Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_01821
- Subject:
- NM_013398.4
- Aligned Length:
- 2223
- Identities:
- 1760
- Gaps:
- 207
Alignment
Query 1 ATGACCACGTTGAAGGAGGCAGTGACCTTCAAGGACGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAAGAGCTGAGGCTGCT 74
|||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1 ATGACCACGTTCAAGGAGGCAATGACCTTCAAGGACGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAAGAGCTGGGGCTGCT 74
Query 75 GGACCTTGCCCAGAGGAAACTGTACCGAGAAGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTGGGGCATC 148
|||||||||.||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 75 GGACCTTGCTCAGAGGAAGCTGTATCGAGATGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTGGGACATC 148
Query 149 AATCACTCCACAGAGATACTTTCCACTTCCTAAAGGAAGAAAAGTTTTGGATGATGGAGACAGCAACCCAAAGA 222
||.||.|||||||.|||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||.|||||||||.||||||.
Sbjct 149 AAGCATTCCACAGGGATACTTTCCACTTCCTAAGGGAAGAAAAGATTTGGATGATGAAGACAGCAATCCAAAGG 222
Query 223 GAAGGGAATTTAGGAGGCAAGATCCAAATGGAGATGGAGACTGTTTCAGAATCAGGAACACATGAAGGCTTGTT 296
||||||||||.|||||.|||||||||||..|||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||..|.||.
Sbjct 223 GAAGGGAATTCAGGAGACAAGATCCAAACTGAGATGGAGACTGTTTCAGAAGCAGGAACACATCAAGAGTGGTC 296
Query 297 CAGTCATCAAACCTGGGAACAAATTTCAAGTGACTTAACCAGGTTTCAAGACTCCATGGTAAACAGCTTTCAGT 370
|...||.||||.|||||||.|||||.|||||||.||||||||||.||||||||..|||.||||.||||.|||||
Sbjct 297 CTTCCAGCAAATCTGGGAAAAAATTGCAAGTGATTTAACCAGGTCTCAAGACTTGATGATAAATAGCTCTCAGT 370
Query 371 TCTCCAAACAAGATGATATGCCCTGCCAGGTTGATGCAGGACTATCTATAATTCACGTAAGACAGAAACCTTCT 444
||||||||.|||.||||.|.|||||||||..|||.||||||||||||.||||||||..||||||||||.||||.
Sbjct 371 TCTCCAAAGAAGGTGATTTCCCCTGCCAGACTGAGGCAGGACTATCTGTAATTCACACAAGACAGAAATCTTCC 444
Query 445 GAGGGTA--GGACGTGTAAAAAGTCCTTTAGTGATGTCTCCGTCCTTGATCTTCATCAACAACTACAGTCAAGA 516
.||||.| ||| |.||||...|||||.||||||||||||..|.|||||.|||||||||||.||||.|||.||
Sbjct 445 CAGGGCAATGGA--TATAAACCATCCTTCAGTGATGTCTCCCACTTTGATTTTCATCAACAATTACACTCAGGA 516
Query 517 GAGAAGTCTCATACATGTGATGAATGTGGAAAGAGTTTCTGTTATAGCTCAGCTCTTCGTATTCATCAGAGAGT 590
|||||.||||||||.||||||||.||||||||||..||.|||||.|.||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 517 GAGAAATCTCATACGTGTGATGAGTGTGGAAAGAACTTTTGTTACATCTCAGCCCTTCGTATTCATCAGAGAGT 590
Query 591 TCACATGGGGGAGAAACTCTATAATTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTCAATCAGAGCTCACATCTGCAAATTC 664
.||||||||.||||||..||||||.|||||.|||||||||||||||||||.||||||.|||||||||||||.||
Sbjct 591 CCACATGGGAGAGAAATGCTATAAGTGTGACGTGTGTGGTAAGGAATTCAGTCAGAGTTCACATCTGCAAACTC 664
Query 665 ATCAGAGAATCCACACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTGAGCAGTGTGGGAAAGGCTTTAGTCGTAGATCAGGA 738
||||||||.|||||||||||||||||||.||||||||||.|.|.||||||||||||||.|||||||||||||.|
Sbjct 665 ATCAGAGAGTCCACACTGGAGAGAAACCGTTCAAATGTGTGGAATGTGGGAAAGGCTTCAGTCGTAGATCAGCA 738
Query 739 CTTTATGTTCATCGTAAATTACACACAGGAGTGAAACCTCATATTTGTGAGAAATGTGGGAAGGCCTTCATTCA 812
|||.|||||||||.|||||||||||||||||.|||||||.|||.|||||||.||||.|||||||||||||||||
Sbjct 739 CTTAATGTTCATCATAAATTACACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGCGGGAAGGCCTTCATTCA 812
Query 813 TGATTCCCAGCTTCAGGAACATCAAAGAATCCATACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTTGTAAGA 886
.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 813 CGATTCCCAGCTTCAAGAACATCAGAGAATCCATACGGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAAGA 886
Query 887 GCTTCCGTAGTAGAGCAAATCTTAATAGGCATTCCATGGTTCACATGCGAGAGAAACCATTCAGATGTGATACA 960
|||||.||.|||||.|||..|||||||||||||||||||||||||.|..|||||||||||||.||||||||||.
Sbjct 887 GCTTCTGTGGTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACGGCAGAGAAACCATTCCGATGTGATACG 960
Query 961 TGTGGTAAGAGCTTTGGTCTGAAATCAGCACTTAATAGTCATCGCATGGTCCACACAGGAGAGAAACGGTACAA 1034
||||.||||||||||.|||.||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||..|||||
Sbjct 961 TGTGATAAGAGCTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATCGCATGATCCACACAGGAGAGAAACCATACAA 1034
Query 1035 ATGTGAGGAATGTGGAAAACGCTTCATTTATAGGCAAGATCTTTATAAGCATCAGATAGACCACACAGGGGAGA 1108
|||||||||.|||||||||.||||.||||.|||||.|||||||||||.||||||.||.|.||||||.||.||.|
Sbjct 1035 ATGTGAGGAGTGTGGAAAAGGCTTTATTTGTAGGCGAGATCTTTATACGCATCATATGGTCCACACGGGAGAAA 1108
Query 1109 AGCCATATAATTGTAAAGAATGTGGAAAGAGCTTCAGATGGGCCTCAGGTCTTTCAAGACATGTGCGAGTCCAC 1182
|||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||..||||||..|.||||..||||||||||
Sbjct 1109 AGCCATATAATTGTAAAGAGTGTGGGAAGAGCTTCAGATGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGCGAGTCCAC 1182
Query 1183 AGTGGAGAGACAACATTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACAACGTTATTCTCACCA 1256
||||||||.|.|.|||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||.|.|||||.|||||
Sbjct 1183 AGTGGAGAAAAACCATTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAAGGATTTTACACAAATTCACAATGCTATTCCCACCA 1256
Query 1257 GAGAGCGCACAGTGGAGAAAAGCCATATAGATGTGAGGAGTGTGGGAAGGGCTACAAAAGGAGGTTGGATCTTG 1330
||||.|.||.|||||||||||.|||||.|.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 GAGATCCCATAGTGGAGAAAAACCATACAAATGTGTGGAGTGTGGGAAGGGCTACAAAAGGAGGTTGGATCTTG 1330
Query 1331 ACTTTCATCAGAGGGTCCACAGAGGAGAGAAACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTTGGCTGGGCC 1404
|||||||.|||.|.|||||.|.|||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||||.|..|||||
Sbjct 1331 ACTTTCACCAGCGCGTCCATACAGGAGAGAAACTGTATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTTAGTCGGGCC 1404
Query 1405 TCGTGTCTTTTGAATCATCAGAGAATCCACAGTGGAGAAAAACCATTTAAATGTGAAGAATGTGGGAAAAGATT 1478
.|.|||||||||||.|||.||
Sbjct 1405 CCATGTCTTTTGAAACATGAG----------------------------------------------------- 1425
Query 1479 TACTCAGAATTCACAACTTTATACCCATCGTAGAGTCCACAGTGGAGAAAAACCATTCAAATGTGAAGAGTGTG 1552
|||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1426 -------------------------------AGACTCCACAGTGGAGAAAAACCATTCCAATGTGAAGAGTGTG 1468
Query 1553 GGAAAAGATTTACTCAGAATTCACAACTTTATTCTCATCGCAGAGTCCACACTGGAGTAAAGCCATACAAATGT 1626
||||.|||||||||||.||||||||.|||.||||.||||..|||||.||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1469 GGAAGAGATTTACTCAAAATTCACATCTTCATTCCCATCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGT 1542
Query 1627 GAAGAGTGTGGGAAGGGCTTCAACAGTAAGTTTAATCTTGACATGCACCAGAGGGTCCACACCGGAGAGAGACC 1700
||..|||||||.|||||||.|||.|||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||.|||||||||||
Sbjct 1543 GAGAAGTGTGGAAAGGGCTACAATAGTAAGTTTAATCTTGATATGCACCAGAAGGTCCACACAGGAGAGAGACC 1616
Query 1701 TTATAATTGTAAAGAATGTGGGAAGAGCTTTAGCCGGGCCTCAAGTATTTTGAATCATAAGAGACTCCATGGTG 1774
.||.||||||||.||||||||||||||.|||.||.|||||||..||.|||||||.|||.|||||||.||..|||
Sbjct 1617 ATACAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGTTTTGGCTGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGAGACTGCACAGTG 1690
Query 1775 ATGAAAAGCCATTCAAATGTGAAGAGTGTGGGAAGAGATTTACTGAGAATTCACAGCTTCATTCCCATCAGAGG 1848
..|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||.|||||.||.
Sbjct 1691 GAGAAAAACCATTCAAATGTGAAGAGTGTGGGAAAAGATTTACTCAGAATTCACAGCTTCATTCTCATCAAAGA 1764
Query 1849 GTTCACACTGGGGAAAAGCCATACAAATGTGAGAAGTGTGGAAAGAGCTTCAGATGGGCCTCAACTCATCTAAC 1922
||.||||||||.||||||||||||||||||||..|||||||.|||.|||||||.|||.|||||||||.|||.||
Sbjct 1765 GTGCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTGATGAGTGTGGGAAGGGCTTCAGCTGGTCCTCAACTCGTCTGAC 1838
Query 1923 CCATCAGAGACTCCACAGTAGAGAAAAACTACTTCAATGTGAGGACTGTGGGAAGAGCATTGTGCACAGTTCAT 1996
|||||||||||.||||||.|||||||.||..||..||||||||.|...||||||||.||||||.||.|.|||||
Sbjct 1839 CCATCAGAGACGCCACAGCAGAGAAACACCTCTCAAATGTGAGCAGCATGGGAAGAACATTGTACAGAATTCAT 1912
Query 1997 GCCTTAAAGACCAACAAAGAGACCAAAGTGGAGAGAAAACATCTAAATGTGAGGACTGTGGGAAGCGCTACAAG 2070
.|..|||||..|||.|||.||..||.||||.|||.||..|||..|||||||||||||||||||||.|||||||.
Sbjct 1913 TCTCTAAAGTGCAAGAAAAAGTTCACAGTGTAGAAAAGCCATACAAATGTGAGGACTGTGGGAAGGGCTACAAC 1986
Query 2071 AGGCGCTTGAATCTTGATACGCTTTTGTCATTATTTTTAAATGA-----CACA--------------------- 2118
|||||||||||||||||||.|| .||| || ||||
Sbjct 1987 AGGCGCTTGAATCTTGATATGC----ATCA------------GAGGGTCCACATGGGAGAGAAAACATGGAAGT 2044
Query 2119 -------------------------------------------------------------------------- 2118
Sbjct 2045 GTAGGGAGTGTGATATGTGCTTTAGTCAGGCCTCAAGCCTTCGACTTCATCAGAATGTTCATGTTGGAGAAAAA 2118
Query 2119 --- 2118
Sbjct 2119 CCT 2121