Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000492117
• Subject: XM_011249450.3
• Aligned Length: 1397
• Identities: 937
• Gaps: 357

Alignment

Query    1  ATGAGCCTCCATTTCTTATACTACTGCAGTGAACCAACATTGGATGTGAAAATTGCCTTTTGTCAGGGATTCGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TAAACAAGTGGATGTGTCATATATTGCCAAACATTACAACATGAGCAAAAGCAAAGTTGACAACCAGTTCTACA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GTGTGGAAGTGGGAGACTCAACCTTCACAGTTCTCAAGCGCTACCAGAATCTAAAGCCTATTGGCTCTGGGGCT  222
                                                              .|.||..|        ||||    
Sbjct    1  --------------------------------------------------ATGAACAC--------CTGG----  12

Query  223  CAGGGCATAGTTTGTGCCGCGTATGATGCTGTCCTTGACAGAAATGTGGCCATTAAGAAGCTCAGCAGACCCTT  296
                        .||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   13  ------------AGTGCTGCGTACGACGCTGTCCTTGACAGAAATGTGGCCATTAAGAAGCTCAGCAGACCCTT  74

Query  297  TCAGAACCAAACACATGCCAAGAGAGCGTACCGGGAGCTGGTCCTCATGAAGTGTGTGAACCATAAAAACATTA  370
            .|||||||||||.||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCAGAACCAAACTCACGCCAAGAGGGCTTACCGGGAGCTGGTCCTCATGAAGTGTGTGAACCATAAAAACATTA  148

Query  371  TTAGTTTATTAAATGTCTTCACACCCCAGAAAACGCTGGAGGAGTTCCAAGATGTTTACTTAGTAATGGAACTG  444
            ||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||
Sbjct  149  TTAGCTTATTAAATGTTTTTACACCCCAGAAAACACTGGAGGAGTTCCAAGATGTCTACTTAGTGATGGAACTG  222

Query  445  ATGGATGCCAACTTATGTCAAGTGATTCAGATGGAATTAGACCATGAGCGAATGTCTTACCTGCTGTACCAAAT  518
            |||||.||||||.|.|||||.||||||||||||||..|.|||||.|||||.|||||||||.||||||||||.||
Sbjct  223  ATGGACGCCAACCTGTGTCAGGTGATTCAGATGGAGCTGGACCACGAGCGGATGTCTTACTTGCTGTACCAGAT  296

Query  519  GTTGTGTGGCATTAAGCACCTCCATTCTGCTGGAATTATTCACAGGGATTTAAAACCAAGTAACATTGTAGTCA  592
            |.||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||.||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  297  GCTGTGTGGCATCAAGCACCTCCACTCCGCTGGGATCATCCACAGGGACTTAAAACCCAGTAACATTGTAGTCA  370

Query  593  AGTCTGATTGCACATTGAAAATCCTGGACTTTGGACTGGCCAGGACAGCAGGCACAAGCTTCATGATGACTCCA  666
            ||||||||||||||.||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.
Sbjct  371  AGTCTGATTGCACACTGAAAATCCTCGACTTCGGACTGGCCAGGACAGCGGGTACAAGCTTCATGATGACTCCG  444

Query  667  TATGTGGTGACACGTTATTACAGAGCCCCTGAGGTCATCCTGGGGATGGGCTACAAGGAGAACGTGGATATATG  740
            |||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  445  TATGTGGTGACGCGATATTACAGAGCCCCTGAGGTCATCCTGGGCATGGGCTACAAGGAGAACGTGGACATATG  518

Query  741  GTCTGTGGGATGCATTATGGGAGAAATGGTTCGCCACAAAATCCTCTTTCCAGGAAGGGACTATATTGACCAGT  814
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GTCTGTGGGATGCATCATGGGAGAAATGGTTCGCCACAAAATCCTCTTTCCCGGAAGGGACTATATTGACCAGT  592

Query  815  GGAATAAGGTAATTGAACAACTAGGAACACCATGTCCAGAATTCATGAAGAAATTGCAACCCACAGTAAGAAAC  888
            ||||.||.||.||.||.||.||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct  593  GGAACAAAGTCATCGAGCAGCTAGGAACTCCGTGTCCAGAGTTCATGAAGAAATTGCAGCCCACAGTCAGAAAC  666

Query  889  TATGTGGAGAATCGGCCCAAGTATGCGGGACTCACCTTCCCCAAACTCTTCCCAGATTCCCTCTTCCCAGCAGA  962
            ||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||
Sbjct  667  TACGTGGAGAATCGGCCCAAGTACGCAGGACTCACCTTCCCCAAGCTCTTTCCAGATTCCCTCTTCCCAGCGGA  740

Query  963  CTCCGAGCACAATAAACTCAAAGCCAGCCAAGCCAGGGACTTGTTGTCAAAGATGCTAGTGATTGACCCAGCAA  1036
            .||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||.||||||||||||||||.|
Sbjct  741  TTCTGAGCACAATAAACTTAAAGCCAGCCAAGCCAGGGATTTGTTGTCTAAGATGTTAGTGATTGACCCAGCGA  814

Query 1037  AAAGAATATCAGTGGACGACGCCTTACAGCATCCCTACATCAACGTCTGGTATGACCCAGCCGAAGTGGAGGCG  1110
            |.||.|||||.|||||||||||..|.||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||||||
Sbjct  815  AGAGGATATCGGTGGACGACGCACTGCAGCATCCGTACATCAACGTTTGGTACGACCCGGCTGAAGTGGAGGCG  888

Query 1111  CCTCCACCTCAGATATATGACAAGCAGTTGGATGAAAGAGAACACACAATTGAAGAATGGAAAGAACTTATCTA  1184
            |||||.||||||||||||||.||||||.||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CCTCCGCCTCAGATATATGATAAGCAGCTGGATGAAAGGGAGCACACCATCGAAGAATGGAAAGAACTTATCTA  962

Query 1185  CAAGGAAGTAATGAATTCAGAAGAAAAGACTAAAAATGGTGTAGTAAAAGGACAGCCTTCTCCTTCAGCACAGG  1258
            ||||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||.||.||||     ||||
Sbjct  963  CAAGGAGGTAATGAACTCAGAAGAGAAGACTAAGAATGGCGTAGTCAAAGGCCAGCCCTCGCCTT-----CAGG  1031

Query 1259  TGCAGCAGG-----------------------------------------------------------------  1267
            ||||||||.                                                                 
Sbjct 1032  TGCAGCAGTGAACAGCAGTGAGAGTCTCCCTCCATCCTCGTCTGTCAACGACATCTCCTCCATGTCCACCGACC  1105

Query 1268  -----------------------------------------------------------------  1267
                                                                             
Sbjct 1106  AGACCCTCGCATCTGACACTGACAGCAGCCTGGAGGCCTCGGCGGGACCGTTGGGTTGTTGCAGG  1170