Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_01486
- Subject:
- NM_001199305.1
- Aligned Length:
- 2476
- Identities:
- 2049
- Gaps:
- 110
Alignment
Query 1 ATGAAATCCAACCAAGAGCGGAGCAACGAATGCCTGCCTCCCAAGAAGCGCGAGATCCCCGCCACCAGCCGGTC 74
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1 ATGAAATCCAACCAAGAGCGGAGCAACGAATGCCTGCCTCCCAAGAAACGTGAGATCCCCGCCACCAGCCGGCC 74
Query 75 CTCCGAGGAGAAGGCCCCTACCCTGCCCAGCGACAACCACCGGGTGGAGGGCACAGCATGGCTCCCGGGCAACC 148
|||.||||||||||||.||.|.||||||||||||||||||.|.||||||||....||.||||||||..|||.||
Sbjct 75 CTCGGAGGAGAAGGCCACTGCTCTGCCCAGCGACAACCACTGCGTGGAGGGTGTGGCCTGGCTCCCCAGCACCC 148
Query 149 CTGGTGGCCGGGGCCACGGGGGCGGGAGGCATGGGCCGGCAGGGACCTCGGTGGAGCTTGGTTTACAACAGGGA 222
||||...|||.|||||.|||||.|||.||||.|||.|.||||||||.||.|.|||||.|||||||||| |||
Sbjct 149 CTGGCATCCGCGGCCATGGGGGTGGGCGGCACGGGTCAGCAGGGACTTCCGGGGAGCATGGTTTACAA---GGA 219
Query 223 ATAGGTTTACACAAAGCATTGTCCACAGGGCTGGACTACTCCCCGCCCAGCGCTCCCAGGTCTGTCCCCGTGGC 296
||.||||||||.||||||.|||||.||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||.||||||...||
Sbjct 220 ATGGGTTTACATAAAGCACTGTCCGCAGGGCTGGATTACTCCCCACCCAGTGCCCCCAGGTCAGTCCCCACAGC 293
Query 297 CACCACGCTGCCTGCCGCGTACGCCACC-CCGCAGCCAGGGACCCCGGTGTCCCCCGTGCAGTACGCTCACCTG 369
||.|||||||||..|||.|||| ||.|| ||.|||.||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||.
Sbjct 294 CAACACGCTGCCCACCGTGTAC-CCTCCTCCTCAGTCAGGGACCCCGGTGTCTCCTGTGCAGTACGCCCACCTT 366
Query 370 CCGCACACCTTCCAGTTCATTGGGTCCTCCCAATACAGTGGAACCTATGCCAGCTTCATCCCATCACAGCTGAT 443
.||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||..|.||.||..||||.|||||.||.||||||||
Sbjct 367 TCGCATACCTTCCAGTTCATTGGGTCCTCCCAATACAGTGGGCCTTACGCGGGCTTTATCCCTTCCCAGCTGAT 440
Query 444 CCCCCCAACCGCCAACCCCGTCACCAGTGCAGTGGCCTCGGCCGCAGGGGCCACCACTCCATCCCAGCGCTCCC 517
|.|||||.|.|.||||||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 441 CTCCCCATCAGGCAACCCGGTCACCAGTGCAGTAGCCTCAGCTGCAGGGGCCACCACTCCATCACAGCGCTCCC 514
Query 518 AGCTGGAGGCCTATTCCACTCTGCTGGCCAACATGGGCAGTCTGAGCCAGACGCCGGGACACAAGGCTGAGCAG 591
||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|.||.|||||.||||.||
Sbjct 515 AGCTGGAGGCTTATTCCACCCTGCTGGCCAACATGGGCAGTCTGAGCCAGGCACCAGGACATAAGGTTG----- 583
Query 592 CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCATCAGCATCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA 665
|||..|.
Sbjct 584 -------------------------------------------------------------------AGCCCCC 590
Query 666 GCAGCAGCAGCACCTCAGCAGGGCTCCGGGGCTCATCACCCCGGGGTCC---CCCCCACCAGCCCAGCAGAACC 736
.|.||||||||||||||||||||||.|.||..|..|||.|||||||||| ||.|||||..||||||||||||
Sbjct 591 TCCGCAGCAGCACCTCAGCAGGGCTGCAGGATTAGTCAACCCGGGGTCCCCTCCTCCACCCACCCAGCAGAACC 664
Query 737 AGTACGTCCACATTTCCAGTTCTCCGCAGAACACCGGCCGCACCGCCTCTCCTCCGGCCATCCCCGTCCACCTC 810
|||||.||||.||||||||.|||||.||||.|.||||.||..|..|.|||||.||..|||||||.|||||||||
Sbjct 665 AGTACATCCATATTTCCAGCTCTCCACAGAGCTCCGGGCGGGCGACATCTCCCCCACCCATCCCGGTCCACCTC 738
Query 811 CACCCCCACCAGACGATGATCCCACACACGCTCACCCTGGGGCCCCCCTCCCAGGTCGTCATGCAATACGCCGA 884
||.|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||..|.||||||||.||..|||||||....||
Sbjct 739 CATCCCCATCAGACGATGATCCCGCACACACTCACCCTGGGGCCTTCATCCCAGGTGGTTGTGCAATATAGTGA 812
Query 885 CTCCGGCAGCCACTTTGTCCCTCGGGAGGCCACCAAGAAAGCTGAGAGCAGCCGGCTGCAGCAGGCCATCCAGG 958
..||||..||||||||||.|||||.|||.|||||||.|||||.|||||||||.||.||||||||||.||.||.|
Sbjct 813 TGCCGGAGGCCACTTTGTTCCTCGAGAGTCCACCAAAAAAGCCGAGAGCAGCAGGTTGCAGCAGGCTATGCAAG 886
Query 959 CCAAGGAGGTCCTGAACGGTGAGATGGAGAAGAGCCGGCGGTACGGGGCCCCGTCCTCAGCCGACCTGGGCCTG 1032
|||||||.||||||||.||.|||||||||||.||||||.||||.|||||..|.||.||.|..||.|||.||||.
Sbjct 887 CCAAGGAAGTCCTGAATGGGGAGATGGAGAAAAGCCGGAGGTATGGGGCATCATCTTCTGTGGAGCTGAGCCTA 960
Query 1033 GGCAAGGCAGGCGGCAAGTCGGTTCCTCACCCGTACGAGTCCAGGCACGTGGTGGTCCACCCGAGCCCCTCAGA 1106
|||||||||.||.|.|||||.||.|||||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||..||||
Sbjct 961 GGCAAGGCAAGCAGTAAGTCAGTGCCTCATCCCTATGAGTCCAGGCATGTGGTGGTCCACCCAAGCCCAGCAGA 1034
Query 1107 CTACAGCAGTCGTGATCCTTCGGGGGTCCGGGCCTCTGTGATGGTCCTGCCCAACAGCAACACGCCCGCAGCTG 1180
||||||||||||||||.|.||.||||||||.|..|||||||||||.|||||.||.||||.|||.|||.||||.|
Sbjct 1035 CTACAGCAGTCGTGATACCTCCGGGGTCCGTGGATCTGTGATGGTTCTGCCTAATAGCAGCACACCCTCAGCCG 1108
Query 1181 ACCTGGAGGTGCAACAGGCCACTCATCGTGAAGCCTCCCCTTCTACCCTCAACGACAAAAGTGGCCTGCATTTA 1254
|||||||||..||.|||.||||.|||||.||.||||||||.||.||||||||.|||||.||.||||||||..||
Sbjct 1109 ACCTGGAGGCCCAGCAGACCACGCATCGAGAGGCCTCCCCATCCACCCTCAATGACAAGAGCGGCCTGCACCTA 1182
Query 1255 GGGAAGCCTGGCCACCGGTCCTACGCGCTCTCACCCCACACGGTCATTCAGACCACACACAGTGCTTCAGAGCC 1328
||||||||.||||||.||||.||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1183 GGGAAGCCGGGCCACAGGTCTTATGCGCTGTCCCCCCACACGGTCATTCAGACCACACACAGTGCATCAGAGCC 1256
Query 1329 ACTCCCGGTGGGACTGCCAGCCACGGCCTTCTACGCAGGGACTCAACCCCCTGTCATCGGCTACCTGAGCGGCC 1402
.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TCTCCCGGTGGGCCTACCAGCCACGGCCTTCTACGCTGGCACTCAACCTCCTGTCATCGGCTACCTGAGCGGCC 1330
Query 1403 AGCAGCAAGCAATCACCTACGCCGGCAGCCTGCCCCAGCACCTGGTGATCCCCGGCACACAGCCCCTGCTCATC 1476
|||||||||||||||||||.||.||..|.|||||.|||||||||||||||||.||.|..|||||||||||||||
Sbjct 1331 AGCAGCAAGCAATCACCTATGCTGGTGGTCTGCCGCAGCACCTGGTGATCCCAGGTAACCAGCCCCTGCTCATC 1404
Query 1477 CCGGTCGGCAGCACTGACATGGAAGCGTCGGGGGCAGCCCCGGCCATAGTCACGTCATCCCCCCAGTTTGCTGC 1550
|||||.||||||.||||||||||..||.|.|||||||||.|||||||.||.||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1405 CCGGTGGGCAGCCCTGACATGGACACGCCTGGGGCAGCCTCGGCCATCGTGACGTCATCACCCCAGTTTGCTGC 1478
Query 1551 AGTGCCTCACACGTTCGTCACCACCGCCCTTCCCAAGAGCGAGAACTTCAACCCTGAGGCCCTGGTCACCCAGG 1624
|||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||
Sbjct 1479 AGTACCTCACACGTTTGTCACCACCGCCCTGCCCAAGAGCGAGAACTTCAACCCAGAGGCTCTGGTCACCCAGG 1552
Query 1625 CCGCCTACCCAGCCATGGTGCAGGCCCAGATCCACCTGCCTGTGGTGCAGTCCGTGGCCTCCC---CGGCGGCG 1695
|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||| |..|||||
Sbjct 1553 CTGCCTACCCAGCCATGGTGCAGGCCCAGATCCACCTGCCGGTGGTGCAGTCCGTGGCGTCCCCCACCACGGCG 1626
Query 1696 GCTCCCCCTACGCTGCCTCCCTACTTCATGAAAGGCTCCATCATCCAGTTGGCCAACGGGGAGCTAAAGAAGGT 1769
.||||| ||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1627 TCTCCC---ACGCTGCCGCCATATTTCATGAAAGGCTCCATCATCCAGCTGGCCAACGGGGAGCTGAAGAAGGT 1697
Query 1770 GGAAGACTTAAAAACAGAAGATTTCATCCAGAGTGCAGAGATAAGCAACGACCTGAAGATCGACTCCAGCACCG 1843
|||.|||.|.||.||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 1698 GGAGGACCTGAAGACGGAGGATTTCATCCAGAGTGCAGAGATTAGCAATGACCTCAAGATCGACTCCAGTACTG 1771
Query 1844 TAGAGAGGATTGAAGACAGCCATAGCCCGGGCGTGGCCGTGATACAGTTCGCCGTCGGGGAGCACCGAGCC--- 1914
|.|||||.||.||.||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||.||.||.||.|||||||||
Sbjct 1772 TGGAGAGAATCGAGGAGAGCCACAGCCCCGGGGTGGCCGTGATACAGTTTGCTGTTGGTGAACACCGAGCCCAG 1845
Query 1915 ---------------------CAGGTCAGCGTTGAAGTTTTGGTAGAGTATCCTTTTTTTGTGTTTGGACAGGG 1967
||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1846 GTAACCCTCACCAGGGTCATACAGGTCAGTGTCGAAGTCTTGGTAGAGTATCCTTTTTTTGTATTTGGACAGGG 1919
Query 1968 CTGGTCATCCTGCTGTCCGGAGAGAACCAGCCAGCTCTTTGATTTGCCGTGTTCCAAACTCTCAGTTGGGGATG 2041
||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||||.|
Sbjct 1920 CTGGTCATCCTGCTGTCCTGAGCGGACCAGCCAGCTCTTTGATCTGCCGTGTTCCAAACTCTCTGTTGGGGACG 1993
Query 2042 TCTGCATCTCGCTTACCCTCAAGAACCTGAAGAACGGCTCTGTTAAAAAGGGCCAGCCCGTGGATCCCGCCAGC 2115
|||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||
Sbjct 1994 TCTGCATCTCGCTCACCCTCAAGAACCTGAAGAATGGCTCTGTTAAAAAGGGCCAGCCTGTGGACCCTGCCAGC 2067
Query 2116 GTCCTGCTGAAGCACTCAAAGGCCGACGGCCTGGCGGGCAGCAGACACAGGTATGCCGAGCAGGAAAACGGAAT 2189
||||||||||||||..|||||.|||||.|||||||.||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 2068 GTCCTGCTGAAGCAGGCAAAGACCGACAGCCTGGCTGGCAGCAGACACAGATACGCGGAGCAGGAAAACGGAAT 2141
Query 2190 CAACCAGGGGAGTGCCCAGATGCTCTCTGAGAATGGCGAACTGAAGTTTCCAGAGAAAATGGGATTGCCTGCAG 2263
|||||||||.||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||
Sbjct 2142 CAACCAGGGAAGCGCCCAGGTGCTCTCTGAGAATGGCGAACTGAAGTTTCCAGAAAAAATAGGATTGCCTGCAG 2215
Query 2264 CGCCCTTCCTCACCAAAATAGAACCCAGCAAGCCCGCGGCAACGAGGAAGAGGAGGTGGTCGGCGCCAGAGAGC 2337
|.||||||||||.||||||||||||.|||||.|||.|.||.||||||||||||||||||||||||||.||||.|
Sbjct 2216 CACCCTTCCTCAGCAAAATAGAACCGAGCAAACCCACAGCCACGAGGAAGAGGAGGTGGTCGGCGCCGGAGACC 2289
Query 2338 CGCAAACTGGAGAAGTCAGAAGACGAACCACCTTTGACTCTTCCTAAGCCTTCTCTAATTCCTCAGGAGGTTAA 2411
||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 2290 CGTAAACTGGAGAAGTCGGAGGACGAGCCACCTTTGACTCTTCCCAAGCCTTCGCTCATTCCTCAGGAGGTTAA 2363
Query 2412 GATTTGCATTGAAGGCCGGTCTAATGTAGGCAAG 2445
|||.|||||.||||||||.|||||.||.||||||
Sbjct 2364 GATCTGCATCGAAGGCCGATCTAACGTGGGCAAG 2397