Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00322
• Subject: NM_001243762.1
• Aligned Length: 2448
• Identities: 2050
• Gaps: 210

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCCATGTGGCAGGGAGCCATGGATAACAGAGGCTTTCATCAGGGGAGTTTTAGTAGCTTCCAGAGCAGCTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TAGTGATGAAGACTTGATGGACATCCCAGGGACTGCTATGGACTTCTCTATGAGAGATGACGTGCCGCCTTTAG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------ATGGACTTCTTG  12
                                                                          ||||||||||||
Sbjct  149  ATCGAGAAATAGAAGGGAACAAGTCATACAATGGTGGTGGAATAGGCTCTTCAAATAGAGTCATGGACTTCTTG  222

Query   13  GAGGAGCCAATCCCTGGTGTAGGGACCTATGATGATTTCAATACAATTGATTGGGTGAGAGAGAAGTCTCGAGA  86
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  223  GAGGAGCCAATCCCTGGTGTAGGGACCTATGATGATTTCAACACAATTGATTGGGTGAGAGAGAAATCTCGAGA  296

Query   87  CCGGGATAGGCACCGAGAGATTACCAATAAAAGCAAAGAGTCAACATGGGCCTTAATTCACAGTGTGAGTGATG  160
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  297  CCGAGATAGGCACCGAGAGATTACCAATAAAAGCAAAGAGTCAACATGGGCCTTAATTCACAGTGTGAGCGATG  370

Query  161  CTTTTTCCGGCTGGTTGTTGATGCTCCTTATTGGGCTTTTATCAGGTTCGTTAGCTGGTTTGATAGACATCTCT  234
            ||||.||.||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||..||||||||||||||
Sbjct  371  CTTTCTCTGGTTGGTTGTTAATGCTCCTTATTGGCCTTTTATCAGGTTCCTTAGCTGGCCTGATAGACATCTCT  444

Query  235  GCTCATTGGATGACAGACTTAAAAGAAGGTATATGCACAGGGGGATTCTGGTTTAACCATGAACATTGTTGCTG  308
            |||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct  445  GCTCACTGGATGACAGACTTAAAAGAAGGGATATGTACAGGGGGGTTCTGGTTTAACCATGAGCACTGTTGCTG  518

Query  309  GAACTCTGAGCATGTCACCTTTGAAGAGAGAGACAAATGTCCAGAGTGGAATAGTTGGTCCCAGCTTATCATCA  382
            |||.|||||||||||.|||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||.|||.|||||||.|||||||
Sbjct  519  GAATTCTGAGCATGTTACCTTTGAACACAGAGACAAATGTCCAGAGTGGAATAGCTGGGCCCAGCTCATCATCA  592

Query  383  GCACAGATGAGGGAGCCTTTGCCTACATAGTCAATTATTTCATGTACGTCCTCTGGGCTCTCCTATTTGCCTTC  456
            ..||||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||
Sbjct  593  ATACAGATCAGGGAGCCTTTGCCTACATAGTCAATTACTTCATGTACGTCCTCTGGGCTCTTCTGTTTGCTTTC  666

Query  457  CTTGCCGTATCTCTTGTCAAGGTGTTTGCGCCTTATGCCTGTGGCTCTGGAATCCCTGAGATAAAAACTATCTT  530
            |||||.||||||||||||||||..|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||.|
Sbjct  667  CTTGCTGTATCTCTTGTCAAGGCATTTGCACCTTATGCCTGTGGTTCTGGAATCCCTGAGATCAAAACCATCCT  740

Query  531  GAGTGGTTTCATTATTAGGGGCTATTTGGGTAAGTGGACTCTGGTTATCAAAACCATCACCTTGGTGCTGGCAG  604
            ||||||||||||||||||.||||||.|||||||||||||.||.||.||||||||.|||||.||||||.||||.|
Sbjct  741  GAGTGGTTTCATTATTAGAGGCTATCTGGGTAAGTGGACCCTTGTCATCAAAACTATCACTTTGGTGTTGGCGG  814

Query  605  TGTCGTCTGGCTTGAGCCTGGGCAAAGAGGGCCCTCTAGTGCACGTGGCTTGCTGCTGTGGGAACATCCTGTGC  678
            ||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  815  TGTCATCTGGCTTGAGCCTGGGCAAGGAGGGCCCCCTGGTGCACGTGGCTTGCTGCTGTGGGAACATCTTGTGC  888

Query  679  CACTGCTTCAACAAATACAGGAAGAATGAAGCCAAGCGCAGAGAGGTCTTGTCGGCTGCAGCAGCAGCTGGTGT  752
            ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.||.||.|||||
Sbjct  889  CACTGCTTCAACAAATACCGGAAGAATGAAGCCAAGCGGAGAGAGGTCTTATCAGCTGCAGCGGCTGCCGGTGT  962

Query  753  ATCTGTAGCCTTTGGAGCACCTATAGGTGGAGTATTATTCAGCCTTGAAGAGGTCAGCTACTATTTTCCCCTCA  826
            |||||||||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct  963  ATCTGTAGCCTTTGGGGCCCCTATTGGTGGAGTATTATTCAGCCTGGAAGAGGTCAGCTACTACTTTCCCCTCA  1036

Query  827  AAACATTGTGGCGTTCATTCTTTGCTGCCTTGGTGGCAGCATTCACTCTACGCTCCATCAATCCATTTGGGAAC  900
            |||||.|.||||||||.|||||.|||||..||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||.|||
Sbjct 1037  AAACACTATGGCGTTCTTTCTTCGCTGCTCTGGTGGCAGCGTTCACACTCCGCTCCATCAATCCATTCGGAAAC  1110

Query  901  AGCCGCCTGGTACTATTTTATGTGGAGTTTCACACCCCATGGCATCTCTTTGAGCTCGTGCCATTCATTCTGCT  974
            ||||||.|.||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|.||
Sbjct 1111  AGCCGCTTAGTTCTGTTTTATGTGGAGTTCCACACCCCGTGGCATCTCTTTGAGCTCGTGCCATTCATTGTACT  1184

Query  975  GGGCATATTTGGTGGTCTGTGGGGAGCACTGTTTATCCGCACAAACATTGCCTGGTGTCGGAAGCGAAAGACCA  1048
            .||||||||.|||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 1185  AGGCATATTCGGTGGCCTCTGGGGAGCTCTGTTTATCCGCACAAACATTGCCTGGTGTCGGAAGCGTAAAACCA  1258

Query 1049  CCCAGTTGGGCAAGTATCCTGTTATAGAGGTACTCGTCGTGACAGCCATCACTGCCATCCTGGCTTTCCCCAAT  1122
            |.||||||||||||||||||||..|.|||||||||.|.|||||.|||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1259  CACAGTTGGGCAAGTATCCTGTCGTCGAGGTACTCATTGTGACGGCCATCACTGCCATCTTGGCTTTCCCCAAT  1332

Query 1123  GAATACACTCGGATGAGCACAAGTGAGCTCATTTCTGAGCTGTTTAATGACTGTGGCCTTCTGGACTCCTCCAA  1196
            |||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 1333  GAATATACCCGGATGAGCACAAGTGAGCTCATTTCTGAGCTGTTCAATGACTGCGGCCTCCTGGACTCCTCCAA  1406

Query 1197  GCTCTGTGATTATGAGAACCGTTTCAACACAAGCAAAGGGGGTGAACTGCCTGACAGACCGGCTGGCGTGGGAG  1270
            ||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||..
Sbjct 1407  GCTCTGTGATTATGAGAACCACTTCAACACAAGCAAAGGCGGTGAGCTGCCTGACAGACCTGCTGGCGTGGGCA  1480

Query 1271  TCTACAGTGCAATGTGGCAGCTGGCTTTAACACTCATACTGAAAATTGTCATTACTATATTCACCTTTGGCATG  1344
            ||||||||||.|||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TCTACAGTGCCATGTGGCAGCTGGCTCTGACACTCATACTGAAAATAGTCATTACTATATTCACCTTTGGCATG  1554

Query 1345  AAGATCCCTTCTGGCCTCTTTATCCCTAGCATGGCTGTTGGTGCTATAGCAGGTCGACTTCTAGGAGTAGGAAT  1418
            |||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||.|||.|||||||.|||||
Sbjct 1555  AAGATTCCTTCTGGTCTCTTTATCCCCAGCATGGCTGTCGGTGCTATAGCAGGCCGTCTTTTAGGAGTCGGAAT  1628

Query 1419  GGAACAGCTGGCTTATTACCACCAGGAATGGACCGTCTTCAATAGCTGGTGTAGTCAGGGAGCTGATTGCATCA  1492
            |||.||.|||||||||||||||||.||.|||..|.||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1629  GGAGCAACTGGCTTATTACCACCACGACTGGGGCATCTTCAATAGCTGGTGTAGTCAGGGAGCTGATTGTATCA  1702

Query 1493  CCCCCGGCCTTTATGCAATGGTTGGGGCTGCAGCCTGCTTAGGTGGGGTGACTCGGATGACTGTTTCTCTTGTT  1566
            ||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CCCCTGGCCTTTATGCCATGGTTGGGGCTGCTGCCTGCTTAGGTGGGGTGACTCGGATGACTGTTTCTCTTGTT  1776

Query 1567  GTCATAATGTTTGAACTGACTGGTGGCTTAGAATACATCGTGCCTCTGATGGCTGCAGCCATGACAAGCAAGTG  1640
            |||||||||||||||||||||||||||.|.|||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1777  GTCATAATGTTTGAACTGACTGGTGGCCTGGAATATATTGTGCCTCTGATGGCTGCAGCTATGACAAGCAAGTG  1850

Query 1641  GGTGGCAGATGCTCTTGGGCGGGAGGGCATCTATGATGCCCACATCCGTCTCAATGGATACCCCTTTCTTGAAG  1714
            ||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GGTGGCCGATGCTCTTGGGCGAGAGGGCATTTATGATGCCCACATCCGTCTCAATGGATACCCCTTTCTTGAAG  1924

Query 1715  CCAAAGAAGAGTTTGCTCATAAGACCCTGGCAATGGATGTGATGAAACCCCGGAGAAATGATCCTTTGTTGACT  1788
            ||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||.|||||
Sbjct 1925  CCAAAGAAGAATTTGCTCATAAGACTCTGGCAATGGATGTGATGAAGCCCCGGAGAAATGACCCCTTGCTGACT  1998

Query 1789  GTCCTTACTCAGGACAGTATGACTGTGGAAGATGTAGAGACCATAATCAGTGAAACCACTTACAGTGGCTTCCC  1862
            |||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 1999  GTCCTTACTCAGGACAGTATGACTGTGGAGGATGTCGAGACCATAATCAGCGAAACCACGTACAGTGGCTTTCC  2072

Query 1863  AGTGGTGGTATCCCGGGAGTCCCAAAGACTTGTGGGCTTTGTCCTCCGAAGAGATCTCATTATTTCAATTGAAA  1936
            .|||||.||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GGTGGTAGTGTCCCGAGAGTCGCAAAGACTTGTAGGCTTTGTTCTTCGAAGAGATCTCATTATTTCAATTGAAA  2146

Query 1937  ATGCTCGAAAGAAACAGGATGGGGTTGTTAGCACTTCCATCATTTATTTCACGGAGCATTCTCCTCCATTGCCA  2010
            |||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||.
Sbjct 2147  ATGCTCGGAAGAAACAGGACGGGGTTGTGAGCACTTCCATCATTTATTTCACGGAGCATTCGCCTCCAATGCCT  2220

Query 2011  CCATACACTCCACCCACTCTAAAGCTTCGGAACATCCTCGATCTCAGCCCCTTCACTGTGACTGACCTTACACC  2084
            ||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.||
Sbjct 2221  CCATACACCCCACCTACCCTGAAGCTTCGGAACATCCTGGACCTCAGCCCCTTCACTGTGACAGACCTTACGCC  2294

Query 2085  CATGGAGATCGTAGTGGATATTTTCCGAAAGCTGGGACTGCGGCAGTGCCTGGTTACACACAACGGGCGATTGC  2158
            .|||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 2295  AATGGAGATCGTGGTGGACATCTTCCGCAAGCTGGGCCTGCGCCAGTGCCTGGTTACACACAACGGGCGCTTAC  2368

Query 2159  TTGGAATCATTACCAAAAAGGATGTGTTAAAGCATATAGCACAGATGGCGAACCAAGATCCTGATTCCATTCTC  2232
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 2369  TTGGAATCATCACCAAAAAGGATGTGTTAAAGCATATAGCACAGATGGCAAACCAAGACCCTGATTCCATTCTC  2442

Query 2233  TTCAAC  2238
            ||||||
Sbjct 2443  TTCAAC  2448