Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_04249
• Subject: NM_001258366.2
• Aligned Length: 3546
• Identities: 2540
• Gaps: 999

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGAACGGCACCAGCCGCGGCTGCACCACCCGGCCCAAGGCTCAGCCGCTGGGACTCCCTACCCTTCCTCAGC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CTCTCTCCGCGGCTGCCGGGAAAGCAAGATGCCGCGCAGGAAGGGCCCCCAACACCCTCCGCCGCCCAGTGGCC  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CCGAGGAGCCTGGGGAGAAGCGCCCCAAGTTTCTGGACAAATTTGCCAGCATAAGAATTCCAGGGAGCAAGAAA  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GAGAGACCTCCACTTCCCAACCTGAAGACTGCATTTGCAAGCAGTGATTGCTCAGCAGCACCTTTAGAGATGAT  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  GGAGAACTTTCCAAAGCCACTGTCAGAGAATGAACTCTTAGAACTTTTTGAAAAAATGATGGAAGATATGAATT  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  TAAATGAAGATAAAAAGGCACCATTGCGGGAAAAGGACTTCAGTATCAAAAAAGAAATGGTGATGCAGTACATT  444

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  445  AATACTGCTTCTAAGACAGGAAGTCTTAAGAGAAGCCGACAGATCTCACCTCAGGAATTCATTCATGAGCTGAA  518

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  519  AATGGGGTCTGCAGATGAGAGACTTGTCACATGCCTGGAGTCTCTCCGAGTGTCTTTGACCAGCAATCCTGTGA  592

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  593  GTTGGGTGGAAAGCTTTGGACATGAAGGGCTTGGATTATTATTAGACATTTTGGAAAAACTGATTAGTGGAAAA  666

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  667  ATCCAAGAAAAAGTTGTAAAGAAAAATCAACATAAAGTCATACAGTGTCTAAAAGCCCTGATGAATACGCAGTA  740

Query    1  ----------------ATGAGTGAGGAGAGGAGCCTTTCCTTATTGGCCAAAGCCGTGGATCCCAGACACCCCA  58
                            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGGCTTGGAAAGAATTATGAGTGAGGAGAGGAGCCTTTCCTTATTGGCCAAAGCCGTGGATCCCAGACACCCCA  814

Query   59  ATATGATGACAGATGTGGTTAAACTTCTCTCTGCGGTATGCATTGTAGGGGAAGAAAGCATCCTTGAAGAAGTT  132
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATATGATGACAGATGTGGTTAAACTTCTCTCTGCGGTATGCATTGTAGGGGAAGAAAGCATCCTTGAAGAAGTT  888

Query  133  TTAGAAGCTTTAACTTCAGCTGGTGAAGAAAAAAAAATTGACAGATTTTTTTGTATTGTGGAAGGCCTCCGGCA  206
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TTAGAAGCTTTAACTTCAGCTGGTGAAGAAAAAAAAATTGACAGATTTTTTTGTATTGTGGAAGGCCTCCGGCA  962

Query  207  CAATTCAGTTCAACTGCAAGTAGCTTGTATGCAGCTCATCAATGCCCTGGTTACATCTCCTGATGATTTGGATT  280
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CAATTCAGTTCAACTGCAAGTAGCTTGTATGCAGCTCATCAATGCCCTGGTTACATCTCCTGATGATTTGGATT  1036

Query  281  TCAGGCTTCACATCAGAAATGAATTTATGCGTTGTGGATTGAAAGAGATATTGCCAAATTTAAAATGCATTAAG  354
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TCAGGCTTCACATCAGAAATGAATTTATGCGTTGTGGATTGAAAGAGATATTGCCAAATTTAAAATGCATTAAG  1110

Query  355  AATGATGGCCTGGATATCCAACTTAAAGTCTTTGATGAGCATAAAGAAGAAGATTTGTTTGAGTTATCCCATCG  428
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AATGATGGCCTGGATATCCAACTTAAAGTCTTTGATGAGCATAAAGAAGAAGATTTGTTTGAGTTATCCCATCG  1184

Query  429  CCTTGAAGATATTAGAGCTGAACTTGATGAAGCATATGATGTTTACAACATGGTGTGGAGCACAGTTAAAGAAA  502
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CCTTGAAGATATTAGAGCTGAACTTGATGAAGCATATGATGTTTACAACATGGTGTGGAGCACAGTTAAAGAAA  1258

Query  503  CTAGAGCAGAGGGATATTTTATTTCTATTCTTCAGCATCTTTTGCTGATTCGAAATGATTATTTTATAAGGCAA  576
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CTAGAGCAGAGGGATATTTTATTTCTATTCTTCAGCATCTTTTGCTGATTCGAAATGATTATTTTATAAGGCAA  1332

Query  577  CAATACTTCAAATTAATTGATGAGTGTGTATCCCAGATTGTATTGCATAGAGATGGAATGGATCCAGACTTCAC  650
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CAATACTTCAAATTAATTGATGAGTGTGTATCCCAGATTGTATTGCATAGAGATGGAATGGATCCAGACTTCAC  1406

Query  651  ATATCGAAAAAGACTAGATTTAGATTTAACCCAGTTTGTAGACATTTGCATAGATCAAGCAAAACTAGAAGAGT  724
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  ATATCGAAAAAGACTAGATTTAGATTTAACCCAGTTTGTAGACATTTGCATAGATCAAGCAAAACTAGAAGAGT  1480

Query  725  TTGAAGAGAAAGCATCAGAACTTTACAAGAAATTTGAAAAAGAGTTTACCGACCACCAAGAAACTCAGGCTGAA  798
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TTGAAGAGAAAGCATCAGAACTTTACAAGAAATTTGAAAAAGAGTTTACCGACCACCAAGAAACTCAGGCTGAA  1554

Query  799  TTGCAGAAAAAAGAGGCAAAGATTAATGAGCTTCAAGCAGAGCTACAAGCTTTTAAGTCTCAGTTTGGTGCCTT  872
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TTGCAGAAAAAAGAGGCAAAGATTAATGAGCTTCAAGCAGAGCTACAAGCTTTTAAGTCTCAGTTTGGTGCCTT  1628

Query  873  GCCAGCTGATTGTAATATTCCTTTGCCTCCCTCTAAAGAAGGTGGAACTGGCCACTCAGCACTTCCTCCTCCGC  946
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GCCAGCTGATTGTAATATTCCTTTGCCTCCCTCTAAAGAAGGTGGAACTGGCCACTCAGCACTTCCTCCTCCGC  1702

Query  947  CTCCACTGCCTTCTGGTGGAGGGGTGCCGCCTCCACCTCCTCCCCCACCACCTCCTCCACTTCCAGGAATGCGG  1020
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CTCCACTGCCTTCTGGTGGAGGGGTGCCGCCTCCACCTCCTCCCCCACCACCTCCTCCACTTCCAGGAATGCGG  1776

Query 1021  ATGCCATTCAGTGGTCCTGTGCCTCCACCACCTCCCCTGGGATTCCTTGGAGGACAAAATTCTCCTCCTCTACC  1094
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  ATGCCATTCAGTGGTCCTGTGCCTCCACCACCTCCCCTGGGATTCCTTGGAGGACAAAATTCTCCTCCTCTACC  1850

Query 1095  AATCCTGCCATTTGGGTTGAAACCAAAGAAAGAATTTAAACCTGAAATCAGCATGAGAAGATTGAATTGGTTAA  1168
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  AATCCTGCCATTTGGGTTGAAACCAAAGAAAGAATTTAAACCTGAAATCAGCATGAGAAGATTGAATTGGTTAA  1924

Query 1169  AGATCAGACCTCATGAAATGACTGAAAACTGTTTCTGGATAAAAGTAAATGAAAATAAGTATGAAAACGTGGAT  1242
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AGATCAGACCTCATGAAATGACTGAAAACTGTTTCTGGATAAAAGTAAATGAAAATAAGTATGAAAACGTGGAT  1998

Query 1243  TTGCTTTGTAAACTTGAGAATACATTTTGTTGCCAACAAAAAGAGAGAAGAGAAGAGGAAGATATTGAAGAGAA  1316
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  TTGCTTTGTAAACTTGAGAATACATTTTGTTGCCAACAAAAAGAGAGAAGAGAAGAGGAAGATATTGAAGAGAA  2072

Query 1317  GAAATCGATTAAGAAAAAAATTAAAGAACTTAAGTTTTTAGATTCTAAAATTGCCCAGAACCTTTCAATCTTCC  1390
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GAAATCGATTAAGAAAAAAATTAAAGAACTTAAGTTTTTAGATTCTAAAATTGCCCAGAACCTTTCAATCTTCC  2146

Query 1391  TGAGCTCTTTTCGGGTGCCATATGAGGAAATCAGAATGATGATATTGGAAGTAGATGAAACACGGTTGGCAGAG  1464
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TGAGCTCTTTTCGGGTGCCATATGAGGAAATCAGAATGATGATATTGGAAGTAGATGAAACACGGTTGGCAGAG  2220

Query 1465  TCTATGATTCAGAACTTAATAAAGCATCTTCCTGATCAAGAGCAATTAAATTCATTGTCTCAGTTCAAGAGTGA  1538
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  TCTATGATTCAGAACTTAATAAAGCATCTTCCTGATCAAGAGCAATTAAATTCATTGTCTCAGTTCAAGAGTGA  2294

Query 1539  ATATAGCAACTTATGTGAACCTGAGCAGTTTGTGGTTGTGATGAGCAATGTGAAGAGACTACGGCCACGGCTCA  1612
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  ATATAGCAACTTATGTGAACCTGAGCAGTTTGTGGTTGTGATGAGCAATGTGAAGAGACTACGGCCACGGCTCA  2368

Query 1613  GTGCTATTCTCTTTAAGCTTCAGTTTGAAGAGCAGGTGAACAACATCAAACCTGACATCATGGCTGTCAGTACT  1686
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  GTGCTATTCTCTTTAAGCTTCAGTTTGAAGAGCAGGTGAACAACATCAAACCTGACATCATGGCTGTCAGTACT  2442

Query 1687  GCCTGCGAAGAGATAAAGAAGAGCAAAAGCTTTAGCAAGTTGCTGGAACTTGTATTGCTAATGGGAAACTACAT  1760
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GCCTGCGAAGAGATAAAGAAGAGCAAAAGCTTTAGCAAGTTGCTGGAACTTGTATTGCTAATGGGAAACTACAT  2516

Query 1761  GAATGCTGGCTCCCGGAATGCTCAAACCTTCGGATTTAACCTTAGCTCTCTCTGTAAACTAAAGGACACAAAAT  1834
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  GAATGCTGGCTCCCGGAATGCTCAAACCTTCGGATTTAACCTTAGCTCTCTCTGTAAACTAAAGGACACAAAAT  2590

Query 1835  CAGCAGATCAGAAAACAACGCTACTTCATTTCCTGGTAGAAATATGTGAAGAGAAGTACCCTGATATACTGAAT  1908
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  CAGCAGATCAGAAAACAACGCTACTTCATTTCCTGGTAGAAATATGTGAAGAGAAGTACCCTGATATACTGAAT  2664

Query 1909  TTTGTGGATGATTTGGAACCTTTAGACAAAGCTAGTAAAGTCTCTGTAGAAACGCTGGAAAAGAATTTGAGGCA  1982
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  TTTGTGGATGATTTGGAACCTTTAGACAAAGCTAGTAAAGTCTCTGTAGAAACGCTGGAAAAGAATTTGAGGCA  2738

Query 1983  GATGGGAAGGCAGCTTCAACAGCTTGAGAAGGAATTGGAAACCTTTCCCCCTCCTGAGGACTTGCATGACAAGT  2056
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  GATGGGAAGGCAGCTTCAACAGCTTGAGAAGGAATTGGAAACCTTTCCCCCTCCTGAGGACTTGCATGACAAGT  2812

Query 2057  TTGTGACAAAGATGTCCAGATTTGTTATCAGTGCAAAAGAACAATATGAGACACTTTCGAAGTTACACGAAAAC  2130
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  TTGTGACAAAGATGTCCAGATTTGTTATCAGTGCAAAAGAACAATATGAGACACTTTCGAAGTTACACGAAAAC  2886

Query 2131  ATGGAAAAGTTATACCAGAGTATAATAGGATACTATGCCATTGATGTGAAGAAGGTGTCTGTGGAAGACTTTCT  2204
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  ATGGAAAAGTTATACCAGAGTATAATAGGATACTATGCCATTGATGTGAAGAAGGTGTCTGTGGAAGACTTTCT  2960

Query 2205  TACTGACCTGAATAACTTCAGAACCACATTCATGCAAGCAATAAAGGAGAATATCAAAAAAAGAGAAGCAGAGG  2278
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  TACTGACCTGAATAACTTCAGAACCACATTCATGCAAGCAATAAAGGAGAATATCAAAAAAAGAGAAGCAGAGG  3034

Query 2279  AAAAAGAAAAACGTGTCAGAATAGCTAAAGAATTAGCAGAGCGAGAAAGACTCGAACGCCAACAAAAGAAAAAG  2352
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  AAAAAGAAAAACGTGTCAGAATAGCTAAAGAATTAGCAGAGCGAGAAAGACTCGAACGCCAACAAAAGAAAAAG  3108

Query 2353  CGTTTATTAGAAATGAAGACTGAGGGTGATGAGACAGGAGTGATGGATAATCTGCTGGAGGCCTTGCAGTCCGG  2426
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  CGTTTATTAGAAATGAAGACTGAGGGTGATGAGACAGGAGTGATGGATAATCTGCTGGAGGCCTTGCAGTCCGG  3182

Query 2427  GGCTGCCTTCCGCGACAGAAGAAAAAGGACACCGATGCCAAAAGATGTTCGGCAGAGTCTCAGTCCAATGTCTC  2500
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  GGCTGCCTTCCGCGACAGAAGAAAAAGGACACCGATGCCAAAAGATGTTCGGCAGAGTCTCAGTCCAATGTCTC  3256

Query 2501  AGAGGCCTGTTCTGAAAGTTTGTAACCATGGTAAT---AAACCGTATTTA------------------------  2547
            ||||||||||||||||||||||||||||||..|||   |||..|.|.||.                        
Sbjct 3257  AGAGGCCTGTTCTGAAAGTTTGTAACCATGAAAATCAGAAAGTGCAGTTGACAGAAGGGTCACGTTCACACTAC  3330

Query 2548  --------------------------------------------------------------------------  2547
                                                                                      
Sbjct 3331  AATATCAATTGCAACTCAACAAGGACTCCAGTCGCCAAGGAGCTTAATTATAATCTAGACACTCATACGTCTAC  3404

Query 2548  --------------------------------------------------------------------------  2547
                                                                                      
Sbjct 3405  TGGGAGGATCAAGGCAGCTGAGAAGAAGGAAGCGTGTAATGTAGAAAGCAACAGAAAAAAGGAAACGGAACTTC  3478

Query 2548  --------------------------------------------------------------------  2547
                                                                                
Sbjct 3479  TTGGCTCTTTTTCTAAAAATGAATCAGTTCCCGAAGTTGAAGCCCTGCTGGCAAGATTACGAGCTTTA  3546