Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00076
• Subject: NM_001257319.2
• Aligned Length: 2137
• Identities: 1451
• Gaps: 680

Alignment

Query    1  ATGTCTGTTCCATCATCACTGAGCCAGTCGGCCATTAATGCCAACAGCCACGGAGGCCCCGCACTGAGCCTACC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CCTGCCTCTGCACGCTGCCCACAACCAGCTGCTCAACGCCAAGCTGCAGGCCACAGCTGTGGGACCCAAGGACC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TGCGCAGCGCCATGGGGGAGGGTGGTGGGCCTGAGCCAGGCCCTGCCAATGCCAAGTGGCTAAAAGAGGGCCAG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  AACCAGCTCCGGCGGGCCGCCACGGCCCACCGTGACCAGAATCGCAATGTGACCTTGACCTTGGCGGAGGAGGC  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  CAGCCAGGAGCCTGAGATGGCACCCTTGGGCCCCAAAGGCCTGATACACCTGTACTCTGAGCTGGAGCTCTCAG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  CTCACAACGCAGCCAACCGAGGCCTACGAGGACCTGGCCTGATCATCAGCACTCAAGAGCAGGGGCCAGATGAG  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  GGAGAGGAGAAGGCGGCCGGGGAGGCCGAGGAGGAGGAGGAGGATGATGATGATGAAGAGGAGGAGGAGGACTT  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  ATCTTCTCCCCCAGGGCTGCCTGAGCCCCTGGAGAGTGTGGAGGCCCCTCCCAGGCCCCAAGCCCTTACAGATG  592
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  593  GCCCCCGGGAACACAGCAAGAGTGCCAGCCTCCTGTTTGGCATGCGGAACAGTGCAGCCAGTGATGAGGAC---  663
                             |.|||.||||      ||||                 |..||       |||||   
Sbjct    1  -----------------ATGAGCGCCA------TGTT-----------------CTCCC-------AGGACTTT  27

Query  664  -TCAAGCTGGGCTACC-TTATCC--CAGGGCAGCCCCTCCTATGGCTCCCCAGAGGACACAGATTCCTTCTGGA  733
             ||   ||||    || ||||||  ||||.|||                 |||    |.|||||||||||||||
Sbjct   28  TTC---CTGG----CCATTATCCTGCAGGACAG-----------------CAG----CGCAGATTCCTTCTGGA  73

Query  734  ACCCCAACGCCTTCGAGACGGATTCCGACCTGCCGGCTGGATGGATGAGGGTCCAGGACACCTCAGGGACCTAT  807
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   74  ACCCCAACGCCTTCGAGACGGATTCCGACCTGCCGGCTGGATGGATGAGGGTCCAGGACACCTCAGGGACCTAT  147

Query  808  TACTGGCACATCCCAACAGGGACCACCCAGTGGGAACCCCCCGGCCGGGCCTCCCCCTCACAGGGGAGCAGCCC  881
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  148  TACTGGCACATCCCAACAGGGACCACCCAGTGGGAACCCCCCGGCCGGGCCTCCCCCTCACAGGGGAGCAGCCC  221

Query  882  CCAAGAGGAGTCCCAGCTCACCTGGACAGGTTTTGCTCATGGAGAAGGCTTTGAGGATGGAGAATTTTGGAAGG  955
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  222  CCAAGAGGAGTCCCAGCTCACCTGGACAGGTTTTGCTCATGGAGAAGGCTTTGAGGATGGAGAATTTTGGAAGG  295

Query  956  ATGAACCCAGTGATGAGGCCCCAATGGAGCTGGGACTGAAGGAACCTGAGGAGGGGACGTTGACCTTCCCAGCT  1029
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  296  ATGAACCCAGTGATGAGGCCCCAATGGAGCTGGGACTGAAGGAACCTGAGGAGGGGACGTTGACCTTCCCAGCT  369

Query 1030  CAGAGCCTCAGCCCAGAGCCGTTGCCCCAAGAGGAGGAGAAGCTTCCCCCACGGAATACCAACCCAGGGATCAA  1103
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  370  CAGAGCCTCAGCCCAGAGCCGTTGCCCCAAGAGGAGGAGAAGCTTCCCCCACGGAATACCAACCCAGGGATCAA  443

Query 1104  GTGTTTCGCCGTGCGCTCCCTAGGCTGGGTAGAGATGACCGAGGAGGAGCTGGCCCCTGGACGCAGCAGTGTGG  1177
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  444  GTGTTTCGCCGTGCGCTCCCTAGGCTGGGTAGAGATGACCGAGGAGGAGCTGGCCCCTGGACGCAGCAGTGTGG  517

Query 1178  CAGTCAACAATTGCATCCGTCAGCTCTCTTACCACAAAAACAACCTGCATGACCCCATGTCTGGGGGCTGGGGG  1251
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  518  CAGTCAACAATTGCATCCGTCAGCTCTCTTACCACAAAAACAACCTGCATGACCCCATGTCTGGGGGCTGGGGG  591

Query 1252  GAAGGAAAGGATCTGCTACTGCAGCTGGAGGATGAGACACTAAAGCTAGTGGAGCCACAGAGCCAGGCACTGCT  1325
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  592  GAAGGAAAGGATCTGCTACTGCAGCTGGAGGATGAGACACTAAAGCTAGTGGAGCCACAGAGCCAGGCACTGCT  665

Query 1326  GCACGCCCAACCCATCATCAGCATCCGCGTGTGGGGCGTCGGGCGGGACAGTGGA------AGGGACTTTGCCT  1393
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||
Sbjct  666  GCACGCCCAACCCATCATCAGCATCCGCGTGTGGGGCGTCGGGCGGGACAGTGGAAGAGAGAGGGACTTTGCCT  739

Query 1394  ACGTAGCTCGTGATAAGCTGACCCAGATGCTCAAGTGCCACGTGTTTCGCTGTGAGGCACCTGCCAAGAACATC  1467
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  740  ACGTAGCTCGTGATAAGCTGACCCAGATGCTCAAGTGCCACGTGTTTCGCTGTGAGGCACCTGCCAAGAACATC  813

Query 1468  GCCACCAGCCTGCATGAGATCTGCTCTAAGATCATGGCCGAACGGCGTAATGCCCGCTGCTTGGTAAATGGACT  1541
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  814  GCCACCAGCCTGCATGAGATCTGCTCTAAGATCATGGCCGAACGGCGTAATGCCCGCTGCTTGGTAAATGGACT  887

Query 1542  CTCCCTGGACCACTCTAAACTTGTGGATGTCCCTTTCCAAGTGGAATTCCCAGCGCCTAAGAATGAGTTGGTCC  1615
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  888  CTCCCTGGACCACTCTAAACTTGTGGATGTCCCTTTCCAAGTGGAATTCCCAGCGCCTAAGAATGAGTTGGTCC  961

Query 1616  AGAAGTTCCAAGTCTATTACCTGGGGAATGTACCTGTTGCTAAACCTGTTGGGGTAGATGTGATTAATGGGGCC  1689
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  962  AGAAGTTCCAAGTCTATTACCTGGGGAATGTACCTGTTGCTAAACCTGTTGGGGTAGATGTGATTAATGGGGCC  1035

Query 1690  CTCGAGTCAGTCCTGTCCTCCAGCAGCCGTGAACAATGGACCCCAAGTCATGTCAGTGTGGCCCCTGCTACCCT  1763
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036  CTCGAGTCAGTCCTGTCCTCCAGCAGCCGTGAACAATGGACCCCAAGTCATGTCAGTGTGGCCCCTGCTACCCT  1109

Query 1764  CACCATCTTGCACCAGCAGACAGAGGCAGTGCTGGGAGAGTGTCGGGTGCGTTTCCTCTCCTTCCTGGCCGTGG  1837
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110  CACCATCTTGCACCAGCAGACAGAGGCAGTGCTGGGAGAGTGTCGGGTGCGTTTCCTCTCCTTCCTGGCCGTGG  1183

Query 1838  GCAGAGATGTCCACACGTTTGCATTCATCATGGCTGCCGGCCCAGCCTCCTTCTGCTGCCACATGTTCTGGTGC  1911
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184  GCAGAGATGTCCACACGTTTGCATTCATCATGGCTGCCGGCCCAGCCTCCTTCTGCTGCCACATGTTCTGGTGC  1257

Query 1912  GAGCCCAATGCTGCCAGCCTCTCAGAGGCTGTGCAGGCTGCGTGCATGCTTCGCTACCAGAAGTGTCTGGATGC  1985
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258  GAGCCCAATGCTGCCAGCCTCTCAGAGGCTGTGCAGGCTGCGTGCATGCTTCGCTACCAGAAGTGTCTGGATGC  1331

Query 1986  CCGTTCCCAGGCCTCCACCTCCTGCCTCCCAGCACCCCCTGCTGAGTCTGTGGCACGGCGTGTAGGGTGGACTG  2059
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332  CCGTTCCCAGGCCTCCACCTCCTGCCTCCCAGCACCCCCTGCTGAGTCTGTGGCACGGCGTGTAGGGTGGACTG  1405

Query 2060  TCCGCAGGGGTGTTCAGTCGCTGTGGGGCTCCCTGAAGCCCAAACGGCTGGGGGCCCATACCCCA  2124
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406  TCCGCAGGGGTGTTCAGTCGCTGTGGGGCTCCCTGAAGCCCAAACGGCTGGGGGCCCATACCCCA  1470