Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_02521
• Subject: NM_001363686.2
• Aligned Length: 2052
• Identities: 1560
• Gaps: 492

Alignment

Query    1  ATGGCCCGGCATCGGAATGTTCGAGGCTATAACTACGATGAAGATTTTGAAGATGATGATCTCTACGGCCAGTC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGTAGAGGATGATTATTGTATTTCGCCGTCAACAGCTGCTCAGTTTATTTATTCACGGCGTGACAAACCTTCCG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TTGAGCCTGTGGAAGAATATGATTATGAAGATCTGAAAGAATCTTCCAATTCTGTTTCAAACCATCAGCTCAGT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GGATTTGATCAAGCTCGTCTTTATTCATGCCTTGATCACATGAGAGAGGTACTTGGAGATGCTGTGCCAGATGA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  AATATTAATTGAAGCAGTTCTGAAGAACAAGTTTGATGTGCAGAAGGCTTTGTCAGGGGTTCTGGAACAAGATA  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  GAGTGCAGAGTTTGAAGGACAAGAATGAGGCAACAGTATCTACAGGAAAGATAGCAAAAGGAAAACCAGTAGAT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  TCCCAGACATCGCGAAGTGAATCTGAAATTGTGCCAAAAGTTGCTAAAATGACTGTATCTGGAAAGAAGCAAAC  518
                                                            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ------------------------------------------------ATGACTGTATCTGGAAAGAAGCAAAC  26

Query  519  TATGGGATTTGAAGTGCCTGGAGTATCTTCTGAAGAAAATGGTCATAGTTTCCACACACCTCAAAAAGGACCGC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   27  TATGGGATTTGAAGTGCCTGGAGTATCTTCTGAAGAAAATGGTCATAGTTTCCACACACCTCAAAAAGGACCGC  100

Query  593  CCATTGAAGATGCCATTGCTTCTTCCGATGTTCTTGAGACTGCTTCTAAATCTGCTAATCCACCCCACACGATT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  101  CCATTGAAGATGCCATTGCTTCTTCCGATGTTCTTGAGACTGCTTCTAAATCTGCTAATCCACCCCACACGATT  174

Query  667  CAAGCATCAGAAGAGCAGAGTTCAACCCCAGCACCGGTGAAAAAGTCTGGCAAGCTGAGGCAGCAAATAGATGT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  175  CAAGCATCAGAAGAGCAGAGTTCAACCCCAGCACCGGTGAAAAAGTCTGGCAAGCTGAGGCAGCAAATAGATGT  248

Query  741  GAAGGCGGAACTGGAGAAGCGGCAAGGAGGGAAGCAGCTACTCAACTTAGTGGTCATTGGTCATGTTGATGCTG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  249  GAAGGCGGAACTGGAGAAGCGGCAAGGAGGGAAGCAGCTACTCAACTTAGTGGTCATTGGTCATGTTGATGCTG  322

Query  815  GGAAAAGTACTCTGATGGGCCATATGCTTTATCTTCTGGGTAATATAAACAAAAGAACTATGCATAAGTATGAA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  323  GGAAAAGTACTCTGATGGGCCATATGCTTTATCTTCTGGGTAATATAAACAAAAGAACTATGCATAAGTATGAA  396

Query  889  CAGGAGTCTAAAAAGGCTGGCAAAGCTTCGTTTGCATATGCATGGGTCTTGGATGAAACTGGCGAAGAAAGGGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  397  CAGGAGTCTAAAAAGGCTGGCAAAGCTTCGTTTGCATATGCATGGGTCTTGGATGAAACTGGCGAAGAAAGGGA  470

Query  963  AAGGGGAGTAACCATGGATGTTGGTATGACAAAGTTTGAAACCACAACCAAAGTTATTACATTAATGGATGCTC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  471  AAGGGGAGTAACCATGGATGTTGGTATGACAAAGTTTGAAACCACAACCAAAGTTATTACATTAATGGATGCTC  544

Query 1037  CAGGCCATAAGGACTTCATTCCAAATATGATTACAGGAGCAGCCCAGGCGGATGTAGCTGTTTTAGTTGTAGAT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  545  CAGGCCATAAGGACTTCATTCCAAATATGATTACAGGAGCAGCCCAGGCGGATGTAGCTGTTTTAGTTGTAGAT  618

Query 1111  GCCAGCAGGGGAGAGTTTGAAGCTGGATTTGAGACTGGAGGACAAACACGAGAGCATGGACTCTTGGTCCGTTC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  619  GCCAGCAGGGGAGAGTTTGAAGCTGGATTTGAGACTGGAGGACAAACACGAGAGCATGGACTCTTGGTCCGTTC  692

Query 1185  TCTGGGAGTGACGCAGCTTGCAGTTGCAGTTAATAAAATGGATCAGGTTAATTGGCAACAAGAAAGGTTTCAAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  693  TCTGGGAGTGACGCAGCTTGCAGTTGCAGTTAATAAAATGGATCAGGTTAATTGGCAACAAGAAAGGTTTCAAG  766

Query 1259  AGATTACTGGAAAACTTGGGCACTTTCTTAAGCAAGCAGGTTTTAAGGAGAGTGATGTAGGTTTTATTCCTACA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  767  AGATTACTGGAAAACTTGGGCACTTTCTTAAGCAAGCAGGTTTTAAGGAGAGTGATGTAGGTTTTATTCCTACA  840

Query 1333  AGTGGTCTCAGTGGTGAAAATCTAATCACAAGATCTCAGTCAAGTGAACTCACAAAATGGTATAAAGGACTATG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  841  AGTGGTCTCAGTGGTGAAAATCTAATCACAAGATCTCAGTCAAGTGAACTCACAAAATGGTATAAAGGACTATG  914

Query 1407  TTTATTAGAACAAATTGATTCCTTTAAGCCTCCCCAGCGATCTATTGACAAACCTTTTAGATTATGTGTGTCCG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  915  TTTATTAGAACAAATTGATTCCTTTAAGCCTCCCCAGCGATCTATTGACAAACCTTTTAGATTATGTGTGTCCG  988

Query 1481  ATGTTTTCAAAGATCAAGGATCTGGATTTTGCATAACTGGTAAAATAGAAGCTGGTTATATCCAAACTGGTGAC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  989  ATGTTTTCAAAGATCAAGGATCTGGATTTTGCATAACTGGTAAAATAGAAGCTGGTTATATCCAAACTGGTGAC  1062

Query 1555  CGACTACTGGCAATGCCTCCTAATGAAACTTGTACCGTGAAAGGAATCACTCTGCATGATGAACCTGTCGACTG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063  CGACTACTGGCAATGCCTCCTAATGAAACTTGTACCGTGAAAGGAATCACTCTGCATGATGAACCTGTCGACTG  1136

Query 1629  GGCGGCAGCAGGCGATCATGTTAGTCTTACTTTGGTTGGGATGGATATCATCAAAATCAATGTTGGCTGCATAT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137  GGCGGCAGCAGGCGATCATGTTAGTCTTACTTTGGTTGGGATGGATATCATCAAAATCAATGTTGGCTGCATAT  1210

Query 1703  TTTGTGGCCCCAAAGTACCCATTAAAGCTTGCACTCGTTTCAGAGCCCGAATCCTCATCTTTAATATTGAAATT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1211  TTTGTGGCCCCAAAGTACCCATTAAAGCTTGCACTCGTTTCAGAGCCCGAATCCTCATCTTTAATATTGAAATT  1284

Query 1777  CCTATCACTAAAGGATTTCCTGTGCTGTTACACTACCAAACTGTCAGTGAACCCGCCGTTATTAAACGATTGAT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1285  CCTATCACTAAAGGATTTCCTGTGCTGTTACACTACCAAACTGTCAGTGAACCCGCCGTTATTAAACGATTGAT  1358

Query 1851  TAGTGTCTTAAACAAAAGCACGGGTGAAGTCACAAAGAAAAAGCCTAAGTTTTTGACTAAAGGCCAGAATGCAT  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359  TAGTGTCTTAAACAAAAGCACGGGTGAAGTCACAAAGAAAAAGCCTAAGTTTTTGACTAAAGGCCAGAATGCAT  1432

Query 1925  TGGTAGAGCTACAGACACAAAGACCAATAGCTCTTGAGCTATATAAAGACTTTAAAGAGCTGGGGAGGTTCATG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433  TGGTAGAGCTACAGACACAAAGACCAATAGCTCTTGAGCTATATAAAGACTTTAAAGAGCTGGGGAGGTTCATG  1506

Query 1999  CTACGTTACGGTGGTTCTACAATAGCTGCTGGTGTTGTCACTGAGATAAAAGAA  2052
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507  CTACGTTACGGTGGTTCTACAATAGCTGCTGGTGTTGTCACTGAGATAAAAGAA  1560