Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_03616
• Subject: NM_001172093.1
• Aligned Length: 1587
• Identities: 1384
• Gaps: 6

Alignment

Query    1  ATGGAGAGTCAGGGTGTGCCTCCCGGGCCTTATCGGGCCACCAAGCTGTGGAATGAAGTTACCACATCTTTTCG  74
            ||||||.|||||||||..||||..||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGAGCGTCAGGGTGCTCCTCTTGGACCTTACCGGGCCACCAAGCTGTGGAATGAAGTAACCACATCTTTTCG  74

Query   75  AGCAGGAATGCCTCTAAGAAAACACAGACAACACTTTAAAAAATATGGCAATTGTTTCACAGCAGGAGAAGCAG  148
            ||.||||||||||.||||||||||.||||||||.||.|||||||||.|||||||||||||.||||..|||||..
Sbjct   75  AGTAGGAATGCCTTTAAGAAAACATAGACAACATTTAAAAAAATATAGCAATTGTTTCACTGCAGTTGAAGCTA  148

Query  149  TGGATTGGCTTTATGACCTATTAAGAAATAATAGCAATTTTGGTCCTGAAGTTACAAGGCAACAGACTATCCAA  222
            |.||||||||||||||.||.|||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct  149  TAGATTGGCTTTATGATCTGTTAAGAAGTAATAGTAATTTTGGTCCTGAAGTTACAAGACAACAGACTATTCAA  222

Query  223  CTGTTGAGGAAATTTCTTAAGAATCATGTAATTGAAGATATCAAAGGGAGGTGGGGATCAGAAAATGTTGATGA  296
            ||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.||||...|||||||
Sbjct  223  CTATTGAGAAAATTTCTTAAGAATCATGTGATTGAAGATATCAAAGGTAGATGGGGATCGGAAAGCCTTGATGA  296

Query  297  TAACAACCAGCTCTTCAGATTTCCTGCAACTTCGCCACTTAAAACTCTACCACGAAGGTATCCAGAATTGAGAA  370
            .|||||.||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||.|.||||.|||..||.|||||.|.|..|
Sbjct  297  CAACAATCAACTATTCAGATTTCCTGCAACTTCTCCACTTAAAACTTTTCCACAAAGACATACAGAAATCAAGA  370

Query  371  AAAACAACATAGAGAACTTTTCCAAAGATAAAGATAGCATTTTTAAATTACGAAACTTATCTCGTAGAACTCCT  444
            |||.|||||.||||.|||||||||||||.||||||.|.|||||||||||||||||||||||||..|.||||.||
Sbjct  371  AAACCAACACAGAGTACTTTTCCAAAGACAAAGATGGTATTTTTAAATTACGAAACTTATCTCAAAAAACTTCT  444

Query  445  AAAAGGCATGGATTACATTTATCTCAGGAAAATGGCGAGAAAATAAAGCATGA---AATAATCAATGAAGATCA  515
            ||.|.||.||||||||||||.||||||||||||...||.||.|||||.|||||   |||||.|||||||||||.
Sbjct  445  AAGAAGCGTGGATTACATTTCTCTCAGGAAAATACAGAAAAGATAAATCATGAAAGAATAACCAATGAAGATCT  518

Query  516  AGAAAATGCAATTGATAATAGAGAACTAAGCCAGGAAGATGTTGAAGAAGTTTGGAGATATGTTATTCTGATCT  589
            |||||.||||..|||.||...||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||.|
Sbjct  519  AGAAATTGCACCTGACAACCAAGAAATAAGCCAGGAAGATGTTGAAGAAGTTTGGAGATACGTTATTATGATAT  592

Query  590  ACCTGCAAACCATTTTAGGTGTGCCATCCCTAGAAGAAGTCATAAATCCAAAACAAGTAATTCCCCAATATATA  663
            |||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.||.||||.|||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct  593  ACCTGCAAACCATTTTAAGTTTGCCATCCATAGAAGAACTCTTAAACCCAAACCAAGTAATTCCTCAATATATA  666

Query  664  ATGTACAACATGGCCAATACAAGTAAACGTGGAGTAGTTATACTACAAAACAAATCAGATGACCTCCCTCACTG  737
            |||||||||||||||||.||||||||.|.||||||.||.|||||||||.||||||||||.||.||.||.||.||
Sbjct  667  ATGTACAACATGGCCAACACAAGTAAGCATGGAGTGGTCATACTACAAGACAAATCAGACGATCTTCCACATTG  740

Query  738  GGTATTATCTGCCATGAAGTGCCTAGCAAATTGGCCAAGAAGCAATGATATGAATAATCCAACTTATGTTGGAT  811
            |||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|..|||||||.||||||||||||||
Sbjct  741  GGTTTTATCTGCAATGAAGTGCCTAGCAAATTGGCCAAGAAGTAATGACACCAATAATCTAACTTATGTTGGAT  814

Query  812  TTGAACGAGATGTATTCAGAACAATCGCAGATTATTTTCTAGATCTCCCTGAACCTCTACTTACTTTTGAATAT  885
            |||||||.||||||||||.||||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  815  TTGAACGTGATGTATTCAAAACAATTGCAGATTATTTTCTAAATCTCCCTGAACCTCTACTTACATTTGAATAT  888

Query  886  TACGAATTATTTGTAAACATTTTGGGCTTGCTGCAACCTCATTTAGAGAGGGTTGCCATCGATGCTCTACAGTT  959
            ||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  889  TATGAATTATTTGTGAACATTTTGGGTTTGCTGCAACCTCACTTAGAGAGGGTTGCCATCAATGCTCTACAGTT  962

Query  960  ATGTTGTTTGTTACTTCCCCCACCAAATCGTAGAAAGCTTCAACTTTTAATGCGTATGATTTCCCGAATGAGTC  1033
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||..|||||||||
Sbjct  963  ATGTTGTTTGTTACTTCCCCCACCAAATCGTAGAAAGCTTCAACTCTTAATGCGCATGATTTCTAGAATGAGTC  1036

Query 1034  AAAATGTTGATATGCCCAAACTTCATGATGCAATGGGTACGAGGTCACTGATGATACATACCTTTTCTCGATGT  1107
            ||||||||||||||||||||||||||||...|||.|||||.||.|||.||||||||.||||.||||||||||||
Sbjct 1037  AAAATGTTGATATGCCCAAACTTCATGAACAAATAGGTACAAGATCATTGATGATAAATACTTTTTCTCGATGT  1110

Query 1108  GTGTTATGCTGTGCTGAAGAAGTGGATCTTGATGAGCTTCTTGCTGGAAGATTAGTTTCTTTCTTAATGGATCA  1181
            ||..||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||..||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1111  GTACTATGTTGTGCTGAAGAAGTGGATCTTGATGAGCTTCTGGCTTCAAGATTAGTTTCTTTCCTAATGGATCA  1184

Query 1182  TCATCAGGAAATTCTTCAAGTACCCTCTTACTTACAGACTGCAGTGGAAAAACATCTTGACTACTTAAAAAAGG  1255
            |||||||||||||||||||||||||.||||.|||||..||||||||||.|||||||||||||||.|.|||||||
Sbjct 1185  TCATCAGGAAATTCTTCAAGTACCCACTTATTTACAAGCTGCAGTGGAGAAACATCTTGACTACATTAAAAAGG  1258

Query 1256  GACATATTGAAAATCCTGGAGATGGACTATTTGCTCCTTTGCCAACTTACTCATACTGTAAGCAGATTAGTGCT  1329
            |..||.||.||||||.|||||||||||||.|||.||||||||||||.||.||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 1259  GCAATGTTAAAAATCATGGAGATGGACTAGTTGTTCCTTTGCCAACATATTCTTACTGTAAACAGATTAGTGCT  1332

Query 1330  CAGGAGTTTGATGAGCAAAAAGTTTCTACCTCTCAAGCTGCAATTGCAGAACTTTTAGAAAATATTATTAAAAA  1403
            .|.||.||||||||.||.|||.||||.||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||.|.|.||.
Sbjct 1333  AAAGAATTTGATGAACAGAAAATTTCAACTTCCCAAGCTGCAATTGCAGAACTTTTGGAGAATATTGTCAGAAG  1406

Query 1404  CAGGAGTTTACCTCTAAAGGAGAAAAGAAAAAAACTAAAACAGTTTCAGAAGGAATATCCTTTGATATATCAGA  1477
            .|..||.||..||||||||||||||||||.||||.|.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct 1407  TAAAAGCTTGTCTCTAAAGGAGAAAAGAAGAAAATTGAAACAGTTTCAGAAGGAATACCCCTTGATATATCAGA  1480

Query 1478  AAAGATTTCCAACCACGGAGAGTGAAGCAGCACTTTTTGGTGACAAACCTACAATCAAGCAACCAATGCTGATT  1551
            ||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||||||||.|||||||.|
Sbjct 1481  AAAGATTTCCAACCACTGAGAGTGAAGCAGCACTTTTTGATGATAAACCTACAATCAAGCAACCGATGCTGAAT  1554

Query 1552  TTAAGAAAACCAAAGTTCCGTAGTCTAAGA---  1581
            ||||||||.||.|||.|.|..|||||..|.   
Sbjct 1555  TTAAGAAACCCCAAGCTTCACAGTCTGCGTTAC  1587