Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroad304_02790
Subject:
NM_001286419.1
Aligned Length:
1148
Identities:
955
Gaps:
118

Alignment

Query    1  ATGGAGAAAAAGAAAATGGTAACTCAGGGTAACCAGGAGCCGACAACAACTCCTGACGCAATGGTTCAGCCTTT  74
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGAGAAAAAGAAAATGGTAACTCAGGGTAACCAGGAGCCAACAACAACTCCTGACGCAATGGTTCAGCCTTT  74

Query   75  TACTACCATCCCATTTCCACCACCTCCGCAGAATGGAATTCCCACAGAGTATGGGGTGCCACACACTCAAGACT  148
            ||||||||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||
Sbjct   75  TACTACCATCCCGTTCCCACCACCTCCACAAAATGGAATTCCCACAGAATATGGAGTGCCACACACTCAGGACT  148

Query  149  ATGCCGGCCAGACCGGTGAGCATAACCTGACACTCTACGGAAGTACGCAAGCC-CACGGGGAGCAGAGCAGCAA  221
            ||||||||||||||.||||.|||||||||||.||||||||.||||||| |||| ||.||.||.|||||.|||||
Sbjct  149  ATGCCGGCCAGACCAGTGAACATAACCTGACCCTCTACGGGAGTACGC-AGCCTCATGGAGAACAGAGTAGCAA  221

Query  222  CTCACCCAGCACACAAAATGGATCTCTTACGACAGAAGGTGGAGCACAGACAGACGGCCAGCAGTCACAGACAC  295
            .||||||||||..||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct  222  TTCACCCAGCAACCAGAATGGATCTCTCACGACAGAAGGTGGAGCACAGACAGACGGACAACAGTCACAGACAC  295

Query  296  AAAGTAGTGAAAATTCAGAGAGTAAATCTACCCCGAAACGGCTGCATGTCTCTAATATTCCTTTCCGCTTCCGG  369
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct  296  AAAGTAGTGAAAATTCAGAGAGTAAATCTACGCCCAAGCGACTACATGTCTCTAATATTCCCTTCCGCTTCCGA  369

Query  370  GACCCTGACCTCCGGCAGATGTTTGGGCAGTTTGGCAAAATCCTAGATGTAGAAATAATCTTTAATGAACGTGG  443
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||
Sbjct  370  GACCCTGACCTCCGGCAGATGTTTGGGCAGTTTGGCAAAATCCTAGATGTGGAAATAATCTTTAATGAGCGCGG  443

Query  444  CTCTAAGGGATTCGGGTTCGTAACTTTCGAGAATAGTGCTGATGCAGACAGGGCCAGGGAGAAATTACACGGCA  517
            |||                                                                       
Sbjct  444  CTC-----------------------------------------------------------------------  446

Query  518  CCGTGGTAGAGGGCCGTAAAATCGAGGTGAATAATGCTACAGCACGTGTAATGACCAATAAGAAGATGGTCACA  591
                                  |.|||||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||.
Sbjct  447  ----------------------CAAGGTGAATAATGCAACAGCACGGGTCATGACCAACAAGAAGATGGTCACG  498

Query  592  CCATATGCAAATGGTTGGAAATTAAGCCCAGTAGTTGGAGCTGTATATGGTCCGGAGTTATATGCAGCATCCAG  665
            ||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  499  CCATATGCAAATGGCTGGAAGTTAAGCCCAGTAGTTGGAGCTGTGTATGGTCCTGAGTTATATGCAGCATCCAG  572

Query  666  CTTTCAAGCAGATGTGTCCCTAGGCAATGATGCAGCAGTGCCCCTATCAGGAAGAGGGGGTATCAACACTTACA  739
            |||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||.|.|||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct  573  CTTTCAAGCTGATGTGTCCCTAGGCAATGAGGCGGCTGTGCCCTTGTCAGGAAGAGGAGGCATCAACACTTACA  646

Query  740  TTCCTTTAATCAGTCTCCCTTTAGTTCCTGGCTTCCCTTACCCTACTGCAGCCACCACGGCAGCCGCTTTCAGA  813
            |.|||.||||||            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||.||
Sbjct  647  TCCCTCTAATCA------------TTCCTGGCTTCCCTTACCCAACTGCAGCCACCACGGCAGCTGCTTTCCGA  708

Query  814  GGAGCCCATTTGAGGGGCAGAGGGCGGACAGTATATGGTGCAGTCCGAGCGGTACCTCCAACAGCCATCCCCGC  887
            |||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  709  GGAGCCCATCTGAGGGGCAGAGGGCGGACAGTGTATGGTGCAGTCCGAGCGGTACCTCCAACAGCCATCCCCGC  782

Query  888  CTATCCAGGTGTGGT-TTACCAGGACGGATT--TTACGGTGCT----GACCTCTATGGTGGATATGCAGCCTAC  954
            |||||||||..|.|| ||| |||||...|.|  |||  |.|||    .||||| |.||||||||||||||||||
Sbjct  783  CTATCCAGGAATAGTGTTA-CAGGAACCAATCATTA--GCGCTAAAATACCTC-AGGGTGGATATGCAGCCTAC  852

Query  955  AGATATGCACAGCCTGCTACTGCAACCGCAGCCACCGCTGCTGCAGCCGCTGCAGCCGCTTACAGTGACGGTTA  1028
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  853  AGATATGCACAGCCTGCTACTGCAACCGCAGCCACAGCTGCTGCAGCCGCTGCAGCCGCTTACAGCGACGGTTA  926

Query 1029  TGGCAGGGTGTACACAGCCGACCCCTACCATGCCCTTGCCCCTGCCGCTAGCTATGGAGTTGGCGCTGTGGCGA  1102
            .|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  927  CGGCAGGGTGTACACAGCTGACCCCTACCATGCCCTCGCCCCTGCCGCCAGCTATGGAGTTGGCGCTGTGGCGA  1000

Query 1103  GTTTATACCGAGGTGGCTACAGCCGATTTGCCCCCTAC  1140
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1001  GTTTGTACCGAGGTGGCTACAGCCGATTTGCCCCCTAC  1038