Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_01034
• Subject: XR_939685.2
• Aligned Length: 3458
• Identities: 2748
• Gaps: 673

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------ATGGCGGTGCAG  12
                                                                          ||||||||||||
Sbjct    1  AAACAGCTTAGTGGGTGTGGGGTCGCGCATTTTCTTCAACCAGGAGGTGAGGAGGTTTCGACATGGCGGTGCAG  74

Query   13  CCGAAGGAGACGCTGCAGTTGGAGAGCGCGGCCGAGGTCGGCTTCGTGCGCTTCTTTCAGGGCATGCCGGAGAA  86
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCGAAGGAGACGCTGCAGTTGGAGAGCGCGGCCGAGGTCGGCTTCGTGCGCTTCTTTCAGGGCATGCCGGAGAA  148

Query   87  GCCGACCACCACAGTGCGCCTTTTCGACCGGGGCGACTTCTATACGGCGCACGGCGAGGACGCGCTGCTGGCCG  160
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCCGACCACCACAGTGCGCCTTTTCGACCGGGGCGACTTCTATACGGCGCACGGCGAGGACGCGCTGCTGGCCG  222

Query  161  CCCGGGAGGTGTTCAAGACCCAGGGGGTGATCAAGTACATGGGGCCGGCAGGAGCAAAGAATCTGCAGAGTGTT  234
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CCCGGGAGGTGTTCAAGACCCAGGGGGTGATCAAGTACATGGGGCCGGCAGGAGCAAAGAATCTGCAGAGTGTT  296

Query  235  GTGCTTAGTAAAATGAATTTTGAATCTTTTGTAAAAGATCTTCTTCTGGTTCGTCAGTATAGAGTTGAAGTTTA  308
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GTGCTTAGTAAAATGAATTTTGAATCTTTTGTAAAAGATCTTCTTCTGGTTCGTCAGTATAGAGTTGAAGTTTA  370

Query  309  TAAGAATAGAGCTGGAAATAAGGCATCCAAGGAGAATGATTGGTATTTGGCATATAAGGCTTCTCCTGGCAATC  382
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TAAGAATAGAGCTGGAAATAAGGCATCCAAGGAGAATGATTGGTATTTGGCATATAAGGCTTCTCCTGGCAATC  444

Query  383  TCTCTCAGTTTGAAGACATTCTCTTTGGTAACAATGATATGTCAGCTTCCATTGGTGTTGTGGGTGTTAAAATG  456
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TCTCTCAGTTTGAAGACATTCTCTTTGGTAACAATGATATGTCAGCTTCCATTGGTGTTGTGGGTGTTAAAATG  518

Query  457  TCCGCAGTTGATGGCCAGAGACAGGTTGGAGTTGGGTATGTGGATTCCATACAGAGGAAACTAGGACTGTGTGA  530
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TCCGCAGTTGATGGCCAGAGACAGGTTGGAGTTGGGTATGTGGATTCCATACAGAGGAAACTAGGACTGTGTGA  592

Query  531  ATTCCCTGATAATGATCAGTTCTCCAATCTTGAGGCTCTCCTCATCCAGATTGGACCAAAGGAATGTGTTTTAC  604
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATTCCCTGATAATGATCAGTTCTCCAATCTTGAGGCTCTCCTCATCCAGATTGGACCAAAGGAATGTGTTTTAC  666

Query  605  CCGGAGGAGAGACTGCTGGAGACATGGGGAAACTGAGACAGATAATTCAAAGAGGAGGAATTCTGATCACAGAA  678
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CCGGAGGAGAGACTGCTGGAGACATGGGGAAACTGAGACAGATAATTCAAAGAGGAGGAATTCTGATCACAGAA  740

Query  679  AGAAAAAAAGCTGACTTTTCCACAAAAGACATTTATCAGGACCTCAACCGGTTGTTGAAAGGCAAAAAGGGAGA  752
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGAAAAAAAGCTGACTTTTCCACAAAAGACATTTATCAGGACCTCAACCGGTTGTTGAAAGGCAAAAAGGGAGA  814

Query  753  GCAGATGAATAGTGCTGTATTGCCAGAAATGGAGAATCAGGTTGCAGTTTCATCACTGTCTGCGGTAATCAAGT  826
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GCAGATGAATAGTGCTGTATTGCCAGAAATGGAGAATCAGGTTGCAGTTTCATCACTGTCTGCGGTAATCAAGT  888

Query  827  TTTTAGAACTCTTATCAGATGATTCCAACTTTGGACAGTTTGAACTGACTACTTTTGACTTCAGCCAGTATATG  900
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TTTTAGAACTCTTATCAGATGATTCCAACTTTGGACAGTTTGAACTGACTACTTTTGACTTCAGCCAGTATATG  962

Query  901  AAATTGGATATTGCAGCAGTCAGAGCCCTTAACCTTTTTCAGGGTTCTGTTGAAGATACCACTGGCTCTCAGTC  974
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AAATTGGATATTGCAGCAGTCAGAGCCCTTAACCTTTTTCAGGGTTCTGTTGAAGATACCACTGGCTCTCAGTC  1036

Query  975  TCTGGCTGCCTTGCTGAATAAGTGTAAAACCCCTCAAGGACAAAGACTTGTTAACCAGTGGATTAAGCAGCCTC  1048
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TCTGGCTGCCTTGCTGAATAAGTGTAAAACCCCTCAAGGACAAAGACTTGTTAACCAGTGGATTAAGCAGCCTC  1110

Query 1049  TCATGGATAAGAACAGAATAGAGGAGAGATTGAATTTAGTGGAAGCTTTTGTAGAAGATGCAGAATTGAGGCAG  1122
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TCATGGATAAGAACAGAATAGAGGAGAGATTGAATTTAGTGGAAGCTTTTGTAGAAGATGCAGAATTGAGGCAG  1184

Query 1123  ACTTTACAAGAAGATTTACTTCGTCGATTCCCAGATCTTAACCGACTTGCCAAGAAGTTTCAAAGACAAGCAGC  1196
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ACTTTACAAGAAGATTTACTTCGTCGATTCCCAGATCTTAACCGACTTGCCAAGAAGTTTCAAAGACAAGCAGC  1258

Query 1197  AAACTTACAAGATTGTTACCGACTCTATCAGGGTATAAATCAACTACCTAATGTTATACAGGCTCTGGAAAAAC  1270
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AAACTTACAAGATTGTTACCGACTCTATCAGGGTATAAATCAACTACCTAATGTTATACAGGCTCTGGAAAAAC  1332

Query 1271  ATGAAGGAAAACACCAGAAATTATTGTTGGCAGTTTTTGTGACTCCTCTTACTGATCTTCGTTCTGACTTCTCC  1344
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ATGAAGGAAAACACCAGAAATTATTGTTGGCAGTTTTTGTGACTCCTCTTACTGATCTTCGTTCTGACTTCTCC  1406

Query 1345  AAGTTTCAGGAAATGATAGAAACAACTTTAGATATGGATCAGGTGGAAAACCATGAATTCCTTGTAAAACCTTC  1418
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AAGTTTCAGGAAATGATAGAAACAACTTTAGATATGGATCAGGTGGAAAACCATGAATTCCTTGTAAAACCTTC  1480

Query 1419  ATTTGATCCTAATCTCAGTGAATTAAGAGAAATAATGAATGACTTGGAAAAGAAGATGCAGTCAACATTAATAA  1492
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ATTTGATCCTAATCTCAGTGAATTAAGAGAAATAATGAATGACTTGGAAAAGAAGATGCAGTCAACATTAATAA  1554

Query 1493  GTGCAGCCAGAGATCTTGGCTTGGACCCTGGCAAACAGATTAAACTGGATTCCAGTGCACAGTTTGGATATTAC  1566
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GTGCAGCCAGAGATCTTGGCTTGGACCCTGGCAAACAGATTAAACTGGATTCCAGTGCACAGTTTGGATATTAC  1628

Query 1567  TTTCGTGTAACCTGTAAGGAAGAAAAAGTCCTTCGTAACAATAAAAACTTTAGTACTGTAGATATCCAGAAGAA  1640
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TTTCGTGTAACCTGTAAGGAAGAAAAAGTCCTTCGTAACAATAAAAACTTTAGTACTGTAGATATCCAGAAGAA  1702

Query 1641  TGGTGTTAAATTTACCAACAGCAAATTGACTTCTTTAAATGAAGAGTATACCAAAAATAAAACAGAATATGAAG  1714
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TGGTGTTAAATTTACCAACAGCAAATTGACTTCTTTAAATGAAGAGTATACCAAAAATAAAACAGAATATGAAG  1776

Query 1715  AAGCCCAGGATGCCATTGTTAAAGAAATTGTCAATATTTCTTCAGGCTATGTAGAACCAATGCAGACACTCAAT  1788
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AAGCCCAGGATGCCATTGTTAAAGAAATTGTCAATATTTCTTCAGGCTATGTAGAACCAATGCAGACACTCAAT  1850

Query 1789  GATGTGTTAGCTCAGCTAGATGCTGTTGTCAGCTTTGCTCACGTGTCAAATGGAGCACCTGTTCCATATGTACG  1862
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GATGTGTTAGCTCAGCTAGATGCTGTTGTCAGCTTTGCTCACGTGTCAAATGGAGCACCTGTTCCATATGTACG  1924

Query 1863  ACCAGCCATTTTGGAGAAAGGACAAGGAAGAATTATATTAAAAGCATCCAGGCATGCTTGTGTTGAAGTTCAAG  1936
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  ACCAGCCATTTTGGAGAAAGGACAAGGAAGAATTATATTAAAAGCATCCAGGCATGCTTGTGTTGAAGTTCAAG  1998

Query 1937  ATGAAATTGCATTTATTCCTAATGACGTATACTTTGAAAAAGATAAACAGATGTTCCACATCATTACTGGCCCC  2010
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  ATGAAATTGCATTTATTCCTAATGACGTATACTTTGAAAAAGATAAACAGATGTTCCACATCATTACTGGCCCC  2072

Query 2011  AATATGGGAGGTAAATCAACATATATTCGACAAACTGGGGTGATAGTACTCATGGCCCAAATTGGGTGTTTTGT  2084
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AATATGGGAGGTAAATCAACATATATTCGACAAACTGGGGTGATAGTACTCATGGCCCAAATTGGGTGTTTTGT  2146

Query 2085  GCCATGTGAGTCAGCAGAAGTGTCCATTGTGGACTGCATCTTAGCCCGAGTAGGGGCTGGTGACAGTCAATTGA  2158
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  GCCATGTGAGTCAGCAGAAGTGTCCATTGTGGACTGCATCTTAGCCCGAGTAGGGGCTGGTGACAGTCAATTGA  2220

Query 2159  AAGGAGTCTCCACGTTCATGGCTGAAATGTTGGAAACTGCTTCTATCCTCAGGTCTGCAACCAAAGATTCATTA  2232
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AAGGAGTCTCCACGTTCATGGCTGAAATGTTGGAAACTGCTTCTATCCTCAGGTCTGCAACCAAAGATTCATTA  2294

Query 2233  ATAATCATAGATGAATTGGGAAGAGGAACTTCTACCTACGATGGATTTGGGTTAGCATGGGCTATATCAGAATA  2306
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  ATAATCATAGATGAATTGGGAAGAGGAACTTCTACCTACGATGGATTTGGGTTAGCATGGGCTATATCAGAATA  2368

Query 2307  CATTGCAACAAAGATTGGTGCTTTTTGCATGTTTGCAACCCATTTTCATGAACTTACTGCCTTGGCCAATCAGA  2380
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CATTGCAACAAAGATTGGTGCTTTTTGCATGTTTGCAACCCATTTTCATGAACTTACTGCCTTGGCCAATCAGA  2442

Query 2381  TACCAACTGTTAATAATCTACATGTCACAGCACTCACCACTGAAGAGACCTTAACTATGCTTTATCAGGTGAAG  2454
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  TACCAACTGTTAATAATCTACATGTCACAGCACTCACCACTGAAGAGACCTTAACTATGCTTTATCAGGTGAAG  2516

Query 2455  AAAGGTGTCTGTGATCAAAGTTTTGGGATTCATGTTGCAGAGCTTGCTAATTTCCCTAAGCATGTAATAGAGTG  2528
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  AAAGGTGTCTGTGATCAAAGTTTTGGGATTCATGTTGCAGAGCTTGCTAATTTCCCTAAGCATGTAATAGAGTG  2590

Query 2529  TGCTAAACAGAAAGCCCTGGAACTTGAGGAGTTTCAGTATATTGGAGAATCGCAAGGATATGATATCATGGAAC  2602
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  TGCTAAACAGAAAGCCCTGGAACTTGAGGAGTTTCAGTATATTGGAGAATCGCAAGGATATGATATCATGGAAC  2664

Query 2603  CAGCAGCAAAGAAGTGCTATCTGGAAAGAGAG-----CAAGGTGA-------AAAA------------ATTATT  2652
            ||||||||||||||||||||||||||||||||     ||..||||       ||||            |||.|.
Sbjct 2665  CAGCAGCAAAGAAGTGCTATCTGGAAAGAGAGAACCTCAGAGTGACAGAGCCAAAAGACCAGTGCCTCATTTTG  2738

Query 2653  C-----------AGG--AGTTCCTGTCCAAGGTGAAACAAATGCCCTTTACTGAAAT--GTCAGA-----AGAA  2706
            |           |||  |.|||.||     ||.||||.|.||...||    ||.|.|  |.||||     ||||
Sbjct 2739  CTGACATGGAAAAGGAAACTTCGTG-----GGGGAAAGAGATCTGCT----TGCAGTCGGCCAGAGAGACAGAA  2803

Query 2707  ------------------AA---CATCACAATAAAG---TTAAAACAGCTAAAAGCTGA--AGTAAT--AG---  2749
                              ||   |||||..||  ||   ||      ||.|..||||.|  ||.|||  ||   
Sbjct 2804  CCAGGGCAGTGCGACTCCAAGTGCATCAGCAT--AGGCATT------GCCAGGAGCTCATGAGGAATGCAGACT  2869

Query 2750  ------------------------CAA-AGAA--TAAT--AGCTTTGTAAATGAA------ATCATTTCACGAA  2788
                                    ||| ||||  ||.|  |.|||...|||.|||      .|||||..|..||
Sbjct 2870  GTCAGGTCCCACCCCAGACCTACTCAACAGAAACTACTTGAACTTCCCAAAGGAAGCTGCTCTCATTAAAACAA  2943

Query 2789  ------TAAAAGTTACT-ACG-----------------------------------------------------  2802
                  |..|||.|.|| |||                                                     
Sbjct 2944  GGGAGGTTGAAGATCCTAACGCCACAGGCTTGTTCGGGAGGCAGCTCACCTCCTGGAACTGAGTGCAGTCCTGG  3017

Query 2803  --------------------------------------------------------------------------  2802
                                                                                      
Sbjct 3018  AGAAAACCAAGTGGATGTGCGGCCCCTTTCCATGGAGCAATTAGGTGGATAACTGTCCAGTCGCTCCTAGGCTT  3091

Query 2803  --------------------------------------------------------------------------  2802
                                                                                      
Sbjct 3092  TGTAGAGGCATAGGCTCAGATACAAAGAGACCAGACAGTCTCTCGCTCCAAAGGGGCTGGCCACAAGCACCATG  3165

Query 2803  --------------------------------------------------------------------------  2802
                                                                                      
Sbjct 3166  AAGACAGCAGTACCCACTGACTCAGCAATTTCACCAGCTGGAAGTCATCCCAAGGAGATATCACAGAAAGAAAA  3239

Query 2803  --------------------------------------------------------------------------  2802
                                                                                      
Sbjct 3240  GGCCATCTTGCGTAAAGATGATCACTGTGTCATTACTCAAAATAGCCCCAAACTGGGAAACACCCAGCTATCCA  3313

Query 2803  --------------------------------------------------------------------------  2802
                                                                                      
Sbjct 3314  GCAATAGGGGTAGTGAATTACAGAACATCAACTAGATGGAATATTATGCACCCACTAAAATTAGACTACGTGAA  3387

Query 2803  ------------------------------------------------------  2802
                                                                  
Sbjct 3388  AACACAGAAACAACATCAGTAATAAAATGTTAATAAAACAGAAGCAGCTCAGTA  3441