Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_02460
• Subject: XR_001739980.2
• Aligned Length: 2531
• Identities: 2028
• Gaps: 503

Alignment

Query    1  --------------------------------------------ATGGCGGCAGCTACGGGGGATCCTGGACTC  30
                                                        ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  AGAGAGAGCTGTGGTTGCCGGAAGTTGAGCGGCGGCAAGAAATAATGGCGGCAGCTACGGGGGATCCTGGACTC  74

Query   31  TCTAAACTGCAGTTTGCCCCTTTTAGTAGTGCCTTGGATGTTGGGTTTTGGCATGAGTTGACCCAGAAGAAGCT  104
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCTAAACTGCAGTTTGCCCCTTTTAGTAGTGCCTTGGATGTTGGGTTTTGGCATGAGTTGACCCAGAAGAAGCT  148

Query  105  GAACGAGTATCGGCTGGATGAAGCTCCCAAGGACATTAAGGGTTATTACTACAATGGTGACTCTGCTGGGCTGC  178
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GAACGAGTATCGGCTGGATGAAGCTCCCAAGGACATTAAGGGTTATTACTACAATGGTGACTCTGCTGGGCTGC  222

Query  179  CAGCTCGCTTAACATTGGAGTTCAGTGCTTTTGACATGAGTGCTCCCACCCCAGCCCGTTGCTGCCCAGCTATT  252
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CAGCTCGCTTAACATTGGAGTTCAGTGCTTTTGACATGAGTGCTCCCACCCCAGCCCGTTGCTGCCCAGCTATT  296

Query  253  GGAACACTGTATAACACCAACACACTCGAGTCTTTCAAGACTGCAGATAAGAAGCTCCTTTTGGAACAAGCAGC  326
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GGAACACTGTATAACACCAACACACTCGAGTCTTTCAAGACTGCAGATAAGAAGCTCCTTTTGGAACAAGCAGC  370

Query  327  AAATGAGATATGGGAATCCATAAAATCAGGCACTGCTCTTGAAAACCCTGTACTCCTCAACAAGTTCCTCCTCT  400
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAATGAGATATGGGAATCCATAAAATCAGGCACTGCTCTTGAAAACCCTGTACTCCTCAACAAGTTCCTCCTCT  444

Query  401  TGACATTTGCAGATCTAAAGAAGTACCACTTCTACTATTGGTTTTGCTATCCTGCCCTCTGTCTTCCAGAGAGT  474
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TGACATTTGCAGATCTAAAGAAGTACCACTTCTACTATTGGTTTTGCTATCCTGCCCTCTGTCTTCCAGAGAGT  518

Query  475  TTACCTCTCATTCAGGGGCCAGTGGGTTTGGATCAAAGGTTTTCACTAAAACAGATTGAAGCACTAGAGTGTGC  548
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TTACCTCTCATTCAGGGGCCAGTGGGTTTGGATCAAAGGTTTTCACTAAAACAGATTGAAGCACTAGAGTGTGC  592

Query  549  ATATGATAATCTTTGTCAAACAGAAGGAGTCACAGCTCTTCCTTACTTCTTAATCAAGTATGATGAGAACATGG  622
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATATGATAATCTTTGTCAAACAGAAGGAGTCACAGCTCTTCCTTACTTCTTAATCAAGTATGATGAGAACATGG  666

Query  623  TGCTGGTTTCCTTGCTTAAACACTACAGTGATTTCTTCCAAGGTCAAAGGACGAAGATAACAATTGGTGTATAT  696
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TGCTGGTTTCCTTGCTTAAACACTACAGTGATTTCTTCCAAGGTCAAAGGACGAAGATAACAATTGGTGTATAT  740

Query  697  GATCCCTGTAACTTAGCCCAGTACCCTGGATGGCCTTTGAGGAATTTTTTGGTCCTAGCAGCCCACAGATGGAG  770
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GATCCCTGTAACTTAGCCCAGTACCCTGGATGGCCTTTGAGGAATTTTTTGGTCCTAGCAGCCCACAGATGGAG  814

Query  771  TAGCAGTTTCCAGTCTGTTGAAGTTGTTTGCTTCCGTGACCGTACCATGCAGGGGGCGAGAGACGTTGCCCACA  844
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TAGCAGTTTCCAGTCTGTTGAAGTTGTTTGCTTCCGTGACCGTACCATGCAGGGGGCGAGAGACGTTGCCCACA  888

Query  845  GCATCATCTTCGAAGTGAAGCTTCCAGAAATGGCATTTAGCCCAGATTGTCCTAAAGCAGTTGGATGGGAAAAG  918
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GCATCATCTTCGAAGTGAAGCTTCCAGAAATGGCATTTAGCCCAGATTGTCCTAAAGCAGTTGGATGGGAAAAG  962

Query  919  AACCAGAAAGGAGGCATGGGACCAAGGATGGTGAACCTCAGTGAATGTATGGACCCTAAAAGGTTAGCTGAGTC  992
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AACCAGAAAGGAGGCATGGGACCAAGGATGGTGAACCTCAGTGAATGTATGGACCCTAAAAGGTTAGCTGAGTC  1036

Query  993  ATCAGTGGATCTAAATCTCAAACTGATGTGTTGGAGATTGGTTCCTACTTTAGACTTGGACAAGGTTGTGTCTG  1066
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATCAGTGGATCTAAATCTCAAACTGATGTGTTGGAGATTGGTTCCTACTTTAGACTTGGACAAGGTTGTGTCTG  1110

Query 1067  TCAAATGTCTGCTGCTTGGAGCCGGCACCTTGGGTTGCAATGTAGCTAGGACGTTGATGGGTTGGGGCGTGAGA  1140
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TCAAATGTCTGCTGCTTGGAGCCGGCACCTTGGGTTGCAATGTAGCTAGGACGTTGATGGGTTGGGGCGTGAGA  1184

Query 1141  CACATCACATTTGTGGACAATGCCAAGATCTCCTACTCCAATCCTGTGAGGCAGCCTCTCTATGAGTTTGAAGA  1214
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CACATCACATTTGTGGACAATGCCAAGATCTCCTACTCCAATCCTGTGAGGCAGCCTCTCTATGAGTTTGAAGA  1258

Query 1215  TTGCCTAGGGGGTGGTAAGCCCAAGGCTCTGGCAGCAGCGGACCGGCTCCAGAAAATATTCCCCGGTGTGAATG  1288
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TTGCCTAGGGGGTGGTAAGCCCAAGGCTCTGGCAGCAGCGGACCGGCTCCAGAAAATATTCCCCGGTGTGAATG  1332

Query 1289  CCAGAGGATTCAACATGAGCATACCTATGCCTGGGCATCCAGTGAACTTCTCCAGTGTCACTCTGGAGCAAGCC  1362
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CCAGAGGATTCAACATGAGCATACCTATGCCTGGGCATCCAGTGAACTTCTCCAGTGTCACTCTGGAGCAAGCC  1406

Query 1363  CGCAGAGATGTGGAGCAACTGGAGCAGCTCATCGAAAGCCATGATGTCGTCTTCCTATTGATGGACACCAGGGA  1436
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CGCAGAGATGTGGAGCAACTGGAGCAGCTCATCGAAAGCCATGATGTCGTCTTCCTATTGATGGACACCAGGGA  1480

Query 1437  GAGCCGGTGGCTTCCTGCCGTCATTGCTGCAAGCAAGAGAAAGCTGGTCATCAATGCTGCTTTGGGATTTGACA  1510
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GAGCCGGTGGCTTCCTGCCGTCATTGCTGCAAGCAAGAGAAAGCTGGTCATCAATGCTGCTTTGGGATTTGACA  1554

Query 1511  CATTTGTTGTCATGAGACATGGTCTGAAGAAACCAAAGCAGCAAGGAGCTGGGGACTTGTGTCCAAACCACCCT  1584
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CATTTGTTGTCATGAGACATGGTCTGAAGAAACCAAAGCAGCAAGGAGCTGGGGACTTGTGTCCAAACCACCCT  1628

Query 1585  GTGGCATCTGCTGACCTCCTGGGCTCATCGCTTTTTGCCAACATCCCTGGTTACAAGCTTGGCTGCTACTTCTG  1658
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GTGGCATCTGCTGACCTCCTGGGCTCATCGCTTTTTGCCAACATCCCTGGTTACAAGCTTGGCTGCTACTTCTG  1702

Query 1659  CAATGATGTGGTGGCCCCAGGAGATTCAACCAGAGACCGGACCTTGGACCAGCAGTGCACTGTGAGTCGTCCAG  1732
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CAATGATGTGGTGGCCCCAGGAGATTCAACCAGAGACCGGACCTTGGACCAGCAGTGCACTGTGAGTCGTCCAG  1776

Query 1733  GACTGGCCGTGATTGCAGGAGCCCTGGCCGTGGAATTGATGGTATCTGTTTTGCAGCATCCAGAAGGGGGCTAT  1806
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GACTGGCCGTGATTGCAGGAGCCCTGGCCGTGGAATTGATGGTATCTGTTTTGCAGCATCCAGAAGGGGGCTAT  1850

Query 1807  GCCATTGCCAGCAGCAGTGACGATCGGATGAATGAGCCTCCAACCTCTCTTGGGCTTGTGCCTCACCAG-----  1875
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
Sbjct 1851  GCCATTGCCAGCAGCAGTGACGATCGGATGAATGAGCCTCCAACCTCTCTTGGGCTTGTGCCTCACCAGATCCG  1924

Query 1876  --------------------------------------------------------------------------  1875
                                                                                      
Sbjct 1925  GGGATTTCTTTCACGGTTTGATAATGTCCTTCCCGTCAGCCTGGCATTTGACAAATGTACAGCTTGTTCTTCCA  1998

Query 1876  --GTTCTTGATCAATATGAACGAGAAGGATTTAACTTCCTAGCCAAGGTGTTTAATTCTTCACATTCCTTCTTA  1947
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AAGTTCTTGATCAATATGAACGAGAAGGATTTAACTTCCTAGCCAAGGTGTTTAATTCTTCACATTCCTTCTTA  2072

Query 1948  GAAGACTTGACTGGTCTTACATTGCTGCATCAAGAAACCCAAGCTGCTG-------------------------  1996
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                         
Sbjct 2073  GAAGACTTGACTGGTCTTACATTGCTGCATCAAGAAACCCAAGCTGCTGAGCATCTTTGAGATCTTCGGCTCTG  2146

Query 1997  --------------------------------------------------------------------------  1996
                                                                                      
Sbjct 2147  GATGAAGCAGGAGAGGCAGAACATAAACAAATGGACGGAAGAATCAAGCACTTCTGTGAATGGAATCTTTTATT  2220

Query 1997  ------------------------------------AGATCTGGGACATGAGCGATGATGAGACCATC------  2028
                                                ||||||||||||||||||||||||||||||||      
Sbjct 2221  CCTCGCCCATCTGATTCTTGGCTGCTTTGTTCCATAAGATCTGGGACATGAGCGATGATGAGACCATCTGAGAT  2294

Query 2029  --------------------------------------------------------------------------  2028
                                                                                      
Sbjct 2295  GGCCCCGCTGTGGGGCTGACTTCTCCCCGGCCGCCTGCTGAGGAGCTCTCCATCGCCAGAGCAGGACTGCTGAC  2368

Query 2029  --------------------------------------------------------------------------  2028
                                                                                      
Sbjct 2369  CCCAGGCCTGGTGATTCTGGGCCCCTCCTCCATACCCCGAGGTCTGGGATTCCCCCCTCTGCTGCCCAGGAGTG  2442

Query 2029  --------------------------------------------------------------------------  2028
                                                                                      
Sbjct 2443  GCCAGTGTTCGGCGTTGCTCGGGATTCAAGATACCACCAGTTCAGAGCTAAATAATAACCTTGGCCTTGGCCTT  2516

Query 2029  ---------------  2028
                           
Sbjct 2517  GCTATTGACCTGGGA  2531