Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000489654
• Subject: XM_011241016.1
• Aligned Length: 2272
• Identities: 1929
• Gaps: 88

Alignment

Query    1  ATGTCGAACCCCGGGACACGCAGGAACGGCTCCAGCATCAAGATCCGTCTGACAGTGTTATGTGCCAAGAACCT  74
            |||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCGAACCCCGGGACCCGTAGGAACGGCTCCAGCATCAAGATCCGTCTGACAGTATTGTGTGCCAAGAACCT  74

Query   75  TGCAAAGAAAGACTTCTTCAGGCTCCCTGACCCTTTTGCAAAGATTGTCGTGGATGGGTCTGGGCAGTGCCACT  148
            |||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||||
Sbjct   75  TGCAAAGAAAGACTTCTTCAGACTCCCCGACCCCTTTGCCAAGATTGTTGTGGACGGCTCTGGGCAGTGCCACT  148

Query  149  CAACCGACACTGTGAAAAACACATTGGACCCAAAGTGGAACCAGCACTATGATCTATATGTTGGGAAAACGGAT  222
            ||||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.
Sbjct  149  CAACCGACACTGTGAAAAACACCCTGGACCCAAAGTGGAACCAGCACTATGACCTGTATGTTGGGAAAACGGAC  222

Query  223  TCGATAACCATTAGCGTGTGGAACCATAAGAAAATTCACAAGAAACAGGGAGCTGGCTTCCTGGGCTGTGTGCG  296
            |||||||||||.||.|||||||||||.|||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCGATAACCATCAGTGTGTGGAACCACAAGAAGATCCACAAGAAGCAGGGGGCTGGCTTCCTGGGCTGTGTGCG  296

Query  297  GCTGCTCTCCAATGCCATCAGCAGATTAAAAGATACCGGATACCAGCGTTTGGATCTATGCAAACTAAACCCCT  370
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  297  GCTGCTCTCCAATGCCATCAGCAGATTGAAAGACACTGGCTACCAGCGTTTGGATCTATGCAAACTAAATCCCT  370

Query  371  CAGATACTGATGCAGTTCGTGGCCAGATAGTGGTCAGTTTACAGACACGAGACAGAATAGGAACCGGCGGCTCG  444
            |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||....||.||.||.
Sbjct  371  CAGATACTGATGCAGTTCGTGGCCAAATAGTGGTCAGTTTACAGACCCGAGACAGAATAGGCGGTGGAGGGTCA  444

Query  445  GTGGTGGACTGCAGAGGACTGTTAGAAAATGAAGGAACGGTGTATGAAGACTCCGGGCCTGGGAGGCCGCTCAG  518
            |||||||||||||||||.|||.|.||.||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||
Sbjct  445  GTGGTGGACTGCAGAGGGCTGCTGGAGAACGAAGGAACAGTGTATGAAGACTCAGGCCCTGGAAGGCCGCTCAG  518

Query  519  CTGCTTCATGGAGGAACCAGCCCCTTACACAGATAGCACCGGTGCTGCTGCTGGAGGAGGGAATTGCAGGTTCG  592
            ||||.|||||||||||||.|||||.||.||||||.|.||.|||||.||.||.|||||.|||||.||||||||.|
Sbjct  519  CTGCCTCATGGAGGAACCTGCCCCATATACAGATGGTACTGGTGCAGCAGCAGGAGGCGGGAACTGCAGGTTTG  592

Query  593  TGGAGTCCCCAAGTCAAGATCAAAGACTTCAGGCACAGCGGCTTCGAAACCCTGATGTGCGAGGTTCACTACAG  666
            |||||||.|||||.||||||||.|||||.|.||.||||||.||.|||||.|||||.||.|||||..|..|||||
Sbjct  593  TGGAGTCTCCAAGCCAAGATCAGAGACTCCTGGTACAGCGACTCCGAAATCCTGAGGTTCGAGGGCCCTTACAG  666

Query  667  ACGCCCCAGAACCGACCACACGGCCACCAGTCCCCGGAACTGCCCGAAGGCTACGAACAAAGAACAACAGTCCA  740
            ||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||||.||
Sbjct  667  ACACCCCAGAACCGACCACATGGCCACCAGTCGCCAGAGCTGCCTGAAGGCTATGAGCAAAGGACAACAGTGCA  740

Query  741  GGGCCAAGTTTACTTTTTGCATACACAGACTGGAGTTAGCACGTGGCACGACCCCAGGAT--------------  800
            |||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||||||||              
Sbjct  741  GGGACAAGTTTACTTTTTGCACACGCAGACTGGAGTCAGTACATGGCATGACCCCAGGATCCCCAGTCCCTTGG  814

Query  801  --ACCA--------------------------------------------------------------AGAGAC  810
              ||||                                                              ||||||
Sbjct  815  GGACCATTCCGGGGGGAGATGAAGCTTTTCTATACGAATTCCTTCTACAAGGCCATACATCCGAGCCCAGAGAC  888

Query  811  CTTAACAGTGTGAACTGTGATGAACTTGGACCACTGCCGCCAGGCTGGGAAGTCAGAAGTACAGTTTCTGGGAG  884
            |||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||.||||.|||||.||.||.||
Sbjct  889  CTTAACAGTGTGAACTGCGATGAACTTGGGCCACTGCCTCCAGGCTGGGAAGTCCGAAGCACAGTGTCGGGAAG  962

Query  885  GATATATTTTGTAGATCATAATAACCGAACAACCCAGTTTACAGACCCAAGGTTACACCACATCATGAATCACC  958
            .||.||||||||||||||.|||||..|.|||||||||||||||||.|||.||.|.|||||||||||||||||||
Sbjct  963  AATCTATTTTGTAGATCACAATAATAGGACAACCCAGTTTACAGATCCACGGCTTCACCACATCATGAATCACC  1036

Query  959  AGTGCCAACTCAAGGAGCCCAGCCAGCCGCTGCCACTGCCCAGTGAGGGCTCTCTGGAGGACGAGGAGCTTCCT  1032
            |||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||..||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGTGCCAACTCAAGGAGCCCAGCCAGCCGCTGCAGCTGCCCAGTGAGGGCTCCGTGGAGGACGAGGAGCTTCCT  1110

Query 1033  GCCCAGAGATACGAAAGAGATCTAGTCCAGAAGCTGAAAGTCCTCAGACACGAACTGTCGCTTCAGCAGCCCCA  1106
            |||||||||||.||.||.||..|||||||||||||.|||||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||
Sbjct 1111  GCCCAGAGATATGAGAGGGACTTAGTCCAGAAGCTCAAAGTTCTCAGGCACGAGCTCTCTCTTCAGCAGCCCCA  1184

Query 1107  AGCTGGTCATTGCCGCATCGAAGTGTCCAGAGAAGAAATCTTTGAGGAGTCTTACCGCCAGATAATGAAGATGC  1180
            .||||||||.||.||.||.|||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||.||||||||||
Sbjct 1185  GGCTGGTCACTGTCGAATAGAAGTCTCCAGAGAAGAGATATTTGAGGAGTCGTATCGCCAGATCATGAAGATGC  1258

Query 1181  GACCGAAAGACTTGAAAAAACGGCTGATGGTGAAATTCCGTGGGGAAGAAGGTTTGGATTACGGTGGTGTGGCC  1254
            |.||.||||||.|.||.||.||.|||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||||.
Sbjct 1259  GGCCAAAAGACCTAAAGAAGCGCCTGATGGTGAAGTTCCGAGGGGAGGAAGGTTTGGACTATGGTGGAGTGGCT  1332

Query 1255  AGGGAGTGGCTTTACTTGCTGTGCCATGAAATGCTGAATCCTTATTACGGGCTCTTCCAGTATTCTACGGACAA  1328
            .||||||||||.||.|||.||||||||||||||.||||.||.||.||.||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1333  CGGGAGTGGCTGTATTTGTTGTGCCATGAAATGTTGAACCCGTACTATGGACTCTTCCAGTATTCCACGGACAA  1406

Query 1329  TATTTACATGTTGCAAATAAATCCGGATTCTTCAATCAACCCCGACCACTTGTCTTATTTCCACTTTGTGGGGC  1402
            ||||||||...||||.||.||.||.||||||||.||||||||.|||||..||||.||.||||||||||||||.|
Sbjct 1407  TATTTACACACTGCAGATCAACCCAGATTCTTCTATCAACCCTGACCATCTGTCATACTTCCACTTTGTGGGTC  1480

Query 1403  GGATCATGGGGCTGGCTGTGTTCCATGGACACTACATCAACGGGGGCTTCACAGTGCCCTTCTACAAGCAGCTG  1476
            |.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||.
Sbjct 1481  GCATCATGGGTCTGGCTGTGTTCCACGGACACTACATAAATGGGGGTTTCACAGTTCCGTTCTACAAGCAGCTC  1554

Query 1477  CTGGGGAAGCCCATCCAGCTCTCAGATCTGGAATCTGTGGACCCAGAGCTGCATAAGAGCTTGGTGTGGATCCT  1550
            |||||||||||.||||||||.||.||.|||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1555  CTGGGGAAGCCAATCCAGCTGTCGGACCTGGAGTCCGTGGACCCAGAACTGCATAAGAGCTTGGTGTGGATTCT  1628

Query 1551  AGAGAACGACATCACGCCTGTACTGGACCACACCTTCTGCGTGGAACACAACGCCTTCGGGCGGATCCTGCAGC  1624
            ||||||.||||||||||||||..||||.||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||.||||
Sbjct 1629  AGAGAATGACATCACGCCTGTGTTGGATCATACCTTCTGCGTGGAGCACAACGCTTTCGGGCGGATTCTCCAGC  1702

Query 1625  ATGAACTGAAACCCAATGGCAGAAATGTGCCAGTCACAGAGGAGAATAAGAAAGAATACGTCCGGTTGTATGTA  1698
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||||||.|||||||.
Sbjct 1703  ATGAACTGAAACCCAATGGCAGAAATGTGCCTGTCACTGAGGAGAACAAGAAGGAATACGTCCGGCTGTATGTG  1776

Query 1699  AACTGGAGGTTTATGAGAGGAATCGAAGCCCAGTTCTTAGCTCTGCAGAAGGGGTTCAATGAGCTCATCCCTCA  1772
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||.||.||
Sbjct 1777  AACTGGAGGTTTATGAGAGGAATCGAAGCCCAGTTCTTAGCACTTCAGAAGGGGTTTAACGAACTCATTCCCCA  1850

Query 1773  ACATCTGCTGAAGCCTTTTGACCAGAAGGAACTGGAGCTGATCATAGGCGGCCTGGATAAAATAGACTTGAACG  1846
            |||..||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||.||||||.||||||
Sbjct 1851  ACACTTGCTGAAGCCCTTTGACCAGAAGGAACTAGAGCTGATAATAGGTGGGCTGGATAAGATAGACCTGAACG  1924

Query 1847  ACTGGAAGTCGAACACGCGGCTGAAGCACTGTGTGGCCGACAGCAACATCGTGCGGTGGTTCTGGCAAGCGGTG  1920
            ||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||..|||||||||||||.||||||
Sbjct 1925  ACTGGAAGTCCAACACCCGGCTGAAACACTGTGTGGCAGACAGCAACATCGTCAGGTGGTTCTGGCAGGCGGTG  1998

Query 1921  GAGACGTTCGATGAAGAAAGGAGGGCCAGGCTCCTGCAGTTTGTGACTGGGTCCACGCGAGTCCCGCTCCAAGG  1994
            |||||.||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||.|||||..||||.||.||||||||
Sbjct 1999  GAGACCTTCGATGAGGAGAGGAGAGCCAGACTCCTGCAGTTTGTGACAGGATCCACAAGAGTTCCTCTCCAAGG  2072

Query 1995  CTTCAAGGCTTTGCAAGGTTCTACAGGCGCGGCAGGGCCCCGGCTGTTCACCATCCACCTGATAGACGCGAACA  2068
            ||||||||||.||||         ||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 2073  CTTCAAGGCTCTGCA---------AGGCGCGGCAGGGCCCCGGCTGTTCACCATTCACCTGATAGACGCCAATA  2137

Query 2069  CAGACAACCTTCCGAAGGCCCATACCTGCTTTAACCGGATCGACATTCCACCATATGAGTCCTATGAGAAGCTC  2142
            ||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 2138  CAGACAACCTGCCCAAGGCCCATACCTGCTTTAATCGGATCGACATCCCACCCTATGAGTCCTATGAGAAGCTC  2211

Query 2143  TACGAGAAGCTGCTGACAGCCGTGGAGGAGACCTGCGGGTTTGCTGTGGAGG  2194
            ||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.|||||.|||||| 
Sbjct 2212  TATGAGAAGCTGCTGACAGCGGTGGAGGAAACCTGTGGCTTTGCAGTGGAG-  2262