Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00322
• Subject: NM_001127898.4
• Aligned Length: 2448
• Identities: 2237
• Gaps: 210

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCCATGTGGCAGGGTGCCATGGATAACAGAGGCTTTCAGCAGGGGAGTTTTAGTAGCTTCCAGAACAGCTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CAGTGATGAAGACCTGATGGACATTCCAGCAACCGCTATGGATTTCTCCATGAGAGATGATGTTCCTCCCTTAG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------ATGGACTTCTTG  12
                                                                          ||||||||||||
Sbjct  149  ACCGAGAAGTAGGAGAGGACAAGTCGTACAATGGTGGAGGAATAGGTTCTTCAAATAGGATCATGGACTTCTTG  222

Query   13  GAGGAGCCAATCCCTGGTGTAGGGACCTATGATGATTTCAATACAATTGATTGGGTGAGAGAGAAGTCTCGAGA  86
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAGGAGCCAATCCCTGGTGTAGGGACCTATGATGATTTCAATACAATTGATTGGGTGAGAGAGAAGTCTCGAGA  296

Query   87  CCGGGATAGGCACCGAGAGATTACCAATAAAAGCAAAGAGTCAACATGGGCCTTAATTCACAGTGTGAGTGATG  160
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCGGGATAGGCACCGAGAGATTACCAATAAAAGCAAAGAGTCAACATGGGCCTTAATTCACAGTGTGAGTGATG  370

Query  161  CTTTTTCCGGCTGGTTGTTGATGCTCCTTATTGGGCTTTTATCAGGTTCGTTAGCTGGTTTGATAGACATCTCT  234
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTTTTTCCGGCTGGTTGTTGATGCTCCTTATTGGGCTTTTATCAGGTTCGTTAGCTGGTTTGATAGACATCTCT  444

Query  235  GCTCATTGGATGACAGACTTAAAAGAAGGTATATGCACAGGGGGATTCTGGTTTAACCATGAACATTGTTGCTG  308
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCTCATTGGATGACAGACTTAAAAGAAGGTATATGCACAGGGGGATTCTGGTTTAACCATGAACATTGTTGCTG  518

Query  309  GAACTCTGAGCATGTCACCTTTGAAGAGAGAGACAAATGTCCAGAGTGGAATAGTTGGTCCCAGCTTATCATCA  382
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAACTCTGAGCATGTCACCTTTGAAGAGAGAGACAAATGTCCAGAGTGGAATAGTTGGTCCCAGCTTATCATCA  592

Query  383  GCACAGATGAGGGAGCCTTTGCCTACATAGTCAATTATTTCATGTACGTCCTCTGGGCTCTCCTATTTGCCTTC  456
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GCACAGATGAGGGAGCCTTTGCCTACATAGTCAATTATTTCATGTACGTCCTCTGGGCTCTCCTATTTGCCTTC  666

Query  457  CTTGCCGTATCTCTTGTCAAGGTGTTTGCGCCTTATGCCTGTGGCTCTGGAATCCCTGAGATAAAAACTATCTT  530
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CTTGCCGTATCTCTTGTCAAGGTGTTTGCGCCTTATGCCTGTGGCTCTGGAATCCCTGAGATAAAAACTATCTT  740

Query  531  GAGTGGTTTCATTATTAGGGGCTATTTGGGTAAGTGGACTCTGGTTATCAAAACCATCACCTTGGTGCTGGCAG  604
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GAGTGGTTTCATTATTAGGGGCTATTTGGGTAAGTGGACTCTGGTTATCAAAACCATCACCTTGGTGCTGGCAG  814

Query  605  TGTCGTCTGGCTTGAGCCTGGGCAAAGAGGGCCCTCTAGTGCACGTGGCTTGCTGCTGTGGGAACATCCTGTGC  678
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TGTCATCTGGCTTGAGCCTGGGCAAAGAGGGCCCTCTAGTGCACGTGGCTTGCTGCTGTGGGAACATCCTGTGC  888

Query  679  CACTGCTTCAACAAATACAGGAAGAATGAAGCCAAGCGCAGAGAGGTCTTGTCGGCTGCAGCAGCAGCTGGTGT  752
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CACTGCTTCAACAAATACAGGAAGAATGAAGCCAAGCGCAGAGAGGTCTTGTCGGCTGCAGCAGCAGCTGGTGT  962

Query  753  ATCTGTAGCCTTTGGAGCACCTATAGGTGGAGTATTATTCAGCCTTGAAGAGGTCAGCTACTATTTTCCCCTCA  826
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ATCTGTAGCCTTTGGAGCACCTATAGGTGGAGTATTATTCAGCCTTGAAGAGGTCAGCTACTATTTTCCCCTCA  1036

Query  827  AAACATTGTGGCGTTCATTCTTTGCTGCCTTGGTGGCAGCATTCACTCTACGCTCCATCAATCCATTTGGGAAC  900
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AAACATTGTGGCGTTCATTCTTTGCTGCCTTGGTGGCAGCATTCACTCTACGCTCCATCAATCCATTTGGGAAC  1110

Query  901  AGCCGCCTGGTACTATTTTATGTGGAGTTTCACACCCCATGGCATCTCTTTGAGCTCGTGCCATTCATTCTGCT  974
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGCCGCCTGGTACTATTTTATGTGGAGTTTCACACCCCATGGCATCTCTTTGAGCTCGTGCCATTCATTCTGCT  1184

Query  975  GGGCATATTTGGTGGTCTGTGGGGAGCACTGTTTATCCGCACAAACATTGCCTGGTGTCGGAAGCGAAAGACCA  1048
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GGGCATATTTGGTGGTCTGTGGGGAGCACTGTTTATCCGCACAAACATTGCCTGGTGTCGGAAGCGAAAGACCA  1258

Query 1049  CCCAGTTGGGCAAGTATCCTGTTATAGAGGTACTCGTCGTGACAGCCATCACTGCCATCCTGGCTTTCCCCAAT  1122
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCCAGTTGGGCAAGTATCCTGTTATAGAGGTACTCGTCGTGACAGCCATCACTGCCATCCTGGCTTTCCCCAAT  1332

Query 1123  GAATACACTCGGATGAGCACAAGTGAGCTCATTTCTGAGCTGTTTAATGACTGTGGCCTTCTGGACTCCTCCAA  1196
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GAATACACTCGGATGAGCACAAGTGAGCTCATTTCTGAGCTGTTTAATGACTGTGGCCTTCTGGACTCCTCCAA  1406

Query 1197  GCTCTGTGATTATGAGAACCGTTTCAACACAAGCAAAGGGGGTGAACTGCCTGACAGACCGGCTGGCGTGGGAG  1270
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCTCTGTGATTATGAGAACCGTTTCAACACAAGCAAAGGGGGTGAACTGCCTGACAGACCGGCTGGCGTGGGAG  1480

Query 1271  TCTACAGTGCAATGTGGCAGCTGGCTTTAACACTCATACTGAAAATTGTCATTACTATATTCACCTTTGGCATG  1344
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TCTACAGTGCAATGTGGCAGCTGGCTTTAACACTCATACTGAAAATTGTCATTACTATATTCACCTTTGGCATG  1554

Query 1345  AAGATCCCTTCTGGCCTCTTTATCCCTAGCATGGCTGTTGGTGCTATAGCAGGTCGACTTCTAGGAGTAGGAAT  1418
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AAGATCCCTTCTGGCCTCTTTATCCCTAGCATGGCTGTTGGTGCTATAGCAGGTCGACTTCTAGGAGTAGGAAT  1628

Query 1419  GGAACAGCTGGCTTATTACCACCAGGAATGGACCGTCTTCAATAGCTGGTGTAGTCAGGGAGCTGATTGCATCA  1492
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GGAACAGCTGGCTTATTACCACCAGGAATGGACCGTCTTCAATAGCTGGTGTAGTCAGGGAGCTGATTGCATCA  1702

Query 1493  CCCCCGGCCTTTATGCAATGGTTGGGGCTGCAGCCTGCTTAGGTGGGGTGACTCGGATGACTGTTTCTCTTGTT  1566
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CCCCCGGCCTTTATGCAATGGTTGGGGCTGCAGCCTGCTTAGGTGGGGTGACTCGGATGACTGTTTCTCTTGTT  1776

Query 1567  GTCATAATGTTTGAACTGACTGGTGGCTTAGAATACATCGTGCCTCTGATGGCTGCAGCCATGACAAGCAAGTG  1640
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GTCATAATGTTTGAACTGACTGGTGGCTTAGAATACATCGTGCCTCTGATGGCTGCAGCCATGACAAGCAAGTG  1850

Query 1641  GGTGGCAGATGCTCTTGGGCGGGAGGGCATCTATGATGCCCACATCCGTCTCAATGGATACCCCTTTCTTGAAG  1714
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GGTGGCAGATGCTCTTGGGCGGGAGGGCATCTATGATGCCCACATCCGTCTCAATGGATACCCCTTTCTTGAAG  1924

Query 1715  CCAAAGAAGAGTTTGCTCATAAGACCCTGGCAATGGATGTGATGAAACCCCGGAGAAATGATCCTTTGTTGACT  1788
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CCAAAGAAGAGTTTGCTCATAAGACCCTGGCAATGGATGTGATGAAACCCCGGAGAAATGATCCTTTGTTGACT  1998

Query 1789  GTCCTTACTCAGGACAGTATGACTGTGGAAGATGTAGAGACCATAATCAGTGAAACCACTTACAGTGGCTTCCC  1862
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GTCCTTACTCAGGACAGTATGACTGTGGAAGATGTAGAGACCATAATCAGTGAAACCACTTACAGTGGCTTCCC  2072

Query 1863  AGTGGTGGTATCCCGGGAGTCCCAAAGACTTGTGGGCTTTGTCCTCCGAAGAGATCTCATTATTTCAATTGAAA  1936
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AGTGGTGGTATCCCGGGAGTCCCAAAGACTTGTGGGCTTTGTCCTCCGAAGAGATCTCATTATTTCAATTGAAA  2146

Query 1937  ATGCTCGAAAGAAACAGGATGGGGTTGTTAGCACTTCCATCATTTATTTCACGGAGCATTCTCCTCCATTGCCA  2010
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  ATGCTCGAAAGAAACAGGATGGGGTTGTTAGCACTTCCATCATTTATTTCACGGAGCATTCTCCTCCATTGCCA  2220

Query 2011  CCATACACTCCACCCACTCTAAAGCTTCGGAACATCCTCGATCTCAGCCCCTTCACTGTGACTGACCTTACACC  2084
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  CCATACACTCCACCCACTCTAAAGCTTCGGAACATCCTCGATCTCAGCCCCTTCACTGTGACTGACCTTACACC  2294

Query 2085  CATGGAGATCGTAGTGGATATTTTCCGAAAGCTGGGACTGCGGCAGTGCCTGGTTACACACAACGGGCGATTGC  2158
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CATGGAGATCGTAGTGGATATTTTCCGAAAGCTGGGACTGCGGCAGTGCCTGGTTACACACAACGGGCGATTGC  2368

Query 2159  TTGGAATCATTACCAAAAAGGATGTGTTAAAGCATATAGCACAGATGGCGAACCAAGATCCTGATTCCATTCTC  2232
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TTGGAATCATTACCAAAAAGGATGTGTTAAAGCATATAGCACAGATGGCGAACCAAGATCCTGATTCCATTCTC  2442

Query 2233  TTCAAC  2238
            ||||||
Sbjct 2443  TTCAAC  2448