Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_02255
• Subject: NM_001270934.2
• Aligned Length: 2470
• Identities: 2352
• Gaps: 113

Alignment

Query    1  ATGTCCAAGAAAGGGCGAAATAAGGGCGAGAAGCCCGAGGCACTCATTGTTGCCCTTCAAGCTGCCAATGAAGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCCAAGAAAGGGCGAAATAAGGGCGAGAAGCCCGAGGCACTCATTGTTGCCCTTCAAGCTGCCAATGAAGA  74

Query   75  CCTCAGGACCAAGCTCACAGACATTCAGATAGAGCTGCATCAAGAGAAGTCCAAGGTATCAAAGCTTGAAAGAG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCTCAGGACCAAGCTCACAGACATTCAGATAGAGCTGCATCAAGAGAAGTCCAAGGTATCAAAGCTTGAAAGAG  148

Query  149  AGAAGACTCAAGAAGCGAAGAGGATTCGTGAGCTGGAGCAGCGCAAGCACACGGTGCTGGTGACAGAACTCAAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AGAAGACTCAAGAAGCGAAGAGGATTCGTGAGCTGGAGCAGCGCAAGCACACGGTGCTGGTGACAGAACTCAAA  222

Query  223  GCCAAGCTCCATGAGGAGAAGATGAAGGAGCTGCAGGCTGTGAGGGAGAACCTTATCAAGCAGCACGAGCAGGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GCCAAGCTCCATGAGGAGAAGATGAAGGAGCTGCAGGCTGTGAGGGAGAACCTTATCAAGCAGCACGAGCAGGA  296

Query  297  AATGTCAAGGACGGTGAAGGTACGTGATGGAGAGATCCAGAGGCTCAAGTCTGCTCTCTGTGCTCTCCGCGACG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AATGTCAAGGACGGTGAAGGTACGTGATGGAGAGATCCAGAGGCTCAAGTCTGCTCTCTGTGCTCTCCGCGACG  370

Query  371  GCAGCAGTGACAAAGTAAGGACAGCGCTCACCATTGAGGCCCGGGAGGAGGCCCGGAAACTGTTTGACACAGAG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GCAGCAGTGACAAAGTAAGGACAGCGCTCACCATTGAGGCCCGGGAGGAGGCCCGGAAACTGTTTGACACAGAG  444

Query  445  CGCCTTAAGCTCTTACAGGAAATTGCGGACCTGAAAACGGCCAAGAAGCAGGTGGACGAGGCTCTGAGCAATAT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CGCCTTAAGCTCTTACAGGAAATTGCGGACCTGAAAACGGCCAAGAAGCAGGTGGACGAGGCTCTGAGCAATAT  518

Query  519  GATCCAAGCAGATAAAATCAAGGCTGGGGACCTTCGGAGTGAGCATCAGTCCCACCAAGAAGCCATCTCGAAGA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GATCCAAGCAGATAAAATCAAGGCTGGGGACCTTCGGAGTGAGCATCAGTCCCACCAAGAAGCCATCTCGAAGA  592

Query  593  TCAAGTGGGAGTCGGAGCGGGATATTCGGAGGCTGATGGATGAAATCAAAGCCAAGGACAGGATCATCTTTTCC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TCAAGTGGGAGTCGGAGCGGGATATTCGGAGGCTGATGGATGAAATCAAAGCCAAGGACAGGATCATCTTTTCC  666

Query  667  CTGGAAAAGGAACTGGAGACCCAGACAGGCTATGTACAGAAACTCCAACTTCAGAAGGAGGCTTTGGACGAACA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CTGGAAAAGGAACTGGAGACCCAGACAGGCTATGTACAGAAACTCCAACTTCAGAAGGAGGCTTTGGACGAACA  740

Query  741  ACTCTTTCTGGTCAAGGAGGCTGAGTGCAACATGAGCAGCCCAAAACGAGAAATTCCAGGAAGGGCAGGTGATG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ACTCTTTCTGGTCAAGGAGGCTGAGTGCAACATGAGCAGCCCAAAACGAGAAATTCCAGGAAGGGCAGGTGATG  814

Query  815  GTTCCGAACACTGCAGCAGTCCTGATTTGCGAAGAAATCAAAAGAGAATAGCTGAATTGAATGCCACTATAAGA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GTTCCGAACACTGCAGCAGTCCTGATTTGCGAAGAAATCAAAAGAGAATAGCTGAATTGAATGCCACTATAAGA  888

Query  889  AAATTAGAAGACAGGAATACCTTGCTTGGAGATGAACGAAATGAACTGTTAAAACGTGTGCGGGAAACCGAAAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAATTAGAAGACAGGAATACCTTGCTTGGAGATGAACGAAATGAACTGTTAAAACGTGTGCGGGAAACCGAAAA  962

Query  963  GCAATGTAAACCTCTCCTGGAAAGGAACAAGTGCCTCGCCAAGAGAAACGATGAACTGATGGTGTCCTTGCAGC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GCAATGTAAACCTCTCCTGGAAAGGAACAAGTGCCTCGCCAAGAGAAACGATGAACTGATGGTGTCCTTGCAGC  1036

Query 1037  GCATGGAAGAAAAACTAAAAGCCGTTACCAAGGAAAATTCAGAAATGAGAGAAAAAATAACATCCCATCCACCC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GCATGGAAGAAAAACTAAAAGCCGTTACCAAGGAAAATTCAGAAATGAGAGAAAAAATAACATCCCATCCACCC  1110

Query 1111  CTGAAGAAATTAAAATCTCTGAATGACCTCGACCAAGCTAATGAAGAACAAGAAACAGAGTTTCTAAAACTTCA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CTGAAGAAATTAAAATCTCTGAATGACCTCGACCAAGCTAATGAAGAACAAGAAACAGAGTTTCTAAAACTTCA  1184

Query 1185  GGTCATTGAGCAACAGAACATTATTGATGAGCTCACAAGGGACCGAGAAAAGCTCATCCGTAGAAGAAAGCATA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GGTCATTGAGCAACAGAACATTATTGATGAGCTCACAAGGGACCGAGAAAAGCTCATCCGTAGAAGAAAGCATA  1258

Query 1259  GAAGAAGTTCCAAGCCAATTAAGAGGCCTGTTTTGGACCCGTTTATTGGCTATGATGAGGACTCTATGGATTCA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GAAGAAGTTCCAAGCCAATTAAGAGGCCTGTTTTGGACCCGTTTATTGGCTATGATGAGGACTCTATGGATTCA  1332

Query 1333  GAGACATCATCCATGGCCTCATTTAGAACAGACAGAACACCAGCTACTCCTGATGATGACTTGGATGAAAGTTT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GAGACATCATCCATGGCCTCATTTAGAACAGACAGAACACCAGCTACTCCTGATGATGACTTGGATGAAAGTTT  1406

Query 1407  AGCAGCTGAAGAATCTGAACTAAGATTTCGACAATTAACAAAAGAATATCAGGCCCTCCAAAGAGCATATGCCC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AGCAGCTGAAGAATCTGAACTAAGATTTCGACAATTAACAAAAGAATATCAGGCCCTCCAAAGAGCATATGCCC  1480

Query 1481  TCCTACAGGAGCAGACGGGAGGCATCATCGACGCTGAACGAGAAGCCAAGGCTCAAGAACAGCTCCAAGCAGAG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TCCTACAGGAGCAGACGGGAGGCATCATCGACGCTGAACGAGAAGCCAAGGCTCAAGAACAGCTCCAAGCAGAG  1554

Query 1555  GTGCTAAGGTATAAAGCCAAAATTGAAGACCTGGAAGCGACTCTGGCTCAGAAAGGGCAGGATTCACACTGGGT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
Sbjct 1555  GTGCTAAGGTATAAAGCCAAAATTGAAGACCTGGAAGCGACTCTGGCTCAGAAAGGGC----------------  1612

Query 1629  AGAAGATAAACAACTTTTCATTAAGAGAAACCAGGAGCTTTTAGAAAAGATAGAAAAACAGGAGGCAGAAAATC  1702
                                                           |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613  -----------------------------------------------AGATAGAAAAACAGGAGGCAGAAAATC  1639

Query 1703  ACCGGTTACAACAAGAACTACAGGACGCCAGAGACCAGAATGAGCTGCTGGAGTTTCGAAACCTAGAGCTAGAA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640  ACCGGTTACAACAAGAACTACAGGACGCCAGAGACCAGAATGAGCTGCTGGAGTTTCGAAACCTAGAGCTAGAA  1713

Query 1777  GAGAGAGAGAGACGATCCCCTCCATTTAATCTCCAAATTCACCCATTCTCAGATGGTGTGAGTGCTCTACAGAT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1714  GAGAGAGAGAGACGATCCCCTCCATTTAATCTCCAAATTCACCCATTCTCAGATGGTGTGAGTGCTCTACAGAT  1787

Query 1851  CTACTGTATGAAAGAAGGTGTTAAGGATGTGAACATCCCTGATCTCATAAAGCAGCTTGATATCTTGGGTGATA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1788  CTACTGTATGAAAGAAGGTGTTAAGGATGTGAACATCCCTGATCTCATAAAGCAGCTTGATATCTTGGGTGATA  1861

Query 1925  ATGGGAATTTAAGAAATGAAGAACAAGTGGCCATAATTCAGGCCAGCACTGTGCTGTCCCTGGCAGAGAAGTGG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862  ATGGGAATTTAAGAAATGAAGAACAAGTGGCCATAATTCAGGCCAGCACTGTGCTGTCCCTGGCAGAGAAGTGG  1935

Query 1999  ATCCAGCAGATTGAAGGAGCTGAGGCTGCCCTACACCAGAAAATGATGGAATTGGAAAGTGACATGGAACAGTT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1936  ATCCAGCAGATTGAAGGAGCTGAGGCTGCCCTACACCAGAAAATGATGGAATTGGAAAGTGACATGGAACAGTT  2009

Query 2073  CTGCAAAATAAAAGGCTATCTGGAGGAAGAACTAGACTACAGAAAACAAGCTCTTGACCAAGCATATATGAGAA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2010  CTGCAAAATAAAAGGCTATCTGGAGGAAGAACTAGACTACAGAAAACAAGCTCTTGACCAAGCATATATGAGAA  2083

Query 2147  TCCAGGAACTAGAAGCTACTTTGTACAATGCTCTACAGCAAGAAACTGTTATCAAGTTTGGTGAATTATTAAGT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2084  TCCAGGAACTAGAAGCTACTTTGTACAATGCTCTACAGCAAGAAACTGTTATCAAGTTTGGTGAATTATTAAGT  2157

Query 2221  GAAAAACAGCAAGAGGAGCTGAGGACGGCAGTAGAAAAGTTACGGCGGCAAATGCTGAGGAAGAGCAGAGAGTA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158  GAAAAACAGCAAGAGGAGCTGAGGACGGCAGTAGAAAAGTTACGGCGGCAAATGCTGAGGAAGAGCAGAGAGTA  2231

Query 2295  TGACTGTCAGATTCTTCAGGAGAGAATGGAGCTCTTACAGCAAGCCCATCAGAGAATTCGTGACTTAGAAGATA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2232  TGACTGTCAGATTCTTCAGGAGAGAATGGAGCTCTTACAGCAAGCCCATCAGAGAATTCGTGACTTAGAAGATA  2305

Query 2369  AAACAGACATCCAGAAAAGACAAATAAAAGACTTAGAAGAAAAGAGTAACCGAAAACATGGA------------  2430
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|          .||..            
Sbjct 2306  AAACAGACATCCAGAAAAGACAAATAAAAGACTTAGAAGAAAAGTTT----------CTGTTTCTATTCTTGTT  2369

Query 2431  ----------------------------  2430
                                        
Sbjct 2370  CTTCTCTCTTGCCTTTATTCTATGGCCT  2397