Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_02248
• Subject: NM_001207034.1
• Aligned Length: 3003
• Identities: 2703
• Gaps: 300

Alignment

Query    1  ATGTCTGGGCCAGGCAACAAACGCGCCGCCGGCGACGGGGGCTCAGGGCCCCCGGAAAAGAAGCTGAGTCGTGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCTGGGCCAGGCAACAAACGCGCCGCCGGCGACGGGGGCTCAGGGCCCCCGGAAAAGAAGCTGAGTCGTGA  74

Query   75  GGAGAAGACCACCACGACTCTTATCGAGCCCATTCGTCTTGGAGGCATCTCTTCCACGGAGGAGATGGACCTGA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGAGAAGACCACCACGACTCTTATCGAGCCCATTCGTCTTGGAGGCATCTCTTCCACGGAGGAGATGGACCTGA  148

Query  149  AGGTACTACAGTTCAAGAACAAGAAACTGGCAGAGCGGCTGGAACAACGGCAGGCTTGTGAAGATGAACTCCGA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AGGTACTACAGTTCAAGAACAAGAAACTGGCAGAGCGGCTGGAACAACGGCAGGCTTGTGAAGATGAACTCCGA  222

Query  223  GAACGAATTGAGAAGTTGGAGAAGCGGCAGGCCACAGATGATGCCACACTCCTCATCGTCAATCGCTACTGGGC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAACGAATTGAGAAGTTGGAGAAGCGGCAGGCCACAGATGATGCCACACTCCTCATCGTCAATCGCTACTGGGC  296

Query  297  CCAGCTGGATGAAACTGTGGAAGCCCTTCTCCGATGCCATGAGAGCCAGGGGGAGCTGTCTTCAGCGCCTGAGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCAGCTGGATGAAACTGTGGAAGCCCTTCTCCGATGCCATGAGAGCCAGGGGGAGCTGTCTTCAGCGCCTGAGG  370

Query  371  CACCTGGGACCCAGGAGGGGCCAACATGTGATGGGACTCCTCTCCCAGAGCCGGGGACATCAGAGCTGAGAGAC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CACCTGGGACCCAGGAGGGGCCAACATGTGATGGGACTCCTCTCCCAGAGCCGGGGACATCAGAGCTGAGAGAC  444

Query  445  CCCTTGCTGATGCAGCTGCGGCCCCCTCTCAGTGAGCCGGCCTTGGCTTTTGTGGTGGCACTGGGTGCCAGCAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CCCTTGCTGATGCAGCTGCGGCCCCCTCTCAGTGAGCCGGCCTTGGCTTTTGTGGTGGCACTGGGTGCCAGCAG  518

Query  519  CAGTGAGGAGGTGGAGCTGGAGCTGCAAGGCCGAATGGAGTTCTCCAAGGCAGCTGTGTCTCGTGTGGTAGAGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CAGTGAGGAGGTGGAGCTGGAGCTGCAAGGCCGAATGGAGTTCTCCAAGGCAGCTGTGTCTCGTGTGGTAGAGG  592

Query  593  CCTCAGACCGCCTACAGCGCCGGGTGGAGGAACTCTGTCAGCGAGTGTACAGCCGAGGGGACAGTGAGCCCCTC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCTCAGACCGCCTACAGCGCCGGGTGGAGGAACTCTGTCAGCGAGTGTACAGCCGAGGGGACAGTGAGCCCCTC  666

Query  667  AGTGAGGCGGCTCAGGCACACACCCGAGAGCTGGGCCGTGAGAACCGGCGACTGCAGGACTTGGCCACTCAGCT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGTGAGGCGGCTCAGGCACACACCCGAGAGCTGGGCCGTGAGAACCGGCGACTGCAGGACTTGGCCACTCAGCT  740

Query  741  GCAGGAGAAACACCACCGCATCTCATTGGAGTACTCCGAGCTCCAGGATAAAGTGACATCGGCAGAGACCAAGG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GCAGGAGAAACACCACCGCATCTCATTGGAGTACTCCGAGCTCCAGGATAAAGTGACATCGGCAGAGACCAAGG  814

Query  815  TGCTGGAGATGGAGACAACAGTGGAGGACTTGCAGTGGGACATCGAGAAGCTGCGGAAGCGAGAGCAAAAGCTC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TGCTGGAGATGGAGACAACAGTGGAGGACTTGCAGTGGGACATCGAGAAGCTGCGGAAGCGAGAGCAAAAGCTC  888

Query  889  AATAAGCACCTGGCAGAGGCCTTAGAGCAGCTTAACTCTGGCTACTATGTATCTGGGAGCTCCTCAGGCTTCCA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AATAAGCACCTGGCAGAGGCCTTAGAGCAGCTTAACTCTGGCTACTATGTATCTGGGAGCTCCTCAGGCTTCCA  962

Query  963  GGGGGGCCAGATCACACTCAGCATGCAGAAGTTTGAGATGCTGAATGCAGAGTTAGAGGAAAACCAGGAACTGG  1036
            |||||||||||||||||||||||||||||                                             
Sbjct  963  GGGGGGCCAGATCACACTCAGCATGCAGA---------------------------------------------  991

Query 1037  CCAACAGCCGTATGGCAGAGCTGGAGAAACTGCAGGCCGAACTTCAGGGGGCTGTGCGGACCAATGAGCGCCTC  1110
                                                                                      
Sbjct  992  --------------------------------------------------------------------------  991

Query 1111  AAGGTGGCCCTGCGGAGCCTTCCTGAGGAGGTAGTGCGGGAGACGGGGGAGTACCGCATGCTGCAGGCCCAATT  1184
                                                                                      
Sbjct  992  --------------------------------------------------------------------------  991

Query 1185  CTCACTGCTCTACAACGAGTCTCTGCAAGTGAAGACCCAGCTAGACGAGGCTCGGGGCCTGCTGCTGGCCACAA  1258
                                                                                      
Sbjct  992  --------------------------------------------------------------------------  991

Query 1259  AGAACTCCCACCTGCGACACATCGAGCACATGGAGAGCGACGAGCTGGGGCTGCAGAAGAAGCTACGCACAGAG  1332
                                             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  992  ---------------------------------AGAGCGACGAGCTGGGGCTGCAGAAGAAGCTACGCACAGAG  1032

Query 1333  GTCATTCAGCTGGAGGACACGCTGGCCCAGGTACGCAAGGAGTATGAGATGCTGCGCATCGAGTTTGAGCAGAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033  GTCATTCAGCTGGAGGACACGCTGGCCCAGGTACGCAAGGAGTATGAGATGCTGCGCATCGAGTTTGAGCAGAA  1106

Query 1407  TCTGGCGGCCAACGAGCAGGCGGGGCCCATCAACCGTGAGATGCGCCACCTGATTAGTAGTCTTCAAAACCACA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107  TCTGGCGGCCAACGAGCAGGCGGGGCCCATCAACCGTGAGATGCGCCACCTGATTAGTAGTCTTCAAAACCACA  1180

Query 1481  ACCACCAGCTAAAAGGGGACGCCCAGCGATACAAGCGGAAGCTTCGAGAAGTACAAGCTGAGATTGGCAAGCTC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181  ACCACCAGCTAAAAGGGGACGCCCAGCGATACAAGCGGAAGCTTCGAGAAGTACAAGCTGAGATTGGCAAGCTC  1254

Query 1555  CGGGCCCAGGCCAGTGGCTCTGCCCACTCCACCCCCAACCTGGGCCACCCAGAGGATTCTGGCGTCAGTGCCCC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255  CGGGCCCAGGCCAGTGGCTCTGCCCACTCCACCCCCAACCTGGGCCACCCAGAGGATTCTGGCGTCAGTGCCCC  1328

Query 1629  AGCCCCAGGGAAAGAGGAGGGTGGGCCAGGCCCTGTCAGTACCCCCGACAACAGAAAGGAGATGGCTCCAGTGC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329  AGCCCCAGGGAAAGAGGAGGGTGGGCCAGGCCCTGTCAGTACCCCCGACAACAGAAAGGAGATGGCTCCAGTGC  1402

Query 1703  CTGGCACCACCACTACTACCACTTCAGTGAAGAAGGAGGAGCTGGTCCCCTCTGAAGAGGACTTCCAGGGTATA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1403  CTGGCACCACCACTACTACCACTTCAGTGAAGAAGGAGGAGCTGGTCCCCTCTGAAGAGGACTTCCAGGGTATA  1476

Query 1777  ACCCCTGGGGCCCAGGGCCCTTCCTCCCGGGGCCGAGAACCTGAGGCCAGGCCCAAGCGGGAGCTTCGGGAACG  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477  ACCCCTGGGGCCCAGGGCCCTTCCTCCCGGGGCCGAGAACCTGAGGCCAGGCCCAAGCGGGAGCTTCGGGAACG  1550

Query 1851  GGAAGGTCCCAGCCTAGGACCTCCACCTGTAGCCTCCGCTCTCTCAAGGGCTGATCGGGAGAAGGCCAAGGTGG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551  GGAAGGTCCCAGCCTAGGACCTCCACCTGTAGCCTCCGCTCTCTCAAGGGCTGATCGGGAGAAGGCCAAGGTGG  1624

Query 1925  AAGAAACCAAGCGGAAGGAATCAGAACTCCTCAAGGGTCTCCGAGCAGAGCTCAAGAAGGCCCAGGAGAGCCAG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625  AAGAAACCAAGCGGAAGGAATCAGAACTCCTCAAGGGTCTCCGAGCAGAGCTCAAGAAGGCCCAGGAGAGCCAG  1698

Query 1999  AAGGAGATGAAACTGCTGCTGGATATGTACAAGTCAGCGCCCAAGGAGCAGCGGGATAAGGTGCAGCTCATGGC  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699  AAGGAGATGAAACTGCTGCTGGATATGTACAAGTCAGCGCCCAAGGAGCAGCGGGATAAGGTGCAGCTCATGGC  1772

Query 2073  AGCGGAACGCAAGGCTAAGGCCGAGGTTGATGAGCTGCGGAGCCGCATCCGGGAATTGGAGGAGAGGGATCGAA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1773  AGCGGAACGCAAGGCTAAGGCCGAGGTTGATGAGCTGCGGAGCCGCATCCGGGAATTGGAGGAGAGGGATCGAA  1846

Query 2147  GGGAGAGCAAGAAGATCGCGGATGAGGATGCCCTGCGGCGCATTCGGCAGGCAGAGGAGCAGATAGAACACCTG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847  GGGAGAGCAAGAAGATCGCGGATGAGGATGCCCTGCGGCGCATTCGGCAGGCAGAGGAGCAGATAGAACACCTG  1920

Query 2221  CAGCGCAAGCTGGGTGCCACCAAGCAGGAGGAGGAGGCTCTGCTCTCAGAGATGGATGTGACAGGTCAGGCTTT  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921  CAGCGCAAGCTGGGTGCCACCAAGCAGGAGGAGGAGGCTCTGCTCTCAGAGATGGATGTGACAGGTCAGGCTTT  1994

Query 2295  TGAGGACATGCAGGAACAGAACGGGCGGCTGCTACAGCAGTTGCGGGAAAAGGATGATGCCAACTTTAAGCTAA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995  TGAGGACATGCAGGAACAGAACGGGCGGCTGCTACAGCAGTTGCGGGAAAAGGATGATGCCAACTTTAAGCTAA  2068

Query 2369  TGTCAGAGCGGATCAAGGCCAACCAGATTCACAAGCTGCTGCGGGAGGAGAAGGATGAGTTGGGCGAGCAGGTC  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2069  TGTCAGAGCGGATCAAGGCCAACCAGATTCACAAGCTGCTGCGGGAGGAGAAGGATGAGTTGGGCGAGCAGGTC  2142

Query 2443  CTTGGCCTCAAGTCCCAGGTGGATGCCCAGCTGCTGACTGTGCAGAAGCTGGAGGAGAAGGAGCGAGCCTTGCA  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143  CTTGGCCTCAAGTCCCAGGTGGATGCCCAGCTGCTGACTGTGCAGAAGCTGGAGGAGAAGGAGCGAGCCTTGCA  2216

Query 2517  GGGCAGCCTCGGGGGTGTGGAGAAGGAGCTGACGCTGCGCAGCCAAGCCCTGGAGCTCAACAAGCGGAAGGCTG  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217  GGGCAGCCTCGGGGGTGTGGAGAAGGAGCTGACGCTGCGCAGCCAAGCCCTGGAGCTCAACAAGCGGAAGGCTG  2290

Query 2591  TAGAAGCCGCCCAGCTGGCCGAGGACCTGAAGGTGCAGCTGGAGCACGTGCAGACTCGGCTGCGGGAGATCCAG  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2291  TAGAAGCCGCCCAGCTGGCCGAGGACCTGAAGGTGCAGCTGGAGCACGTGCAGACTCGGCTGCGGGAGATCCAG  2364

Query 2665  CCCTGCCTGGCAGAGAGCCGGGCTGCTCGTGAGAAAGAGAGCTTCAACCTCAAGAGGGCTCAGGAGGACATCTC  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2365  CCCTGCCTGGCAGAGAGCCGGGCTGCTCGTGAGAAAGAGAGCTTCAACCTCAAGAGGGCTCAGGAGGACATCTC  2438

Query 2739  ACGGCTGCGGCGCAAGCTGGAAAAGCAGAGGAAGGTGGAGGTCTACGCAGATGCCGACGAAATCCTCCAGGAGG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2439  ACGGCTGCGGCGCAAGCTGGAAAAGCAGAGGAAGGTGGAGGTCTACGCAGATGCCGACGAAATCCTCCAGGAGG  2512

Query 2813  AGATCAAGGAGTACAAGGCGCGGTTGACCTGCCCCTGCTGTAACACCCGCAAGAAGGATGCAGTCCTTACCAAG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513  AGATCAAGGAGTACAAGGCGCGGTTGACCTGCCCCTGCTGTAACACCCGCAAGAAGGATGCAGTCCTTACCAAG  2586

Query 2887  TGCTTCCACGTTTTCTGCTTCGAGTGCGTGCGGGGCCGCTATGAGGCCCGCCAGAGGAAGTGCCCCAAGTGCAA  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2587  TGCTTCCACGTTTTCTGCTTCGAGTGCGTGCGGGGCCGCTATGAGGCCCGCCAGAGGAAGTGCCCCAAGTGCAA  2660

Query 2961  CGCGGCCTTTGGTGCCCACGACTTCCATCGTATCTACATCAGC  3003
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2661  CGCGGCCTTTGGTGCCCACGACTTCCATCGTATCTACATCAGC  2703