Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00235
• Subject: NM_001013406.2
• Aligned Length: 2208
• Identities: 2064
• Gaps: 144

Alignment

Query    1  ATGGGAAATCCAGAAAACATAGAAGATGCATATGTTGCTGTTATTCGTCCAAAGAATACTGCCAGTCTCAATTC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGGAAATCCAGAAAACATAGAAGATGCATATGTTGCTGTTATTCGTCCAAAGAATACTGCCAGTCTCAATTC  74

Query   75  TCGGGAATACAGAGCTAAGTCATATGAAATTTTGTTGCATGAAGTTCCCATTGAAGGACAGAAAAAAAAGAGAA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCGGGAATACAGAGCTAAGTCATATGAAATTTTGTTGCATGAAGTTCCCATTGAAGGACAGAAAAAAAAGAGAA  148

Query  149  AGAAAGTTTTATTGGAAACGAAACTTCAAGGCAACAGTGAAATAACACAAGGCATATTGGATTACGTAGTAGAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AGAAAGTTTTATTGGAAACGAAACTTCAAGGCAACAGTGAAATAACACAAGGCATATTGGATTACGTAGTAGAA  222

Query  223  ACCACCAAACCAATTTCTCCTGCAAACCAGGGTATCAGAGGAAAACGAGTTGTACTAATGAAAAAATTTCCTCT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ACCACCAAACCAATTTCTCCTGCAAACCAGGGTATCAGAGGAAAACGAGTTGTACTAATGAAAAAATTTCCTCT  296

Query  297  GGATGGAGAGAAGATGGGCAGAGAAGCATCATTATTTATTGTTCCATCAGTTGTCAAAGATAATACTAAATACA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GGATGGAGAGAAGATGGGCAGAGAAGCATCATTATTTATTGTTCCATCAGTTGTCAAAGATAATACTAAATACA  370

Query  371  CATATACCCCAGGATGCCCAATTTTTTACTGCTTACAAGATATTATGCGAGTCTGTAGTGAATCCAGTACTCAT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CATATACCCCAGGATGCCCAATTTTTTACTGCTTACAAGATATTATGCGAGTCTGTAGTGAATCCAGTACTCAT  444

Query  445  TTTGCTACACTTACAGCAAGGATGTTAATAGCCTTGGATAAGTGGTTAGATGAACGTCATGCACAATCTCACTT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTTGCTACACTTACAGCAAGGATGTTAATAGCCTTGGATAAGTGGTTAGATGAACGTCATGCACAATCTCACTT  518

Query  519  TATTCCAGCTTTATTCCGACCTTCTCCTCTTGAGCGGATAAAAACTAATGTCATAAATCCTGCATATGCTACTG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TATTCCAGCTTTATTCCGACCTTCTCCTCTTGAGCGGATAAAAACTAATGTCATAAATCCTGCATATGCTACTG  592

Query  593  AATCAGGTCAGACAGAAAACTCACTACATATGGGCTATAGTGCACTAGAAATAAAGAGTAAAATGTTAGCCCTA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AATCAGGTCAGACAGAAAACTCACTACATATGGGCTATAGTGCACTAGAAATAAAGAGTAAAATGTTAGCCCTA  666

Query  667  GAGAAAGCAGATACCTGTATTTACAACCCTTTGTTTGGATCAGATCTTCAGTATACAAATCGGGTAGATAAAGT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAGAAAGCAGATACCTGTATTTACAACCCTTTGTTTGGATCAGATCTTCAGTATACAAATCGGGTAGATAAAGT  740

Query  741  GGTAATAAATCCATACTTTGGTCTAGGAGCTCCAGACTACTCAAAAATCCAAATACCTAAACAGGAAAAATGGC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GGTAATAAATCCATACTTTGGTCTAGGAGCTCCAGACTACTCAAAAATCCAAATACCTAAACAGGAAAAATGGC  814

Query  815  AGAGAAGCATGAGCAGTGTCACAGAAGACAAGGAACGACAGTGGGTAGATGATTTTCCTCTCCACCGAAGCGCC  888
            |||||||||||||||||||||||||||||||                                           
Sbjct  815  AGAGAAGCATGAGCAGTGTCACAGAAGACAA-------------------------------------------  845

Query  889  TGTGAAGGAGATTCAGAATTACTAAGCCGTCTTCTCAGTGAAAGATTTTCAGTCAACCAGTTAGATAGTGACCA  962
                                                                                      
Sbjct  846  --------------------------------------------------------------------------  845

Query  963  CTGGGCACCCATTCATTATGCATGCTGGTATGGAAAAGTTGAGGCCACTCGCATATTGTTAGAGAAAGGAAAGT  1036
                                       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  846  ---------------------------GTATGGAAAAGTTGAGGCCACTCGCATATTGTTAGAGAAAGGAAAGT  892

Query 1037  GCAATCCAAACCTTTTAAATGGACAACTTAGTTCTCCTCTTCATTTTGCTGCTGGAGGAGGACATGCTGAAATA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  893  GCAATCCAAACCTTTTAAATGGACAACTTAGTTCTCCTCTTCATTTTGCTGCTGGAGGAGGACATGCTGAAATA  966

Query 1111  GTACAGATTCTCCTAAACCACCCAGAAACGGATAGACATATAACAGACCAACAAGGAAGATCTCCATTAAATAT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  967  GTACAGATTCTCCTAAACCACCCAGAAACGGATAGACATATAACAGACCAACAAGGAAGATCTCCATTAAATAT  1040

Query 1185  TTGTGAAGAAAACAAACAAAACAACTGGGAAGAAGCTGCAAAATTGTTGAAGGAAGCAATTAACAAACCATATG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041  TTGTGAAGAAAACAAACAAAACAACTGGGAAGAAGCTGCAAAATTGTTGAAGGAAGCAATTAACAAACCATATG  1114

Query 1259  AAAAAGTTCGAATATACAGAATGGATGGGTCATATCGTTCTGTTGAATTGAAGCATGGAAATAATACCACAGTG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1115  AAAAAGTTCGAATATACAGAATGGATGGGTCATATCGTTCTGTTGAATTGAAGCATGGAAATAATACCACAGTG  1188

Query 1333  CAGCAGATAATGGAAGGAATGCGTCTCTCTCAAGAAACTCAGCAATATTTCACTATATGGATTTGTTCAGAAAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189  CAGCAGATAATGGAAGGAATGCGTCTCTCTCAAGAAACTCAGCAATATTTCACTATATGGATTTGTTCAGAAAA  1262

Query 1407  CCTCAGCCTTCAACTCAAACCATATCATAAACCCTTGCAACATGTTCGTGACTGGCCAGAAATACTTGCTGAAT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263  CCTCAGCCTTCAACTCAAACCATATCATAAACCCTTGCAACATGTTCGTGACTGGCCAGAAATACTTGCTGAAT  1336

Query 1481  TGACTAATCTGGATCCTCAAAGGGAAACACCTCAGCTTTTTCTAAGAAGAGATGTGAGACTTCCCTTGGAAGTT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1337  TGACTAATCTGGATCCTCAAAGGGAAACACCTCAGCTTTTTCTAAGAAGAGATGTGAGACTTCCCTTGGAAGTT  1410

Query 1555  GAAAAACAGATTGAAGACCCACTAGCTATTCTTATTCTCTTTGATGAAGCCAGATATAATTTATTGAAGGGCTT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411  GAAAAACAGATTGAAGACCCACTAGCTATTCTTATTCTCTTTGATGAAGCCAGATATAATTTATTGAAGGGCTT  1484

Query 1629  TTATACAGCTCCTGATGCTAAGCTGATAACATTGGCAAGTCTGCTTTTGCAAATAGTCTATGGAAATTATGAGA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485  TTATACAGCTCCTGATGCTAAGCTGATAACATTGGCAAGTCTGCTTTTGCAAATAGTCTATGGAAATTATGAGA  1558

Query 1703  GTAAAAAACACAAGCAAGGTTTCCTAAATGAAGAAAATCTAAAATCCATCGTACCTGTTACCAAACTGAAAAGT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559  GTAAAAAACACAAGCAAGGTTTCCTAAATGAAGAAAATCTAAAATCCATCGTACCTGTTACCAAACTGAAAAGT  1632

Query 1777  AAGGCACCTCACTGGACAAATCGCATACTTCATGAATACAAGAATCTCAGTACAAGTGAAGGTGTCAGTAAAGA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1633  AAGGCACCTCACTGGACAAATCGCATACTTCATGAATACAAGAATCTCAGTACAAGTGAAGGTGTCAGTAAAGA  1706

Query 1851  AATGCATCACCTTCAGCGCATGTTCTTACAGAATTGCTGGGAAATTCCTACTTATGGAGCAGCATTTTTCACAG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1707  AATGCATCACCTTCAGCGCATGTTCTTACAGAATTGCTGGGAAATTCCTACTTATGGAGCAGCATTTTTCACAG  1780

Query 1925  GACAGATATTTACAAAGGCAAGCCCCAGCAATCATAAAGTCATCCCTGTGTATGTAGGAGTGAATATAAAAGGA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1781  GACAGATATTTACAAAGGCAAGCCCCAGCAATCATAAAGTCATCCCTGTGTATGTAGGAGTGAATATAAAAGGA  1854

Query 1999  CTTCATCTCCTCAACATGGAAACTAAGGCTTTACTCATCAGTCTTAAGTATGGTTGTTTTATGTGGCAATTGGG  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855  CTTCATCTCCTCAACATGGAAACTAAGGCTTTACTCATCAGTCTTAAGTATGGTTGTTTTATGTGGCAATTGGG  1928

Query 2073  AGATACTGATACTTGTTTTCAGATCCATAGCATGGAAAATAAAATGAGCTTTATAGTACATACAAAACAGGCTG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1929  AGATACTGATACTTGTTTTCAGATCCATAGCATGGAAAATAAAATGAGCTTTATAGTACATACAAAACAGGCTG  2002

Query 2147  GTCTCGTGGTAAAACTGTTAATGAAGCTAAATGGACAGTTAATGCCCACTGAAAGAAATTCA  2208
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2003  GTCTCGTGGTAAAACTGTTAATGAAGCTAAATGGACAGTTAATGCCCACTGAAAGAAATTCA  2064