Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00412
• Subject: NM_001256497.3
• Aligned Length: 1617
• Identities: 1341
• Gaps: 123

Alignment

Query    1  ATGGACCTCATCCCAAATTTGGCGGTGGAAACCTGGCTTCTCCTGGCTGTCAGCCTGGTGCTCCTCTATCTATA  74
            |||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.|.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGATCTCATCCCAAACTTGGCCGTGGAAACCTGGCTTCTCCTGGCTGTCAGCCTGATACTCCTCTATCTATA  74

Query   75  TGGGACCCGTACACATGGACTTTTTAAGAGACTGGGAATTCCAGGGCCCACACCTCTGCCTTTGTTGGGAAATG  148
            |||.|||||||||||||||||||||||||..||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct   75  TGGAACCCGTACACATGGACTTTTTAAGAAGCTTGGAATTCCAGGGCCCACACCTCTGCCTTTTTTGGGAAATG  148

Query  149  TTTTGTCCTATCGTCAGGGTCT-CTGGAAATTTGACACAGAGTGCTATAAAAAGTATGGAAAAATGTGGGGAAC  221
            .||||||||..|||.|||| || .||||..|||||||..||.||.||||||||||||.|||||.|.|||||.|.
Sbjct  149  CTTTGTCCTTCCGTAAGGG-CTATTGGACGTTTGACATGGAATGTTATAAAAAGTATAGAAAAGTCTGGGGTAT  221

Query  222  GTATGAAGGTCAACTCCCTGTGCTGGCCATCACAGATCCCGACGTGATCAGAACAGTGCTAGTGAAAGAATGTT  295
            .|||||..||||||..|||.|||||||.|||||||||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  222  TTATGACTGTCAACAGCCTATGCTGGCTATCACAGATCCCGACATGATCAAAACAGTGCTAGTGAAAGAATGTT  295

Query  296  ATTCTGTCTTCACAAATCGAAGGTCTTTAGGCCCAGTGGGATTTATGAAAAGTGCCATCTCTTTAGCTGAGGAT  369
            ||||||||||||||||.||.|||.||||.||.|||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||
Sbjct  296  ATTCTGTCTTCACAAACCGGAGGCCTTTCGGGCCAGTGGGATTTATGAAAAATGCCATCTCTATAGCTGAGGAT  369

Query  370  GAAGAATGGAAGAGAATACGGTCATTGCTGTCTCCAACCTTCACCAGCGGAAAACTCAAGGAGATGTTCCCCAT  443
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||||.||
Sbjct  370  GAAGAATGGAAGAGAATACGATCATTGCTGTCTCCAACATTCACCAGCGGAAAACTCAAGGAGATGGTCCCTAT  443

Query  444  CATTGCCCAGTATGGAGATGTATTGGTGAGAAACTTGAGGCGGGAAGCAGAGAAAGGCAAGCCTGTCACCTTGA  517
            |||||||||||||||||||||.|||||||||||..||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  444  CATTGCCCAGTATGGAGATGTGTTGGTGAGAAATCTGAGGCGGGAAGCAGAGACAGGCAAGCCTGTCACCTTGA  517

Query  518  AAGACATCTTTGGGGCCTACAGCATGGATGTGATTACTGGCACATCATTTGGAGTGAACATCGACTCTCTCAAC  591
            ||.||.||||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  518  AACACGTCTTTGGGGCCTACAGCATGGATGTGATCACTAGCACATCATTTGGAGTGAGCATCGACTCTCTCAAC  591

Query  592  AATCCACAAGACCCCTTTGTGGAGAGCACTAAGAAGTTCCTAAAATTTGGTTTCTTAGATCCATTATTTCTCTC  665
            |||||||||||||||||||||||.|.|||.||||||.|..|||.||||..|...|||||||||||..|||||||
Sbjct  592  AATCCACAAGACCCCTTTGTGGAAAACACCAAGAAGCTTTTAAGATTTAATCCATTAGATCCATTCGTTCTCTC  665

Query  666  AATAATACTCTTTCCATTCCTTACCCCAGTTTTTGAAGCATTAAATGTCTCTCTGTTTCC---AAAAGATACCA  736
            |||||.|.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||.||.|||||||   |||||.|   |
Sbjct  666  AATAAAAGTCTTTCCATTCCTTACCCCAATTCTTGAAGCATTAAATATCACTGTGTTTCCAAGAAAAGTT---A  736

Query  737  TAAATTTTTTAAGTAAATCTGT-AAACAGAATGAAGAAAAGTCGCCTCAACGACAAACAAAAGCACCGACTAGA  809
            |||.||||.|||..|||||||| |||||| ||.||..||.||||||||||.||.|.|||||||||||||.|.||
Sbjct  737  TAAGTTTTCTAACAAAATCTGTAAAACAG-ATAAAAGAAGGTCGCCTCAAAGAGACACAAAAGCACCGAGTGGA  809

Query  810  TTTCCTTCAGCTGATGATTGACTCCCAGAATTCGAAAGAAACTGAGTCCCACAAAGCTCTGTCTGATCTGGAGC  883
            ||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||..|||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  810  TTTCCTTCAGCTGATGATTGACTCTCAGAATTCAAAAGACTCTGAGACCCACAAAGCTCTGTCTGATCTGGAGC  883

Query  884  TCGCAGCCCAGTCAATAATCTTCATTTTTGCTGGCTATGAAACCACCAGCAGTGTTCTTTCCTTCACTTTATAT  957
            ||...|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||.|.|||||
Sbjct  884  TCATGGCCCAATCAATTATCTTTATTTTTGCTGGCTATGAAACCACGAGCAGTGTTCTCTCCTTCATTATATAT  957

Query  958  GAACTGGCCACTCACCCTGATGTCCAGCAGAAACTGCAAAAGGAGATTGATGCAGTTTTGCCCAATAAGGCACC  1031
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.||||||.|||||||.||||||||||||||
Sbjct  958  GAACTGGCCACTCACCCTGATGTCCAGCAGAAAGTGCAGAAGGAAATTGATACAGTTTTACCCAATAAGGCACC  1031

Query 1032  ACCTACCTATGATGCCGTGGTACAGATGGAGTACCTTGACATGGTGGTGAATGAAACACTCAGATTATTCCCAG  1105
            |||.|||||||||.|.|||.|||||.|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032  ACCCACCTATGATACTGTGCTACAGTTGGAGTATCTTGACATGGTGGTGAATGAAACACTCAGATTATTCCCAG  1105

Query 1106  TTGCTATTAGACTTGAGAGGACTTGCAAGAAAGATGTTGAAATCAATGGGGTATTCATTCCCAAAGGGTCAATG  1179
            |||||||.||||||||||||...|||||.|||||||||||||||||||||.|.||.||||||||||||....||
Sbjct 1106  TTGCTATGAGACTTGAGAGGGTCTGCAAAAAAGATGTTGAAATCAATGGGATGTTTATTCCCAAAGGGGTGGTG  1179

Query 1180  GTGGTGATTCCAACTTATGCTCTTCACCATGACCCAAAGTACTGGACAGAGCCTGAGGAGTTCCGCCCTGAAAG  1253
            |||.|||||||||..||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||||
Sbjct 1180  GTGATGATTCCAAGCTATGTTCTTCATCATGACCCAAAGTACTGGACAGAGCCTGAGAAGTTCCTCCCTGAAAG  1253

Query 1254  GTTCAGT---AAGAAGAAGGACAGCATAGATCCTTACATATACACACCCTTTGGAACTGGACCCAGAAACTGCA  1324
            |||||||   |||||.|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1254  GTTCAGTAAAAAGAACAAGGACAACATAGATCCTTACATATACACACCCTTTGGAAGTGGACCCAGAAACTGCA  1327

Query 1325  TTGGCATGAGGTTTGCTCTCATGAACATGAAACTTGCTCTAATCAGAGTCCTTCAGAACTTCTCCTTCAAACCT  1398
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1328  TTGGCATGAGGTTTGCTCTCGTGAACATGAAACTTGCTCTAGTCAGAGTCCTTCAGAACTTCTCCTTCAAACCT  1401

Query 1399  TGTAAAGAAACACAGATCCCCTTGAAATTAGACACGC----AAGGACTTCTTCAACCAGAAAAACCCATTGTTC  1468
            |||||||||||||||||||||.|||||||    ||||    .|||||||||||.|.||||||||||||||||||
Sbjct 1402  TGTAAAGAAACACAGATCCCCCTGAAATT----ACGCTTTGGAGGACTTCTTCTAACAGAAAAACCCATTGTTC  1471

Query 1469  TAAAGGTGGATTCAAGAGATGGAACCCTAAGTGGAGAA------------------------------------  1506
            ||||||..||.|||||.||||..|||.|   ||.|||.                                    
Sbjct 1472  TAAAGGCTGAGTCAAGGGATGAGACCTT---TGTAGATATGGAGCCCATTCACATGGACTTTTTAAGAAGCTTG  1542

Query 1507  ---------------------------------------------------------------  1506
                                                                           
Sbjct 1543  GCATTCCAGGGCCCACACCTCTGCTTTTTTTGGGAACTACTTTGTCCTACCATCAGATCCCGC  1605