Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_03199
- Subject:
- NM_001199327.1
- Aligned Length:
- 2857
- Identities:
- 2185
- Gaps:
- 641
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGCGTGCTGTGCGGCGCGGTCTCAGGGAAGGTGGGGCTATGGCAGCTGCTAGGGACCCTCCGGAAGTATCGCT 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GCGAGAAGCCACCCAGCGAAAATTGCGGAGGTTTTCCGAGCTAAGAGGCAAACTTGTAGCACGTGGAGAATTCT 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 GGGACATAGTTGCAATAACAGCGGCTGATGAAAAACAGGAACTTGCTTACAACCAACAGCTGTCAGAAAAGCTG 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 AAAAGAAAGGAGTTACCCCTTGGAGTTCAATATCACGTTTTTGTGGATCCTGCTGGAGCCAAAATTGGAAATGG 296
Query 1 ------------------------ATG---GGAAATTATAAATCTAGACCAACCCAA-ACTTGTA--------- 37
||| |||||...||.||..|||..||...|| .|||.||
Sbjct 297 AGGATCAACACTTTGTGCCCTTCAATGTTTGGAAAAGCTATATGGAGATAAATGGAATTCTTTTACCATCTTAT 370
Query 38 ---------CTGATGAATGGAAGAAAAAAGTCAGTGAATCATATGTTATCACAATAGAAAGATTAGAAGATGAC 102
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 TAATTCACTCTGATGAATGGAAGAAAAAAGTCAGTGAATCATATGTTATCACAATAGAAAGATTAGAAGATGAC 444
Query 103 CTGCAGATCAAGGAAAAAGAACTGACAGAACTAAGGAATATATTTGGCTCTGATGAAGCCTTCAGTAAAGTCAA 176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 CTGCAGATCAAGGAAAAAGAACTGACAGAACTAAGGAATATATTTGGCTCTGATGAAGCCTTCAGTAAAGTCAA 518
Query 177 TTTAAATTACCGCACTGAAAATGGGCTGTCTCTACTTCATTTATGTTGCATTTGTGGAGGCAAGAAATCACATA 250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 TTTAAATTACCGCACTGAAAATGGGCTGTCTCTACTTCATTTATGTTGCATTTGTGGAGGCAAGAAATCACATA 592
Query 251 TTCGAACTCTTATGTTGAAAGGGCTCCGCCCATCTCGACTGACAAGAAATGGATTTACAGCCTTGCATTTAGCA 324
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 TTCGAACTCTTATGTTGAAAGGGCTCCGCCCATCTCGACTGACAAGAAATGGATTTACAGCCTTGCATTTAGCA 666
Query 325 GTTTACAAGGATAATGCAGAATTGATCACTTCTCTGCTTCACAGTGGAGCTGATATACAGCAGGTTGGATACGG 398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 GTTTACAAGGATAATGCAGAATTGATCACTTCTCTGCTTCACAGTGGAGCTGATATACAGCAGGTTGGATACGG 740
Query 399 TGGCCTCACTGCCCTCCATATTGCTACAATAGCTGGCCACCTAGAGGCTGCTGATGTGCTGTTGCAACATGGAG 472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TGGCCTCACTGCCCTCCATATTGCTACAATAGCTGGCCACCTAGAGGCTGCTGATGTGCTGTTGCAACATGGAG 814
Query 473 CTAATGTCAATATTCAAGATGCAGTTTTTTTCACTCCATTGCATATTGCAGCGTACTATGGACATGAACAGGTA 546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 CTAATGTCAATATTCAAGATGCAGTTTTTTTCACTCCATTGCATATTGCAGCGTACTATGGACATGAACAGGTA 888
Query 547 ACTCGCCTTCTTTTGAAATTTGGTGCTGATGTAAATGTAAGTGGTGAAGTTGGAGATAGACCCCTCCACCTAGC 620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 ACTCGCCTTCTTTTGAAATTTGGTGCTGATGTAAATGTAAGTGGTGAAGTTGGAGATAGACCCCTCCACCTAGC 962
Query 621 ATCTGCAAAAGGATTCTTGAATATTGCAAAACTCTTGATGGAAGAAGGCAGCAAAGCAGATGTGAATGCTCAAG 694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 ATCTGCAAAAGGATTCTTGAATATTGCAAAACTCTTGATGGAAGAAGGCAGCAAAGCAGATGTGAATGCTCAAG 1036
Query 695 ATAATGAAGACCATGTCCCACTCCATTTCTGTTCTCGATTTGGACACCATGATATAGTTAAGTATCTGCTGCAA 768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 ATAATGAAGACCATGTCCCACTCCATTTCTGTTCTCGATTTGGACACCATGATATAGTTAAGTATCTGCTGCAA 1110
Query 769 AGTGATTTGGAAGTTCAACCTCATGTTGTTAATATCTATGGAGATACCCCCTTACACCTGGCATGCTACAATGG 842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 AGTGATTTGGAAGTTCAACCTCATGTTGTTAATATCTATGGAGATACCCCCTTACACCTGGCATGCTACAATGG 1184
Query 843 CAAATTTGAAGTTGCCAAGGAAATCATCCAAATATCAGGAACAGAAAGTCTGACTAAGGAAAACATCTTCAGTG 916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 CAAATTTGAAGTTGCCAAGGAAATCATCCAAATATCAGGAACAGAAAGTCTGACTAAGGAAAACATCTTCAGTG 1258
Query 917 AAACAGCTTTTCATAGTGCTTGTACCTATGGCAAGAGCATTGACCTAGTCAAATTTCTTCTTGATCAGAATGTC 990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AAACAGCTTTTCATAGTGCTTGTACCTATGGCAAGAGCATTGACCTAGTCAAATTTCTTCTTGATCAGAATGTC 1332
Query 991 ATAAACATCAACCACCAAGGAAGGGATGGGCACACTGGATTACACTCTGCTTGCTACCACGGTCACATTCGCCT 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 ATAAACATCAACCACCAAGGAAGGGATGGGCACACTGGATTACACTCTGCTTGCTACCACGGTCACATTCGCCT 1406
Query 1065 GGTTCAGTTCTTACTGGATAATGGAGCTGATATGAATCTAGTGGCTTGTGATCCCAGCAGGTCTAGTGGTGAAA 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 GGTTCAGTTCTTACTGGATAATGGAGCTGATATGAATCTAGTGGCTTGTGATCCCAGCAGGTCTAGTGGTGAAA 1480
Query 1139 AAGATGAGCAGACATGTTTGATGTGGGCTTATGAAAAAGGGCATGATGCCATTGTCACACTCCTGAAGCATTAT 1212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 AAGATGAGCAGACATGTTTGATGTGGGCTTATGAAAAAGGGCATGATGCCATTGTCACACTCCTGAAGCATTAT 1554
Query 1213 AAGAGACCACAAGATGAATTGCCCTGTAATGAATATTCTCAGCCTGGAGGAGATGGCTCCTATGTGTCTGTTCC 1286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AAGAGACCACAAGATGAATTGCCCTGTAATGAATATTCTCAGCCTGGAGGAGATGGCTCCTATGTGTCTGTTCC 1628
Query 1287 ATCACCCTTGGGGAAGATTAAAAGCATGACAAAAGAGAAGGCAGATATTCTCCTCCTAAGAGCTGGATTGCCTT 1360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 ATCACCCTTGGGGAAGATTAAAAGCATGACAAAAGAGAAGGCAGATATTCTCCTCCTAAGAGCTGGATTGCCTT 1702
Query 1361 CACATTTCCATCTTCAGCTCTCAGAAATTGAGTTCCATGAGATTATTGGCTCAGGTTCTTTTGGGAAAGTATAT 1434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 CACATTTCCATCTTCAGCTCTCAGAAATTGAGTTCCATGAGATTATTGGCTCAGGTTCTTTTGGGAAAGTATAT 1776
Query 1435 AAAGGACGATGCAGAAATAAAATAGTGGCTATAAAACGTTATCGAGCCAATACCTACTGCTCCAAGTCAGATGT 1508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 AAAGGACGATGCAGAAATAAAATAGTGGCTATAAAACGTTATCGAGCCAATACCTACTGCTCCAAGTCAGATGT 1850
Query 1509 GGATATGTTTTGCCGAGAGGTGTCCATTCTCTGCCAGCTCAATCATCCCTGCGTAATTCAGTTTGTGGGTGCTT 1582
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 GGATATGTTTTGCCGAGAGGTGTCCATTCTCTGCCAGCTCAATCATCCCTGCGTAATTCAGTTTGTGGGTGCTT 1924
Query 1583 GCTTGAATGATCCCAGCCAGTTTGCCATTGTCACTCAATACATATCAGGGGGTTCTCTGTTCTCCCTCCTTCAT 1656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 GCTTGAATGATCCCAGCCAGTTTGCCATTGTCACTCAATACATATCAGGGGGTTCTCTGTTCTCCCTCCTTCAT 1998
Query 1657 GAGCAGAAGAGGATTCTTGATTTGCAGTCTAAATTAATTATTGCAGTAGATGTTGCCAAAGGCATGGAGTACCT 1730
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 GAGCAGAAGAGGATTCTTGATTTGCAGTCTAAATTAATTATTGCAGTAGATGTTGCCAAAGGCATGGAGTACCT 2072
Query 1731 TCACAACCTGACACAGCCAATTATACATCGTGACTTGAACAGTCACAATATTCTTCTCTATGAGGATGGGCATG 1804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 TCACAACCTGACACAGCCAATTATACATCGTGACTTGAACAGTCACAATATTCTTCTCTATGAGGATGGGCATG 2146
Query 1805 CTGTGGTGGCAGATTTTGGAGAATCAAGATTTCTACAGTCTCTGGATGAAGACAACATGACAAAACAACCTGGG 1878
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 CTGTGGTGGCAGATTTTGGAGAATCAAGATTTCTACAGTCTCTGGATGAAGACAACATGACAAAACAACCTGGG 2220
Query 1879 AACCTCCGTTGGATGGCTCCTGAGGTGTTCACGCAGTGCACTCGGTACACCATCAAAGCAGATGTCTTCAGCTA 1952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 AACCTCCGTTGGATGGCTCCTGAGGTGTTCACGCAGTGCACTCGGTACACCATCAAAGCAGATGTCTTCAGCTA 2294
Query 1953 TGCTCTGTGTCTGTGGGAAATTCTCACTGGCGAAATTCCATTCGCTCATCTCAAGCCAGCGGCTGCGGCAGCAG 2026
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 TGCTCTGTGTCTGTGGGAAATTCTCACTGGCGAAATTCCATTCGCTCATCTCAAGCCAGCGGCTGCGGCAGCAG 2368
Query 2027 ACATGGCTTACCACCACATCAGACCTCCCATTGGCTATTCCATTCCCAAGCCCATATCATCTCTGCTGATACGA 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 ACATGGCTTACCACCACATCAGACCTCCCATTGGCTATTCCATTCCCAAGCCCATATCATCTCTGCTGATACGA 2442
Query 2101 GGGTGGAACGCATGTCCTGAAGGA------AGACCCGAATTTTCTGAAGTTGTCATGAAGTTAGAAGAGTGTCT 2168
||||||||||||||||||||||.| ||||| ||||
Sbjct 2443 GGGTGGAACGCATGTCCTGAAGCAAAATCCAGACC-----------AAGT------------------------ 2481
Query 2169 CTGCAACATTGAGCTGATGTCTCCTGCATCAAGTAACAGCAGTGGGTCTCTCTCACCTTCTTCTTCTTCTGATT 2242
|||| |.|.|| |||||.||
Sbjct 2482 ------CATT-----------------ACCCAG-----------------TCTCATCT---------------- 2499
Query 2243 GCCTGGTGAACCGGGGAGGACCTGGCCGGAGTCATGTGGCAGCA----TTAAGAAGTCGTTTCGAATTGGAATA 2312
|||.|| .|||.| ||||||| |||
Sbjct 2500 -----GTGTAC---------------------------ACAGAAACTCTTAAGAA--------GAA-------- 2525
Query 2313 TGCTCTAAATGCAAGGTCCTATGCTGCTTTGTCCCAAAGTGCTGGACAATATTCCTCTCAAGGTCTGTCTTTGG 2386
||||| |||.|| |.|||| ||| |||...|.|
Sbjct 2526 ------AAATG-AAGATC-------GTTTTG------------GGA-------------------TGTGGATTG 2554
Query 2387 AGGAGATGAAAAGAAGTCTTCAATACACACCCATTGACAAATATGGCTATGTATCCGATCCCATGAGCTCAATG 2460
||.|..|.|.||||
Sbjct 2555 AGTATCTCAGAAGA------------------------------------------------------------ 2568
Query 2461 CATTTTCATTCTTGCCGAAATAGTAGCAGCTTTGAGGACAGCAGC 2505
Sbjct 2569 --------------------------------------------- 2568