Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_03526
• Subject: XR_950811.2
• Aligned Length: 3594
• Identities: 2409
• Gaps: 1185

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GGGAGCCACCGCCGCGCCGCCGTTTGGGCCGGGAAGCGATGTAGTAGCTGCCAGGCTGTCCCCCGCCCTGCCCG  74

Query    1  ------------------------------------ATGAAGAAGCAGTTCAACCGCATGAAGCAGCTGGCTAA  38
                                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GCCCGAGCCCCGCGGGCCGCCGCCGCCACCGCCGCCATGAAGAAGCAGTTCAACCGCATGAAGCAGCTGGCTAA  148

Query   39  CCAGACCGTGGGCAGAGCTGAGAAAACAGAAGTCCTTAGTGAAGATCTATTACAGATTGAGAGACGCCTGGACA  112
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CCAGACCGTGGGCAGAGCTGAGAAAACAGAAGTCCTTAGTGAAGATCTATTACAGATTGAGAGACGCCTGGACA  222

Query  113  CGGTGCGGTCAATATGCCACCATTCCCATAAGCGCTTGGTGGCATGTTTCCAGGGCCAGCATGGCACCGATGCC  186
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CGGTGCGGTCAATATGCCACCATTCCCATAAGCGCTTGGTGGCATGTTTCCAGGGCCAGCATGGCACCGATGCC  296

Query  187  GAGAGGAGACACAAAAAACTGCCTCTGACAGCTCTTGCTCAAAATATGCAAGAAGCATCGACTCAGCTGGAAGA  260
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GAGAGGAGACACAAAAAACTGCCTCTGACAGCTCTTGCTCAAAATATGCAAGAAGCATCGACTCAGCTGGAAGA  370

Query  261  CTCTCTCCTGGGGAAGATGCTGGAGACGTGTGGAGATGCTGAGAATCAGCTGGCTCTCGAGCTCTCCCAGCACG  334
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTCTCTCCTGGGGAAGATGCTGGAGACGTGTGGAGATGCTGAGAATCAGCTGGCTCTCGAGCTCTCCCAGCACG  444

Query  335  AAGTCTTTGTTGAGAAGGAGATCGTGGACCCTCTGTACGGCATAGCTGAGGTGGAGATTCCCAACATCCAGAAG  408
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAGTCTTTGTTGAGAAGGAGATCGTGGACCCTCTGTACGGCATAGCTGAGGTGGAGATTCCCAACATCCAGAAG  518

Query  409  CAGAGGAAGCAGCTTGCAAGATTGGTGTTAGACTGGGATTCAGTCAGAGCCAGGTGGAACCAAGCTCACAAATC  482
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CAGAGGAAGCAGCTTGCAAGATTGGTGTTAGACTGGGATTCAGTCAGAGCCAGGTGGAACCAAGCTCACAAATC  592

Query  483  CTCAGGAACCAACTTTCAGGGGCTTCCATCAAAAATAGATACTCTAAAGGAAGAGATGGATGAAGCTGGAAATA  556
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTCAGGAACCAACTTTCAGGGGCTTCCATCAAAAATAGATACTCTAAAGGAAGAGATGGATGAAGCTGGAAATA  666

Query  557  AAGTAGAACAGTGCAAGGATCAACTTGCAGCAGACATGTACAACTTTATGGCCAAAGAAGGGGAGTATGGCAAA  630
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAGTAGAACAGTGCAAGGATCAACTTGCAGCAGACATGTACAACTTTATGGCCAAAGAAGGGGAGTATGGCAAA  740

Query  631  TTCTTTGTTACGTTATTAGAAGCCCAAGCAGATTACCATAGAAAAGCATTAGCAGTCTTAGAAAAGACCCTCCC  704
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TTCTTTGTTACGTTATTAGAAGCCCAAGCAGATTACCATAGAAAAGCATTAGCAGTCTTAGAAAAGACCCTCCC  814

Query  705  CGAAATGCGAGCCCATCAAGATAAGTGGGCGGAAAAACCAGCCTTTGGGACTCCCCTAGAAGAACACCTGAAGA  778
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CGAAATGCGAGCCCATCAAGATAAGTGGGCGGAAAAACCAGCCTTTGGGACTCCCCTAGAAGAACACCTGAAGA  888

Query  779  GGAGCGGGCGCGAGATTGCGCTGCCCATTGAAGCCTGTGTCATGCTGCTTCTGGAGACAGGCATGAAGGAGGAG  852
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GGAGCGGGCGCGAGATTGCGCTGCCCATTGAAGCCTGTGTCATGCTGCTTCTGGAGACAGGCATGAAGGAGGAG  962

Query  853  GGCCTTTTCCGAATTGGGGCTGGGGCCTCCAAGTTAAAGAAGCTGAAAGCTGCTTTGGACTGTTCTACTTCTCA  926
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GGCCTTTTCCGAATTGGGGCTGGGGCCTCCAAGTTAAAGAAGCTGAAAGCTGCTTTGGACTGTTCTACTTCTCA  1036

Query  927  CCTGGATGAGTTCTATTCAGACCCCCATGCTGTAGCAGGTGCTTTAAAATCCTATTTACGGGAATTGCCTGAAC  1000
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCTGGATGAGTTCTATTCAGACCCCCATGCTGTAGCAGGTGCTTTAAAATCCTATTTACGGGAATTGCCTGAAC  1110

Query 1001  CTTTGATGACTTTTAATCTGTATGAAGAATGGACACAAGTTGCAAGTGTGCAGGATCAAGACAAAAAACTTCAA  1074
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CTTTGATGACTTTTAATCTGTATGAAGAATGGACACAAGTTGCAAGTGTGCAGGATCAAGACAAAAAACTTCAA  1184

Query 1075  GACTTGTGGAGAACATGTCAGAAGTTGCCACCACAAAATTTTGTTAACTTTAGATATTTGATCAAGTTCCTTGC  1148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GACTTGTGGAGAACATGTCAGAAGTTGCCACCACAAAATTTTGTTAACTTTAGATATTTGATCAAGTTCCTTGC  1258

Query 1149  AAAGCTTGCTCAGACCAGCGATGTGAATAAAATGACTCCCAGCAACATTGCGATTGTGTTAGGCCCTAACTTGT  1222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AAAGCTTGCTCAGACCAGCGATGTGAATAAAATGACTCCCAGCAACATTGCGATTGTGTTAGGCCCTAACTTGT  1332

Query 1223  TATGGGCCAGAAATGAAGGAACACTTGCTGAAATGGCAGCAGCCACATCCGTCCATGTGGTTGCAGTGATTGAA  1296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TATGGGCCAGAAATGAAGGAACACTTGCTGAAATGGCAGCAGCCACATCCGTCCATGTGGTTGCAGTGATTGAA  1406

Query 1297  CCCATCATTCAGCATGCCGACTGGTTCTTCCCTGAAGAGGTGGAATTTAATGTATCAGAAGCATTTGTACCTCT  1370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CCCATCATTCAGCATGCCGACTGGTTCTTCCCTGAAGAGGTGGAATTTAATGTATCAGAAGCATTTGTACCTCT  1480

Query 1371  CACCACCCCGAGTTCTAATCACTCATTCCACACTGGAAACGACTCTGACTCGGGGACCCTGGAGAGGAAGCGGC  1444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CACCACCCCGAGTTCTAATCACTCATTCCACACTGGAAACGACTCTGACTCGGGGACCCTGGAGAGGAAGCGGC  1554

Query 1445  CTGCTAGCATGGCGGTGATGGAAGGAGACTTGGTGAAGAAGGAAAGCTTTGGTGTGAAGCTTATGGACTTCCAG  1518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                              
Sbjct 1555  CTGCTAGCATGGCGGTGATGGAAGGAGACTTGGTGAAGAAGGAA------------------------------  1598

Query 1519  GCCCACCGGCGGGGTGGCACTCTAAATAGAAAGCACATATCCCCCGCTTTCCAGCCGCCACTTCCGCCCACAGA  1592
                                                                                      
Sbjct 1599  --------------------------------------------------------------------------  1598

Query 1593  TGGCAGCACCGTGGTGCCCGCTGGCCCAGAGCCCCCTCCCCAGAGCTCTAGGGCTGAAAGCAGCTCTGGGGGTG  1666
                                                                                      
Sbjct 1599  --------------------------------------------------------------------------  1598

Query 1667  GGACTGTCCCCTCTTCCGCGGGCATACTGGAGCAGGGGCCGAGCCCAGGCGACGGCAGTCCTCCCAAACCGAAG  1740
                                                                    ||||||||||||||||||
Sbjct 1599  --------------------------------------------------------AGTCCTCCCAAACCGAAG  1616

Query 1741  GACCCTGTATCTGCAGCTGTGCCAGCACCAGGGAGAAACAACAGTCAGATAGCATCTGGCCAAAATCAGCCCCA  1814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617  GACCCTGTATCTGCAGCTGTGCCAGCACCAGGGAGAAACAACAGTCAGATAGCATCTGGCCAAAATCAGCCCCA  1690

Query 1815  GGCAGCTGCTGGCTCCCACCAGCTCTCCATGGGCCAACCTCACAATGCTGCAGGGCCCAGCCCGCATACACTGC  1888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1691  GGCAGCTGCTGGCTCCCACCAGCTCTCCATGGGCCAACCTCACAATGCTGCAGGGCCCAGCCCGCATACACTGC  1764

Query 1889  GCCGAGCTGTTAAAAAACCCGCTCCAGCACCCCCGAAACCGGGCAACCCACCTCCTGGCCACCCCGGGGGCCAG  1962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765  GCCGAGCTGTTAAAAAACCCGCTCCAGCACCCCCGAAACCGGGCAACCCACCTCCTGGCCACCCCGGGGGCCAG  1838

Query 1963  AGTTCTTCAGGAACATCTCAGCATCCACCCAGTCTGTCACCAAAGCCACCCACCCGAAGCCCCTCTCCTCCCAC  2036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1839  AGTTCTTCAGGAACATCTCAGCATCCACCCAGTCTGTCACCAAAGCCACCCACCCGAAGCCCCTCTCCTCCCAC  1912

Query 2037  CCAGCACACGGGCCAGCCTCCAGGCCAGCCCTCCGCCCCCTCCCAGCTCTCAGCACCCCGGAGGTACTCCAGCA  2110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913  CCAGCACACGGGCCAGCCTCCAGGCCAGCCCTCCGCCCCCTCCCAGCTCTCAGCACCCCGGAGGTACTCCAGCA  1986

Query 2111  GCTTGTCTCCAATCCAAGCTCCCAATCACCCACCGCCGCAGCCCCCTACGCAGGCCACGCCACTGATGCACACC  2184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1987  GCTTGTCTCCAATCCAAGCTCCCAATCACCCACCGCCGCAGCCCCCTACGCAGGCCACGCCACTGATGCACACC  2060

Query 2185  AAACCCAATAGCCAGGGCCCTCCCAACCCCATGGCATTGCCCAGTGAGCATGGACTTGAGCAGCCATCTCACAC  2258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2061  AAACCCAATAGCCAGGGCCCTCCCAACCCCATGGCATTGCCCAGTGAGCATGGACTTGAGCAGCCATCTCACAC  2134

Query 2259  CCCTCCCCAGACTCCAACGCCCCCCAGTACTCCGCCCCTAGGAAAACAGAACCCCAGTCTGCCAGCTCCTCAGA  2332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2135  CCCTCCCCAGACTCCAACGCCCCCCAGTACTCCGCCCCTAGGAAAACAGAACCCCAGTCTGCCAGCTCCTCAGA  2208

Query 2333  CCCTGGCAGGGGGTAACCCTGAAACTGCACAGCCACATGCTGGAACCTTACCGAGACCGAGACCAGTACCAAAG  2406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2209  CCCTGGCAGGGGGTAACCCTGAAACTGCACAGCCACATGCTGGAACCTTACCGAGACCGAGACCAGTACCAAAG  2282

Query 2407  CCAAGGAACCGGCCCAGCGTGCCCCCACCCCCCCAACCTCCTGGTGTCCACTCAGCTGGGGACAGCAGCCTCAC  2480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283  CCAAGGAACCGGCCCAGCGTGCCCCCACCCCCCCAACCTCCTGGTGTCCACTCAGCTGGGGACAGCAGCCTCAC  2356

Query 2481  CAACACAGCACCAACAGCTTCCAAGATAGTAACA----------------------------------------  2514
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||                                        
Sbjct 2357  CAACACAGCACCAACAGCTTCCAAGATAGTAACAGATGCCCTTCCTAGTGCCCTCACAGGTGGGGAAGGTTTCC  2430

Query 2515  ---------------------------------------------------------GACTCCAATTCCAGGGT  2531
                                                                     |||||||||||||||||
Sbjct 2431  AGGACTAAGATGTATGACCTGCCATATTCAGTAAGAACTGAGATTGGAATATTTAATGACTCCAATTCCAGGGT  2504

Query 2532  TTCAGAACCGCATCGCAGCATCTTTCCTGAAATGCACTCAGACTCAGCCAGCAAAGACGTGCCTGGCCGCATCC  2605
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2505  TTCAGAACCGCATCGCAGCATCTTTCCTGAAATGCACTCAGACTCAGCCAGCAAAGACGTGCCTGGCCGCATCC  2578

Query 2606  TGCTGGATATAGACAATGATACCGAGAGCACTGCCCTG------------------------------------  2643
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                    
Sbjct 2579  TGCTGGATATAGACAATGATACCGAGAGCACTGCCCTGTGAAGAAAGCCCTTTCCCAGCCCTCCACCACTTCCA  2652

Query 2644  --------------------------------------------------------------------------  2643
                                                                                      
Sbjct 2653  CCCTGGCGAGTGGAGCAGGGGCAGGCGAACCTCTTTCTTTGCAGACCGAACAGTGAAAAGCTTTCAGTGGAGGA  2726

Query 2644  --------------------------------------------------------------------------  2643
                                                                                      
Sbjct 2727  CAAAGGAGGGCCTCACTGTGCGGGACCTGGCCTTCTGCACGGCCCAAGGAGAACCTGGAGGCCACCACTAAAGC  2800

Query 2644  --------------------------------------------------------------------------  2643
                                                                                      
Sbjct 2801  TGAATGACCTGTGTCTTGAAGAAGTTGGCTTTCTTTACATGGGAAGGAAATCATGCCAAAAAAATCCAAAACAA  2874

Query 2644  --------------------------------------------------------------------------  2643
                                                                                      
Sbjct 2875  AGAAGTACCTGGAGTGGAGAGAGTATTCCTGCTGAAACGCGCATAGGAAGCTTTTGTCCCTGCTGTTAATGCGG  2948

Query 2644  --------------------------------------------------------------------------  2643
                                                                                      
Sbjct 2949  GCAGCACCTACAGCAACTTGGAATGAGTAAGAAGCAGTGCGTTAACTATCTATTTAATAAAATGCGCTCATTAT  3022

Query 2644  --------------------------------------------------------------------------  2643
                                                                                      
Sbjct 3023  GCAAGTCGCCTACTCTCTGCTACCTGGACGTTCATTCTTATGTATTAGGAGGGAGGCTGCGCTCCTTCAGACTT  3096

Query 2644  --------------------------------------------------------------------------  2643
                                                                                      
Sbjct 3097  GCTGCAGAATCATTTTGTATCATGTATGGTCTGTGTCTCCCCAGTCCCCTCAGAACCATGCCCATGGATGGTGA  3170

Query 2644  --------------------------------------------------------------------------  2643
                                                                                      
Sbjct 3171  CTGCTGGCTCTGTCACCTCATCAAACTGGATGTGACCCATGCCGCCTCGTTGGATTGTCGGAATGTAGACAGAA  3244

Query 2644  --------------------------------------------------------------------------  2643
                                                                                      
Sbjct 3245  ATGTACTGTTCTTTTTTTTTTTTTTAAACAATGTAATTGCTACTTGATAAGGACCGAACATTATTCTAGTTTCA  3318

Query 2644  ------------------------------------------  2643
                                                      
Sbjct 3319  TGTTTAATTTGAATTAAATATATTCTGTGGTTTATATGAAAA  3360