Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_02460
- Subject:
- NM_001253717.1
- Aligned Length:
- 2226
- Identities:
- 1744
- Gaps:
- 201
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGCATACAGGCCTCTGGAAAATTCCCACGAGCACAGTGGTGAGGCCAACTCCACACTGCTTTCCTGCCATGAG 74
Query 1 -------------------------------------ATGG------CGGCAGCTACGGGGGATCCTGGACTCT 31
.||| |.|.|||.|.||||||.||||||||..
Sbjct 75 GCTTTCCTCATCTGGATGTGAGCACCTGACAGTGAGGCTGGTAAGAACAGTAGCCATGGGGGACCCTGGACTGG 148
Query 32 CTAAACTGCAGTTTGCCCCTTTTAGTAGTGCCTTGGATGTTGGGTTTTGGCATGAGTTGACCCAGAAGAAGCTG 105
|.||..|||||||.|||||.||||.|||||||.||||.|||||.||.|||||.||..||||||||||||||.||
Sbjct 149 CCAAGTTGCAGTTCGCCCCCTTTAATAGTGCCCTGGACGTTGGCTTCTGGCACGAACTGACCCAGAAGAAGTTG 222
Query 106 AACGAGTATCGGCTGGATGAAGCTCCCAAGGACATTAAGGGTTATTACTACAATGGTGACTCTGCTGGGCTGCC 179
||||||||.||.|||||.||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 223 AACGAGTACCGCCTGGACGAGGCACCCAAAGACATCAAGGGCTATTACTACAATGGTGACTCTGCTGGTCTGCC 296
Query 180 AGCTCGCTTAACATTGGAGTTCAGTGCTTTTGACATGAGTGCTCCCACCCCAGCCCGTTGCTGCCCAGCTATTG 253
..|.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||..||||.||.||||..||||||||.||.||.|
Sbjct 297 CACCCGCTTGACGTTGGAGTTCAGTGCTTTTGACATGAGTGCCTCCACGCCTGCCCACTGCTGCCCGGCCATGG 370
Query 254 GAACACTGTATAACACCAACACACTCGAGTCTTTCAAGACTGCAGATAAGAAGCTCCTTTTGGAACAAGCAGCA 327
||||.|||.|.||||||||||||||.|||.||||.|||||.|||||.||||||||||||.||||.||..|||||
Sbjct 371 GAACCCTGCACAACACCAACACACTTGAGGCTTTTAAGACAGCAGACAAGAAGCTCCTTCTGGAGCAGTCAGCA 444
Query 328 AATGAGATATGGGAATCCATAAAATCAGGCACTGCTCTTGAAAACCCTGTACTCCTCAACAAGTTCCTCCTCTT 401
||||||||.||||||.|||||||.|||||..|||||||.||||||||..|.||||||||||||||.||.|||.|
Sbjct 445 AATGAGATCTGGGAAGCCATAAAGTCAGGTGCTGCTCTCGAAAACCCCATGCTCCTCAACAAGTTTCTGCTCCT 518
Query 402 GACATTTGCAGATCTAAAGAAGTACCACTTCTACTATTGGTTTTGCTATCCTGCCCTCTGTCTTCCAGAGAGTT 475
|||.||.||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||..||.||||||||||||||.|||||..
Sbjct 519 GACCTTCGCGGACCTAAAGAAGTACCACTTCTACTACTGGTTTTGCTGCCCCGCCCTCTGTCTTCCTGAGAGCA 592
Query 476 TACCTCTCATTCAGGGGCCAGTGGGTTTGGATCAAAGGTTTTCACTAAAACAGATTGAAGCACTAGAGTGTGCA 549
|.|||||.||.|.|||.||.|||.|.||||||||||||.||||||.|||||||||..|.||.||.|||..|||.
Sbjct 593 TCCCTCTAATCCGGGGACCTGTGAGCTTGGATCAAAGGCTTTCACCAAAACAGATCCAGGCCCTGGAGCATGCC 666
Query 550 TATGATAATCTTTGTCAAACAGAAGGAGTCACAGCTCTTCCTTACTTCTTAATCAAGTATGATGAGAACATGGT 623
||||||.||||.||||.|.|.|||||.|||||.||.||.||.|||||||||.|||||||.|||||..|||..||
Sbjct 667 TATGATGATCTGTGTCGAGCCGAAGGCGTCACGGCCCTGCCCTACTTCTTATTCAAGTACGATGACGACACTGT 740
Query 624 GCTGGTTTCCTTGCTTAAACACTACAGTGATTTCTTCCAAGGTCAAAGGACGAAGATAACAATTGGTGTATATG 697
.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||.||.|
Sbjct 741 TCTGGTCTCCTTGCTCAAACACTACAGTGATTTCTTCCAAGGTCAAAGGACAAAGATAACAGTTGGTGTGTACG 814
Query 698 ATCCCTGTAACTTAGCCCAGTACCCTGGATGGCCTTTGAGGAATTTTTTGGTCCTAGCAGCCCACAGATGGAGT 771
|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.
Sbjct 815 ATCCCTGTAACCTAGCCCAGTACCCTGGATGGCCTTTGAGGAATTTTTTGGTCCTGGCAGCCCACAGATGGAGC 888
Query 772 AGCAGTTTCCAGTCTGTTGAAGTTGTTTGCTTCCGTGACCGTACCATGCAGGGGGCGAGAGACGTTGCCCACAG 845
.|||||||||||||.||||||||..|.|||||.||.|||||.|||||||||||.||.||||||||..|.||.||
Sbjct 889 GGCAGTTTCCAGTCCGTTGAAGTCCTCTGCTTTCGGGACCGCACCATGCAGGGAGCTAGAGACGTGACACATAG 962
Query 846 CATCATCTTCGAAGTGAAGCTTCCAGAAATGGCATTTAGCCCAGATTGTCCTAAAGCAGTTGGATGGGAAAAGA 919
|||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct 963 CATCATCTTTGAAGTGAAACTTCCAGAAATGGCATTTAGCCCAGATTGTCCTAAAGCTGTTGGCTGGGAGAAGA 1036
Query 920 ACCAGAAAGGAGGCATGGGACCAAGGATGGTGAACCTCAGTGAATGTATGGACCCTAAAAGGTTAGCTGAGTCA 993
|||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||.||||||||||||.||||||.|.|||||||||
Sbjct 1037 ACCAGAAAGGAGGCATGGGTCCGAGGATGGTGAACCTCAGTGGATGTATGGACCCCAAAAGGCTGGCTGAGTCA 1110
Query 994 TCAGTGGATCTAAATCTCAAACTGATGTGTTGGAGATTGGTTCCTACTTTAGACTTGGACAAGGTTGTGTCTGT 1067
||.||||||||.||||||||.||||||||.|||.|||||||.||.||.||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1111 TCTGTGGATCTGAATCTCAAGCTGATGTGCTGGCGATTGGTCCCCACCTTGGACTTGGACAAGGTCGTGTCTGT 1184
Query 1068 CAAATGTCTGCTGCTTGGAGCCGGCACCTTGGGTTGCAATGTAGCTAGGACGTTGATGGGTTGGGGCGTGAGAC 1141
|||.||.||||||||.|||||.||.||||||||.||.|||||.||||||||..|||||||.||||||||.||||
Sbjct 1185 CAAGTGCCTGCTGCTGGGAGCTGGTACCTTGGGGTGTAATGTGGCTAGGACACTGATGGGCTGGGGCGTCAGAC 1258
Query 1142 ACATCACATTTGTGGACAATGCCAAGATCTCCTACTCCAATCCTGTGAGGCAGCCTCTCTATGAGTTTGAAGAT 1215
|..||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 1259 ATGTCACCTTTGTGGATAACGCCAAGATCTCCTACTCCAATCCCGTGAGGCAGCCTCTGTATGAATTTGAAGAT 1332
Query 1216 TGCCTAGGGGGTGGTAAGCCCAAGGCTCTGGCAGCAGCGGACCGGCTCCAGAAAATATTCCCCGGTGTGAATGC 1289
||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 1333 TGTCTAGGGGGTGGCAAGCCCAAGGCCCTGGCTGCAGCAGAGCGGCTACAGAAAATATTTCCCGGAGTGAATGC 1406
Query 1290 CAGAGGATTCAACATGAGCATACCTATGCCTGGGCATCCAGTGAACTTCTCCAGTGTCACTCTGGAGCAAGCCC 1363
||||||.||||||||||||||.||.|||||.||.||.||.|||||||||||....|||||..|||||||.||||
Sbjct 1407 CAGAGGGTTCAACATGAGCATCCCCATGCCAGGACACCCTGTGAACTTCTCTGACGTCACGATGGAGCAGGCCC 1480
Query 1364 GCAGAGATGTGGAGCAACTGGAGCAGCTCATCGAAAGCCATGATGTCGTCTTCCTATTGATGGACACCAGGGAG 1437
||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|.||||||||||.|||||||..|.|||||||||||||||
Sbjct 1481 GCAGAGATGTGGAGCAGCTGGAGCAGCTCATTGATAACCATGATGTCATCTTCCTGCTAATGGACACCAGGGAG 1554
Query 1438 AGCCGGTGGCTTCCTGCCGTCATTGCTGCAAGCAAGAGAAAGCTGGTCATCAATGCTGCTTTGGGATTTGACAC 1511
|||||||||||||||.|.||.|||||.||.||||||.||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.||
Sbjct 1555 AGCCGGTGGCTTCCTACTGTTATTGCAGCCAGCAAGCGAAAGCTGGTCATCAACGCTGCCTTGGGGTTTGATAC 1628
Query 1512 ATTTGTTGTCATGAGACATGGTCTGAAGAAACCAAAGCAGCAAGGAGCTGGGGACTTGTGTCCAAACCACCCTG 1585
.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.||.|||.|.||.||||.|||.|.||
Sbjct 1629 CTTTGTTGTCATGAGACATGGCCTGAAGAAACCCAAGCAGCAGGGAGCCGGAGACCTCTGCCCAAGCCATCTTG 1702
Query 1586 TGGCATCTGCTGACCTCCTGGGCTCATCGCTTTTTGCCAACATCCCTGGTTACAAGCTTGGCTGCTACTTCTGC 1659
|.|||.||||||| |||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 TAGCACCTGCTGA---CCTGGGCTCCTCACTTTTTGCCAACATCCCTGGATACAAGCTTGGCTGCTACTTCTGC 1773
Query 1660 AATGATGTGGTGGCCCCAGGAGATTCAACCAGAGACCGGACCTTGGACCAGCAGTGCACTGTGAGTCGTCCAGG 1733
||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||..||||||||||||||||.|||||.||.|||||
Sbjct 1774 AATGATGTGGTGGCTCCAGGAGATTCAACCAGAGACCGGACTCTGGACCAGCAGTGCACAGTGAGCCGCCCAGG 1847
Query 1734 ACTGGCCGTGATTGCAGGAGCCCTGGCCGTGGAATTGATGGTATCTGTTTTGCAGCATCCAGAAGGGGGCTATG 1807
.|||||||||||||||||.||||||||.|||||..|||||||.|||||..||||||||||.||.||||||||.|
Sbjct 1848 CCTGGCCGTGATTGCAGGTGCCCTGGCTGTGGAGCTGATGGTCTCTGTCCTGCAGCATCCTGAGGGGGGCTACG 1921
Query 1808 CCATTGCCAGCAGCAGTGACGATCGGATGAATGAGCCTCCAACCTCTCTTGGGCTTGTGCCTCACCAG------ 1875
||||.||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||
Sbjct 1922 CCATCGCCAGCAGCAGTGATGACCGCATGAATGAGCCTCCCACCTCGCTGGGACTTGTGCCTCACCAGATCCGG 1995
Query 1876 -------------------------------------------------------------------------- 1875
Sbjct 1996 GGTTTTCTGTCACGGTTCGATAATGTTCTTCCTGTCAGCCTGGCATTTGATAAATGTACAGCCTGTTCACCCAA 2069
Query 1876 -GTTCTTGATCAATATGAACGAGAAGGATTTAACTTCCTAGCCAAGGTGTTTAATTCTTCACATTCCTTCTTAG 1948
|||||||||||.||.||.|||||||||||.|.|||||||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 2070 AGTTCTTGATCAGTACGAGCGAGAAGGATTCACCTTCCTAGCGAAGGTTTTTAACTCCTCACATTCCTTCTTAG 2143
Query 1949 AAGACTTGACTGGTCTTACATTGCTGCATCAAGAAACCCAAGCTGCTGAGATCTGGGACATGAGCGATGATGAG 2022
||||||||||.||||||||..||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||
Sbjct 2144 AAGACTTGACCGGTCTTACCCTGCTCCATCAAGAGACCCAAGCTGCTGAGATCTGGGACATGAGTGACGAGGAG 2217
Query 2023 ACCATC 2028
||..||
Sbjct 2218 ACTGTC 2223