Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_02531
• Subject: NM_001286503.1
• Aligned Length: 2574
• Identities: 2442
• Gaps: 132

Alignment

Query    1  ATGTCGGTGGTGGGGTTGGACGTGGGCTCGCAGAGCTGCTACATCGCGGTAGCCCGGGCCGGGGGCATCGAGAC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCGGTGGTGGGGTTGGACGTGGGCTCGCAGAGCTGCTACATCGCGGTAGCCCGGGCCGGGGGCATCGAGAC  74

Query   75  CATCGCCAATGAGTTCAGCGACCGGTGCACCCCGTCAGTCATATCATTTGGATCAAAAAATAGAACAATCGGAG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CATCGCCAATGAGTTCAGCGACCGGTGCACCCCGTCAGTCATATCATTTGGATCAAAAAATAGAACAATCGGAG  148

Query  149  TTGCAGCCAAAAATCAGCAAATCACTCATGCAAACAATACGGTGTCTAACTTCAAAAGATTTCATGGCCGAGCA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TTGCAGCCAAAAATCAGCAAATCACTCATGCAAACAATACGGTGTCTAACTTCAAAAGATTTCATGGCCGAGCA  222

Query  223  TTCAATGACCCCTTCATTCAAAAGGAGAAGGAAAACTTGAGTTACGATTTGGTTCCATTGAAAAATGGTGGAGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTCAATGACCCCTTCATTCAAAAGGAGAAGGAAAACTTGAGTTACGATTTGGTTCCATTGAAAAATGGTGGAGT  296

Query  297  TGGAATAAAGGTAATGTACATGGGTGAAGAACATCTATTTAGTGTGGAGCAGATAACAGCCATGTTGTTGACTA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGGAATAAAGGTAATGTACATGGGTGAAGAACATCTATTTAGTGTGGAGCAGATAACAGCCATGTTGTTGACTA  370

Query  371  AGCTGAAGGAAACTGCTGAAAACAGCCTCAAGAAACCAGTAACAGATTGTGTTATTTCAGTCCCCTCCTTCTTT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGCTGAAGGAAACTGCTGAAAACAGCCTCAAGAAACCAGTAACAGATTGTGTTATTTCAGTCCCCTCCTTCTTT  444

Query  445  ACAGATGCTGAGAGGCGATCTGTGTTAGATGCTGCACAGATTGTTGGCCTAAACTGTTTAAGACTTATGAATGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACAGATGCTGAGAGGCGATCTGTGTTAGATGCTGCACAGATTGTTGGCCTAAACTGTTTAAGACTTATGAATGA  518

Query  519  CATGACAGCTGTTGCTTTGAATTACGGAATTTATAAGCAGGATCTCCCAAGCCTGGATGAGAAACCTCGGATAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CATGACAGCTGTTGCTTTGAATTACGGAATTTATAAGCAGGATCTCCCAAGCCTGGATGAGAAACCTCGGATAG  592

Query  593  TGGTTTTTGTTGATATGGGACATTCAGCTTTTCAAGTGTCTGCTTGTGCTTTTAACAAGGGAAAATTGAAGGTA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGGTTTTTGTTGATATGGGACATTCAGCTTTTCAAGTGTCTGCTTGTGCTTTTAACAAGGGAAAATTGAAGGTA  666

Query  667  CTGGGAACAGCTTTTGATCCTTTCTTAGGAGGAAAAAACTTCGATGAAAAGTTAGTGGAACATTTTTGTGCAGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CTGGGAACAGCTTTTGATCCTTTCTTAGGAGGAAAAAACTTCGATGAAAAGTTAGTGGAACATTTTTGTGCAGA  740

Query  741  ATTTAAAACTAAGTACAAGTTGGATGCAAAATCCAAAATACGAGCACTCCTACGTCTGTATCAGGAATGTGAAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATTTAAAACTAAGTACAAGTTGGATGCAAAATCCAAAATACGAGCACTCCTACGTCTGTATCAGGAATGTGAAA  814

Query  815  AACTGAAAAAGCTAATGAGCTCTAACAGCACAGACCTTCCACTGAATATCGAATGCTTTATGAATGATAAAGAT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AACTGAAAAAGCTAATGAGCTCTAACAGCACAGACCTTCCACTGAATATCGAATGCTTTATGAATGATAAAGAT  888

Query  889  GTTTCCGGAAAGATGAACAGGTCACAATTTGAAGAACTCTGTGCTGAACTTCTGCAAAAGATAGAAGTACCCCT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GTTTCCGGAAAGATGAACAGGTCACAATTTGAAGAACTCTGTGCTGAACTTCTGCAAAAGATAGAAGTACCCCT  962

Query  963  TTATTCACTGTTGGAACAAACTCATCTCAAAGTAGAAGATGTGAGTGCAGTTGAGATTGTTGGAGGCGCTACAC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TTATTCACTGTTGGAACAAACTCATCTCAAAGTAGAAGATGTGAGTGCAGTTGAGATTGTTGGAGGCGCTACAC  1036

Query 1037  GAATTCCAGCTGTGAAGGAAAGAATTGCCAAATTCTTTGGAAAAGATATTAGCACAACACTCAATGCAGATGAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GAATTCCAGCTGTGAAGGAAAGAATTGCCAAATTCTTTGGAAAAGATATTAGCACAACACTCAATGCAGATGAA  1110

Query 1111  GCAGTAGCCAGAGGATGTGCATTACAGTGTGCAATACTTTCCCCGGCATTTAAAGTTAGAGAATTTTCCGTCAC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GCAGTAGCCAGAGGATGTGCATTACAGTGTGCAATACTTTCCCCGGCATTTAAAGTTAGAGAATTTTCCGTCAC  1184

Query 1185  AGATGCAGTTCCTTTTCCAATATCTCTGATCTGGAACCATGATTCAGAAGATACTGAAGGTGTTCATGAAGTCT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AGATGCAGTTCCTTTTCCAATATCTCTGATCTGGAACCATGATTCAGAAGATACTGAAGGTGTTCATGAAGTCT  1258

Query 1259  TTAGTCGAAACCATGCTGCTCCTTTCTCCAAAGTTCTCACCTTTCTGAGAAGGGGGCCTTTTGAGCTAGAAGCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TTAGTCGAAACCATGCTGCTCCTTTCTCCAAAGTTCTCACCTTTCTGAGAAGGGGGCCTTTTGAGCTAGAAGCT  1332

Query 1333  TTCTATTCTGATCCCCAAGGAGTTCCATATCCAGAAGCAAAAATAGGCCGCTTTGTAGTTCAGAATGTTTCTGC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TTCTATTCTGATCCCCAAGGAGTTCCATATCCAGAAGCAAAAATAGGCCGCTTTGTAGTTCAGAATGTTTCTGC  1406

Query 1407  ACAGAAAGATGGAGAAAAATCTAGAGTAAAAGTCAAAGTGCGAGTCAACACCCATGGCATTTTCACCATCTCTA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  ACAGAAAGATGGAGAAAAATCTAGAGTAAAAGTCAAAGTGCGAGTCAACACCCATGGCATTTTCACCATCTCTA  1480

Query 1481  CGGCATCTATGGTGGAGAAAGTCCCAACTGAGGAGAATGAAATGTCTTCTGAAGCTGACATGGAGTGTCTGAAT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CGGCATCTATGGTGGAGAAAGTCCCAACTGAGGAGAATGAAATGTCTTCTGAAGCTGACATGGAGTGTCTGAAT  1554

Query 1555  CAGAGACCACCAGAAAACCCAGACACTGATAAAAATGTCCAGCAAGACAACAGTGAAGCTGGAACACAGCCCCA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||                                            
Sbjct 1555  CAGAGACCACCAGAAAACCCAGACACTGAT--------------------------------------------  1584

Query 1629  GGTACAAACTGATGCTCAACAAACCTCACAGTCTCCCCCTTCACCTGAACTTACCTCAGAAGAAAACAAAATCC  1702
                                                                                      
Sbjct 1585  --------------------------------------------------------------------------  1584

Query 1703  CAGATGCTGACAAAGCAAATGAAAAAAAAGTTGACCAGCCTCCAGAAGCTAAAAAGCCCAAAATAAAGGTGGTG  1776
                          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1585  --------------GCAAATGAAAAAAAAGTTGACCAGCCTCCAGAAGCTAAAAAGCCCAAAATAAAGGTGGTG  1644

Query 1777  AATGTTGAGCTGCCTATTGAAGCCAACTTGGTCTGGCAGTTAGGGAAAGACCTTCTTAACATGTATATTGAGAC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645  AATGTTGAGCTGCCTATTGAAGCCAACTTGGTCTGGCAGTTAGGGAAAGACCTTCTTAACATGTATATTGAGAC  1718

Query 1851  AGAGGGTAAGATGATAATGCAAGATAAATTGGAAAAAGAAAGGAATGATGCTAAAAATGCAGTTGAGGAATATG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1719  AGAGGGTAAGATGATAATGCAAGATAAATTGGAAAAAGAAAGGAATGATGCTAAAAATGCAGTTGAGGAATATG  1792

Query 1925  TGTATGAGTTCAGAGACAAGCTGTGTGGACCATATGAAAAATTTATATGTGAGCAGGATCATCAAAATTTTTTG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793  TGTATGAGTTCAGAGACAAGCTGTGTGGACCATATGAAAAATTTATATGTGAGCAGGATCATCAAAATTTTTTG  1866

Query 1999  AGACTCCTCACAGAAACTGAAGACTGGCTGTATGAAGAAGGAGAGGACCAAGCTAAACAAGCATATGTTGACAA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1867  AGACTCCTCACAGAAACTGAAGACTGGCTGTATGAAGAAGGAGAGGACCAAGCTAAACAAGCATATGTTGACAA  1940

Query 2073  GTTGGAAGAATTAATGAAAATTGGCACTCCAGTTAAAGTTCGGTTTCAGGAAGCTGAAGAACGGCCAAAAATGT  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1941  GTTGGAAGAATTAATGAAAATTGGCACTCCAGTTAAAGTTCGGTTTCAGGAAGCTGAAGAACGGCCAAAAATGT  2014

Query 2147  TTGAAGAACTAGGACAGAGGCTGCAGCATTATGCCAAGATAGCAGCTGACTTCAGAAATAAGGATGAGAAATAC  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2015  TTGAAGAACTAGGACAGAGGCTGCAGCATTATGCCAAGATAGCAGCTGACTTCAGAAATAAGGATGAGAAATAC  2088

Query 2221  AACCATATTGATGAGTCTGAAATGAAAAAAGTGGAGAAGTCTGTTAATGAAGTGATGGAATGGATGAATAATGT  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2089  AACCATATTGATGAGTCTGAAATGAAAAAAGTGGAGAAGTCTGTTAATGAAGTGATGGAATGGATGAATAATGT  2162

Query 2295  CATGAATGCTCAGGCTAAAAAGAGTCTTGATCAGGATCCAGTTGTACGTGCTCAGGAAATTAAAACAAAAATCA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163  CATGAATGCTCAGGCTAAAAAGAGTCTTGATCAGGATCCAGTTGTACGTGCTCAGGAAATTAAAACAAAAATCA  2236

Query 2369  AGGAATTGAACAACACATGTGAACCCGTTGTAACACAACCGAAACCAAAAATTGAATCACCCAAACTGGAAAGA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2237  AGGAATTGAACAACACATGTGAACCCGTTGTAACACAACCGAAACCAAAAATTGAATCACCCAAACTGGAAAGA  2310

Query 2443  ACTCCAAATGGCCCAAATATTGATAAAAAGGAAGAAGATTTAGAAGACAAAAACAATTTTGGTGCTGAACCTCC  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2311  ACTCCAAATGGCCCAAATATTGATAAAAAGGAAGAAGATTTAGAAGACAAAAACAATTTTGGTGCTGAACCTCC  2384

Query 2517  ACATCAGAATGGTGAATGTTACCCTAATGAGAAAAATTCTGTTAATATGGACTTGGAC  2574
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2385  ACATCAGAATGGTGAATGTTACCCTAATGAGAAAAATTCTGTTAATATGGACTTGGAC  2442