Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_03879
• Subject: NM_001165960.1
• Aligned Length: 2529
• Identities: 2133
• Gaps: 396

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCCACGCGGGGCATTCAGACCCTGTTTGCCGGCGCTGTATTTCGCTTTCCTGACCTGCCCTACTCCAGAGCA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GAGAATGAGTGGAACCCAGGCTCCTGATATCCATCTGGGTGAGCCAGCCAGAGGGACCGGCTGTGTCAGAGGCA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  AGCAAACAAGTATTAGAGTGCAAGACTGTGGGCGGAGAGAGGAAGCCCGAGCCGCCAGCAGGGAGCTTCGGAGA  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GAGAAAGCCCAGGAACATCCCAGAGAGAGCTGGGCCCATCCTCAGCCCTACCCAGCCCCGCAGCCCCTAGCCCT  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  CCGCCCAGAAACCCAGCCCTGTCCGGCGTGCCGCTCTTCTCCTCCAGGCCGGCTGCTGCTGCGGCCAGCGTTGC  370

Query    1  --------------------------ATGGCAGTGTACCGCCTGTGTGTGACCACTGGTCCCTACCTGAGGGCC  48
                                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CGGGGCATCCCTTCCTCCTTCCCATCATGGCAGTGTACCGCCTGTGTGTGACCACTGGTCCCTACCTGAGGGCC  444

Query   49  GGCACACTGGACAACATCTCTGTCACACTGGTGGGCACGTGTGGTGAAAGCCCCAAGCAGCGGCTAGATCGAAT  122
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GGCACACTGGACAACATCTCTGTCACACTGGTGGGCACGTGTGGTGAAAGCCCCAAGCAGCGGCTAGATCGAAT  518

Query  123  GGGCAGGGACTTCGCCCCTGGATCGGTACAGAAGTACAAGGTGCGTTGCACAGCGGAGCTGGGTGAGCTCTTGC  196
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GGGCAGGGACTTCGCCCCTGGATCGGTACAGAAGTACAAGGTGCGTTGCACAGCGGAGCTGGGTGAGCTCTTGC  592

Query  197  TGCTGCGTGTACACAAGGAGCGCTACGCTTTCTTCCGCAAGGACTCTTGGTACTGTAGCCGCATCTGTGTCACC  270
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGCTGCGTGTACACAAGGAGCGCTACGCTTTCTTCCGCAAGGACTCTTGGTACTGTAGCCGCATCTGTGTCACC  666

Query  271  GAACCGGATGGTAGTGTATCCCACTTCCCCTGCTATCAGTGGATTGAAGGCTACTGCACCGTGGAGCTGAGGCC  344
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAACCGGATGGTAGTGTATCCCACTTCCCCTGCTATCAGTGGATTGAAGGCTACTGCACCGTGGAGCTGAGGCC  740

Query  345  AGGAACAGCAAGAACTATTTGTCAGGACTCTCTTCCCCTCCTCCTGGATCACAGGACACGGGAGCTCCGGGCCC  418
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGGAACAGCAAGAACTATTTGTCAGGACTCTCTTCCCCTCCTCCTGGATCACAGGACACGGGAGCTCCGGGCCC  814

Query  419  GACAAGAATGCTACCGCTGGAAGATCTATGCCCCTGGCTTCCCCTGCATGGTAGACGTCAACAGCTTTCAGGAG  492
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GACAAGAATGCTACCGCTGGAAGATCTATGCCCCTGGCTTCCCCTGCATGGTAGACGTCAACAGCTTTCAGGAG  888

Query  493  ATGGAGTCAGACAAGAAATTTGCCTTGACAAAGACGACAACTTGTGTAGACCAGGGTGACAGCAGTGGGAATCG  566
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ATGGAGTCAGACAAGAAATTTGCCTTGACAAAGACGACAACTTGTGTAGACCAGGGTGACAGCAGTGGGAATCG  962

Query  567  GTACCTGCCCGGCTTCCCCATGAAAATTGACATCCCATCCCTGATGTACATGGAGCCCAATGTTCGATACTCAG  640
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GTACCTGCCCGGCTTCCCCATGAAAATTGACATCCCATCCCTGATGTACATGGAGCCCAATGTTCGATACTCAG  1036

Query  641  CCACCAAGACGATCTCGCTGCTCTTCAATGCCATCCCTGCGTCCTTGGGAATGAAGCTTCGAGGGCTGTTGGAT  714
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCACCAAGACGATCTCGCTGCTCTTCAATGCCATCCCTGCGTCCTTGGGAATGAAGCTTCGAGGGCTGTTGGAT  1110

Query  715  CGCAAGGGCTCCTGGAAGAAGCTGGATGACATGCAGAACATCTTCTGGTGCCATAAGACCTTCACGACAAAGTA  788
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CGCAAGGGCTCCTGGAAGAAGCTGGATGACATGCAGAACATCTTCTGGTGCCATAAGACCTTCACGACAAAGTA  1184

Query  789  TGTCACAGAGCACTGGTGTGAAGATCACTTCTTTGGGTACCAGTACCTGAATGGTGTCAATCCCGTCATGCTCC  862
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGTCACAGAGCACTGGTGTGAAGATCACTTCTTTGGGTACCAGTACCTGAATGGTGTCAATCCCGTCATGCTCC  1258

Query  863  ACTGCATCTCTAGCTTGCCCAGCAAGCTGCCTGTCACCAATGACATGGTGGCCCCCTTGCTGGGACAGGACACA  936
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ACTGCATCTCTAGCTTGCCCAGCAAGCTGCCTGTCACCAATGACATGGTGGCCCCCTTGCTGGGACAGGACACA  1332

Query  937  TGCCTGCAGACAGAGCTAGAGAGGGGGAACATCTTCCTAGCGGACTACTGGATCCTGGCGGAGGCCCCCACCCA  1010
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TGCCTGCAGACAGAGCTAGAGAGGGGGAACATCTTCCTAGCGGACTACTGGATCCTGGCGGAGGCCCCCACCCA  1406

Query 1011  CTGCCTAAACGGCCGCCAGCAGTACGTGGCCGCCCCACTGTGCCTGCTGTGGCTCAGCCCCCAGGGGGCGCTGG  1084
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CTGCCTAAACGGCCGCCAGCAGTACGTGGCCGCCCCACTGTGCCTGCTGTGGCTCAGCCCCCAGGGGGCGCTGG  1480

Query 1085  TGCCCTTGGCCATCCAGCTCAGCCAGACCCCCGGGCCTGACAGCCCCATCTTCCTGCCCACTGACTCCGAATGG  1158
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TGCCCTTGGCCATCCAGCTCAGCCAGACCCCCGGGCCTGACAGCCCCATCTTCCTGCCCACTGACTCCGAATGG  1554

Query 1159  GACTGGCTGCTGGCCAAGACGTGGGTGCGCAACTCTGAGTTCCTGGTGCACGAAAACAACACGCACTTTCTGTG  1232
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GACTGGCTGCTGGCCAAGACGTGGGTGCGCAACTCTGAGTTCCTGGTGCACGAAAACAACACGCACTTTCTGTG  1628

Query 1233  CACGCATTTGCTGTGCGAGGCCTTCGCCATGGCCACGCTGCGCCAGCTGCCGCTCTGCCACCCCATCTACAAGC  1306
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CACGCATTTGCTGTGCGAGGCCTTCGCCATGGCCACGCTGCGCCAGCTGCCGCTCTGCCACCCCATCTACAAGC  1702

Query 1307  TCCTACTCCCCCACACTCGATACACGCTGCAGGTGAACACCATCGCGAGGGCCACGCTGCTCAACCCCGAGGGC  1380
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TCCTACTCCCCCACACTCGATACACGCTGCAGGTGAACACCATCGCGAGGGCCACGCTGCTCAACCCCGAGGGC  1776

Query 1381  CTCGTGGACCAGGTCACGTCCATCGGGAGGCAAGGCCTCATCTACCTCATGAGCACGGGCCTGGCCCACTTCAC  1454
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CTCGTGGACCAGGTCACGTCCATCGGGAGGCAAGGCCTCATCTACCTCATGAGCACGGGCCTGGCCCACTTCAC  1850

Query 1455  CTACACCAATTTCTGCCTTCCGGACAGCCTGCGGGCCCGCGGCGTCCTGGCTATCCCCAACTACCACTACCGAG  1528
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CTACACCAATTTCTGCCTTCCGGACAGCCTGCGGGCCCGCGGCGTCCTGGCTATCCCCAACTACCACTACCGAG  1924

Query 1529  ACGACGGCCTGAAGATCTGGGCGGCCATTGAGAGCTTTGTCTCAGAAATCGTGGGCTACTATTATCCCAGTGAC  1602
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  ACGACGGCCTGAAGATCTGGGCGGCCATTGAGAGCTTTGTCTCAGAAATCGTGGGCTACTATTATCCCAGTGAC  1998

Query 1603  GCATCTGTGCAGCAGGATTCGGAGCTGCAGGCCTGGACTGGCGAGATTTTTGCTCAGGCGTTCCTGGGCCGGGA  1676
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GCATCTGTGCAGCAGGATTCGGAGCTGCAGGCCTGGACTGGCGAGATTTTTGCTCAGGCGTTCCTGGGCCGGGA  2072

Query 1677  AAGCTCAGGTTTCCCAAGCCGGCTGTGCACCCCAGGAGAGATGGTGAAGTTCCTCACTGCAATCATCTTCAATT  1750
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AAGCTCAGGTTTCCCAAGCCGGCTGTGCACCCCAGGAGAGATGGTGAAGTTCCTCACTGCAATCATCTTCAATT  2146

Query 1751  GCTCTGCCCAGCACGCTGCTGTCAACAGTGGGCAGCATGACTTTGGGGCCTGGATGCCCAATGCTCCATCATCC  1824
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  GCTCTGCCCAGCACGCTGCTGTCAACAGTGGGCAGCATGACTTTGGGGCCTGGATGCCCAATGCTCCATCATCC  2220

Query 1825  ATGAGGCAGCCCCCACCCCAGACCAAGGGGACCACCACCCTGAAGACTTACCTAGACACCCTCCCTGAAGTGAA  1898
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  ATGAGGCAGCCCCCACCCCAGACCAAGGGGACCACCACCCTGAAGACTTACCTAGACACCCTCCCTGAAGTGAA  2294

Query 1899  CATCAGCTGTAACAACCTCCTCCTCTTCTGGTTGGTTAGCCAAGAACCCAAGGACCAGAGGCCCCTGGGCACCT  1972
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CATCAGCTGTAACAACCTCCTCCTCTTCTGGTTGGTTAGCCAAGAACCCAAGGACCAGAGGCCCCTGGGCACCT  2368

Query 1973  ACCCAGATGAGCACTTCACAGAGGAGGCCCCGAGGCGGAGCATCGCCGCCTTCCAGAGCCGCCTGGCCCAGATC  2046
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  ACCCAGATGAGCACTTCACAGAGGAGGCCCCGAGGCGGAGCATCGCCGCCTTCCAGAGCCGCCTGGCCCAGATC  2442

Query 2047  TCAAGGGACATCCAGGAGCGGAACCAGGGTCTGGCACTGCCCTACACCTACCTGGACCCTCCCCTCATTGAGAA  2120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  TCAAGGGACATCCAGGAGCGGAACCAGGGTCTGGCACTGCCCTACACCTACCTGGACCCTCCCCTCATTGAGAA  2516

Query 2121  CAGCGTCTCCATC  2133
            |||||||||||||
Sbjct 2517  CAGCGTCTCCATC  2529