Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_03640
• Subject: XR_001742146.1
• Aligned Length: 2238
• Identities: 1903
• Gaps: 327

Alignment

Query    1  ---------ATG----GCGCGGGCTGGCCCTCGGC------TGGTGCTGAGCGAGGAGGCGGTT-CGGGCGAAG  54
                     |||    ||.|       .|||||||      ..||||||     |||     || |.||| |.|
Sbjct    1  CCTGACCTCATGATCCGCCC-------ACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTG-----GGA-----TTACAGGC-ATG  56

Query   55  AGCGGCTTAGGGCCTCACCGC---------GACCT-------------GGCTGAGCTTCAGTCATTGTCTATTC  106
            |.|            ||||||         |||||             |.||||||||||||||||||||||||
Sbjct   57  ATC------------CACCGCGCCCGGCCTGACCTGTGGATTTTTAAGGACTGAGCTTCAGTCATTGTCTATTC  118

Query  107  CTGGAACTTACCAAGAGAAGATCACCCACCTGGGACATTCTCTGATGAGTTTAACAGGTCTGAAATCTTTGGAT  180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  119  CTGGAACTTACCAAGAGAAGATCACCCACCTGGGACATTCTCTGATGAGTTTAACAGGTCTGAAATCTTTGGAT  192

Query  181  CTCTCGCGCAACTCCTTGGTTAGTCTGGAGGGCATTCAGTACCTGACTGCATTGGAGAGTCTCAATCTCTACTA  254
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  193  CTCTCGCGCAACTCCTTGGTTAGTCTGGAGGGCATTCAGTACCTGACTGCATTGGAGAGTCTCAATCTCTACTA  266

Query  255  CAACTGCATCTCCTCGTTGGCAGAAGTGTTTCGGCTCCACGCCTTAACCGAGCTCGTGGATGTGGACTTCCGGC  328
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  267  CAACTGCATCTCCTCGTTGGCAGAAGTGTTTCGGCTCCACGCCTTAACCGAGCTCGTGGATGTGGACTTCCGGC  340

Query  329  TGAACCCCGTGGTGAAGGTTGAGCCTGACTACCGCCTTTTTGTTGTGCACCTGCTCCCCAAGCTCCAGCAGCTG  402
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  341  TGAACCCCGTGGTGAAGGTTGAGCCTGACTACCGCCTTTTTGTTGTGCACCTGCTCCCCAAGCTCCAGCAGCTG  414

Query  403  GACGATCGCCCCGTGAGAGCAAGCGAGCGGAAGGCTTCCCGACTGCATTTTGCATCAGAGGACTCACTCGACTC  476
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  415  GACGATCGCCCCGTGAGAGCAAGCGAGCGGAAGGCTTCCCGACTGCATTTTGCATCAGAGGACTCACTCGACTC  488

Query  477  CAAAGAGAGCGTCCCAGCTTCTTTGAAAGAGGGCAGACCACACCACCCCAGAGCCAAGTGCACCGAGGCCTTGG  550
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  489  CAAAGAGAGCGTCCCAGCTTCTTTGAAAGAGGGCAGACCACACCACCCCAGAGCCAAGTGCACCGAGGCCTTGG  562

Query  551  CCAAGCAGAGCCTGGTCATGGATGCGGATGACGAGGCAGTCCTGAACCTCATTGCAGAGTGCGAGTGGGACCTC  624
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  563  CCAAGCAGAGCCTGGTCATGGATGCGGATGACGAGGCAGTCCTGAACCTCATTGCAGAGTGCGAGTGGGACCTC  636

Query  625  GGCAGGCCTCCCGGGAGCACGAGCTTCAGCCAGAAGGGGCGTGAGGCCGACTCTCGTGGTTCCCAAGAATCCAG  698
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  637  GGCAGGCCTCCCGGGAGCACGAGCTTCAGCCAGAAGGGGCGTGAGGCCGACTCTCGTGGTTCCCAAGAATCCAG  710

Query  699  ACATCTGTTGAGCCCGCAGTTGGTACAGTACCAGTGTGGGGACTCTGGGAAGCAGGGCCGTGAGACGAGGAGGA  772
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  711  ACATCTGTTGAGCCCGCAGTTGGTACAGTACCAGTGTGGGGACTCTGGGAAGCAGGGCCGTGAGACGAGGAGGA  784

Query  773  GCAGCTGCAGAGGGTGCTGTCTGGAGAAGATGCCTTGGAGCCAGCTCTGTGGAGAGCTTCCGCCACTGTACGGA  846
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  785  GCAGCTGCAGAGGGTGCTGTCTGGAGAAGATGCCTTGGAGCCAGCTCTGTGGAGAGCTTCCGCCACTGTACGGA  858

Query  847  GCGGAGCCAGAGGCCTCCCGTGCCCCCAGGCCACACACGTACTTCACCCCACACCCAGACTCCATGGATACCGA  920
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  859  GCGGAGCCAGAGGCCTCCCGTGCCCCCAGGCCACACACGTACTTCACCCCACACCCAGACTCCATGGATACCGA  932

Query  921  GGACTCGGCCTCTTCTCAGAAGTTGGATTTGTCAGGAGAAATGGTGCCTGGTCCCCTGCCAGCCCCCGGAAAGT  994
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  933  GGACTCGGCCTCTTCTCAGAAGTTGGATTTGTCAGGAGAAATGGTGCCTGGTCCCCTGCCAGCCCCCGGAAAGT  1006

Query  995  GCAGGAAGCGAAGAATGCCTGTTGGAAGATTCCAGACGTTTTCGGACCAGGAGGGTTTGGGCTGCCCGGAGAGA  1068
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007  GCAGGAAGCGAAGAATGCCTGTTGGAAGATTCCAGACGTTTTCGGACCAGGAGGGTTTGGGCTGCCCGGAGAGA  1080

Query 1069  ACTCATGGGTCCTCCGTGCCCAAGGAGAGCCTGAGCAGACAGGACAGCTCAGAAAGCAGGAACGGGAGGACCTT  1142
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081  ACTCATGGGTCCTCCGTGCCCAAGGAGAGCCTGAGCAGACAGGACAGCTCAGAAAGCAGGAACGGGAGGACCTT  1154

Query 1143  GTCTCAGCCTGAGGCCTCGGAGACTGAGGAGCAGAGGTCTCGGGGTGTGACCGACACCAGAGAGCCGTCTCCCG  1216
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155  GTCTCAGCCTGAGGCCTCGGAGACTGAGGAGCAGAGGTCTCGGGGTGTGACCGACACCAGAGAGCCGTCTCCCG  1228

Query 1217  GGTCACACTCGGCTCTACCCGGGAAGAAGACGGCCCTGCAGGCGGCGCTCCTGGAGACGCTCTTGGACCTGGTG  1290
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1229  GGTCACACTCGGCTCTACCCGGGAAGAAGACGGCCCTGCAGGCGGCGCTCCTGGAGACGCTCTTGGACCTGGTG  1302

Query 1291  GACAGGAGCTGGGGCGGCTGCAGGTCCCTGCACAGCAACGAGGCATTCCTTGCTCAGGCAAGACACATCTTGTC  1364
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303  GACAGGAGCTGGGGCGGCTGCAGGTCCCTGCACAGCAACGAGGCATTCCTTGCTCAGGCAAGACACATCTTGTC  1376

Query 1365  ATCTGTTGAAGAATTCACAGCAGCTCAGGACAGCTCTGCGATGGTGGGTGAAGATGTCGGCTCCCTGGCTCTGG  1438
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377  ATCTGTTGAAGAATTCACAGCAGCTCAGGACAGCTCTGCGATGGTGGGTGAAGATGTCGGCTCCCTGGCTCTGG  1450

Query 1439  AGAGTAAGTCCCTGCAAAGCCGCCTTGCTGAGCAGCAGCAGCAGCACGCCCGGGAGATGAGCGAGGTGACGGCG  1512
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1451  AGAGTAAGTCCCTGCAAAGCCGCCTTGCTGAGCAGCAGCAGCAGCACGCCCGGGAGATGAGCGAGGTGACGGCG  1524

Query 1513  GAGCTGCACCACACACACAAGGAGCTGGATGATTTGAGACAACATTTAGATAAATCTTTGGAAGAGAACAGTAG  1586
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525  GAGCTGCACCACACACACAAGGAGCTGGATGATTTGAGACAACATTTAGATAAATCTTTGGAAGAGAACAGTAG  1598

Query 1587  GTTAAAATCGCTTTTGTTGAGTATGAAAAAGGAAGTGAAGAGTGCAGACACTGCAGCCACGTTAAATTTGCAGA  1660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599  GTTAAAATCGCTTTTGTTGAGTATGAAAAAGGAAGTGAAGAGTGCAGACACTGCAGCCACGTTAAATTTGCAGA  1672

Query 1661  TCGCTGGACTTCAAACAAGTGTGAAGAGGCTGTGTGGCGAGATTGTGGAACTGAAGCAGCACCTGGAGCACTAC  1734
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673  TCGCTGGACTTCAAACAAGTGTGAAGAGGCTGTGTGGCGAGATTGTGGAACTGAAGCAGCACCTGGAGCACTAC  1746

Query 1735  GACAAGATCCAGGAGCTCACGCAGATGCTGCAGGAGAGCCACAGCTCCCTGGTCAGCACCAATGAACACCTGCT  1808
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747  GACAAGATCCAGGAGCTCACGCAGATGCTGCAGGAGAGCCACAGCTCCCTGGTCAGCACCAATGAACACCTGCT  1820

Query 1809  GCAGGAGCTGAGCCAGGTGCGGGCGCAGCACAGAGCCGAGGTGGAGCAGATGCACTGGAGCTACCAGGAGCTCA  1882
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1821  GCAGGAGCTGAGCCAGGTGCGGGCGCAGCACAGAGCCGAGGTGGAGCAGATGCACTGGAGCTACCAGGAGCTCA  1894

Query 1883  AGAAGACCATGGCCCTGTTTCCACACAGCAGCGCCAGCCATGGAGGCTGCCAGGCCTGC---------------  1941
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               
Sbjct 1895  AGAAGACCATGGCCCTGTTTCCACACAGCAGCGCCAGCCATGGAGGCTGCCAGGCCTGCTGACTCCTGCCGAGA  1968

Query 1942  --------------------------------------------------------------------------  1941
                                                                                      
Sbjct 1969  AGCTGGGCCACCCCTTAAGCTTCCTGGTTTACTAGAAATTCCCAACTGTTCCAAAGTGGTGGTACCCGCAGGCC  2042

Query 1942  --------------------------------------------------------------------------  1941
                                                                                      
Sbjct 2043  CGACTGCTAGTTGTGTATGACCACGTCTGCCGGTCCATGTTTTCAGCACCCATTGCCTGAAGTGTTAGCACCTT  2116

Query 1942  --------------------------------------------------------------------------  1941
                                                                                      
Sbjct 2117  CACTCCGGCACTGAACTTCCCAGCCCTGCCGTGGAAGCTGCCTGCCAGGTCCTCCCCATCCTCAGGTGGAGGCT  2190

Query 1942  ------------------  1941
                              
Sbjct 2191  TCTCTGTTGAGGGGCCTC  2208