Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00540
• Subject: XR_387772.4
• Aligned Length: 1877
• Identities: 1308
• Gaps: 353

Alignment

Query    1  ------------------------------------------------------------------ATGGCGGA  8
                                                                              ||||||||
Sbjct    1  GGTTCCAGTTCCGGTCCCCTAGTCAGGTCCGGCGGCCTGCACACGCCAAGCACGCTGGGAGTAGCCATGGCGGA  74

Query    9  TGGTCAGGTGGCGGAACTGCTGCTCCGGCGGCTGGAGGCGTCTGATGGCGGCCTGGACAGCGCCGAGTTGGCGG  82
            |..||..||...|||.|||.||||.|||||||||||||...||||||||||.|||||||||||.||||||||..
Sbjct   75  TAATCCCGTTTTGGAGCTGTTGCTGCGGCGGCTGGAGGTAGCTGATGGCGGTCTGGACAGCGCGGAGTTGGCTA  148

Query   83  CTGAGCTGGGCATGGAGCACCAGGCGGTGGTGGGCGCCGTGAAGAGCCTTCAGGCGCTGGGCGAGGTCATCGAG  156
            |..|||||||..|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.||||||||.|||
Sbjct  149  CGCAGCTGGGTGTGGAGCACCAGGCGGTGGTGGGCGCAGTGAAGAGCCTTCAAGCTCTGGGTGAGGTCATTGAG  222

Query  157  GCTGAACTTCGGTCCACCAAGCACTGGGAGCTTACTGCGGAGGGCGAGGAGATTGCCCGGGAGGGCAGCCATGA  230
            |||||.|||||.||.||||||..|||||||||.|||.|.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GCTGAGCTTCGTTCTACCAAGTGCTGGGAGCTGACTACTGAGGGTGAGGAGATTGCCCGGGAGGGCAGCCATGA  296

Query  231  GGCCCGTGTGTTTCGAAGCATTCCCCCAGAGGGCCTGGCCCAGAGCGAGCTTATGCGACTGCCCAGTGGCAAAG  304
            |||||||||||||.|||||||.||.|..||||||||||..|||||.|||||.||||..||||||||.|||||.|
Sbjct  297  GGCCCGTGTGTTTAGAAGCATCCCTCTCGAGGGCCTGGTGCAGAGTGAGCTCATGCACCTGCCCAGCGGCAAGG  370

Query  305  TGGGCTTCAGCAAGGCCATGTCCAACAAGTGGATTCGGGTGGACAAGAGTGCGGCTGACGGGCCCCGGGTGTTC  378
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGGGCTTCAGCAAGGCCATGTCCAACAAGTGGATCCGAGTGGACAAGAGTGCCGCCGACGGGCCCCGGGTGTTC  444

Query  379  CGAGTGGTGGACAGCATGGAGGATGAGGTGCAGCGGCGGCTCCAGCTGGTCCGGGGGGGACAGGCTGAGAAGCT  452
            ||||||||||||||.||.||||||||.||||||..||||.|.||||||||||.||..||.||||||||||||||
Sbjct  445  CGAGTGGTGGACAGTATAGAGGATGAAGTGCAGAAGCGGTTGCAGCTGGTCCAGGCAGGCCAGGCTGAGAAGCT  518

Query  453  GGGGGAGAAGGAGAGGAGCGAGCTGAGGAAGAGGAAGCTGTTGGCTGAAGTGACTCTGAAGACCTACTGGGTGA  526
            ||..||.|||||..|||..|||||.|||||||||||||||.||.|.|||||||..|||||.|||||||||||||
Sbjct  519  GGCTGAAAAGGAACGGAATGAGCTCAGGAAGAGGAAGCTGCTGACGGAAGTGATCCTGAAAACCTACTGGGTGA  592

Query  527  GCAAAGGCAGTGCCTTTAGTACCAGCATCTCCAAGCAAGAGACAGAGCTGAGCCCAGAGATGATCTCCAGTGGC  600
            ||||.||||..|||||.||.||.|||.|.||.|||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GCAAGGGCAAGGCCTTCAGCACAAGCGTGTCTAAGCAGGAGGCAGAGCTGAGCCCAGAGATGATCTCCAGTGGC  666

Query  601  TCTTGGCGGGACCGGCCCTTCAAGCCCTACAACTTCTTGGCCCACGGTGTCCTCCCCGACAGCGGCCACCTTCA  674
            ||||||.|||||||.||.|||||.|||||||||||||..||||..|||||.|||||.||.||.||||||||.||
Sbjct  667  TCTTGGAGGGACCGACCTTTCAAACCCTACAACTTCTCTGCCCGTGGTGTGCTCCCAGATAGTGGCCACCTGCA  740

Query  675  CCCGCTGCTCAAGGTCCGCTCCCAGTTCCGACAGATCTTCCTGGAGATGGGGTTCACCGAGATGCCGACTGATA  748
            |||..||||||||||||||||.|||||||||||.||||||.||||||||||||||||.||||||||.||.||.|
Sbjct  741  CCCCTTGCTCAAGGTCCGCTCTCAGTTCCGACAAATCTTCTTGGAGATGGGGTTCACTGAGATGCCTACGGACA  814

Query  749  ACTTCATTGAGAGCTCCTTCTGGAACTTTGACGCCCTCTTCCAGCCCCAGCAGCACCCAGCCCGTGACCAGCAC  822
            |.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.||||||||.||.
Sbjct  815  ATTTCATTGAGAGCTCCTTCTGGAACTTTGATGCACTCTTTCAGCCTCAGCAGCACCCAGCACGTGACCAACAT  888

Query  823  GACACCTTCTTCCTTCGAGATCCAGCGGAGGCCCTGCAGCTCCCAATGGACTATGTCCAGCGGGTCAAGCGGAC  896
            ||.||.||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||.||||||||||||.||.||.|||||
Sbjct  889  GATACTTTCTTCCTGCGAGACCCAGCTGAGGCCCTGCAGCTTCCAATGGGCTATGTCCAGCGCGTGAAACGGAC  962

Query  897  CCACTCTCAGGGCGGCTACGGCTCACAGGGGTACAAGTATAACTGGAAGCTGGACGAGGCCCGGAAAAACCTAC  970
            ||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct  963  CCACTCCCAGGGTGGCTACGGCTCACAGGGCTACAAGTATACCTGGAAGCTGGAAGAGGCCCGGAAAAACCTGC  1036

Query  971  TGCGAACCCACACCACATCAGCCAGCGCCCGTGCGCTCTACCGCCTTGCCCAGA--------------------  1024
            |.||.||.|||||||||.|||||||||||||.||.|||||||...|.|||||||                    
Sbjct 1037  TTCGCACACACACCACAGCAGCCAGCGCCCGCGCCCTCTACCAGTTAGCCCAGAAGGCGTGGCCTGGCCATCAT  1110

Query 1025  -----------AGAAGCCCTTCACTCCGGTCAAGTACTTCTCCATCGACCGCGTATTCCGGAATGAGACCCTGG  1087
                       |||||||.||.||.||.|.||||||||||||.||.||.||.||.||.|||||||||||.||||
Sbjct 1111  TCCTCCTCCTCAGAAGCCGTTTACACCAGCCAAGTACTTCTCTATTGATCGTGTGTTTCGGAATGAGACGCTGG  1184

Query 1088  ACGCCACGCACCTGGCTGAGTTCCACCAGATCGAGGGCGTGGTGGCGGATCATGGTCTCACCTTGGGCCACCTC  1161
            ||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||..|.||.||.||||||||||||.|.|||||||||
Sbjct 1185  ACGCCACGCACCTGGCGGAGTTCCACCAGATTGAGGGTGTAATAGCAGACCATGGTCTCACCCTAGGCCACCTC  1258

Query 1162  ATGGGCGTTCTGCGGGAGTTCTTCACCAAGCTGGGTATCACGCAACTCCGCTTCAAGCCAGCCTACAACCCATA  1235
            |||||.||.|||.||||||||||||||||||||||.||||||||..|.||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1259  ATGGGTGTGCTGAGGGAGTTCTTCACCAAGCTGGGAATCACGCAGTTGCGCTTCAAACCAGCCTACAACCCCTA  1332

Query 1236  CACAGAGCCCAGCATGGAGGTGTTCAGCTACCACCAAGGCCTGAAGAAGTGGGTGGAGGTCGGAAACTCGGGGG  1309
            ||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.|||||.||||
Sbjct 1333  CACAGAGCCCAGCATGGAAGTGTTCAGCTACCACCAAGGTCTAAAGAAGTGGGTTGAAGTTGGCAACTCTGGGG  1406

Query 1310  TCTTCCGTCCAGAGATGCTGCTGCCCATGGGGCTTCCCGAGAACGTGTCGGTCATTGCCTGGGGCCTCTCCCTG  1383
            |||||||.||.||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 1407  TCTTCCGCCCTGAGATGCTCCTGCCTATGGGGCTCCCTGAGAATGTGTCTGTCATTGCTTGGGGTCTCTCCCTG  1480

Query 1384  GAGCGCCCAACGATGATCAAATATGGCATCAACAATATCCGGGAGCTGGTGGGCCACAAGGTGAACCTGCAGAT  1457
            ||.||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GAACGCCCAACAATGATCAAATATGGCATCAATAACATCCGAGAACTGGTGGGCCACAAGGTGAACCTGCAGAT  1554

Query 1458  GGTGTATGACAGTCCCCTGTGCCGCCTGGATGCCGAGCCGAGGCCCCCTCCCACACAGGAGGCTGCG-------  1524
            |||.||.|||||.||..|||||||.||||||...|||||.|||.||.|....||||||||||||||.       
Sbjct 1555  GGTATACGACAGCCCTGTGTGCCGACTGGATATTGAGCCCAGGTCCTCAAAGACACAGGAGGCTGCATGATATA  1628

Query 1525  --------------------------------------------------------------------------  1524
                                                                                      
Sbjct 1629  GGCTGTTCCAGAGATCCCTGTCTAGTCCCTGTGCATCTCTTGGCAGTGACCTACTATTTATGAGGCCTCTGTGA  1702

Query 1525  --------------------------------------------------------------------------  1524
                                                                                      
Sbjct 1703  GGCCAGCTCACTCCCCCTGCCTCTCCCACCCTGGGGGCAGGGTTCTAAGTATGGGGAGTTCTTATGCTGGCTTT  1776

Query 1525  --------------------------------------------------------------------------  1524
                                                                                      
Sbjct 1777  TAGTGGTGTGTGTAGTTTGCTTGTAAGGGTGGGTTTGGCCCTGCAGGCCAGCTGTTTTAATAAAGTGGGCACAT  1850

Query 1525  ---------------------------  1524
                                       
Sbjct 1851  TCCCTCATTTGGTGCCTTTTGTTAGGA  1877