Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000489543
• Subject: XM_006530240.3
• Aligned Length: 1399
• Identities: 1172
• Gaps: 101

Alignment

Query    1  ATGATTTTATTTTGACTGATAGTGACCTGTTCGTTGCAACAAATTGATGAGCAATGCTTTTTTATAATGCCAAC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TTTGTACAAAAAAGCAGGCACCATGGCGGCTAGTGATACAGAGCGAGATGGACTAGCCCCAGAAAAGACATCAC  148
                                  ||||||||||.|||||||||.|||||||||.||||||.||||||||||||||
Sbjct    1  ----------------------ATGGCGGCTATTGATACAGAACGAGATGGATTAGCCCTAGAAAAGACATCAC  52

Query  149  CAGATAGAGATAAGAAAAAAGAGCAGTCAGAAGTATCTGTTTCTCCTAGAGCTTCAAAACATCATTATTCAAGA  222
            |.||||||||.||||||||||||||||||||..|||||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct   53  CGGATAGAGAAAAGAAAAAAGAGCAGTCAGATATATCTATTTCTCCTAGAGCCTCAAAACATCATTATTCAAGG  126

Query  223  TCACGATCAAGGTCAAGAGAAAGAAAACGAAAGTCAGATAAT-GAAGGAAGAAAACACAGGAGCCGGAGCAGAA  295
            ||..|.||||||||||||||||||||||||||.||||||.|| ||||||||    |||||||||||||||||||
Sbjct  127  TCGAGGTCAAGGTCAAGAGAAAGAAAACGAAAATCAGATGATGGAAGGAAG----CACAGGAGCCGGAGCAGAA  196

Query  296  GCAAAGAGGGAAGAAGACATGAATCCAAAGATAAATCCTCTAAGAAACATAAGTCTGAGGAACATAATGACAAA  369
            ||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||.|||.|||||||||||.||.|||||||||
Sbjct  197  GCAAAGAGGGAAGAAGACATGAGTCCAAAGATAAGTCCTCTAAGAGACACAAGTCTGAGGAGCACAATGACAAA  270

Query  370  GAACATTCTTCTGATAAAGGAAGAGAGCGACTAAATTCATCTGAAAATGGTGAGGACAGGCACAAACGCAAAGA  443
            ||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||
Sbjct  271  GAACATTCTTCTGACAAAGGAAGAGAGCGATTAAATTCATCTGAGAATGGTGAGGACAGACATAAACGCAAAGA  344

Query  444  AAGAAAGTCATCAAGAGGCAGAAGTCACTCAAGATCTAGGTCTCGTGAAAGACGCCATCGTAGTAGAAGCAGGG  517
            |||.|||||||||.|.|||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||||
Sbjct  345  AAGGAAGTCATCACGGGGCAGAAGTCACTCAAGGTCTAGATCGCGTGAAAGGCGCCATCGCAGTAGAAGCAGGG  418

Query  518  AGCGGAAGAAGTCTCGATCCAGGAGTAGGGAGCGGAAGAAATCGAGATCCAGAAGCAGAGAGAGGAAGAAATCG  591
            |..||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.||..||||||||||||||||.||||||||.||.
Sbjct  419  AAAGGAAGAAGTCTCGATCGAGGAGTAGGGATCGGAAAAAGTCTCGATCCAGAAGCAGAGACAGGAAGAAGTCA  492

Query  592  AGATCCAGAAGCAGGGAAAGAAAACGGCGGATCAGGTCTCGTTCCCGCTCAAGATCAAGACACAGGCATAGGAC  665
            |||||.|||||||||||.||.|||||..|||||||..||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||
Sbjct  493  AGATCTAGAAGCAGGGATAGGAAACGAAGGATCAGAACTCGTTCCCGATCCAGATCCAGACACAGGCATAGGAC  566

Query  666  TAGAAGCAGGAGTAGGACAAGGAGTAGGAGTCGAGATAGAAAGAAGAGAATTGAAAAGCCGAGAAGATTTAGCA  739
            ||||||||||||.||..||||||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct  567  TAGAAGCAGGAGCAGATCAAGGAGTCGAAGTCGAGATAGAAAGAAGAGAATTGAAAAACCAAGAAGATTTAGCA  640

Query  740  GAAGTTTAAGCCGGACTCCAAGTCCACGTCCCTTCAGAGGCAGAAACACAGCAATGGATGCACAGGAAGCTTTA  813
            ||||..||||||||||.||.|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||..||
Sbjct  641  GAAGCCTAAGCCGGACACCTAGTCCACCTCCCTTCAGAGGCAGAAACACAGCAATGGACGCTCAAGAAGCACTA  714

Query  814  GCTAGAAGGTTGGAAAGGGCAAAGAAATTACAAGAACAGCGAGAAAAGGAAATGGTTGAAAAACAAAAACAACA  887
            |||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct  715  GCTAGGAGATTAGAAAGGGCAAAGAAATTACAAGAACAACGAGAAAAGGAAATGGTTGAAAAGCAGAAACAACA  788

Query  888  AGAAATAGCTGCAGCTGCAGCTACTGGAGGTTCTGTTCTCAATGTTGCTGCCCTGTTGGCATCAGGAACACAAG  961
            ||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.|
Sbjct  789  AGAAATGGCTGCAGCTGCAGCCACTGGAGGTTCAGTTCTTAATGTTGCTGCACTGTTGGCATCAGGAACGCAGG  862

Query  962  TAACACCTCAGATAGCCATGGCAGCTCAGATGGCAGCCCTGCAAGCTAAAGCTTTGGCAGAGACAGGAATAGCT  1035
            |.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.
Sbjct  863  TTACTCCTCAGATAGCTATGGCAGCTCAAATGGCAGCCCTGCAAGCTAAAGCCTTGGCAGAGACTGGCATAGCA  936

Query 1036  GTTCCTAGCTACTATAACCCAGCCGCTGTTAATCCAATGAAATTTGCTGAACAAGAGAAAAAAAGGAAAATGCT  1109
            ||.||.||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  937  GTGCCCAGCTACTACAACCCAGCAGCTGTGAATCCAATGAAGTTTGCTGAGCAAGAGAAAAAGAGGAAAATGCT  1010

Query 1110  TTGGCAGGGCAAGAAAGAAGGGGACAAATCCCAATCTGCTGAAATATGGGAAAAATTGAATTTTGGAAACAAGG  1183
            .|||||.||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1011  CTGGCAAGGCAAGAAAGAAGGCGACAAATCTCAGTCTGCTGAAATCTGGGAAAAATTAAATTTTGGAAACAAGG  1084

Query 1184  ACCAAAATGTCAAATTTAGGAAATTGATGGGTATTAAGAGTGAAGATGAAGCTGGATGTAGCTCAGTTGATGAA  1257
            |||||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||
Sbjct 1085  ACCAAAATGTCAAATTTAGAAAGTTAATGGGCATTAAGAGTGAAGATGAAGCTGGCTGTAGCTCCGTTGATGAA  1158

Query 1258  GAAAGTTACAAGACTCTGAAGCAGCAGGAAGAAGTATTTCGAAATTTAGATGCTCAGTATGAAATGGCAAGATC  1331
            ||||||||.||||||.|.|||||.||.||||||||.|||||.|||.|.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159  GAAAGTTATAAGACTTTAAAGCAACAAGAAGAAGTTTTTCGCAATCTTGATGCTCAGTATGAAATGGCAAGATC  1232

Query 1332  ACAAACCCACACACAAAGAGGAATGGGTTTGGGTTTCACATCTTCAATGCGAGGAATGGATGCAGTT  1398
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||
Sbjct 1233  ACAAACCCACACACAAAGAGGAATGGGTTTGGGTTTCACATCTTCAATGCGTGGAATGGATACAGTT  1299