Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_01789
• Subject: NM_001110791.1
• Aligned Length: 1928
• Identities: 1505
• Gaps: 295

Alignment

Query    1  ATGGCGACCGGAGCGAACGCCACGCCGTTGGACTTCCCAAGTAAGAAGCGGAAGAGGAGCCGCTGGAACCAAGA  74
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGACCGGAGCGAACGCCACGCCGCTGGACTTCCCAAGTAAGAAGAGGAAGAGGAGCCGATGGAACCAAGA  74

Query   75  CACAATGGAACAGAAGACAGTGATTCCAGGAATGCCTACAGTTATTCCCCCTGGACTTACTCGAGAACAAGAAA  148
            |||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct   75  CACAATGGAGCAGAAGACAGTGATTCCAGGCATGCCTACAGTTATACCCCCTGGACTGACTCGGGAACAGGAAA  148

Query  149  GAGCTTATATAGTGCAACTGCAGATAGAAGACCTGACTCGTAAACTGCGCACAGGAGACCTGGGCATCCCCCCT  222
            |||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GAGCTTACATAGTGCAACTACAGATAGAAGACCTGACTCGTAAACTGCGCACAGGAGACCTGGGCATCCCCCCT  222

Query  223  AACCCTGAGGACAGGTCCCCTTCCCCTGAGCCCATCTACAATAGCGAGGGGAAGCGGCTTAACACCCGAGAGTT  296
            |||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  223  AACCCTGAGGACAGGTCCCCTTCCCCTGAACCAATCTACAACAGCGAGGGGAAGCGGCTTAACACTCGAGAGTT  296

Query  297  CCGCACCCGCAAAAAGCTGGAAGAGGAGCGGCACAACCTCATCACAGAGATGGTTGCACTCAATCCGGATTTCA  370
            |||.||||||||||||||.||||||||||||||||.|||.||.||||||||||||||.|||||.||.||.||.|
Sbjct  297  CCGTACCCGCAAAAAGCTTGAAGAGGAGCGGCACACCCTTATTACAGAGATGGTTGCTCTCAACCCAGACTTTA  370

Query  371  AGCCACCTGCAGATTACAAACCTCCAGCAACACGTGTGAGTGATAAAGTCATGATTCCACAAGATGAGTACCCA  444
            |.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.|||||.||.||.|||
Sbjct  371  AACCACCTGCAGATTACAAGCCTCCAGCAACACGTGTGAGCGATAAAGTAATGATCCCCCAAGACGAATATCCA  444

Query  445  GAAATCAACTTTGTGGGGCTGCTCATCGGGCCCAGAGGGAACACCCTGAAGAACATAGAGAAGGAGTGCAATGC  518
            ||||||||.|||||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||
Sbjct  445  GAAATCAATTTTGTGGGGCTCCTAATTGGACCCAGAGGGAACACCCTGAAGAACATTGAGAAGGAATGCAACGC  518

Query  519  CAAGATTATGATCCGGGGGAAAGGGTCTGTGAAAGAAGGGAAGGTTGGGCGCAAAGATGGCCAGATGTTGCCAG  592
            ||||||.|||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||
Sbjct  519  CAAGATCATGATTCGGGGGAAAGGATCAGTGAAAGAAGGGAAAGTTGGGCGTAAAGATGGTCAGATGTTGCCAG  592

Query  593  GAGAAGATGAGCCACTTCATGCCCTGGTTACTGCCAATACAATGGAGAACGTCAAAAAGGCAGTGGAACAGATA  666
            |.|||||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||.
Sbjct  593  GCGAAGATGAGCCTCTTCATGCTCTAGTCACTGCCAATACGATGGAGAATGTCAAAAAGGCAGTAGAACAGATC  666

Query  667  AGAAACATCCTGAAGCAGGGTATCGAGACTCCAGAGGACCAGAATGATCTACGGAAGATGCAGCTTCGGGAGTT  740
            |||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  667  AGAAACATCCTGAAGCAGGGTATTGAGACCCCAGAGGACCAGAACGATCTACGGAAAATGCAGCTTCGAGAGTT  740

Query  741  GGCTCGCTTAAATGGGACCCTTCGGGAAGACGATAACAGGATCTTAAGACCCTGGCAGAGCTCAGAGACCCGCA  814
            |||||||||.|||||.||.||.||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  741  GGCTCGCTTGAATGGCACTCTACGGGAAGATGATAATAGGATCTTAAGGCCCTGGCAGAGCTCAGAGACGCGCA  814

Query  815  GCATTACCAACACCACAGTGTGTACCAAGTGTGGAGGGGCTGGCCACATTGCTTCAGACTGTAAATTCCAAAGG  888
            ||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.|||||.||.|||
Sbjct  815  GCATTACCAATACTACTGTGTGTACCAAGTGTGGAGGGGCTGGTCACATTGCTTCTGATTGCAAATTTCAGAGG  888

Query  889  CCTGGTGATCCTCAGTCAGCTCAGGATAAAGCACGGATGGATAAAGAATATTTGTCCCTCATGGCTGAACTGGG  962
            |||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||
Sbjct  889  CCTGGCGACCCTCAGTCAGCTCAGGATAAAGCACGGATGGATAAAGAATATTTGTCCCTTATGGCTGAGCTAGG  962

Query  963  TGAAGCACCTGTCCCAGCATCTGTGGGCTCCACCTCTGGGCCTGCCACCACACCCCTGGCCAGCGCACCTCGTC  1036
            .|||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||..|.|
Sbjct  963  GGAAGCTCCTGTCCCTGCATCTGTGGGCTCTACCTCTGGGCCTGCCACCACGCCCCTGGCTAGTGCACCAAGAC  1036

Query 1037  CTGCTGCTCCCGCCAACAACCCACCTCCACCGTCTCTCATGTCTACCACCCAGAGCCGCCCACCCTGGATGAAT  1110
            ||||||||||.||||.|||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTGCTGCTCCTGCCAGCAACCCACCACCACCGTCTCTCATGTCTACAACTCAGAGCCGCCCACCCTGGATGAAT  1110

Query 1111  TCTGGCCCTTCAGAGAGTCGGCCCTACCACGGCATGCATGGAGGTGGTCCTGGTGGGCCCGGAGGTGGCCCCCA  1184
            |||||.||||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 1111  TCTGGTCCTTCAGAGAATCGGCCCTACCATGGCATGCATGGAGGTGGTCCTGGTGGTCCTGGAGGTGGCCCCCA  1184

Query 1185  CAGCTTCCCACACCCATTACCCAGCCTGACAGGTGGGCATGGTGGACATCCCATGCAGCACAACCCCAATGGAC  1258
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1185  CAGCTTCCCACACCCATTACCCAGCCTGACAGGTGGGCATGGTGGGCATCCCATGCAGCACAACCCAAATGGAC  1258

Query 1259  CCCCACCCCCTTGGATGCAGCCACCACCACCACCGATGAACCAGGGCCCCCACCCTCCTGGGCACCATGGCCCT  1332
            |.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CACCACCACCTTGGATGCAGCCACCACCACCACCGATGAACCAGGGCCCCCACCCACCTGGGCACCATGGCCCT  1332

Query 1333  CCTCCAATGGATCAGTACCTGGGAAGTACGCCTGTGGGCTCTGGGGTCTATCGCCTGCATCAAGGAAAAGGTAT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CCTCCAATGGATCAGTACCTGGGAAGTACGCCTGTGGGCTCTGGGGTCTATCGCCTGCATCAAGGAAAAGGTAT  1406

Query 1407  GATGCCGCCACCACCTATGGGCATGATGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCCCAGTGGGCAGCCCCCACCCCCTCCCT  1480
            |||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 1407  GATGCCGCCGCCGCCTATGGGCATGATGCCGCCGCCTCCGCCACCTCCCAGTGGGCAGCCCCCGCCTCCTCCCT  1480

Query 1481  CTGGTCCTCTTCCCCCATGGCAACAACAGCAGCAGCAGCCTCCGCCACCCCCTCCGCCCAGCAGCAGTATGGCT  1554
            |||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CTGGTCCTCTTCCTCCATGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCTCCGCCACCCCCTCCGCCCAGCAGCAGTATGGCT  1554

Query 1555  TCCAGTACCCCCTTGCCATGGCAGCAAA----GA----TCCCTCCCCGCGGCGGCGATGG------------CC  1608
            |||||.||||||||||||||||||||||    ||    |.||.||.||    .|||.|||            ||
Sbjct 1555  TCCAGCACCCCCTTGCCATGGCAGCAAAATACGACGACTACCACCACG----AGCGCTGGCACAGGGTCCATCC  1624

Query 1609  CGAGCCATG-----AG----AGTGAGGACTTTCCGC-GC----CCATTGG------------------------  1644
            |  ||||||     ||    || |.||  .|.|||| ||    |||  ||                        
Sbjct 1625  C--GCCATGGCAACAGCAGCAG-GCGG--CTGCCGCAGCTTCTCCA--GGAACCCCTCAGATGCAAGGCAACCC  1691

Query 1645  --------------------------------------------------------------------------  1644
                                                                                      
Sbjct 1692  CACTATGGTGCCCCTGCCCCCCGGGGTCCAGCCGCCTCTGCCGCCCGGGGCCCCTCCCCCTCCGCCGCCTCCGC  1765

Query 1645  --------------------------------------------------------------------------  1644
                                                                                      
Sbjct 1766  CACCTGGTTCCGCCGGCATGATGTATGCCCCACCCCCTCCTCCTCCGCCTCCCATGGACCCTTCTAACTTTGTC  1839

Query 1645  --------------------------------------------------------------------------  1644
                                                                                      
Sbjct 1840  ACCATGATGGGCATGGGGGTGGCGGGCATGCCGCCCTTCGGGATGCCTCCAGCTCCCCCACCGCCTCCACCACA  1913

Query 1645  ----  1644
                
Sbjct 1914  GAAC  1917