Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000491704
• Subject: XM_017015616.1
• Aligned Length: 3650
• Identities: 2919
• Gaps: 703

Alignment

Query    1  ATGGGAAAAGTTGGCGCCGGCGGCGGCTCCCAAGCCCGGCTGAGCGCGCTCCTCGCCGGCGCGGGGCTCTTGAT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CCTCTGCGCCCCGGGCGTCTGCGGCGGCGGCTCCTGCTGCCCCTCGCCGCACCCCAGCTCCGCTCCACGCTCGG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CCTCGACCCCTAGGGGCTTTTCCCACCAGGGGCGGCCAGGCAGGGCTCCTGCCACGCCCCTGCCCCTCGTAGTG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CGTCCCCTGTTCTCAGTGGCCCCCGGGGACCGAGCGCTATCCCTGGAGCGGGCTCGGGGCACTGGGGCATCCAT  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  GGCGGTTGCTGCACGCTCCGGCCGGAGGAGACGGAGCGGAGCGGATCAGGAGAAGGCAGAACGGGGAGAGGGCG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  CGAGTCGGAGCCCCCGGGGAGTGCTAAGAGATGGAGGGCAGCAGGAGCCTGGGACTCGGGAGCGGGACCCGGAC  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  AAAGCCACCCGCTTCCGGATGGAGGAGCTGAGACTGACCAGCACCACGTTTGCGCTGACGGGAGACTCAGCACA  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  CAACCAAGCCATGGTCCA--CTGG----TCTGGCCACAA-------------CAGCAGCGTGATTCTCATTTTG  573
                      |||   ||  ||||    |||.|.|||||             |||    |||||||||||||||
Sbjct    1  ----------ATG---CAGCCTGGATTTTCTAGGCACAATTATCTTAGTTTGCAG----GTGATTCTCATTTTG  57

Query  574  ACAAAGCTCTATGACTATAACCTGGGGAGCATCACAGAGAGCTCGCTTTGGAGGTCAACCGATTATGGAACAAC  647
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   58  ACAAAGCTCTATGACTATAACCTGGGGAGCATCACAGAGAGCTCGCTTTGGAGGTCAACCGATTATGGAACAAC  131

Query  648  CTATGAGAAGCTGAATGATAAAGTTGGTTTGAAAACCATTTTGAGCTATCTCTATGTGTGTCCTACCAACAAGC  721
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  132  CTATGAGAAGCTGAATGATAAAGTTGGTTTGAAAACCATTTTGAGCTATCTCTATGTGTGTCCTACCAACAAGC  205

Query  722  GTAAGATAATGTTACTCACAGACCCGGAGATTGAGAGCAGTTTATTGATCAGCTCAGATGAAGGGGCAACTTAT  795
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  206  GTAAGATAATGTTACTCACAGACCCGGAGATTGAGAGCAGTTTATTGATCAGCTCAGATGAAGGGGCAACTTAT  279

Query  796  CAAAAGTACCGGCTGAACTTCTACATTCAAAGCTTGCTTTTTCACCCCAAACAAGAAGACTGGATTCTGGCATA  869
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  280  CAAAAGTACCGGCTGAACTTCTACATTCAAAGCTTGCTTTTTCACCCCAAACAAGAAGACTGGATTCTGGCATA  353

Query  870  CAGTCAAGACCAAAAGTTATACAGCTCTGCTGAATTTGGGAGAAGATGGCAGCTTATCCAAGAAGGGGTTGTAC  943
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  354  CAGTCAAGACCAAAAGTTATACAGCTCTGCTGAATTTGGGAGAAGATGGCAGCTTATCCAAGAAGGGGTTGTAC  427

Query  944  CAAACAGGTTCTACTGGTCTGTGATGGGGTCAAATAAAGAACCAGACCTTGTGCATCTTGAGGCCAGAACTGTG  1017
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  428  CAAACAGGTTCTACTGGTCTGTGATGGGGTCAAATAAAGAACCAGACCTTGTGCATCTTGAGGCCAGAACTGTG  501

Query 1018  GATGGTCATTCACATTATCTAACTTGCCGAATGCAGAACTGTACAGAGGCCAACAGGAATCAGCCTTTTCCAGG  1091
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  502  GATGGTCATTCACATTATCTAACTTGCCGAATGCAGAACTGTACAGAGGCCAACAGGAATCAGCCTTTTCCAGG  575

Query 1092  CTACATTGACCCAGACTCTTTGATTGTTCAGGATCATTATGTGTTTGTTCAGCTGACATCAGGAGGGCGGCCAC  1165
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  576  CTACATTGACCCAGACTCTTTGATTGTTCAGGATCATTATGTGTTTGTTCAGCTGACATCAGGAGGGCGGCCAC  649

Query 1166  ATTACTACGTGTCCTACCGAAGGAATGCATTTGCCCAAATGAAGCTTCCGAAATATGCTTTGCCCAAGGACATG  1239
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  650  ATTACTACGTGTCCTACCGAAGGAATGCATTTGCCCAAATGAAGCTTCCGAAATATGCTTTGCCCAAGGACATG  723

Query 1240  CATGTTATCAGCACCGATGAGAATCAGGTGTTCGCAGCGGTCCAAGAATGGAACCAGAATGACACGTACAACCT  1313
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  724  CATGTTATCAGCACCGATGAGAATCAGGTGTTCGCAGCGGTCCAAGAATGGAACCAGAATGACACGTACAACCT  797

Query 1314  CTACATCTCAGACACACGTGGTGTCTACTTCACCCTGGCCTTGGAGAATGTCCAGAGCAGCAGAGGCCCTGAGG  1387
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  798  CTACATCTCAGACACACGTGGTGTCTACTTCACCCTGGCCTTGGAGAATGTCCAGAGCAGCAGAGGCCCTGAGG  871

Query 1388  GCAACATCATGATCGACCTCTATGAGGTAGCAGGGATAAAGGGAATGTTCTTGGCTAACAAGAAGATTGACAAC  1461
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  872  GCAACATCATGATCGACCTCTATGAGGTAGCAGGGATAAAGGGAATGTTCTTGGCTAACAAGAAGATTGACAAC  945

Query 1462  CAAGTGAAGACTTTCATCACATATAACAAAGGCAGAGACTGGCGTTTGCTGCAGGCGCCGGACACGGATCTAAG  1535
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  946  CAAGTGAAGACTTTCATCACATATAACAAAGGCAGAGACTGGCGTTTGCTGCAGGCGCCGGACACGGATCTAAG  1019

Query 1536  GGGGGACCCCGTGCACTGCTTGCTGCCCTATTGCTCACTACACCTTCACCTGAAGGTCTCTGAGAATCCCTACA  1609
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020  GGGGGACCCCGTGCACTGCTTGCTGCCCTATTGCTCACTACACCTTCACCTGAAGGTCTCTGAGAATCCCTACA  1093

Query 1610  CATCAGGGATCATTGCCAGCAAAGACACAGCTCCAAGCATCATAGTGGCATCAGGTAATATAGGTTCTGAATTG  1683
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094  CATCAGGGATCATTGCCAGCAAAGACACAGCTCCAAGCATCATAGTGGCATCAGGTAATATAGGTTCTGAATTG  1167

Query 1684  TCAGACACTGACATCAGCATGTTTGTCTCTTCAGATGCAGGGAACACCTGGAGACAGATCTTTGAAGAAGAGCA  1757
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1168  TCAGACACTGACATCAGCATGTTTGTCTCTTCAGATGCAGGGAACACCTGGAGACAGATCTTTGAAGAAGAGCA  1241

Query 1758  CAGTGTTTTGTACCTGGATCAAGGTGGAGTCCTGGTTGCTATGAAACACACATCTCTCCCAATTCGACATCTTT  1831
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242  CAGTGTTTTGTACCTGGATCAAGGTGGAGTCCTGGTTGCTATGAAACACACATCTCTCCCAATTCGACATCTTT  1315

Query 1832  GGTTGAGTTTTGATGAAGGGAGATCTTGGAGCAAATACAGTTTCACATCTATTCCACTTTTTGTGGATGGGGTT  1905
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316  GGTTGAGTTTTGATGAAGGGAGATCTTGGAGCAAATACAGTTTCACATCTATTCCACTTTTTGTGGATGGGGTT  1389

Query 1906  CTGGGTGAGCCTGGAGAAGAGACTCTCATCATGACAGTGTTTGGACACTTCAGCCACCGCTCTGAATGGCAGCT  1979
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1390  CTGGGTGAGCCTGGAGAAGAGACTCTCATCATGACAGTGTTTGGACACTTCAGCCACCGCTCTGAATGGCAGCT  1463

Query 1980  GGTCAAAGTAGATTACAAGTCCATTTTTGATAGACGGTGTGCCGAAGAGGACTACAGACCTTGGCAGCTGCACA  2053
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1464  GGTCAAAGTAGATTACAAGTCCATTTTTGATAGACGGTGTGCCGAAGAGGACTACAGACCTTGGCAGCTGCACA  1537

Query 2054  GCCAGGGGGAAGCATGTATCATGGGAGCAAAAAGGATATATAAGAAGCGAAAATCAGAGCGGAAGTGTATGCAA  2127
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1538  GCCAGGGGGAAGCATGTATCATGGGAGCAAAAAGGATATATAAGAAGCGAAAATCAGAGCGGAAGTGTATGCAA  1611

Query 2128  GGAAAATATGCAGGAGCTATGGAATCTGAACCCTGTGTCTGCACTGAGGCTGATTTTGATTGCGACTATGGTTA  2201
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612  GGAAAATATGCAGGAGCTATGGAATCTGAACCCTGTGTCTGCACTGAGGCTGATTTTGATTGCGACTATGGTTA  1685

Query 2202  TGAGCGACACAGCAATGGCCAGTGCCTGCCGGCATTTTGGTTCAATCCATCCTCTCTGTCAAAGGATTGCAGCT  2275
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1686  TGAGCGACACAGCAATGGCCAGTGCCTGCCGGCATTTTGGTTCAATCCATCCTCTCTGTCAAAGGATTGCAGCT  1759

Query 2276  TGGGACAGAGTTACCTCAATAGTACTGGGTACAGGAAGGTGGTTTCCAATAATTGCACTGATGGCGTAAGGGAA  2349
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1760  TGGGACAGAGTTACCTCAATAGTACTGGGTACAGGAAGGTGGTTTCCAATAATTGCACTGATGGCGTAAGGGAA  1833

Query 2350  CAGTACACTGCCAAACCGCAGAAGTGCCCAGGGAAAGCCCCGCGGGGGCTGCGGATAGTCACGGCTGATGGAAA  2423
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1834  CAGTACACTGCCAAACCGCAGAAGTGCCCAGGGAAAGCCCCGCGGGGGCTGCGGATAGTCACGGCTGATGGAAA  1907

Query 2424  GCTGACAGCGGAACAAGGACACAACGTCACTCTCATGGTGCAATTAGAAGAGGGTGATGTTCAGCGGACACTCA  2497
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908  GCTGACAGCGGAACAAGGACACAACGTCACTCTCATGGTGCAATTAGAAGAGGGTGATGTTCAGCGGACACTCA  1981

Query 2498  TCCAAGTGGACTTTGGCGATGGTATCGCGGTGTCTTACGTCAATCTCAGCTCCATGGAAGATGGGATCAAACAC  2571
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982  TCCAAGTGGACTTTGGCGATGGTATCGCGGTGTCTTACGTCAATCTCAGCTCCATGGAAGATGGGATCAAACAC  2055

Query 2572  GTCTATCAGAACGTGGGCATTTTCCGTGTGACCGTGCAGGTGGACAACAGTCTGGGTTCTGACAGCGCCGTCCT  2645
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2056  GTCTATCAGAACGTGGGCATTTTCCGTGTGACCGTGCAGGTGGACAACAGTCTGGGTTCTGACAGCGCCGTCCT  2129

Query 2646  GTACTTACATGTAACTTGTCCCTTGGAGCACGTGCACCTGTCTCTTCCCTTTGTCACCACAAAGAACAAAGAGG  2719
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2130  GTACTTACATGTAACTTGTCCCTTGGAGCACGTGCACCTGTCTCTTCCCTTTGTCACCACAAAGAACAAAGAGG  2203

Query 2720  TCAATGCGACGGCAGTGCTGTGGCCCAGCCAAGTGGGCACCCTCACTTATGTGTGGTGGTACGGAAACAACACG  2793
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204  TCAATGCGACGGCAGTGCTGTGGCCCAGCCAAGTGGGCACCCTCACTTACGTGTGGTGGTACGGAAACAACACG  2277

Query 2794  GAGCCTTTGATCACCTTGGAGGGAAGCATATCCTTCAGATTTACTTCAGAAGGAATGAATACCATCACAGTGCA  2867
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278  GAGCCTTTGATCACCTTGGAGGGAAGCATATCCTTCAGATTTACTTCAGAAGGAATGAATACCATCACAGTGCA  2351

Query 2868  GGTCTCAGCTGGGAATGCCATCCTACAAGACACAAAGACCATCGCAGTATATGAGGAATTCCGGTCTCTTCGCT  2941
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352  GGTCTCAGCTGGGAATGCCATCCTACAAGACACAAAGACCATCGCAGTATATGAGGAATTCCGGTCTCTTCGCT  2425

Query 2942  TGTCCTTTTCTCCAAACCTGGATGACTACAACCCGGACATCCCTGAGTGGAGGAGGGACATCGGTCGAGTCATC  3015
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2426  TGTCCTTTTCTCCAAACCTGGATGACTACAACCCGGACATCCCTGAGTGGAGGAGGGACATCGGTCGAGTCATC  2499

Query 3016  AAAAAATCCCTGGTGGAAGCCACAGGGGTTCCAGGCCAGCACATCCTGGTGGCGGTGCTCCCTGGCTTACCCAC  3089
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2500  AAAAAATCCCTGGTGGAAGCCACAGGGGTTCCAGGCCAGCACATCCTGGTGGCGGTGCTCCCTGGCTTACCCAC  2573

Query 3090  CACTGCTGAACTCTTTGTCCTACCCTATCAGGATCCAGCTGGAGAAAACAAAAGGTCAACTGATGACCTGGAGC  3163
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574  CACTGCTGAACTCTTTGTCCTACCCTATCAGGATCCAGCTGGAGAAAACAAAAGGTCAACTGATGACCTGGAGC  2647

Query 3164  AGATATCAGAATTGCTGATCCACACGCTCAACCAAAACTCAGTACACTTCGAGCTGAAGCCAGGAGTCCGAGTC  3237
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2648  AGATATCAGAATTGCTGATCCACACGCTCAACCAAAACTCAGTACACTTCGAGCTGAAGCCAGGAGTCCGAGTC  2721

Query 3238  CTTGTCCATGCTGCTCACTTAACAGCGGCCCCCCTGGTGGACCTCACTCCAACCCACAGTGGATCTGCCATGCT  3311
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2722  CTTGTCCATGCTGCTCACTTAACAGCGGCCCCCCTGGTGGACCTCACTCCAACCCACAGTGGATCTGCCATGCT  2795

Query 3312  GATGCTGCTCTCAGTGGTGTTTGTGGGGCTGGCAGTGTTCGTCATCTACAAGTTTAAAAGGA----------GA  3375
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||
Sbjct 2796  GATGCTGCTCTCAGTGGTGTTTGTGGGGCTGGCAGTGTTCGTCATCTACAAGTTTAAAAGGAAGATCCCGGGGA  2869

Query 3376  GTA--GCTTTA--CCC----------------------------------TCCCCTCCCTC-------------  3398
            .||  | ||||  |||                                  |||..||..||             
Sbjct 2870  TTAATG-TTTATGCCCAGATGCAGAATGAGAAAGAACAAGAGATGATCAGTCCAGTCAGTCACTCTGAAAGCAG  2942

Query 3399  ---------CCCTTCTACTCAA---------CCTGG------------TGA-----------CTCATCTCTCCG  3431
                     ||||...|||.||         |||||            |||           |.||.|||...|
Sbjct 2943  GCCCAATGTCCCTCAGACTGAACTAAGGAGGCCTGGCCAGCTTATAGATGAGAAGGTGGAATCCCAGCTCATAG  3016

Query 3432  A--TTGCAAAGAGCAAGACACGCCACTCCGCCTTCAACGCCAAAGCGGGGATCTGCTGGGGCA-----------  3492
            |  ||.||||.|||||              |.||.|..||   ||.||||   |||| .||||           
Sbjct 3017  AAGTTCCAAACAGCAA--------------CTTTGAGAGC---AGTGGGG---TGCT-TGGCAGCTGTTCTGTG  3069

Query 3493  -----CA-GTATGCAATT------  3504
                 || |.||.|||.|      
Sbjct 3070  TTTTCCAGGAATCCAACTGAGCAT  3093