Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000491778
• Subject: XM_011524224.3
• Aligned Length: 2317
• Identities: 1938
• Gaps: 379

Alignment

Query    1  ATGATGGAAGAATTGCATAGCCTGGACCCACGACGGCAGGAATTATTGGAGGCCAGGTTTACTGGAGTAGGTGT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TAGTAAGGGACCACTTAATAGTGAGTCTTCCAACCAGAGCTTGTGCAGCGTCGGATCCTTGAGTGATAAAGAAG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TAGAGACTCCCGAGAAAAAGCAGAATGACCAGCGAAATCGGAAAAGAAAAGCTGAACCATATGAAACTAGCCAA  222
                                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ------------------------ATGACCAGCGAAATCGGAAAAGAAAAGCTGAACCATATGAAACTAGCCAA  50

Query  223  GGGAAAGGCACTCCTAGGGGACATAAAATTAGTGATTACTTTGAGTTTGCTGGGGGAAGCGCGCCAGGAACCAG  296
                                                                                      
Sbjct   51  --------------------------------------------------------------------------  50

Query  297  CCCTGGCAGAAGTGTTCCACCAGTTGCACGATCCTCACCGCAACATTCCTTATCCAATCCCTTACCGCGACGAG  370
                                                                              ||||||||
Sbjct   51  ------------------------------------------------------------------GCGACGAG  58

Query  371  TAGAACAGCCCCTCTATGGTTTAGATGGCAGTGCTGCAAAGGAGGCAACGGAGGAGCAGTCTGCTCTGCCAACC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   59  TAGAACAGCCCCTCTATGGTTTAGATGGCAGTGCTGCAAAGGAGGCAACGGAGGAGCAGTCTGCTCTGCCAACC  132

Query  445  CTCATGTCAGTGATGCTAGCAAAACCTCGGCTTGACACAGAGCAGCTGGCGCAAAGGGGAGCTGGCCTCTGCTT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  133  CTCATGTCAGTGATGCTAGCAAAACCTCGGCTTGACACAGAGCAGCTGGCGCAAAGGGGAGCTGGCCTCTGCTT  206

Query  519  CACTTTTGTTTCAGCTCAGCAAAACAGTCCCTCATCTACGGGATCTGGCAACACAGAGCATTCCTGCAGCTCCC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  207  CACTTTTGTTTCAGCTCAGCAAAACAGTCCCTCATCTACGGGATCTGGCAACACAGAGCATTCCTGCAGCTCCC  280

Query  593  AAAAACAGATCTCCATCCAGCACAGACAGACCCAGTCCGACCTCACAATAGAAAAAATATCTGCACTAGAAAAC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  281  AAAAACAGATCTCCATCCAGCACAGACAGACCCAGTCCGACCTCACAATAGAAAAAATATCTGCACTAGAAAAC  354

Query  667  AGTAAGAATTCTGACTTAGAGAAGAAGGAGGGAAGAATAGATGATTTATTAAGAGCCAACTGTGATTTGAGACG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  355  AGTAAGAATTCTGACTTAGAGAAGAAGGAGGGAAGAATAGATGATTTATTAAGAGCCAACTGTGATTTGAGACG  428

Query  741  GCAGATTGATGAACAGCAAAAGATGCTAGAGAAATACAAGGAACGATTAAATAGATGTGTGACAATGAGCAAGA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  429  GCAGATTGATGAACAGCAAAAGATGCTAGAGAAATACAAGGAACGATTAAATAGATGTGTGACAATGAGCAAGA  502

Query  815  AACTCCTTATAGAAAAGTCAAAACAAGAGAAGATGGCGTGTAGAGATAAGAGCATGCAAGACCGCTTGAGACTG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  503  AACTCCTTATAGAAAAGTCAAAACAAGAGAAGATGGCGTGTAGAGATAAGAGCATGCAAGACCGCTTGAGACTG  576

Query  889  GGCCACTTTACTACTGTCCGACACGGAGCCTCATTTACTGAACAGTGGACAGATGGTTATGCTTTTCAGAATCT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  577  GGCCACTTTACTACTGTCCGACACGGAGCCTCATTTACTGAACAGTGGACAGATGGTTATGCTTTTCAGAATCT  650

Query  963  TATCAAGCAACAGGAAAGGATAAATTCACAGAGGGAAGAGATAGAAAGACAACGGAAAATGTTAGCAAAGCGGA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  651  TATCAAGCAACAGGAAAGGATAAATTCACAGAGGGAAGAGATAGAAAGACAACGGAAAATGTTAGCAAAGCGGA  724

Query 1037  AACCTCCTGCCATGGGTCAGGCCCCTCCTGCAACCAATGAGCAGAAACAGCGGAAAAGCAAGACCAATGGAGCT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  725  AACCTCCTGCCATGGGTCAGGCCCCTCCTGCAACCAATGAGCAGAAACAGCGGAAAAGCAAGACCAATGGAGCT  798

Query 1111  GAAAATGAAAC---------------------------------------------------------------  1121
            |||||||||||                                                               
Sbjct  799  GAAAATGAAACGCCCTCTTCTGGGAATACAGAGCTAAAGGATACAGCCCCAGCCTTAGGAGCCCACAGTTTACT  872

Query 1122  ---GTTAACGTTAGCAGAATACCATGAACAAGAAGAAATCTTCAAACTCAGATTAGGTCATCTTAAAAAGGAGG  1192
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  873  TAGGTTAACGTTAGCAGAATACCATGAACAAGAAGAAATCTTCAAACTCAGATTAGGTCATCTTAAAAAGGAGG  946

Query 1193  AAGCAGAGATCCAGGCAGAGCTGGAGAGACTAGAAAGGGTTAGAAATCTACATATCAGGGAACTAAAAAGGATA  1266
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  947  AAGCAGAGATCCAGGCAGAGCTGGAGAGACTAGAAAGGGTTAGAAATCTACATATCAGGGAACTAAAAAGGATA  1020

Query 1267  CATAATGAAGATAATTCACAATTTAAAGATCATCCAACGCTAAATGACAGATATTTGTTGTTACATCTTTTGGG  1340
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021  CATAATGAAGATAATTCACAATTTAAAGATCATCCAACGCTAAATGACAGATATTTGTTGTTACATCTTTTGGG  1094

Query 1341  TAGAGGAGGTTTCAGTGAAGTTTACAAGGCATTTGATCTAACAGAGCAAAGATACGTAGCTGTGAAAATTCACC  1414
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095  TAGAGGAGGTTTCAGTGAAGTTTACAAGGCATTTGATCTAACAGAGCAAAGATACGTAGCTGTGAAAATTCACC  1168

Query 1415  AGTTAAATAAAAACTGGAGAGATGAGAAAAAGGAGAATTACCACAAGCATGCATGTAGGGAATACCGGATTCAT  1488
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1169  AGTTAAATAAAAACTGGAGAGATGAGAAAAAGGAGAATTACCACAAGCATGCATGTAGGGAATACCGGATTCAT  1242

Query 1489  AAAGAGCTGGATCATCCCAGAATAGTTAAGCTGTATGATTACTTTTCACTGGATACTGACTCGTTTTGTACAGT  1562
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243  AAAGAGCTGGATCATCCCAGAATAGTTAAGCTGTATGATTACTTTTCACTGGATACTGACTCGTTTTGTACAGT  1316

Query 1563  ATTAGAATACTGTGAGGGAAATGATCTGGACTTCTACCTGAAACAGCACAAATTAATGTCGGAGAAAGAGGCCC  1636
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317  ATTAGAATACTGTGAGGGAAATGATCTGGACTTCTACCTGAAACAGCACAAATTAATGTCGGAGAAAGAGGCCC  1390

Query 1637  GGTCCATTATCATGCAGATTGTGAATGCTTTAAAGTACTTAAATGAAATAAAACCTCCCATCATACACTATGAC  1710
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391  GGTCCATTATCATGCAGATTGTGAATGCTTTAAAGTACTTAAATGAAATAAAACCTCCCATCATACACTATGAC  1464

Query 1711  CTCAAACCAGGTAATATTCTTTTAGTAAATGGTACAGCGTGTGGAGAGATAAAAATTACAGATTTTGGTCTTTC  1784
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465  CTCAAACCAGGTAATATTCTTTTAGTAAATGGTACAGCGTGTGGAGAGATAAAAATTACAGATTTTGGTCTTTC  1538

Query 1785  GAAGATCATGGATGATGATAGCTACAATTCAGTGGATGGCATGGAGCTAACATCACAAGGTGCTGGTACTTATT  1858
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1539  GAAGATCATGGATGATGATAGCTACAATTCAGTGGATGGCATGGAGCTAACATCACAAGGTGCTGGTACTTATT  1612

Query 1859  GGTATTTACCACCAGAGTGTTTTGTGGTTGGGAAAGAACCACCAAAGATCTCAAATAAAGTTGATGTGTGGTCG  1932
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613  GGTATTTACCACCAGAGTGTTTTGTGGTTGGGAAAGAACCACCAAAGATCTCAAATAAAGTTGATGTGTGGTCG  1686

Query 1933  GTGGGTGTGATCTTCTATCAGTGTCTTTATGGAAGGAAGCCTTTTGGCCATAACCAGTCTCAGCAAGACATCCT  2006
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687  GTGGGTGTGATCTTCTATCAGTGTCTTTATGGAAGGAAGCCTTTTGGCCATAACCAGTCTCAGCAAGACATCCT  1760

Query 2007  ACAAGAGAATACGATTCTTAAAGCTACTGAAGTGCAGTTCCCGCCAAAGCCAGTAGTAACACCTGAAGCAAAGG  2080
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761  ACAAGAGAATACGATTCTTAAAGCTACTGAAGTGCAGTTCCCGCCAAAGCCAGTAGTAACACCTGAAGCAAAGG  1834

Query 2081  CGTTTATTCGACGATGCTTGGCCTACCGAAAGGAGGACCGCATTGATGTCCAGCAGCTGGCCTGTGATCCCTAC  2154
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1835  CGTTTATTCGACGATGCTTGGCCTACCGAAAGGAGGACCGCATTGATGTCCAGCAGCTGGCCTGTGATCCCTAC  1908

Query 2155  TTGTTGCCTCACATCCGAAAGTCAGTCTCTACAAGTAGCCCTGCTGGAGCTGCTATTGCATCAACCTCTGGGGC  2228
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909  TTGTTGCCTCACATCCGAAAGTCAGTCTCTACAAGTAGCCCTGCTGGAGCTGCTATTGCATCAACCTCTGGGGC  1982

Query 2229  GTCCAATAACAGTTCTTCTAATG  2251
            |||||||||||||||||||||| 
Sbjct 1983  GTCCAATAACAGTTCTTCTAAT-  2004