Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_03644
• Subject: NM_001177710.1
• Aligned Length: 1293
• Identities: 896
• Gaps: 261

Alignment

Query    1  ATGGCCAGCCCAAGAACCAGGAAGGTTCTTAAAGAAGTCAGGGTGCAGGATGAGAACAACGTTTGTTTTGAGTG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGGCGCGTTCAATCCTCAGTGGGTCAGTGTGACCTACGGCATCTGGATCTGCCTGGAGTGCTCGGGGAGACACC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GCGGGCTTGGGGTTCACCTCAG------CTTTGTGCGCTCTGTTACTATGGACAAGTGGAAGGACATTGAGCTT  216
                             .|.||      ||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.
Sbjct    1  -----------------ATGAGAATAATCTTTGTGCGCTCTGTTACAATGGACAAATGGAAGGACATTGAGCTG  57

Query  217  GAGAAGATGAAAGCTGGTGGGAATGCTAAGTTCCGAGAGTTCCTGGAGTCTCAGGAGGATTACGATCCTTGCTG  290
            |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||||.||.||.||.|||.||||
Sbjct   58  GAGAAGATGAAGGCTGGTGGGAATGCTAAGTTCCGAGAGTTCCTGGAGACACAGGACGACTATGAGCCTAGCTG  131

Query  291  GTCCTTGCAGGAGAAGTACAACAGCAGAGCCGCGGCCCTCTTTAGGGATAAGGTGGTCGCTCTGGCCGAAGGCA  364
            |||..|||||||.|||||||.|||||||||||||||.|||||.|||||||||||||...||.||||.|||||.|
Sbjct  132  GTCACTGCAGGACAAGTACAGCAGCAGAGCCGCGGCGCTCTTCAGGGATAAGGTGGCTACTTTGGCAGAAGGTA  205

Query  365  GAGAGTGGTCTCTGGAGTCATCACCTGCCCAGAACTGGACCCCACCTCAGCCCAGGACGCTGCCGTCCATGGTG  438
            .|||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||.|||.||||.||.||..|..
Sbjct  206  AAGAGTGGTCTCTGGAGTCATCGCCTGCACAGAACTGGACCCCACCTCAGCCCAAGACACTGCAGTTCACTGCC  279

Query  439  CACCGAGTCTCTGGCCAGCCGCAGAGTGTGACCGCCTCCTCGGACAAGGCTTTTGAAGACTGGCTGAATGATGA  512
            |||||||.||||||||||||.|||||||...|||||||...||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  280  CACCGAGCCTCTGGCCAGCCACAGAGTGCAGCCGCCTCTGGGGACAAGGCTTTTGAAGATTGGCTGAATGATGA  353

Query  513  CCTCGGCTCCTATCAAGGGGCCCAGGGGAATCGCTACGTGGGGTTTGGGAACAC---GCCACCGCCTCAGAAGA  583
            |||.||.|||||.||.||.||.||||.|||||||||.||.||||||||||||||   ||||   ||||||||||
Sbjct  354  CCTGGGTTCCTACCAGGGTGCTCAGGAGAATCGCTATGTAGGGTTTGGGAACACAGTGCCA---CCTCAGAAGA  424

Query  584  AAGAAGATGACTTCCTCAACAACGCCATGTCCTCCCTGTACTCGGGCTGGAGCAGCTTCACCACTGGAGCCAGC  657
            .|||||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.|||
Sbjct  425  GAGAAGATGACTTCCTCAACAATGCCATGTCATCGCTGTACTCGGGCTGGAGCAGTTTTACCACTGGGGCGAGC  498

Query  658  CGGTTTGCCTCGGCAGCCAAGGAGGGCGCTACAAAGTTTGGATCCCAAGCGAGTCAGAAGTTTTGGGGTCACAA  731
            ..||||||.||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||               
Sbjct  499  AAGTTTGCATCTGCAGCAAAGGAGGGTGCTACAAAATTTGGATCTCAAGCAAGTCAGAA---------------  557

Query  732  GCAGCAGCCGGAGCCGGCGTCCGAGCTGGGCCACAGCCTGAACGAGAACGTCCTCAAGCCTGCGCAGGAGAAGG  805
                           |||.||.|||.||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct  558  ---------------GGCTTCGGAGTTGGGCCACAGCCTGAATGAGAATGTTCTCAAGCCTGCACAGGAGAAGG  616

Query  806  TGAAGGAGGGAAAGATTTTTGATGATGTCTCCAGTGGGGTCTCTCAGTTGGCGTCCA------AGGGAGTCGGT  873
            ||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||      |||||||.||.
Sbjct  617  TGAAGGAGGGAAGGATTTTTGATGATGTGTCCAGTGGGGTCTCTCAGTTGGCATCCAAGGTCCAGGGAGTTGGC  690

Query  874  AGTAAGGGATGGCGGGACGTCACCACCTTTTTTTCGGGGAAAGCAGAGGGCCCCTTGGACAGCCCCTCGGAGGG  947
            ||||||||||||||.||.|||||.||.||.||.||.||||||||.||.|.|.|.|..|||||.||||..|||||
Sbjct  691  AGTAAGGGATGGCGTGATGTCACTACTTTCTTCTCTGGGAAAGCCGAAGACTCTTCAGACAGACCCTTAGAGGG  764

Query  948  CCACAGTTATCAGAACAGCGGTCTGGACCACTTCCAAAACAGCAACATAGACCAGAGCTTCTGGGAGACCTTTG  1021
            ||||||.||.|||||||||.||...|||.|||..||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  765  CCACAGCTACCAGAACAGCAGTGGAGACAACTCTCAGAACAGCAACATAGACCAGAGCTTCTGGGAGACCTTTG  838

Query 1022  GAAGTGCTGAGCCCACCAAGACCCGCAAGTCCCCGAGCAGCGACAGCTGGACGTGCGCGGACACCTCCACCGAG  1095
            |.||||||||||||.|||||.|   |||||||||.|||||.|||||||||||.||.||.||..|.||.||.|.|
Sbjct  839  GGAGTGCTGAGCCCCCCAAGGC---CAAGTCCCCAAGCAGTGACAGCTGGACCTGTGCAGATGCTTCAACAGGG  909

Query 1096  AGGAGGAGCTCGGACAGCTGGGAGGTGTGGGGC------TCGGCCTCCACCAACAGGAACAGCAACAGCGACGG  1163
            |||||||||||||||||||||||.||.||||||      ||.||.||||.|||||.|||||||||.|||||.||
Sbjct  910  AGGAGGAGCTCGGACAGCTGGGACGTTTGGGGCTCAGGTTCCGCATCCAACAACAAGAACAGCAATAGCGATGG  983

Query 1164  C------------------------GGGGAGGGCGGGG---AGGGCACCAAGAAGGCAGTGCCGCCGGCCGTGC  1210
            |                        |||||||||.|||   |||.|||||||||||||  |||     ||.|  
Sbjct  984  CTGGGAGAGTTGGGAGGGAGCCAGTGGGGAGGGCAGGGCAAAGGCCACCAAGAAGGCA--GCC-----CCAT--  1048

Query 1211  CCA---CTGATGATGGCTGGGACAACCAGAACTGG  1242
            |||   |||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1049  CCACGGCTGATGAGGGCTGGGACAACCAGAACTGG  1083