Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000491429
• Subject: XM_006532112.3
• Aligned Length: 1443
• Identities: 1212
• Gaps: 108

Alignment

Query    1  ATGCGGCATTCCAAAAGAACTCACTGTCCTGATTGGGATAGCAGAGAAAGCTGGGGACATGAAAGCTATCGTGG  74
            ||| .||||.||              ||.||                |||||                |||   
Sbjct    1  ATG-TGCATCCC--------------TCTTG----------------AAGCT----------------TCG---  24

Query   75  AAGTCACAAGCGGAAGAGGAGATCTCATAGTAGCACACAAGAGAACAGGCATTGTAAACCACATCACCAGTTTA  148
                |||               |||    ||.|     |||||.|||            |.|||| |||     
Sbjct   25  ----CAC---------------TCT----GTTG-----AAGAGGACA------------CTCATC-CCA-----  52

Query  149  AAGAATCTGATTGTCATTATTTAGAAGCAAGGTCCTTGAATGAGCGAGATTATCGGGACCGGAGATACGTTGAC  222
                        ||||.||||||||||||||.|.||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||.
Sbjct   53  ------------GTCACTATTTAGAAGCAAGATGCTTGAATGAGAGAGATTATCGGGACCGGAGATACATTGAT  114

Query  223  GAATACAGGAATGACTACTGTGAAGGATATGTTCCTAGACATTATCACAGAGACATTGAAAGCGGGTATCGAAT  296
            ||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||.||||||||...||.||.||
Sbjct  115  GAATACAGAAATGACTACTGCGAAGGATATGTTCCAAGACATTACCATAGAGACGTTGAAAGCACTTACCGGAT  188

Query  297  CCACTGCAGTAAATCTTCAGTCCGCAGCAGGAGAAGCAGTCCTAAAAGGAAGCGCAATAGACACTGTTCAAGTC  370
            |||.|||||||||||.||||||.|.||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||.||||.||||||
Sbjct  189  CCATTGCAGTAAATCCTCAGTCAGGAGCAGGAGAAGCAGCCCTAAGAGAAAGCGTAATAGACCCTGTGCAAGTC  262

Query  371  ATCAGTCACGTTCGAAGAGCCACCGAAGGAAAAGATCCAGGAGTATAGAGGATGATGAGGAGGGTCACCTGATC  444
            |||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  263  ATCAGTCGCATTCGAAGAGCCACCGAAGGAAAAGATCCAGGAGTATAGAGGATGATGAGGAGGGTCACCTGATC  336

Query  445  TGTCAAAGTGGAGACGTTCTAAGAGCAAGATATGAAATCGTGGACACTTTGGGTGAAGGAGCCTTTGGCAAAGT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  337  TGTCAAAGTGGAGACGTTCTAAGAGCAAGATATGAAATCGTGGACACTTTAGGTGAAGGAGCCTTTGGCAAAGT  410

Query  519  TGTAGAGTGCATTGATCATGGCATGGATGGCATGCATGTAGCAGTGAAAATCGTAAAAAATGTAGGCCGTTACC  592
            ||||||||||||||||||.||||||||||||.|.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  411  TGTAGAGTGCATTGATCACGGCATGGATGGCTTACATGTAGCAGTGAAAATTGTAAAAAATGTAGGCCGTTACC  484

Query  593  GTGAAGCAGCTCGTTCAGAAATCCAAGTATTAGAGCACTTAAATAGTACTGATCCCAATAGTGTCTTCCGATGT  666
            |.||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.
Sbjct  485  GGGAGGCAGCTCGTTCTGAAATCCAAGTATTGGAGCACTTGAACAGCACTGACCCCAACAGTGTCTTCCGATGC  558

Query  667  GTCCAGATGCTAGAATGGTTTGATCATCATGGTCATGTTTGTATTGTGTTTGAACTACTGGGACTTAGTACTTA  740
            ||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||
Sbjct  559  GTCCAGATGCTAGAGTGGTTTGATCATCATGGTCATGTTTGTATTGTGTTTGAGCTGCTGGGACTTAGTACCTA  632

Query  741  CGATTTCATTAAAGAAAACAGCTTTCTGCCATTTCAAATTGACCACATCAGGCAGATGGCGTATCAGATCTGCC  814
            .|||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||
Sbjct  633  TGATTTTATTAAAGAAAATAGTTTTCTGCCATTTCAAATTGATCACATCAGGCAAATGGCTTATCAGATCTGCC  706

Query  815  AGTCAATAAATTTTTTACATCATAATAAATTAACCCATACAGATCTGAAGCCTGAAAATATTTTGTTTGTGAAG  888
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.||.||.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  707  AGTCTATAAATTTTTTACATCATAATAAATTAACACACACGGACCTAAAACCTGAAAATATTTTATTTGTGAAG  780

Query  889  TCTGACTATGTAGTCAAATATAATTCTAAAATGAAACGTGATGAACGCACACTGAAAAACACAGATATCAAAGT  962
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  781  TCTGACTATGTAGTCAAATACAATTCTAAAATGAAACGAGATGAGCGCACATTGAAAAACACAGATATCAAAGT  854

Query  963  TGTTGACTTTGGAAGTGCAACGTATGATGATGAACATCACAGTACTTTGGTGTCTACCCGGCACTACAGAGCTC  1036
            ||||||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||.||||||||||||||.||..||||||||||.||||
Sbjct  855  TGTTGATTTTGGAAGTGCAACATATGACGACGAACATCATAGTACTTTGGTGTCCACAAGGCACTACAGGGCTC  928

Query 1037  CCGAGGTCATTTTGGCTTTAGGTTGGTCTCAGCCTTGTGATGTTTGGAGCATAGGTTGCATTCTTATTGAATAT  1110
            |.|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.
Sbjct  929  CAGAGGTCATTTTGGCTCTAGGTTGGTCTCAGCCTTGTGATGTTTGGAGCATAGGCTGCATTCTTATTGAGTAC  1002

Query 1111  TACCTTGGTTTCACAGTCTTTCAGACTCATGATAGTAAAGAGCACCTGGCAATGATGGAACGAATATTAGGACC  1184
            ||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||
Sbjct 1003  TACCTTGGGTTCACAGTCTTTCAGACCCACGATAGTAAAGAGCACCTGGCAATGATGGAGCGGATCTTAGGACC  1076

Query 1185  CATACCACAACACATGATTCAGAAAACAAGAAAACGCAAGTATTTTCACCATAACCAGCTAGATTGGGATGAAC  1258
            |||.|||..|||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 1077  CATCCCAGCACATATGATCCAGAAGACAAGGAAACGCAAGTATTTCCACCATAACCAGCTAGATTGGGACGAGC  1150

Query 1259  ACAGTTCTGCTGGTAGATATGTTAGGAGACGCTGCAAACCGTTGAAGGAATTTATGCTTTGTCATGATGAAGAA  1332
            |.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.
Sbjct 1151  ATAGTTCAGCTGGGAGATATGTTAGGAGACGCTGCAAGCCGTTAAAGGAATTTATGCTGTGTCATGACGAAGAG  1224

Query 1333  CATGAGAAACTGTTTGACCTGGTTCGAAGAATGTTAGAATATGATCCAACTCAAAGAATTACCTTGGATGAAGC  1406
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||.|...|||.||.||||||||||||||
Sbjct 1225  CATGAGAAGCTGTTTGACCTGGTTCGAAGAATGTTGGAGTATGACCCAGCGAGAAGGATCACCTTGGATGAAGC  1298

Query 1407  ATTGCAGCATCCTTTCTTTGACTTATTAAAAAAGAAA  1443
            |||||||||.||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1299  ATTGCAGCACCCTTTCTTTGACTTATTAAAAAGGAAA  1335