Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_01837
• Subject: NM_001290061.1
• Aligned Length: 2262
• Identities: 2244
• Gaps: 18

Alignment

Query    1  ATGGGGCGGGCCGGGGCTGCCGCCGTGATCCCGGGCCTGGCCCTGCTCTGGGCAGTGGGGCTGGGGAGTGCCGC  74
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Sbjct    1  ATGGGGCGGGCCGGGGCTGCCGCCGTGATCCCGGGCCTGGCCCTGCTCTGGGCAGTGGGGCTGGGGAGTGCCGC  74

Query   75  CCCCAGCCCCCCACGCCTTCGGCTCTCCTTCCAAGAGCTCCAGGCCTGGCATGGTCTCCAGACTTTCAGCCTGG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCCCAGCCCCCCACGCCTTCGGCTCTCCTTCCAAGAGCTCCAGGCCTGGCATGGTCTCCAGACTTTCAGCCTGG  148

Query  149  AGCGAACCTGCTGCTACCAGGCCTTGCTGGTGGATGAGGAGCGTGGACGCCTGTTTGTGGGTGCCGAGAACCAT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AGCGAACCTGCTGCTACCAGGCCTTGCTGGTGGATGAGGAGCGTGGACGCCTGTTTGTGGGTGCCGAGAACCAT  222

Query  223  GTGGCCTCCCTCAACCTGGACAACATCAGCAAGCGGGCCAAGAAGCTGGCCTGGCCGGCCCCTGTGGAATGGCG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTGGCCTCCCTCAACCTGGACAACATCAGCAAGCGGGCCAAGAAGCTGGCCTGGCCGGCCCCTGTGGAATGGCG  296

Query  297  AGAGGAGTGCAACTGGGCAGGGAAGGACATTGGTACTGAGTGCATGAACTTCGTGAAGTTGCTGCATGCCTACA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGAGGAGTGCAACTGGGCAGGGAAGGACATTGGTACTGAGTGCATGAACTTCGTGAAGTTGCTGCATGCCTACA  370

Query  371  ACCGCACCCATTTGCTGGCCTGTGGCACGGGAGCCTTCCACCCAACCTGTGCCTTTGTGGAAGTGGGCCACCGG  444
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Sbjct  371  ACCGCACCCATTTGCTGGCCTGTGGCACGGGAGCCTTCCACCCAACCTGTGCCTTTGTGGAAGTGGGCCACCGG  444

Query  445  GCAGAGGAGCCCGTCCTCCGGCTGGACCCAGGAAGGATAGAGGATGGCAAGGGGAAGAGTCCTTATGACCCCAG  518
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Sbjct  445  GCAGAGGAGCCCGTCCTCCGGCTGGACCCAGGAAGGATAGAGGATGGCAAGGGGAAGAGTCCTTATGACCCCAG  518

Query  519  GCATCGGGCTGCCTCCGTGCTGGTGGGGGAGGAGCTATACTCAGGGGTGGCAGCAGACCTCATGGGACGAGACT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GCATCGGGCTGCCTCCGTGCTGGTGGGGGAGGAGCTATACTCAGGGGTGGCAGCAGACCTCATGGGACGAGACT  592

Query  593  TTACCATCTTTCGCAGCCTAGGGCAACGTCCAAGTCTCCGAACAGAGCCACACGACTCCCGCTGGCTCAATGAG  666
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Sbjct  593  TTACCATCTTTCGCAGCCTAGGGCAACGTCCAAGTCTCCGAACAGAGCCACACGACTCCCGCTGGCTCAATGAG  666

Query  667  CCCAAGTTTGTCAAGGTATTTTGGATCCCGGAGAGCGAGAACCCAGACGACGACAAAATCTACTTCTTCTTTCG  740
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Sbjct  667  CCCAAGTTTGTCAAGGTATTTTGGATCCCGGAGAGCGAGAACCCAGACGACGACAAAATCTACTTCTTCTTTCG  740

Query  741  TGAGACGGCGGTAGAGGCGGCGCCGGCACTGGGACGCCTGTCCGTGTCCCGCGTTGGCCAGATCTGCCGGAACG  814
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Sbjct  741  TGAGACGGCGGTAGAGGCGGCGCCGGCACTGGGACGCCTGTCCGTGTCCCGCGTTGGCCAGATCTGCCGGAACG  814

Query  815  ACGTGGGCGGCCAGCGCAGCCTGGTCAACAAGTGGACGACGTTCCTGAAGGCGCGGCTGGTGTGCTCGGTGCCC  888
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Sbjct  815  ACGTGGGCGGCCAGCGCAGCCTGGTCAACAAGTGGACGACGTTCCTGAAGGCGCGGCTGGTGTGCTCGGTGCCC  888

Query  889  GGCGTCGAGGGCGACACCCACTTCGATCAGCTCC---------------AGGATGTGTTTCTGTTGTCCTCGCG  947
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Sbjct  889  GGCGTCGAGGGCGACACCCACTTCGATCAGCTCCGCCCCTTCCCCGCAGAGGATGTGTTTCTGTTGTCCTCGCG  962

Query  948  GGACCACCGGACCCCGCTGCTCTATGCCGTCTTCTCCACGTC---CAGCATCTTCCAGGGCTCTGCGGTGTGCG  1018
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Sbjct  963  GGACCACCGGACCCCGCTGCTCTATGCCGTCTTCTCCACGTCCAGCAGCATCTTCCAGGGCTCTGCGGTGTGCG  1036

Query 1019  TGTACAGCATGAACGACGTGCGCCGGGCCTTCTTGGGACCCTTTGCACACAAGGAGGGGCCCATGCACCAGTGG  1092
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Sbjct 1037  TGTACAGCATGAACGACGTGCGCCGGGCCTTCTTGGGACCCTTTGCACACAAGGAGGGGCCCATGCACCAGTGG  1110

Query 1093  GTGTCATACCAGGGTCGCGTCCCCTACCCGCGGCCAGGCATGTGCCCCAGCAAGACCTTTGGCACCTTCAGTTC  1166
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Sbjct 1111  GTGTCATACCAGGGTCGCGTCCCCTACCCGCGGCCAGGCATGTGCCCCAGCAAGACCTTTGGCACCTTCAGTTC  1184

Query 1167  CACCAAGGACTTCCCAGACGATGTCATCCAGTTTGCGCGGAACCACCCCCTCATGTACAACTCTGTCCTGCCCA  1240
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Sbjct 1185  CACCAAGGACTTCCCAGACGATGTCATCCAGTTTGCGCGGAACCACCCCCTCATGTACAACTCTGTCCTGCCCA  1258

Query 1241  CTGGGGGGCGCCCTCTTTTCCTACAAGTTGGAGCCAATTACACCTTCACTCAAATTGCCGCGGACCGGGTTGCA  1314
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Sbjct 1259  CTGGGGGGCGCCCTCTTTTCCTACAAGTTGGAGCCAATTACACCTTCACTCAAATTGCCGCGGACCGGGTTGCA  1332

Query 1315  GCCGCTGACGGACACTATGACGTCCTCTTCATTGGCACAGACGTTGGCACGGTGCTGAAGGTGATCTCGGTCCC  1388
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Sbjct 1333  GCCGCTGACGGACACTATGACGTCCTCTTCATTGGCACAGACGTTGGCACGGTGCTGAAGGTGATCTCGGTCCC  1406

Query 1389  CAAGGGCAGTAGGCCCAGCGCAGAGGGGCTGCTCCTGGAGGAGCTGCACGTGTTTGAGGACTCGGCCGCTGTCA  1462
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CAAGGGCAGTAGGCCCAGCGCAGAGGGGCTGCTCCTGGAGGAGCTGCACGTGTTTGAGGACTCGGCCGCTGTCA  1480

Query 1463  CCAGCATGCAAATTTCTTCCAAGAGGCACCAGCTGTACGTAGCCTCGCGGAGCGCGGTGGCCCAGATCGCGTTG  1536
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Sbjct 1481  CCAGCATGCAAATTTCTTCCAAGAGGCACCAGCTGTACGTAGCCTCGCGGAGCGCGGTGGCCCAGATCGCGTTG  1554

Query 1537  CACCGCTGCGCTGCCCACGGCCGCGTCTGCACCGAATGCTGTCTGGCGCGTGACCCCTACTGCGCCTGGGACGG  1610
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Sbjct 1555  CACCGCTGCGCTGCCCACGGCCGCGTCTGCACCGAATGCTGTCTGGCGCGTGACCCCTACTGCGCCTGGGACGG  1628

Query 1611  GGTCGCGTGCACGCGCTTCCAGCCCAGTGCCAAGAGGCGGTTCCGGCGGCAAGACGTAAGGAATGGCGACCCCA  1684
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Sbjct 1629  GGTCGCGTGCACGCGCTTCCAGCCCAGTGCCAAGAGGCGGTTCCGGCGGCAAGACGTAAGGAATGGCGACCCCA  1702

Query 1685  GCACGTTGTGCTCCGGAGACTCGTCTCGTCCCGCGCTGCTGGAACACAAGGTGTTCGGCGTGGAGGGCAGCAGC  1758
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Sbjct 1703  GCACGTTGTGCTCCGGAGACTCGTCTCGTCCCGCGCTGCTGGAACACAAGGTGTTCGGCGTGGAGGGCAGCAGC  1776

Query 1759  GCCTTTCTGGAGTGTGAGCCCCGCTCGCTGCAGGCGCGCGTGGAGTGGACTTTCCAGCGCGCAGGGGTGACAGC  1832
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Sbjct 1777  GCCTTTCTGGAGTGTGAGCCCCGCTCGCTGCAGGCGCGCGTGGAGTGGACTTTCCAGCGCGCAGGGGTGACAGC  1850

Query 1833  CCACACCCAGGTGCTGGCAGAGGAGCGCACCGAGCGCACCGCCCGGGGACTACTGCTGCGCAGGCTGCGGCGCC  1906
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Sbjct 1851  CCACACCCAGGTGCTGGCAGAGGAGCGCACCGAGCGCACCGCCCGGGGACTACTGCTGCGCAGGCTGCGGCGCC  1924

Query 1907  GGGACTCGGGCGTGTACTTGTGCGCCGCCGTCGAGCAGGGCTTTACGCAACCGCTGCGTCGCCTGTCGCTGCAC  1980
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Sbjct 1925  GGGACTCGGGCGTGTACTTGTGCGCCGCCGTCGAGCAGGGCTTTACGCAACCGCTGCGTCGCCTGTCGCTGCAC  1998

Query 1981  GTGTTGAGTGCTACGCAGGCCGAACGACTGGCGCGGGCCGAGGAGGCTGCGCCCGCCGCGCCGCCGGGCCCCAA  2054
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Sbjct 1999  GTGTTGAGTGCTACGCAGGCCGAACGACTGGCGCGGGCCGAGGAGGCTGCGCCCGCCGCGCCGCCGGGCCCCAA  2072

Query 2055  ACTCTGGTACCGGGACTTTCTGCAGCTGGTGGAGCCGGGCGGAGGTGGCAGCGCGAACTCCCTGCGCATGTGCC  2128
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Sbjct 2073  ACTCTGGTACCGGGACTTTCTGCAGCTGGTGGAGCCGGGCGGAGGTGGCAGCGCGAACTCCCTGCGCATGTGCC  2146

Query 2129  GCCCGCAGCCTGCGCTGCAGTCACTGCCCCTGGAGTCGCGGAGAAAGGGCCGTAACCGGAGGACCCACGCCCCT  2202
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Sbjct 2147  GCCCGCAGCCTGCGCTGCAGTCACTGCCCCTGGAGTCGCGGAGAAAGGGCCGTAACCGGAGGACCCACGCCCCT  2220

Query 2203  GAGCCTCGCGCTGAGCGGGGGCCGCGCAGCGCAACGCACTGG  2244
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Sbjct 2221  GAGCCTCGCGCTGAGCGGGGGCCGCGCAGCGCAACGCACTGG  2262