Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_01034
- Subject:
- XR_001738747.2
- Aligned Length:
- 4748
- Identities:
- 2727
- Gaps:
- 1990
Alignment
Query 1 --------------------------------------------------------------ATGGCGGTGCAG 12
||||||||||||
Sbjct 1 AAACAGCTTAGTGGGTGTGGGGTCGCGCATTTTCTTCAACCAGGAGGTGAGGAGGTTTCGACATGGCGGTGCAG 74
Query 13 CCGAAGGAGACGCTGCAGTTGGAGAGCGCGGCCGAGGTCGGCTTCGTGCGCTTCTTTCAGGGCATGCCGGAGAA 86
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 CCGAAGGAGACGCTGCAGTTGGAGAGCGCGGCCGAGGTCGGCTTCGTGCGCTTCTTTCAGGGCATGCCGGAGAA 148
Query 87 GCCGACCACCACAGTGCGCCTTTTCGACCGGGGCGACTTCTATACGGCGCACGGCGAGGACGCGCTGCTGGCCG 160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 GCCGACCACCACAGTGCGCCTTTTCGACCGGGGCGACTTCTATACGGCGCACGGCGAGGACGCGCTGCTGGCCG 222
Query 161 CCCGGGAGGTGTTCAAGACCCAGGGGGTGATCAAGTACATGGGGCCGGCAGGAGCAAAGAATCTGCAGAGTGTT 234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 CCCGGGAGGTGTTCAAGACCCAGGGGGTGATCAAGTACATGGGGCCGGCAGGAGCAAAGAATCTGCAGAGTGTT 296
Query 235 GTGCTTAGTAAAATGAATTTTGAATCTTTTGTAAAAGATCTTCTTCTGGTTCGTCAGTATAGAGTTGAAGTTTA 308
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 GTGCTTAGTAAAATGAATTTTGAATCTTTTGTAAAAGATCTTCTTCTGGTTCGTCAGTATAGAGTTGAAGTTTA 370
Query 309 TAAGAATAGAGCTGGAAATAAGGCATCCAAGGAGAATGATTGGTATTTGGCATATAAGGCTTCTCCTGGCAATC 382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 TAAGAATAGAGCTGGAAATAAGGCATCCAAGGAGAATGATTGGTATTTGGCATATAAGGCTTCTCCTGGCAATC 444
Query 383 TCTCTCAGTTTGAAGACATTCTCTTTGGTAACAATGATATGTCAGCTTCCATTGGTGTTGTGGGTGTTAAAATG 456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 TCTCTCAGTTTGAAGACATTCTCTTTGGTAACAATGATATGTCAGCTTCCATTGGTGTTGTGGGTGTTAAAATG 518
Query 457 TCCGCAGTTGATGGCCAGAGACAGGTTGGAGTTGGGTATGTGGATTCCATACAGAGGAAACTAGGACTGTGTGA 530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 TCCGCAGTTGATGGCCAGAGACAGGTTGGAGTTGGGTATGTGGATTCCATACAGAGGAAACTAGGACTGTGTGA 592
Query 531 ATTCCCTGATAATGATCAGTTCTCCAATCTTGAGGCTCTCCTCATCCAGATTGGACCAAAGGAATGTGTTTTAC 604
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 ATTCCCTGATAATGATCAGTTCTCCAATCTTGAGGCTCTCCTCATCCAGATTGGACCAAAGGAATGTGTTTTAC 666
Query 605 CCGGAGGAGAGACTGCTGGAGACATGGGGAAACTGAGACAGATAATTCAAAGAGGAGGAATTCTGATCACAGAA 678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 CCGGAGGAGAGACTGCTGGAGACATGGGGAAACTGAGACAGATAATTCAAAGAGGAGGAATTCTGATCACAGAA 740
Query 679 AGAAAAAAAGCTGACTTTTCCACAAAAGACATTTATCAGGACCTCAACCGGTTGTTGAAAGGCAAAAAGGGAGA 752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 AGAAAAAAAGCTGACTTTTCCACAAAAGACATTTATCAGGACCTCAACCGGTTGTTGAAAGGCAAAAAGGGAGA 814
Query 753 GCAGATGAATAGTGCTGTATTGCCAGAAATGGAGAATCAGGTTGCAGTTTCATCACTGTCTGCGGTAATCAAGT 826
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 GCAGATGAATAGTGCTGTATTGCCAGAAATGGAGAATCAGGTTGCAGTTTCATCACTGTCTGCGGTAATCAAGT 888
Query 827 TTTTAGAACTCTTATCAGATGATTCCAACTTTGGACAGTTTGAACTGACTACTTTTGACTTCAGCCAGTATATG 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 TTTTAGAACTCTTATCAGATGATTCCAACTTTGGACAGTTTGAACTGACTACTTTTGACTTCAGCCAGTATATG 962
Query 901 AAATTGGATATTGCAGCAGTCAGAGCCCTTAACCTTTTTCAGGGTTCTGTTGAAGATACCACTGGCTCTCAGTC 974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 AAATTGGATATTGCAGCAGTCAGAGCCCTTAACCTTTTTCAGGGTTCTGTTGAAGATACCACTGGCTCTCAGTC 1036
Query 975 TCTGGCTGCCTTGCTGAATAAGTGTAAAACCCCTCAAGGACAAAGACTTGTTAACCAGTGGATTAAGCAGCCTC 1048
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 TCTGGCTGCCTTGCTGAATAAGTGTAAAACCCCTCAAGGACAAAGACTTGTTAACCAGTGGATTAAGCAGCCTC 1110
Query 1049 TCATGGATAAGAACAGAATAGAGGAGAGATTGAATTTAGTGGAAGCTTTTGTAGAAGATGCAGAATTGAGGCAG 1122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 TCATGGATAAGAACAGAATAGAGGAGAGATTGAATTTAGTGGAAGCTTTTGTAGAAGATGCAGAATTGAGGCAG 1184
Query 1123 ACTTTACAAGAAGATTTACTTCGTCGATTCCCAGATCTTAACCGACTTGCCAAGAAGTTTCAAAGACAAGCAGC 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 ACTTTACAAGAAGATTTACTTCGTCGATTCCCAGATCTTAACCGACTTGCCAAGAAGTTTCAAAGACAAGCAGC 1258
Query 1197 AAACTTACAAGATTGTTACCGACTCTATCAGGGTATAAATCAACTACCTAATGTTATACAGGCTCTGGAAAAAC 1270
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AAACTTACAAGATTGTTACCGACTCTATCAGGGTATAAATCAACTACCTAATGTTATACAGGCTCTGGAAAAAC 1332
Query 1271 ATGAAGGAAAACACCAGAAATTATTGTTGGCAGTTTTTGTGACTCCTCTTACTGATCTTCGTTCTGACTTCTCC 1344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 ATGAAGGAAAACACCAGAAATTATTGTTGGCAGTTTTTGTGACTCCTCTTACTGATCTTCGTTCTGACTTCTCC 1406
Query 1345 AAGTTTCAGGAAATGATAGAAACAACTTTAGATATGGATCAGGTGGAAAACCATGAATTCCTTGTAAAACCTTC 1418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 AAGTTTCAGGAAATGATAGAAACAACTTTAGATATGGATCAGGTGGAAAACCATGAATTCCTTGTAAAACCTTC 1480
Query 1419 ATTTGATCCTAATCTCAGTGAATTAAGAGAAATAATGAATGACTTGGAAAAGAAGATGCAGTCAACATTAATAA 1492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 ATTTGATCCTAATCTCAGTGAATTAAGAGAAATAATGAATGACTTGGAAAAGAAGATGCAGTCAACATTAATAA 1554
Query 1493 GTGCAGCCAGAGATCTTGGCTTGGACCCTGGCAAACAGATTAAACTGGATTCCAGTGCACAGTTTGGATATTAC 1566
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GTGCAGCCAGAGATCTTGGCTTGGACCCTGGCAAACAGATTAAACTGGATTCCAGTGCACAGTTTGGATATTAC 1628
Query 1567 TTTCGTGTAACCTGTAAGGAAGAAAAAGTCCTTCGTAACAATAAAAACTTTAGTACTGTAGATATCCAGAAGAA 1640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 TTTCGTGTAACCTGTAAGGAAGAAAAAGTCCTTCGTAACAATAAAAACTTTAGTACTGTAGATATCCAGAAGAA 1702
Query 1641 TGGTGTTAAATTTACCAACAGCAAATTGACTTCTTTAAATGAAGAGTATACCAAAAATAAAACAGAATATGAAG 1714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 TGGTGTTAAATTTACCAACAGCAAATTGACTTCTTTAAATGAAGAGTATACCAAAAATAAAACAGAATATGAAG 1776
Query 1715 AAGCCCAGGATGCCATTGTTAAAGAAATTGTCAATATTTCTTCAGGCTATGTAGAACCAATGCAGACACTCAAT 1788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 AAGCCCAGGATGCCATTGTTAAAGAAATTGTCAATATTTCTTCAGGCTATGTAGAACCAATGCAGACACTCAAT 1850
Query 1789 GATGTGTTAGCTCAGCTAGATGCTGTTGTCAGCTTTGCTCACGTGTCAAATGGAGCACCTGTTCCATATGTACG 1862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 GATGTGTTAGCTCAGCTAGATGCTGTTGTCAGCTTTGCTCACGTGTCAAATGGAGCACCTGTTCCATATGTACG 1924
Query 1863 ACCAGCCATTTTGGAGAAAGGACAAGGAAGAATTATATTAAAAGCATCCAGGCATGCTTGTGTTGAAGTTCAAG 1936
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 ACCAGCCATTTTGGAGAAAGGACAAGGAAGAATTATATTAAAAGCATCCAGGCATGCTTGTGTTGAAGTTCAAG 1998
Query 1937 ATGAAATTGCATTTATTCCTAATGACGTATACTTTGAAAAAGATAAACAGATGTTCCACATCATTACTGGCCCC 2010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 ATGAAATTGCATTTATTCCTAATGACGTATACTTTGAAAAAGATAAACAGATGTTCCACATCATTACTGGCCCC 2072
Query 2011 AATATGGGAGGTAAATCAACATATATTCGACAAACTGGGGTGATAGTACTCATGGCCCAAATTGGGTGTTTTGT 2084
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 AATATGGGAGGTAAATCAACATATATTCGACAAACTGGGGTGATAGTACTCATGGCCCAAATTGGGTGTTTTGT 2146
Query 2085 GCCATGTGAGTCAGCAGAAGTGTCCATTGTGGACTGCATCTTAGCCCGAGTAGGGGCTGGTGACAGTCAATTGA 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 GCCATGTGAGTCAGCAGAAGTGTCCATTGTGGACTGCATCTTAGCCCGAGTAGGGGCTGGTGACAGTCAATTGA 2220
Query 2159 AAGGAGTCTCCACGTTCATGGCTGAAATGTTGGAAACTGCTTCTATCCTCAGGTCTGCAACCAAAGATTCATTA 2232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 AAGGAGTCTCCACGTTCATGGCTGAAATGTTGGAAACTGCTTCTATCCTCAGGTCTGCAACCAAAGATTCATTA 2294
Query 2233 ATAATCATAGATGAATTGGGAAGAGGAACTTCTACCTACGATGGATTTGGGTTAGCATGGGCTATATCAGAATA 2306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 ATAATCATAGATGAATTGGGAAGAGGAACTTCTACCTACGATGGATTTGGGTTAGCATGGGCTATATCAGAATA 2368
Query 2307 CATTGCAACAAAGATTGGTGCTTTTTGCATGTTTGCAACCCATTTTCATGAACTTACTGCCTTGGCCAATCAGA 2380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 CATTGCAACAAAGATTGGTGCTTTTTGCATGTTTGCAACCCATTTTCATGAACTTACTGCCTTGGCCAATCAGA 2442
Query 2381 TACCAACTGTTAATAATCTACATGTCACAGCACTCACCACTGAAGAGACCTTAACTATGCTTTATCAGGTGAAG 2454
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 TACCAACTGTTAATAATCTACATGTCACAGCACTCACCACTGAAGAGACCTTAACTATGCTTTATCAGGTGAAG 2516
Query 2455 AAAGGTGTCTGTGATCAAAGTTTTGGGATTCATGTTGCAGAGCTTGCTAATTTCCCTAAGCATGTAATAGAGTG 2528
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 AAAGGTGTCTGTGATCAAAGTTTTGGGATTCATGTTGCAGAGCTTGCTAATTTCCCTAAGCATGTAATAGAGTG 2590
Query 2529 TGCTAAACAGAAAGCCCTGGAACTTGAGGAGTTTCAGTATATTGGAGAATCGCAAGGATATGATATCATGGAAC 2602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 TGCTAAACAGAAAGCCCTGGAACTTGAGGAGTTTCAGTATATTGGAGAATCGCAAGGATATGATATCATGGAAC 2664
Query 2603 CAGCAGCAAAGAAGTGCTATCTGGAAAGAGAG-----CAAGGTGAAAAAATTATTCAGGAGTTCCTGTCCAAGG 2671
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||..||||.| ||| ||||
Sbjct 2665 CAGCAGCAAAGAAGTGCTATCTGGAAAGAGAGAACCTCAGAGTGACA-----------GAG-------CCAA-- 2718
Query 2672 TGAA-ACAAATGCC---CTTTACTGAAATGTCAGAAGAAAACATCACAAT-----AAAGTTAAAACAGCTAAAA 2736
|| ||.|.|||| .|||.||||.||| .|.|||.||||.|| .| |||| |.|.|.|||
Sbjct 2719 --AAGACCAGTGCCTCATTTTGCTGACATG-GAAAAGGAAACTTC---GTGGGGGAAAG--AGATCTGCT---- 2780
Query 2737 GCTGAAGT------AATAGCAAAGAATAATAGCTTTGTAAATGA---------------AATCATTTCAC---- 2785
||.||| .|.|| |.||||..|..|| |.||| ||.|| |||
Sbjct 2781 --TGCAGTCGGCCAGAGAG-ACAGAACCAGGGC------AGTGACCCTACTCCCACCCGAAACA---CACAGCC 2842
Query 2786 ---GAATAAAAG------------------TTACTA-CG----------------------------------- 2802
||...|.|| |.|||| ||
Sbjct 2843 CCTGACACAGAGCTGGGCATGTGTGGGCTCTCACTAGCGCTGGCTGAACTGCCTGCACCGGCAGGGCATCTGGC 2916
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 2917 CTCCTTCAGCGGAGAGGGCCCAGCAAGCAGGACTCCGACCGCCTCCACTACTCCAGCTGAATTCCAGCCCCTGC 2990
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 2991 TCTCCCGTCTCCAGGGTGAGATGCAGACATCTTTCCATGACACCTGTGGATGCTCTACAATCTGGCCCAGGCTG 3064
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 3065 ACCATATCCTGCCTGGAGGGCCGGGTAAGTGGGGCACTCAGGCTTAGAACAGCCACATGCCTTCCCCTCCCTGT 3138
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 3139 GGGACCCACTTCCAAGGGAGCCAGCCTGAGGCTTGCATCACTGTTTGGTCTCCTCCTACCCTTCCAGATCTTCC 3212
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 3213 TGGTGCTGGAGTTAGTGCCCCCTTTTTTCTCAGCTGAGTCATGACCCTCACCCAGCCCAGCCCAGCCCCCTACC 3286
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 3287 CTAGATCTGCTCCTACACCTGATTGATGCCCTGGCCTCAGGCAGGGCTGGAGCTTGGGGCTGGTGCCTCGGGCC 3360
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 3361 TTCAGCCTTGCCCAGGGCAGCCTGGGCAGAAGCTGAGATTGGATGTCATTTGTCAACCTTGGCAGAGAAGTACT 3434
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 3435 GAATGCGTCAAAATAATTGAAGGTTATTTGGTGCCTGTGGGAGGGATTTTTATTCCCAAGGATTCTGCTGGACC 3508
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 3509 ATTTGGGGCAGCCCTGTTTGGCTAGCTGAGGGTTCCTATGTTTTCCAACAATTGGATGTTTACAGTATCTGTGC 3582
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 3583 TCTTGCTTTTTAAAAATGTCCTCATTTAGAATAGCTTCCTTTTTTTATATGTTTTCCTTTTTATCTTTTAAGTG 3656
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 3657 GGAAATGGGAGGTGAGTATGAGGGGACAATTGTGAAGCTTGCCTGTGCTCCAAGTTAGGGACATGAGACCCCTT 3730
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 3731 CACCCCTGGTTTTCCCCTGTAATCCTTCCAGAGCTATAGAGCTGAGCTTGTATTCAAGCCACAGACAGGGCCCT 3804
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 3805 TGACCTTGAACCAGACAAGGCTGACAGCCCCGGAGCAGGAGCGCTGCTGTGAAATAACTCGGAGATATCCTCCC 3878
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 3879 AGAGCAGTGAAGAGGCTGGAAGGAGTCAGGAAGCCTCAAATCCCCAGCCTCTGACTTACAAAGCACCCAGACCT 3952
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 3953 CCCTCAGGACTAGACAGAGCAGCCATTTCACCCAGAGCTGCCTCCATTCCAGCACTGGGATGTGGTTGGTAATG 4026
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 4027 TGAGATTCTCACTATCCAATGCCGCAATCAGAGCCATATGCGGCTATTTAAACCTCAATTTAAATGAATTAAAA 4100
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 4101 TTAAATAAAGTTTAAAAACCAGTTCCTCATCCACACTAGCCACATTTTAAGTGCTCATGAGCCACATGTGACTG 4174
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 4175 GTGGCTGCCTCACTGGACAGCACAGGTTCAGAACACCTCCGTCATCACAGGGCTCTCTTGGCAGGATTTATGGG 4248
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 4249 TCCCCTTTACGCTGAGCTGTCTACCCCTGTTGCCTAAATGCCTTTCCTACCTAACAGTAGCTGTTCAGTGGGTG 4322
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 4323 CATTGGCCCTACAGACTCTCCCAAGCTTCTTTCTCCACCAGTAGAAGTAGCTATGTGGCCTTGTGAGGTCTCCC 4396
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 4397 TTCTAGAAAGAACAGGTAGCATGCCTCTGACAACCACGTTGACCAGGTGACCTGCAAGCATCCCCAGGATCAAC 4470
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 4471 TAGCAACCTAAGATTTGCTGCCCAAACTAATGCTTCTCCCTGTCCAGTGGACACTTCTCAACTAGGCTGCCCTT 4544
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 4545 CTGTGTCACTGCTGCTACTTAGTCACTCGTTGACTTTGGAAGAAGAGGCCCTTCAGAGGCTCCAATGACCAAGA 4618
Query 2803 -------------------------------------------------------------------------- 2802
Sbjct 4619 ACATTCCCTTCCCTACTCCTCAGTGTCACGCCCCGCCTCCTCCCAAGCATCACCATCACCAAAAATAAAACTGC 4692
Query 2803 ------------ 2802
Sbjct 4693 CTTGGTATCCTT 4704