Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_03831
• Subject: NM_001190242.1
• Aligned Length: 2331
• Identities: 1920
• Gaps: 411

Alignment

Query    1  ATGAGACTAAAGATATCTCTTTTAAAAGAACCAAAGCATCAAGAATTAGTAAGCTGTGTGGGCTGGACTACTGC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGAAGAGCTGTATTCATGTAGTGATGATCACCAGATAGTGAAGTGGAACTTGTTAACCAGTGAAACAACTCAAA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TAGTAAAGCTTCCTGATGATATTTACCCTATTGATTTTCACTGGTTTCCAAAAAGTTTGGGTGTAAAGAAACAA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  ACCCAGGCAGAAAGCTTTGTCCTCACAAGTTCTGATGGTAAATTTCATCTGATTTCCAAGTTAGGAAGAGTGGA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  AAAAAGTGTAGAAGCTCACTGTGGAGCAGTACTTGCAGGAAGATGGAATTATGAAGGAACAGCATTAGTTACAG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  TTGGAGAAGATGGACAAATAAAAATTTGGTCAAAGACTGGGATGCTTAGATCAACTTTAGCTCAGCAAGGAACA  444
                                                     |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -----------------------------------------ATGCTTAGATCAACTTTAGCTCAGCAAGGAACA  33

Query  445  CCAGTGTATTCAGTAGCGTGGGGCCCTGATTCAGAAAAGGTTCTTTATACAGCAGGCAAGCAGCTAATCATTAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   34  CCAGTGTATTCAGTAGCGTGGGGCCCTGATTCAGAAAAGGTTCTTTATACAGCAGGCAAGCAGCTAATCATTAA  107

Query  519  ACCTCTTCAACCAAATGCTAAAGTTTTGCAGTGGAAAGCTCATGATGGCATTATTTTAAAAGTAGATTGGAACT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  108  ACCTCTTCAACCAAATGCTAAAGTTTTGCAGTGGAAAGCTCATGATGGCATTATTTTAAAAGTAGATTGGAACT  181

Query  593  CGGTCAATGATCTTATTTTATCTGCTGGTGAAGACTGTAAATATAAGGTATGGGATAGTTACGGCCGCCCACTG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  182  CGGTCAATGATCTTATTTTATCTGCTGGTGAAGACTGTAAATATAAGGTATGGGATAGTTACGGCCGCCCACTG  255

Query  667  TACAATTCACAACCTCATGAGCATCCCATTACTTCAGTTGCCTGGGCTCCAGATGGAGAATTATTTGCTGTTGG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  256  TACAATTCACAACCTCATGAGCATCCCATTACTTCAGTTGCCTGGGCTCCAGATGGAGAATTATTTGCTGTTGG  329

Query  741  ATCGTTTCATACTTTACGCTTGTGTGATAAAACTGGGTGGTCATATGCATTAGAAAAACCCAACACTGGCAGCA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  330  ATCGTTTCATACTTTACGCTTGTGTGATAAAACTGGGTGGTCATATGCATTAGAAAAACCCAACACTGGCAGCA  403

Query  815  TATTTAATATTGCATGGTCTATCGATGGCACTCAGATTGCTGGAGCCTGTGGAAATGGACATGTCGTTTTTGCA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  404  TATTTAATATTGCATGGTCTATCGATGGCACTCAGATTGCTGGAGCCTGTGGAAATGGACATGTCGTTTTTGCA  477

Query  889  CATGTGGTGGAACAACATTGGGAGTGGAAAAATTTTCAAGTAACATTAACGAAAAGAAGAGCCATGCAGGTTCG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  478  CATGTGGTGGAACAACATTGGGAGTGGAAAAATTTTCAAGTAACATTAACGAAAAGAAGAGCCATGCAGGTTCG  551

Query  963  TAATGTTCTTAATGATGCAGTGGATTTACTGGAATTCCGTGATAGAGTCATTAAAGCATCTTTGAACTATGCAC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  552  TAATGTTCTTAATGATGCAGTGGATTTACTGGAATTCCGTGATAGAGTCATTAAAGCATCTTTGAACTATGCAC  625

Query 1037  ACTTAGTTGTTTCAACGTCTCTTCAATGTTACGTGTTCTCCACGAAGAACTGGAACACACCAATTATATTTGAT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  626  ACTTAGTTGTTTCAACGTCTCTTCAATGTTACGTGTTCTCCACGAAGAACTGGAACACACCAATTATATTTGAT  699

Query 1111  CTCAAAGAAGGAACTGTTAGTTTGATTCTGCAGGCAGAAAGACATTTTCTTCTTGTAGATGGTAGTAGTATCTA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  700  CTCAAAGAAGGAACTGTTAGTTTGATTCTGCAGGCAGAAAGACATTTTCTTCTTGTAGATGGTAGTAGTATCTA  773

Query 1185  TTTATATTCATATGAAGGGCGCTTTATTTCATCTCCAAAATTTCCTGGAATGAGAACAGATATTCTGAATGCAC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  774  TTTATATTCATATGAAGGGCGCTTTATTTCATCTCCAAAATTTCCTGGAATGAGAACAGATATTCTGAATGCAC  847

Query 1259  AGACTGTGTCTTTGAGTAATGATACCATAGCAATAAGAGACAAAGCTGATGAAAAAATAATCTTCCTCTTTGAG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  848  AGACTGTGTCTTTGAGTAATGATACCATAGCAATAAGAGACAAAGCTGATGAAAAAATAATCTTCCTCTTTGAG  921

Query 1333  GCATCAACCGGAAAGCCGTTAGGTGATGGAAAGTTTCTTTCTCATAAGAATGAAATCTTGGAAATTGCTCTGGA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  922  GCATCAACCGGAAAGCCGTTAGGTGATGGAAAGTTTCTTTCTCATAAGAATGAAATCTTGGAAATTGCTCTGGA  995

Query 1407  TCAAAAAGGACTTACCAATGATAGAAAAATTGCTTTCATTGATAAAAATAGAGATCTCTGTATCACTTCTGTGA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  996  TCAAAAAGGACTTACCAATGATAGAAAAATTGCTTTCATTGATAAAAATAGAGATCTCTGTATCACTTCTGTGA  1069

Query 1481  AACGATTTGGGAAGGAAGAACAAATTATCAAGCTTGGAACAATGGTGCATACTTTGGCATGGAACGATACATGC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070  AACGATTTGGGAAGGAAGAACAAATTATCAAGCTTGGAACAATGGTGCATACTTTGGCATGGAACGATACATGC  1143

Query 1555  AATATCCTTTGTGGACTTCAAGATACTCGATTTATAGTGTGGTATTACCCCAATACAGTTTATGTGGACAGAGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144  AATATCCTTTGTGGACTTCAAGATACTCGATTTATAGTGTGGTATTACCCCAATACAGTTTATGTGGACAGAGA  1217

Query 1629  CATTTTGCCTAAAACATTATATGAAAGGGATGCAAGTGAATTTAGTAAAAATCCCCATATTGTGAGTTTTGTTG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1218  CATTTTGCCTAAAACATTATATGAAAGGGATGCAAGTGAATTTAGTAAAAATCCCCATATTGTGAGTTTTGTTG  1291

Query 1703  GAAATCAAGTAACTATTAGAAGAGCTGATGGCTCCCTGGTTCACATCAGCATAACACCATATCCTGCTATTCTC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1292  GAAATCAAGTAACTATTAGAAGAGCTGATGGCTCCCTGGTTCACATCAGCATAACACCATATCCTGCTATTCTC  1365

Query 1777  CATGAATATGTAAGCAGTTCAAAATGGGAAGATGCTGTGAGACTTTGTCGCTTTGTTAAGGAGCAAACCATGTG  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366  CATGAATATGTAAGCAGTTCAAAATGGGAAGATGCTGTGAGACTTTGTCGCTTTGTTAAGGAGCAAACCATGTG  1439

Query 1851  GGCTTGTCTAGCTGCTATGGCAGTTGCTAATCGAGATATGACTACTGCAGAAATAGCCTATGCAGCAATTGGTG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440  GGCTTGTCTAGCTGCTATGGCAGTTGCTAATCGAGATATGACTACTGCAGAAATAGCCTATGCAGCAATTGGTG  1513

Query 1925  AAATTGATAAGGTTCAGTACATCAATTCTATAAAAAATCTTCCATCTAAAGAATCAAAAATGGCCCACATACTA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1514  AAATTGATAAGGTTCAGTACATCAATTCTATAAAAAATCTTCCATCTAAAGAATCAAAAATGGCCCACATACTA  1587

Query 1999  CTGTTTAGTGGGAACATACAGGAGGCTGAAATAGTACTTCTTCAGGCTGGCCTTGTTTATCAAGCAATCCAGAT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1588  CTGTTTAGTGGGAACATACAGGAGGCTGAAATAGTACTTCTTCAGGCTGGCCTTGTTTATCAAGCAATCCAGAT  1661

Query 2073  CAATATTAATCTCTACAACTGGGAAAGGGCACTGGAATTGGCTGTAAAATACAAAACACATGTTGATACAGTTC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1662  CAATATTAATCTCTACAACTGGGAAAGGGCACTGGAATTGGCTGTAAAATACAAAACACATGTTGATACAGTTC  1735

Query 2147  TTGCTTACCGTCAAAAGTTTTTGGAGACATTTGGTAAACAGGAAACTAATAAACGATACTTGCATTATGCAGAA  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736  TTGCTTACCGTCAAAAGTTTTTGGAGACATTTGGTAAACAGGAAACTAATAAACGATACTTGCATTATGCAGAA  1809

Query 2221  GGTCTCCAAATAGATTGGGAGAAAATCAAAGCCAAAATTGAGATGGAAATTACAAAAGAAAGAGAGCAATCATC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1810  GGTCTCCAAATAGATTGGGAGAAAATCAAAGCCAAAATTGAGATGGAAATTACAAAAGAAAGAGAGCAATCATC  1883

Query 2295  AAGCAGCCAATCCAGCAAGAGTATAGGTTTAAAGCCC  2331
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1884  AAGCAGCCAATCCAGCAAGAGTATAGGTTTAAAGCCC  1920