Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_03644
• Subject: NM_001177708.1
• Aligned Length: 1281
• Identities: 995
• Gaps: 138

Alignment

Query    1  ATGGCCAGCCCAAGAACCAGGAAGGTTCTTAAAGAAGTCAGGGTGCAGGATGAGAACAACGTTTGTTTTGAGTG  74
            |||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||.|||..|||||||||||.||.|||||.||||||||
Sbjct    1  ATGGCCAGCCCAAGAACCAGGAAAGTTCTTAAGGAAGTCCGGGCACAGGATGAGAATAATGTTTGCTTTGAGTG  74

Query   75  TGGCGCGTTCAATCCTCAGTGGGTCAGTGTGACCTACGGCATCTGGATCTGCCTGGAGTGCTCGGGGAGACACC  148
            |||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct   75  TGGTGCGTTCAATCCTCAGTGGGTCAGCGTGACTTATGGCATCTGGATCTGCCTGGAATGCTCTGGGAGACACC  148

Query  149  GCGGGCTTGGGGTTCACCTCAGCTTTGTGCGCTCTGTTACTATGGACAAGTGGAAGGACATTGAGCTTGAGAAG  222
            |.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct  149  GTGGGCTTGGGGTGCACCTCAGCTTTGTGCGCTCTGTTACAATGGACAAATGGAAGGACATTGAGCTGGAGAAG  222

Query  223  ATGAAAGCTGGTGGGAATGCTAAGTTCCGAGAGTTCCTGGAGTCTCAGGAGGATTACGATCCTTGCTGGTCCTT  296
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||||.||.||.||.|||.|||||||..|
Sbjct  223  ATGAAGGCTGGTGGGAATGCTAAGTTCCGAGAGTTCCTGGAGACACAGGACGACTATGAGCCTAGCTGGTCACT  296

Query  297  GCAGGAGAAGTACAACAGCAGAGCCGCGGCCCTCTTTAGGGATAAGGTGGTCGCTCTGGCCGAAGGCAGAGAGT  370
            ||||||.|||||||.|||||||||||||||.|||||.|||||||||||||...||.||||.|||||.|.|||||
Sbjct  297  GCAGGACAAGTACAGCAGCAGAGCCGCGGCGCTCTTCAGGGATAAGGTGGCTACTTTGGCAGAAGGTAAAGAGT  370

Query  371  GGTCTCTGGAGTCATCACCTGCCCAGAACTGGACCCCACCTCAGCCCAGGACGCTGCCGTCCATGGTGCACCGA  444
            ||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||.|||.||||.||.||..|..||||||
Sbjct  371  GGTCTCTGGAGTCATCGCCTGCACAGAACTGGACCCCACCTCAGCCCAAGACACTGCAGTTCACTGCCCACCGA  444

Query  445  GTCTCTGGCCAGCCGCAGAGTGTGACCGCCTCCTCGGACAAGGCTTTTGAAGACTGGCTGAATGATGACCTCGG  518
            |.||||||||||||.|||||||...|||||||...||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct  445  GCCTCTGGCCAGCCACAGAGTGCAGCCGCCTCTGGGGACAAGGCTTTTGAAGATTGGCTGAATGATGACCTGGG  518

Query  519  CTCCTATCAAGGGGCCCAGGGGAATCGCTACGTGGGGTTTGGGAACAC---GCCACCGCCTCAGAAGAAAGAAG  589
            .|||||.||.||.||.||||.|||||||||.||.||||||||||||||   ||||   ||||||||||.|||||
Sbjct  519  TTCCTACCAGGGTGCTCAGGAGAATCGCTATGTAGGGTTTGGGAACACAGTGCCA---CCTCAGAAGAGAGAAG  589

Query  590  ATGACTTCCTCAACAACGCCATGTCCTCCCTGTACTCGGGCTGGAGCAGCTTCACCACTGGAGCCAGCCGGTTT  663
            ||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.|||..||||
Sbjct  590  ATGACTTCCTCAACAATGCCATGTCATCGCTGTACTCGGGCTGGAGCAGTTTTACCACTGGGGCGAGCAAGTTT  663

Query  664  GCCTCGGCAGCCAAGGAGGGCGCTACAAAGTTTGGATCCCAAGCGAGTCAGAAGTTTTGGGGTCACAAGCAGCA  737
            ||.||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||                     
Sbjct  664  GCATCTGCAGCAAAGGAGGGTGCTACAAAATTTGGATCTCAAGCAAGTCAGAA---------------------  716

Query  738  GCCGGAGCCGGCGTCCGAGCTGGGCCACAGCCTGAACGAGAACGTCCTCAAGCCTGCGCAGGAGAAGGTGAAGG  811
                     |||.||.|||.||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||||||||||     
Sbjct  717  ---------GGCTTCGGAGTTGGGCCACAGCCTGAATGAGAATGTTCTCAAGCCTGCACAGGAGAAGGT-----  776

Query  812  AGGGAAAGATTTTTGATGATGTCTCCAGTGGGGTCTCTCAGTTGGCGTCCAAGGGAGTCGGTAGTAAGGGATGG  885
                                                             |.|||||||.||.||||||||||||
Sbjct  777  -------------------------------------------------CCAGGGAGTTGGCAGTAAGGGATGG  801

Query  886  CGGGACGTCACCACCTTTTTTTCGGGGAAAGCAGAGGGCCCCTTGGACAGCCCCTCGGAGGGCCACAGTTATCA  959
            ||.||.|||||.||.||.||.||.||||||||.||.|.|.|.|..|||||.||||..|||||||||||.||.||
Sbjct  802  CGTGATGTCACTACTTTCTTCTCTGGGAAAGCCGAAGACTCTTCAGACAGACCCTTAGAGGGCCACAGCTACCA  875

Query  960  GAACAGCGGTCTGGACCACTTCCAAAACAGCAACATAGACCAGAGCTTCTGGGAGACCTTTGGAAGTGCTGAGC  1033
            |||||||.||...|||.|||..||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct  876  GAACAGCAGTGGAGACAACTCTCAGAACAGCAACATAGACCAGAGCTTCTGGGAGACCTTTGGGAGTGCTGAGC  949

Query 1034  CCACCAAGACCCGCAAGTCCCCGAGCAGCGACAGCTGGACGTGCGCGGACACCTCCACCGAGAGGAGGAGCTCG  1107
            ||.|||||.|   |||||||||.|||||.|||||||||||.||.||.||..|.||.||.|.|||||||||||||
Sbjct  950  CCCCCAAGGC---CAAGTCCCCAAGCAGTGACAGCTGGACCTGTGCAGATGCTTCAACAGGGAGGAGGAGCTCG  1020

Query 1108  GACAGCTGGGAGGTGTGGGGC------TCGGCCTCCACCAACAGGAACAGCAACAGCGACGGC-----------  1164
            |||||||||||.||.||||||      ||.||.||||.|||||.|||||||||.|||||.|||           
Sbjct 1021  GACAGCTGGGACGTTTGGGGCTCAGGTTCCGCATCCAACAACAAGAACAGCAATAGCGATGGCTGGGAGAGTTG  1094

Query 1165  -------------GGGGAGGGCGGGG---AGGGCACCAAGAAGGCAGTGCCGCCGGCCGTGCCCA---CTGATG  1219
                         |||||||||.|||   |||.|||||||||||||  |||     ||.|  |||   ||||||
Sbjct 1095  GGAGGGAGCCAGTGGGGAGGGCAGGGCAAAGGCCACCAAGAAGGCA--GCC-----CCAT--CCACGGCTGATG  1159

Query 1220  ATGGCTGGGACAACCAGAACTGG  1242
            |.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1160  AGGGCTGGGACAACCAGAACTGG  1182