Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00202
• Subject: XM_017315163.1
• Aligned Length: 1560
• Identities: 1274
• Gaps: 141

Alignment

Query    1  ATGTCCTCCTCCTCCTACGCCAAGAACGGGACCGCGGACGGGCCGCACTCCCCCACCTCGCAGGTGGCCCGAGG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CACCACAACCCGGAGGAGCAGGTTGAAAAGATCCGATGGCAGCACCACTTCGACCAGCTTCATCCTCAGACAGG  148
                                                                         ||     |.|.||
Sbjct    1  -------------------------------------------------------------AT-----GGCTGG  8

Query  149  GTTCAGCGGATTCCTACACAAGCAGGCCGTCTGACTCCGATGTCTCTTTGGAAGAGGACCGGGAAGCAATTCGA  222
            | |||||.||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.
Sbjct    9  G-TCAGCAGATTCCTATACAAGCAGGCCATCGGACTCCGATGTCTCCTTGGAAGAGGACCGGGAAGCGATCCGG  81

Query  223  CAGGAGAGAGAACAGCAAGCAGCTATCCAGCTTGAGAGAGCAAAGTCCAAACCTGTAGCATTTGCCGTGAAGAC  296
            ||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct   82  CAAGAGCGAGAACAGCAAGCAGCTATCCAGCTTGAGAGAGCGAAGTCCAAACCTGTAGCTTTTGCGGTGAAAAC  155

Query  297  AAATGTGAGCTACTGCGGCGCCCTGGACGAGGATGTGCCTGTTCCAAGCACAGCTATCTCCTTTGATGCTAAAG  370
            .||.|||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.||.||.|
Sbjct  156  GAACGTGAGCTACTGTGGTGCCCTGGACGAAGATGTGCCCGTTCCCAGCACAGCCATCTCCTTTGACGCCAAGG  229

Query  371  ACTTTCTACATATTAAAGAGAAATATAACAATGATTGGTGGATAGGAAGGCTGGTGAAAGAGGGCTGTGAAATT  444
            |||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||
Sbjct  230  ACTTTCTTCACATTAAAGAGAAATATAACAATGATTGGTGGATAGGAAGACTGGTAAAAGAGGGCTGTGAGATT  303

Query  445  GGCTTCATTCCAAGTCCACTCAGATTGGAGAACATACGGATCCAGCAAGAACAAAAAAGAGGACGTTTTCACGG  518
            ||||||||.|||||||||||..|.||||||||.||.|||||.||.||.|||||.||||||||.||||||||.||
Sbjct  304  GGCTTCATCCCAAGTCCACTGCGCTTGGAGAATATTCGGATTCAACAGGAACAGAAAAGAGGCCGTTTTCATGG  377

Query  519  AGGGAAATCAAGTGGAAATTCTTCTTCAAGTCTTGGAGAAATGGTATCTGGGACATTCCGAGCAACTCCCACAT  592
            .||||||||.||||||||.|||||.||.|||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||.
Sbjct  378  CGGGAAATCGAGTGGAAACTCTTCCTCCAGTCTGGGAGAAATGGTATCAGGAACATTCCGAGCAACTCCCACAA  451

Query  593  CAACAGCAAAACAGAAGCAAAAAGTGACGGAGCACATTCCTCCTTACGATGTTGTACCGTCAATGCGTCCGGTG  666
            |||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.||.||.||||||||||||||.|||
Sbjct  452  CAACAGCAAAACAGAAGCAGAAAGTGACGGAGCACATTCCTCCGTATGACGTCGTGCCGTCAATGCGTCCTGTG  525

Query  667  GTGTTAGTGGGGCCGTCACTGAAAGGTTACGAGGTAACAGACATGATGCAGAAAGCCCTCTTTGATTTCCTGAA  740
            ||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  526  GTGTTAGTGGGGCCATCACTGAAAGGTTATGAGGTAACAGACATGATGCAGAAAGCCCTCTTTGATTTCCTGAA  599

Query  741  GCACAGGTTTGATGGGAGGATTTCAATAACGAGAGTGACAGCTGACATTTCTCTTGCTAAGAGGTCTGTCCTAA  814
            |||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|
Sbjct  600  GCACAGGTTTGATGGGAGGATATCAATAACAAGAGTGACAGCTGACATTTCTCTTGCTAAGAGATCTGTCCTCA  673

Query  815  ATAATCCCAGCAAGAGAGCAATAATTGAACGTTCGAACACCCGGTCCAGCTTAGCGGAAGTACAAAGTGAAATT  888
            |.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  674  ACAATCCTAGCAAGAGAGCAATAATTGAACGTTCCAACACCAGATCCAGCTTAGCGGAAGTACAAAGTGAAATT  747

Query  889  GAAAGAATCTTTGAGTTGGCAAGATCTTTGCAACTGGTTGTTCTTGATGCAGACACCATCAATCACCCAGCACA  962
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  748  GAAAGAATTTTTGAGTTGGCAAGATCTTTGCAATTGGTTGTTCTTGATGCAGACACCATCAACCACCCAGCACA  821

Query  963  ACTTATAAAGACTTCCTTAGCACCAATTATTGTTCATGTAAAAGTCTCATCTCCAAAGGTTTTACAGCGGTTGA  1036
            .||.||||||||.|||||||||||.||.||.||.||.||.||.|||||.||.||||||||||||||||||.|||
Sbjct  822  GCTGATAAAGACATCCTTAGCACCCATCATCGTCCACGTGAAGGTCTCGTCCCCAAAGGTTTTACAGCGGCTGA  895

Query 1037  TTAAATCTAGAGGAAAGTCACAAAGTAAACACTTGAATGTTCAACTGGTGGCAGCTGATAAACTTGCACAATGC  1110
            ||||.||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.||.|||
Sbjct  896  TTAAGTCCAGAGGAAAGTCCCAAAGCAAACACTTGAATGTTCAACTGGTGGCGGCCGATAAACTGGCCCAGTGC  969

Query 1111  CCCCCAGAAATGTTTGATGTTATATTGGATGAAAATCAGCTTGAGGATGCATGTGAACATCTAGGGGAGTACCT  1184
            ||.||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||.||.||||||||
Sbjct  970  CCGCCTGAAATGTTTGATGTTATATTAGATGAGAATCAACTTGAGGATGCCTGTGAACATCTGGGAGAGTACCT  1043

Query 1185  GGAGGCGTACTGGCGTGCCACCCACACAACCAGTAGCACACCCATGACCCCGCTGCTGGGAAGGAATTTGGGCT  1258
            ||||||.||||||||||||||||||||.|.|||||||||.||.||||||||..|.|||||..||||..||||||
Sbjct 1044  GGAGGCATACTGGCGTGCCACCCACACGAGCAGTAGCACCCCTATGACCCCATTACTGGGGCGGAACGTGGGCT  1117

Query 1259  CCACGGCACTCTCACCATATCCCACAGCAATTTCTGGGTTACAGAGTCAGCGAATGAGGCACAGCAACCACTCC  1332
            ||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.
Sbjct 1118  CCACAGCCCTCTCACCATATCCCACAGCAATCTCTGGATTACAGAGTCAGCGAATGAGACACAGCAACCATTCT  1191

Query 1333  ACAGAGAACTCTCCAATTGAAAGACGAAGTCTAATGACCTCTGATGAAAATTATCACAATGAAAGGGCTCGGAA  1406
            ||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.||.||
Sbjct 1192  ACAGAGAATTCTCCAATTGAAAGACGAAGCCTAATGACCTCGGATGAAAATTACCACAATGAGAGGGCCCGCAA  1265

Query 1407  GAGTAGGAACCGCTTGTCTTCCAGTTCTCAGCATAGCCGAGATCATTACCCTCTTGTGGAAGAAGATTACCCTG  1480
            ||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 1266  GAGTAGGAACCGCTTGTCTTCCAGCTCCCAGCACAGCCGAGACCACTACCCTCTGGTGGAAGAAGATTACCCGG  1339

Query 1481  ACTCATACCAGGACACTTACAAACCCCATAGGAACCGAGGATCACCTGGGGGATATAGCCATGACTCCCGACAT  1554
            ||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||.|..||||||||||||||||||
Sbjct 1340  ACTCGTACCAGGACACTTATAAGCCCCATAGGAACCGAGGATCGCCCGGGGGGTGCAGCCATGACTCCCGACAT  1413

Query 1555  AGGCTT  1560
            ||||||
Sbjct 1414  AGGCTT  1419