Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00105
• Subject: NM_001351817.1
• Aligned Length: 1875
• Identities: 1524
• Gaps: 351

Alignment

Query    1  ATGGCAGACCAGAGAATGGACATTTCTTCAACCATCAGTGATTTCATGTCCCCGGGCCCCACCGACCTGCTTTC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCAGACCAGAGAATGGACATTTCTTCAACCATCAGTGATTTCATGTCCCCGGGCCCCACCGACCTGCTTTC  74

Query   75  CAGCTCTCTTGGTACCAGTGGTGTGGATTGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCTCCACTGACTACCAAGAAAGCA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CAGCTCTCTTGGTACCAGTGGTGTGGATTGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCTCCACTGACTACCAAGAAAGCA  148

Query  149  TGGACACAGACAAAGATGACCCTCATGGAAGGTTAGAATATACAGAACACCAAGGAAGGATAAAAAATGCAAGG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGGACACAGACAAAGATGACCCTCATGGAAGGTTAGAATATACAGAACACCAAGGAAGGATAAAAAATGCAAGG  222

Query  223  GAAGCTCACAGTCAGATTGAAAAGCGGCGTCGGGATAAAATGAACAGTTTTATAGATGAATTGGCTTCTTTGGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAAGCTCACAGTCAGATTGAAAAGCGGCGTCGGGATAAAATGAACAGTTTTATAGATGAATTGGCTTCTTTGGT  296

Query  297  ACCAACATGCAACGCAATGTCCAGGAAATTAGATAAACTTACTGTGCTAAGGATGGCTGTTCAGCACATGAAAA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ACCAACATGCAACGCAATGTCCAGGAAATTAGATAAACTTACTGTGCTAAGGATGGCTGTTCAGCACATGAAAA  370

Query  371  CATTAAGAGGTGCCACCAATCCATACACAGAAGCAAACTACAAACCAACTTTTCTATCAGACGATGAATTGAAA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CATTAAGAGGTGCCACCAATCCATACACAGAAGCAAACTACAAACCAACTTTTCTATCAGACGATGAATTGAAA  444

Query  445  CACCTCATTCTCAGGGCAGCAGATGGATTTTTGTTTGTCGTAGGATGTGACCGAGGGAAGATACTCTTTGTCTC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CACCTCATTCTCAGGGCAGCAGATGGATTTTTGTTTGTCGTAGGATGTGACCGAGGGAAGATACTCTTTGTCTC  518

Query  519  AGAGTCTGTCTTCAAGATCCTCAACTACAGCCAGAATGATCTGATTGGTCAGAGTTTGTTTGACTACCTGCATC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGAGTCTGTCTTCAAGATCCTCAACTACAGCCAGAATGATCTGATTGGTCAGAGTTTGTTTGACTACCTGCATC  592

Query  593  CTAAAGATATTGCCAAAGTCAAGGAGCAGCTCTCCTCCTCTGACACCGCACCCCGGGAGCGGCTCATAGATGCA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTAAAGATATTGCCAAAGTCAAGGAGCAGCTCTCCTCCTCTGACACCGCACCCCGGGAGCGGCTCATAGATGCA  666

Query  667  AAAACTGGACTTCCAGTTAAAACAGATATAACCCCTGGGCCATCTCGATTATGTTCTGGAGCACGACGTTCTTT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAAACTGGACTTCCAGTTAAAACAGATATAACCCCTGGGCCATCTCGATTATGTTCTGGAGCACGACGTTCTTT  740

Query  741  CTTCTGTAGGATGAAGTGTAACAGGCCTTCAGTAAAGGTTGAAGACAAGGACTTCCCCTCTACCTGCTCAAAGA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CTTCTGTAGGATGAAGTGTAACAGGCCTTCAGTAAAGGTTGAAGACAAGGACTTCCCCTCTACCTGCTCAAAGA  814

Query  815  AAAAAGATCGAAAAAGCTTCTGCACAATCCACAGCACAGGCTATTTGAAAAGCTGGCCACCCACAAAGATGGGG  888
            |||                                                                       
Sbjct  815  AAA-----------------------------------------------------------------------  817

Query  889  CTGGATGAAGACAACGAACCAGACAATGAGGGGTGTAACCTCAGCTGCCTCGTCGCAATTGGACGACTGCATTC  962
                                                                                      
Sbjct  818  --------------------------------------------------------------------------  817

Query  963  TCATGTAGTTCCACAACCAGTGAACGGGGAAATCAGGGTGAAATCTATGGAATATGTTTCTCGGCACGCGATAG  1036
                                                                                      
Sbjct  818  --------------------------------------------------------------------------  817

Query 1037  ATGGAAAGTTTGTTTTTGTAGACCAGAGGGCAACAGCTATTTTGGCATATTTACCACAAGAACTTCTAGGCACA  1110
                                                                                      
Sbjct  818  --------------------------------------------------------------------------  817

Query 1111  TCGTGTTATGAATATTTTCACCAAGATGACATAGGACATCTTGCAGAATGTCATAGGCAAGTTTTACAGACGAG  1184
                                                                      ||||||||||||||||
Sbjct  818  ----------------------------------------------------------AAGTTTTACAGACGAG  833

Query 1185  AGAAAAAATTACAACTAATTGCTATAAATTTAAAATCAAAGATGGTTCTTTTATCACACTACGGAGTCGATGGT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  834  AGAAAAAATTACAACTAATTGCTATAAATTTAAAATCAAAGATGGTTCTTTTATCACACTACGGAGTCGATGGT  907

Query 1259  TCAGTTTCATGAACCCTTGGACCAAGGAAGTAGAATATATTGTCTCAACTAACACTGTTGTTTTAGCCAACGTC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  908  TCAGTTTCATGAACCCTTGGACCAAGGAAGTAGAATATATTGTCTCAACTAACACTGTTGTTTTAGCCAACGTC  981

Query 1333  CTGGAAGGCGGGGACCCAACCTTCCCACAGCTCACAGCATCCCCCCACAGCATGGACAGCATGCTGCCCTCTGG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  982  CTGGAAGGCGGGGACCCAACCTTCCCACAGCTCACAGCATCCCCCCACAGCATGGACAGCATGCTGCCCTCTGG  1055

Query 1407  AGAAGGTGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACTGTTCCAGGGATTCCAGGGGGAACCCGGGCTGGGGCAGGAAAAA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1056  AGAAGGTGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACTGTTCCAGGGATTCCAGGGGGAACCCGGGCTGGGGCAGGAAAAA  1129

Query 1481  TAGGCCGAATGATTGCTGAGGAAATCATGGAAATCCACAGGATAAGAGGGTCATCGCCTTCTAGCTGTGGCTCC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130  TAGGCCGAATGATTGCTGAGGAAATCATGGAAATCCACAGGATAAGAGGGTCATCGCCTTCTAGCTGTGGCTCC  1203

Query 1555  AGCCCATTGAACATCACGAGTACGCCTCCCCCTGATGCCTCTTCTCCAGGAGGCAAGAAGATTTTAAATGGAGG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204  AGCCCATTGAACATCACGAGTACGCCTCCCCCTGATGCCTCTTCTCCAGGAGGCAAGAAGATTTTAAATGGAGG  1277

Query 1629  GACTCCAGACATTCCTTCCAGTGGCCTACTATCAGGCCAGGCTCAGGAGAACCCAGGTTATCCATATTCTGATA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278  GACTCCAGACATTCCTTCCAGTGGCCTACTATCAGGCCAGGCTCAGGAGAACCCAGGTTATCCATATTCTGATA  1351

Query 1703  GTTCTTCTATTCTTGGTGAGAACCCCCACATAGGTATAGACATGATTGACAACGACCAAGGATCAAGTAGTCCC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1352  GTTCTTCTATTCTTGGTGAGAACCCCCACATAGGTATAGACATGATTGACAACGACCAAGGATCAAGTAGTCCC  1425

Query 1777  AGTAATGATGAGGCAGCAATGGCTGTCATCATGAGCCTCTTGGAAGCAGATGCTGGACTGGGTGGCCCTGTTGA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426  AGTAATGATGAGGCAGCAATGGCTGTCATCATGAGCCTCTTGGAAGCAGATGCTGGACTGGGTGGCCCTGTTGA  1499

Query 1851  CTTTAGTGACTTGCCATGGCCGCTG  1875
            |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500  CTTTAGTGACTTGCCATGGCCGCTG  1524