
                       |||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   25  -----------AAACAGGGAAGAAGACATGAATCCAAAGATAAATCCTCTAAGAAACATAAGTCTGAGGAACAT  87

Query  361  AATGACAAAGAACATTCTTCTGATAAAGGAAGAGAGCGACTAAATTCATCTGAAAATGGTGAGGACAGGCACAA  434
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   88  AATGACAAAGAACATTCTTCTGATAAAGGAAGAGAGCGACTAAATTCATCTGAAAATGGTGAGGACAGGCACAA  161

Query  435  ACGCAAAGAAAGAAAGTCATCAAGAGGCAGAAGTCACTCAAGATCTAGGTCTCGTGAAAGACGCCATCGTAGTA  508
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  162  ACGCAAAGAAAGAAAGTCATCAAGAGGCAGAAGTCACTCAAGATCTAGGTCTCGTGAAAGACGCCATCGTAGTA  235

Query  509  GAAGCAGGGAGCGGAAGAAGTCTCGATCCAGGAGTAGGGAGCGGAAGAAATCGAGATCCAGAAGCAGAGAGAGG  582
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  236  GAAGCAGGGAGCGGAAGAAGTCTCGATCCAGGAGTAGGGAGCGGAAGAAATCGAGATCCAGAAGCAGAGAGAGG  309

Query  583  AAGAAATCGAGATCCAGAAGCAGGGAAAGAAAACGGCGGATCAGGTCTCGTTCCCGCTCAAGATCAAGACACAG  656
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  310  AAGAAATCGAGATCCAGAAGCAGGGAAAGAAAACGGCGGATCAGGTCTCGTTCCCGCTCAAGATCAAGACACAG  383

Query  657  GCATAGGACTAGAAGCAGGAGTAGGACAAGGAGTAGGAGTCGAGATAGAAAGAAGAGAATTGAAAAGCCGAGAA  730
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  384  GCATAGGACTAGAAGCAGGAGTAGGACAAGGAGTAGGAGTCGAGATAGAAAGAAGAGAATTGAAAAGCCGAGAA  457

Query  731  GATTTAGCAGAAGTTTAAGCCGGACTCCAAGTCCACGTCCCTTCAGAGGCAGAAACACAGCAATGGATGCACAG  804
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  458  GATTTAGCAGAAGTTTAAGCCGGACTCCAAGTCCACCTCCCTTCAGAGGCAGAAACACAGCAATGGATGCACAG  531

Query  805  GAAGCTTTAGCTAGAAGGTTGGAAAGGGCAAAGAAATTACAAGAACAGCGAGAAAAGGAAATGGTTGAAAAACA  878
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  532  GAAGCTTTAGCTAGAAGGTTGGAAAGGGCAAAGAAATTACAAGAACAGCGAGAAAAGGAAATGGTTGAAAAACA  605

Query  879  AAAACAACAAGAAATAGCT---GCAGCTGCAGCTACTGGAGGTTCTGTTCTCAATGTTGCTGCCCTGTTGGCAT  949
            |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  606  AAAACAACAAGAAATAGCTGCAGCAGCTGCAGCTACTGGAGGTTCTGTTCTCAATGTTGCTGCCCTGTTGGCAT  679

Query  950  CAGGAACACAAGTAACACCTCAGATAGCCATGGCAGCTCAGATGGCAGCCCTGCAAGCTAAAGCTTTGGCAGAG  1023
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  680  CAGGAACACAAGTAACACCTCAGATAGCCATGGCAGCTCAGATGGCAGCCCTGCAAGCTAAAGCTTTGGCAGAG  753

Query 1024  ACAGGAATAGCTGTTCCTAGCTACTATAACCCAGCCGCTGTTAATCCAATGAAATTTGCTGAACAAGAGAAAAA  1097
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  754  ACAGGAATAGCTGTTCCTAGCTACTATAACCCAGCCGCTGTTAATCCAATGAAATTTGCTGAACAAGAGAAAAA  827

Query 1098  AAGGAAAATGCTTTGGCAGGGCAAGAAAGAAGGGGACAAATCCCAATCTGCTGAAATATGGGAAAAATTGAATT  1171
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  828  AAGGAAAATGCTTTGGCAGGGCAAGAAAGAAGGGGACAAATCCCAATCTGCTGAAATATGGGAAAAATTGAATT  901

Query 1172  TTGGAAACAAGGACCAAAATGTCAAATTTAGGAAATTGATGGGTATTAAGAGTGAAGATGAAGCTGGATGTAGC  1245
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  902  TTGGAAACAAGGACCAAAATGTCAAATTTAGGAAATTGATGGGTATTAAGAGTGAAGATGAAGCTGGATGTAGC  975

Query 1246  TCAGTTGATGAAGAAAGTTACAAGACTCTGAAGCAGCAGGAAGAAGTATTTCGAAATTTAGATGCTCAGTATGA  1319
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  976  TCAGTTGATGAAGAAAGTTACAAGACTCTGAAGCAGCAGGAAGAAGTATTTCGAAATTTAGATGCTCAGTATGA  1049

Query 1320  AATGGCAAGATCACAAACCCACACACAAAGAGGAATGGGTTTGGGTTTCACATCTTCAATGCGAGGAATGGATG  1393
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050  AATGGCAAGATCACAAACCCACACACAAAGAGGAATGGGTTTGGGTTTCACATCTTCAATGCGAGGAATGGATG  1123

Query 1394  CAGTT  1398
            |||||
Sbjct 1124  CAGTT  1128