Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000491429
• Subject: XM_006532111.3
• Aligned Length: 1510
• Identities: 1253
• Gaps: 125

Alignment

Query    1  ATGCGGCATTCCAAAAGAACTCACTGTCCTGATTGGGATAGCAGAGAAAGCTGGGGACATGAAAGCTATCGTGG  74
                                                                      ||||||||||..||||
Sbjct    1  ----------------------------------------------------------ATGAAAGCTACAGTGG  16

Query   75  AAGTCACAAGCGGAAGAGGAGATCTCATAGTAGCACACAAGAGAACAGGCATTGTAAACCACATCACCAGTTTA  148
            |||||||||.||.|||||.||.|||||.||.||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||
Sbjct   17  AAGTCACAAACGCAAGAGAAGGTCTCACAGCAGTACTCAGGAGAACAGGCACTGTAAACCACATCATCAGTTTA  90

Query  149  AAGAATCTGATTG-------------------------------------------------------------  161
            ||||.||.|||||                                                             
Sbjct   91  AAGACTCGGATTGATGTTCCATTGGGGCTGTTTACCAGATTGCTTTCTAAATTAGCCAGCTGGGGTTACTTTAA  164

Query  162  ------TCATTATTTAGAAGCAAGGTCCTTGAATGAGCGAGATTATCGGGACCGGAGATACGTTGACGAATACA  229
                  |||.||||||||||||||.|.||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||.|||||||
Sbjct  165  AAAACATCACTATTTAGAAGCAAGATGCTTGAATGAGAGAGATTATCGGGACCGGAGATACATTGATGAATACA  238

Query  230  GGAATGACTACTGTGAAGGATATGTTCCTAGACATTATCACAGAGACATTGAAAGCGGGTATCGAATCCACTGC  303
            |.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||.||||||||...||.||.|||||.|||
Sbjct  239  GAAATGACTACTGCGAAGGATATGTTCCAAGACATTACCATAGAGACGTTGAAAGCACTTACCGGATCCATTGC  312

Query  304  AGTAAATCTTCAGTCCGCAGCAGGAGAAGCAGTCCTAAAAGGAAGCGCAATAGACACTGTTCAAGTCATCAGTC  377
            ||||||||.||||||.|.||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||.||||.|||||||||||||
Sbjct  313  AGTAAATCCTCAGTCAGGAGCAGGAGAAGCAGCCCTAAGAGAAAGCGTAATAGACCCTGTGCAAGTCATCAGTC  386

Query  378  ACGTTCGAAGAGCCACCGAAGGAAAAGATCCAGGAGTATAGAGGATGATGAGGAGGGTCACCTGATCTGTCAAA  451
            .|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  387  GCATTCGAAGAGCCACCGAAGGAAAAGATCCAGGAGTATAGAGGATGATGAGGAGGGTCACCTGATCTGTCAAA  460

Query  452  GTGGAGACGTTCTAAGAGCAAGATATGAAATCGTGGACACTTTGGGTGAAGGAGCCTTTGGCAAAGTTGTAGAG  525
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  461  GTGGAGACGTTCTAAGAGCAAGATATGAAATCGTGGACACTTTAGGTGAAGGAGCCTTTGGCAAAGTTGTAGAG  534

Query  526  TGCATTGATCATGGCATGGATGGCATGCATGTAGCAGTGAAAATCGTAAAAAATGTAGGCCGTTACCGTGAAGC  599
            |||||||||||.||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||
Sbjct  535  TGCATTGATCACGGCATGGATGGCTTACATGTAGCAGTGAAAATTGTAAAAAATGTAGGCCGTTACCGGGAGGC  608

Query  600  AGCTCGTTCAGAAATCCAAGTATTAGAGCACTTAAATAGTACTGATCCCAATAGTGTCTTCCGATGTGTCCAGA  673
            |||||||||.||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||
Sbjct  609  AGCTCGTTCTGAAATCCAAGTATTGGAGCACTTGAACAGCACTGACCCCAACAGTGTCTTCCGATGCGTCCAGA  682

Query  674  TGCTAGAATGGTTTGATCATCATGGTCATGTTTGTATTGTGTTTGAACTACTGGGACTTAGTACTTACGATTTC  747
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||.|||||.
Sbjct  683  TGCTAGAGTGGTTTGATCATCATGGTCATGTTTGTATTGTGTTTGAGCTGCTGGGACTTAGTACCTATGATTTT  756

Query  748  ATTAAAGAAAACAGCTTTCTGCCATTTCAAATTGACCACATCAGGCAGATGGCGTATCAGATCTGCCAGTCAAT  821
            |||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct  757  ATTAAAGAAAATAGTTTTCTGCCATTTCAAATTGATCACATCAGGCAAATGGCTTATCAGATCTGCCAGTCTAT  830

Query  822  AAATTTTTTACATCATAATAAATTAACCCATACAGATCTGAAGCCTGAAAATATTTTGTTTGTGAAGTCTGACT  895
            |||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  831  AAATTTTTTACATCATAATAAATTAACACACACGGACCTAAAACCTGAAAATATTTTATTTGTGAAGTCTGACT  904

Query  896  ATGTAGTCAAATATAATTCTAAAATGAAACGTGATGAACGCACACTGAAAAACACAGATATCAAAGTTGTTGAC  969
            |||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  905  ATGTAGTCAAATACAATTCTAAAATGAAACGAGATGAGCGCACATTGAAAAACACAGATATCAAAGTTGTTGAT  978

Query  970  TTTGGAAGTGCAACGTATGATGATGAACATCACAGTACTTTGGTGTCTACCCGGCACTACAGAGCTCCCGAGGT  1043
            ||||||||||||||.|||||.||.||||||||.||||||||||||||.||..||||||||||.|||||.|||||
Sbjct  979  TTTGGAAGTGCAACATATGACGACGAACATCATAGTACTTTGGTGTCCACAAGGCACTACAGGGCTCCAGAGGT  1052

Query 1044  CATTTTGGCTTTAGGTTGGTCTCAGCCTTGTGATGTTTGGAGCATAGGTTGCATTCTTATTGAATATTACCTTG  1117
            ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 1053  CATTTTGGCTCTAGGTTGGTCTCAGCCTTGTGATGTTTGGAGCATAGGCTGCATTCTTATTGAGTACTACCTTG  1126

Query 1118  GTTTCACAGTCTTTCAGACTCATGATAGTAAAGAGCACCTGGCAATGATGGAACGAATATTAGGACCCATACCA  1191
            |.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||
Sbjct 1127  GGTTCACAGTCTTTCAGACCCACGATAGTAAAGAGCACCTGGCAATGATGGAGCGGATCTTAGGACCCATCCCA  1200

Query 1192  CAACACATGATTCAGAAAACAAGAAAACGCAAGTATTTTCACCATAACCAGCTAGATTGGGATGAACACAGTTC  1265
            ..|||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.|||||
Sbjct 1201  GCACATATGATCCAGAAGACAAGGAAACGCAAGTATTTCCACCATAACCAGCTAGATTGGGACGAGCATAGTTC  1274

Query 1266  TGCTGGTAGATATGTTAGGAGACGCTGCAAACCGTTGAAGGAATTTATGCTTTGTCATGATGAAGAACATGAGA  1339
            .|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||
Sbjct 1275  AGCTGGGAGATATGTTAGGAGACGCTGCAAGCCGTTAAAGGAATTTATGCTGTGTCATGACGAAGAGCATGAGA  1348

Query 1340  AACTGTTTGACCTGGTTCGAAGAATGTTAGAATATGATCCAACTCAAAGAATTACCTTGGATGAAGCATTGCAG  1413
            |.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||.|...|||.||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1349  AGCTGTTTGACCTGGTTCGAAGAATGTTGGAGTATGACCCAGCGAGAAGGATCACCTTGGATGAAGCATTGCAG  1422

Query 1414  CATCCTTTCTTTGACTTATTAAAAAAGAAA  1443
            ||.||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1423  CACCCTTTCTTTGACTTATTAAAAAGGAAA  1452