Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_02255
• Subject: NM_001282282.2
• Aligned Length: 2470
• Identities: 2288
• Gaps: 176

Alignment

Query    1  ATGTCCAAGAAAGGGCGAAATAAGGGCGAGAAGCCCGAGGCACTCATTGTTGCCCTTCAAGCTGCCAATGAAGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CCTCAGGACCAAGCTCACAGACATTCAGATAGAGCTGCATCAAGAGAAGTCCAAGGTATCAAAGCTTGAAAGAG  148
                                                                |.||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ----------------------------------------------------ATGGTATCAAAGCTTGAAAGAG  22

Query  149  AGAAGACTCAAGAAGCGAAGAGGATTCGTGAGCTGGAGCAGCGCAAGCACACGGTGCTGGTGACAGAACTCAAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   23  AGAAGACTCAAGAAGCGAAGAGGATTCGTGAGCTGGAGCAGCGCAAGCACACGGTGCTGGTGACAGAACTCAAA  96

Query  223  GCCAAGCTCCATGAGGAGAAGATGAAGGAGCTGCAGGCTGTGAGGGAGAACCTTATCAAGCAGCACGAGCAGGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   97  GCCAAGCTCCATGAGGAGAAGATGAAGGAGCTGCAGGCTGTGAGGGAGAACCTTATCAAGCAGCACGAGCAGGA  170

Query  297  AATGTCAAGGACGGTGAAGGTACGTGATGGAGAGATCCAGAGGCTCAAGTCTGCTCTCTGTGCTCTCCGCGACG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  171  AATGTCAAGGACGGTGAAGGTACGTGATGGAGAGATCCAGAGGCTCAAGTCTGCTCTCTGTGCTCTCCGCGACG  244

Query  371  GCAGCAGTGACAAAGTAAGGACAGCGCTCACCATTGAGGCCCGGGAGGAGGCCCGGAAACTGTTTGACACAGAG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  245  GCAGCAGTGACAAAGTAAGGACAGCGCTCACCATTGAGGCCCGGGAGGAGGCCCGGAAACTGTTTGACACAGAG  318

Query  445  CGCCTTAAGCTCTTACAGGAAATTGCGGACCTGAAAACGGCCAAGAAGCAGGTGGACGAGGCTCTGAGCAATAT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  319  CGCCTTAAGCTCTTACAGGAAATTGCGGACCTGAAAACGGCCAAGAAGCAGGTGGACGAGGCTCTGAGCAATAT  392

Query  519  GATCCAAGCAGATAAAATCAAGGCTGGGGACCTTCGGAGTGAGCATCAGTCCCACCAAGAAGCCATCTCGAAGA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  393  GATCCAAGCAGATAAAATCAAGGCTGGGGACCTTCGGAGTGAGCATCAGTCCCACCAAGAAGCCATCTCGAAGA  466

Query  593  TCAAGTGGGAGTCGGAGCGGGATATTCGGAGGCTGATGGATGAAATCAAAGCCAAGGACAGGATCATCTTTTCC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  467  TCAAGTGGGAGTCGGAGCGGGATATTCGGAGGCTGATGGATGAAATCAAAGCCAAGGACAGGATCATCTTTTCC  540

Query  667  CTGGAAAAGGAACTGGAGACCCAGACAGGCTATGTACAGAAACTCCAACTTCAGAAGGAGGCTTTGGACGAACA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  541  CTGGAAAAGGAACTGGAGACCCAGACAGGCTATGTACAGAAACTCCAACTTCAGAAGGAGGCTTTGGACGAACA  614

Query  741  ACTCTTTCTGGTCAAGGAGGCTGAGTGCAACATGAGCAGCCCAAAACGAGAAATTCCAGGAAGGGCAGGTGATG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  615  ACTCTTTCTGGTCAAGGAGGCTGAGTGCAACATGAGCAGCCCAAAACGAGAAATTCCAGGAAGGGCAGGTGATG  688

Query  815  GTTCCGAACACTGCAGCAGTCCTGATTTGCGAAGAAATCAAAAGAGAATAGCTGAATTGAATGCCACTATAAGA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  689  GTTCCGAACACTGCAGCAGTCCTGATTTGCGAAGAAATCAAAAGAGAATAGCTGAATTGAATGCCACTATAAGA  762

Query  889  AAATTAGAAGACAGGAATACCTTGCTTGGAGATGAACGAAATGAACTGTTAAAACGTGTGCGGGAAACCGAAAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  763  AAATTAGAAGACAGGAATACCTTGCTTGGAGATGAACGAAATGAACTGTTAAAACGTGTGCGGGAAACCGAAAA  836

Query  963  GCAATGTAAACCTCTCCTGGAAAGGAACAAGTGCCTCGCCAAGAGAAACGATGAACTGATGGTGTCCTTGCAGC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  837  GCAATGTAAACCTCTCCTGGAAAGGAACAAGTGCCTCGCCAAGAGAAACGATGAACTGATGGTGTCCTTGCAGC  910

Query 1037  GCATGGAAGAAAAACTAAAAGCCGTTACCAAGGAAAATTCAGAAATGAGAGAAAAAATAACATCCCATCCACCC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  911  GCATGGAAGAAAAACTAAAAGCCGTTACCAAGGAAAATTCAGAAATGAGAGAAAAAATAACATCCCATCCACCC  984

Query 1111  CTGAAGAAATTAAAATCTCTGAATGACCTCGACCAAGCTAATGAAGAACAAGAAACAGAGTTTCTAAAACTTCA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  985  CTGAAGAAATTAAAATCTCTGAATGACCTCGACCAAGCTAATGAAGAACAAGAAACAGAGTTTCTAAAACTTCA  1058

Query 1185  GGTCATTGAGCAACAGAACATTATTGATGAGCTCACAAGGGACCGAGAAAAGCTCATCCGTAGAAGAAAGCATA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059  GGTCATTGAGCAACAGAACATTATTGATGAGCTCACAAGGGACCGAGAAAAGCTCATCCGTAGAAGAAAGCATA  1132

Query 1259  GAAGAAGTTCCAAGCCAATTAAGAGGCCTGTTTTGGACCCGTTTATTGGCTATGATGAGGACTCTATGGATTCA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133  GAAGAAGTTCCAAGCCAATTAAGAGGCCTGTTTTGGACCCGTTTATTGGCTATGATGAGGACTCTATGGATTCA  1206

Query 1333  GAGACATCATCCATGGCCTCATTTAGAACAGACAGAACACCAGCTACTCCTGATGATGACTTGGATGAAAGTTT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207  GAGACATCATCCATGGCCTCATTTAGAACAGACAGAACACCAGCTACTCCTGATGATGACTTGGATGAAAGTTT  1280

Query 1407  AGCAGCTGAAGAATCTGAACTAAGATTTCGACAATTAACAAAAGAATATCAGGCCCTCCAAAGAGCATATGCCC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1281  AGCAGCTGAAGAATCTGAACTAAGATTTCGACAATTAACAAAAGAATATCAGGCCCTCCAAAGAGCATATGCCC  1354

Query 1481  TCCTACAGGAGCAGACGGGAGGCATCATCGACGCTGAACGAGAAGCCAAGGCTCAAGAACAGCTCCAAGCAGAG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1355  TCCTACAGGAGCAGACGGGAGGCATCATCGACGCTGAACGAGAAGCCAAGGCTCAAGAACAGCTCCAAGCAGAG  1428

Query 1555  GTGCTAAGGTATAAAGCCAAAATTGAAGACCTGGAAGCGACTCTGGCTCAGAAAGGGCAGGATTCACACTGGGT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429  GTGCTAAGGTATAAAGCCAAAATTGAAGACCTGGAAGCGACTCTGGCTCAGAAAGGGCAGGATTCACACTGGGT  1502

Query 1629  AGAAGATAAACAACTTTTCATTAAGAGAAACCAGGAGCTTTTAGAAAAGATAGAAAAACAGGAGGCAGAAAATC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503  AGAAGATAAACAACTTTTCATTAAGAGAAACCAGGAGCTTTTAGAAAAGATAGAAAAACAGGAGGCAGAAAATC  1576

Query 1703  ACCGGTTACAACAAGAACTACAGGACGCCAGAGACCAGAATGAGCTGCTGGAGTTTCGAAACCTAGAGCTAGAA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1577  ACCGGTTACAACAAGAACTACAGGACGCCAGAGACCAGAATGAGCTGCTGGAGTTTCGAAACCTAGAGCTAGAA  1650

Query 1777  GAGAGAGAGAGACGATCCCCTCCATTTAATCTCCAAATTCACCCATTCTCAGATGGTGTGAGTGCTCTACAGAT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1651  GAGAGAGAGAGACGATCCCCTCCATTTAATCTCCAAATTCACCCATTCTCAGATGGTGTGAGTGCTCTACAGAT  1724

Query 1851  CTACTGTATGAAAGAAGGTGTTAAGGATGTGAACATCCCTGATCTCATAAAGCAGCTTGATATCTTGGGTGATA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1725  CTACTGTATGAAAGAAGGTGTTAAGGATGTGAACATCCCTGATCTCATAAAGCAGCTTGATATCTTGGGTGATA  1798

Query 1925  ATGGGAATTTAAGAAATGAAGAACAAGTGGCCATAATTCAGGCCAGCACTGTGCTGTCCCTGGCAGAGAAGTGG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799  ATGGGAATTTAAGAAATGAAGAACAAGTGGCCATAATTCAGGCCAGCACTGTGCTGTCCCTGGCAGAGAAGTGG  1872

Query 1999  ATCCAGCAGATTGAAGGAGCTGAGGCTGCCCTACACCAGAAAATGATGGAATTGGAAAGTGACATGGAACAGTT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1873  ATCCAGCAGATTGAAGGAGCTGAGGCTGCCCTACACCAGAAAATGATGGAATTGGAAAGTGACATGGAACAGTT  1946

Query 2073  CTGCAAAATAAAAGGCTATCTGGAGGAAGAACTAGACTACAGAAAACAAGCTCTTGACCAAGCATATATGAGAA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1947  CTGCAAAATAAAAGGCTATCTGGAGGAAGAACTAGACTACAGAAAACAAGCTCTTGACCAAGCATATATGAGAA  2020

Query 2147  TCCAGGAACTAGAAGCTACTTTGTACAATGCTCTACAGCAAGAAACTGTTATCAAGTTTGGTGAATTATTAAGT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2021  TCCAGGAACTAGAAGCTACTTTGTACAATGCTCTACAGCAAGAAACTGTTATCAAGTTTGGTGAATTATTAAGT  2094

Query 2221  GAAAAACAGCAAGAGGAGCTGAGGACGGCAGTAGAAAAGTTACGGCGGCAAATGCTGAGGAAGAGCAGAGAGTA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095  GAAAAACAGCAAGAGGAGCTGAGGACGGCAGTAGAAAAGTTACGGCGGCAAATGCTGAGGAAGAGCAGAGAGTA  2168

Query 2295  TGACTGTCAGATTCTTCAGGAGAGAATGGAGCTCTTACAGCAAGCCCATCAGAGAATTCGTGACTTAGAAGATA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2169  TGACTGTCAGATTCTTCAGGAGAGAATGGAGCTCTTACAGCAAGCCCATCAGAGAATTCGTGACTTAGAAGATA  2242

Query 2369  AAACAGACATCCAGAAAAGACAAATAAAAGACTTAGAAGAAAAGAGTAACCGAAAACATGGA------------  2430
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|          .||..            
Sbjct 2243  AAACAGACATCCAGAAAAGACAAATAAAAGACTTAGAAGAAAAGTTT----------CTGTTTCTATTCTTGTT  2306

Query 2431  ----------------------------  2430
                                        
Sbjct 2307  CTTCTCTCTTGCCTTTATTCTATGGCCT  2334