Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_04249
- Subject:
- NM_001258368.2
- Aligned Length:
- 3369
- Identities:
- 2540
- Gaps:
- 822
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGAACGGCACCAGCCGCGGCTGCACCACCCGGCCCAAGGCTCAGCCGCTGGGACTCCCTACCCTTCCTCAGC 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 CTCTCTCCGCGGCTGCCGGGAAAGCAAGATGCCGCGCAGGAAGGGCCCCCAACACCCTCCGCCGCCCAGTGGCC 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CCGAGGAGCCTGGGGAGAAGCGCCCCAAGTTTGAAGATATGAATTTAAATGAAGATAAAAAGGCACCATTGCGG 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 GAAAAGGACTTCAGTATCAAAAAAGAAATGGTGATGCAGTACATTAATACTGCTTCTAAGACAGGAAGTCTTAA 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 GAGAAGCCGACAGATCTCACCTCAGGAATTCATTCATGAGCTGAAAATGGGGTCTGCAGATGAGAGACTTGTCA 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 CATGCCTGGAGTCTCTCCGAGTGTCTTTGACCAGCAATCCTGTGAGTTGGGTGGAAAGCTTTGGACATGAAGGG 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 CTTGGATTATTATTAGACATTTTGGAAAAACTGATTAGTGGAAAAATCCAAGAAAAAGTTGTAAAGAAAAATCA 518
Query 1 -------------------------------------------------------------ATGAGTGAGGAGA 13
|||||||||||||
Sbjct 519 ACATAAAGTCATACAGTGTCTAAAAGCCCTGATGAATACGCAGTATGGCTTGGAAAGAATTATGAGTGAGGAGA 592
Query 14 GGAGCCTTTCCTTATTGGCCAAAGCCGTGGATCCCAGACACCCCAATATGATGACAGATGTGGTTAAACTTCTC 87
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 GGAGCCTTTCCTTATTGGCCAAAGCCGTGGATCCCAGACACCCCAATATGATGACAGATGTGGTTAAACTTCTC 666
Query 88 TCTGCGGTATGCATTGTAGGGGAAGAAAGCATCCTTGAAGAAGTTTTAGAAGCTTTAACTTCAGCTGGTGAAGA 161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 TCTGCGGTATGCATTGTAGGGGAAGAAAGCATCCTTGAAGAAGTTTTAGAAGCTTTAACTTCAGCTGGTGAAGA 740
Query 162 AAAAAAAATTGACAGATTTTTTTGTATTGTGGAAGGCCTCCGGCACAATTCAGTTCAACTGCAAGTAGCTTGTA 235
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 AAAAAAAATTGACAGATTTTTTTGTATTGTGGAAGGCCTCCGGCACAATTCAGTTCAACTGCAAGTAGCTTGTA 814
Query 236 TGCAGCTCATCAATGCCCTGGTTACATCTCCTGATGATTTGGATTTCAGGCTTCACATCAGAAATGAATTTATG 309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 TGCAGCTCATCAATGCCCTGGTTACATCTCCTGATGATTTGGATTTCAGGCTTCACATCAGAAATGAATTTATG 888
Query 310 CGTTGTGGATTGAAAGAGATATTGCCAAATTTAAAATGCATTAAGAATGATGGCCTGGATATCCAACTTAAAGT 383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 CGTTGTGGATTGAAAGAGATATTGCCAAATTTAAAATGCATTAAGAATGATGGCCTGGATATCCAACTTAAAGT 962
Query 384 CTTTGATGAGCATAAAGAAGAAGATTTGTTTGAGTTATCCCATCGCCTTGAAGATATTAGAGCTGAACTTGATG 457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 CTTTGATGAGCATAAAGAAGAAGATTTGTTTGAGTTATCCCATCGCCTTGAAGATATTAGAGCTGAACTTGATG 1036
Query 458 AAGCATATGATGTTTACAACATGGTGTGGAGCACAGTTAAAGAAACTAGAGCAGAGGGATATTTTATTTCTATT 531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 AAGCATATGATGTTTACAACATGGTGTGGAGCACAGTTAAAGAAACTAGAGCAGAGGGATATTTTATTTCTATT 1110
Query 532 CTTCAGCATCTTTTGCTGATTCGAAATGATTATTTTATAAGGCAACAATACTTCAAATTAATTGATGAGTGTGT 605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 CTTCAGCATCTTTTGCTGATTCGAAATGATTATTTTATAAGGCAACAATACTTCAAATTAATTGATGAGTGTGT 1184
Query 606 ATCCCAGATTGTATTGCATAGAGATGGAATGGATCCAGACTTCACATATCGAAAAAGACTAGATTTAGATTTAA 679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 ATCCCAGATTGTATTGCATAGAGATGGAATGGATCCAGACTTCACATATCGAAAAAGACTAGATTTAGATTTAA 1258
Query 680 CCCAGTTTGTAGACATTTGCATAGATCAAGCAAAACTAGAAGAGTTTGAAGAGAAAGCATCAGAACTTTACAAG 753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CCCAGTTTGTAGACATTTGCATAGATCAAGCAAAACTAGAAGAGTTTGAAGAGAAAGCATCAGAACTTTACAAG 1332
Query 754 AAATTTGAAAAAGAGTTTACCGACCACCAAGAAACTCAGGCTGAATTGCAGAAAAAAGAGGCAAAGATTAATGA 827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 AAATTTGAAAAAGAGTTTACCGACCACCAAGAAACTCAGGCTGAATTGCAGAAAAAAGAGGCAAAGATTAATGA 1406
Query 828 GCTTCAAGCAGAGCTACAAGCTTTTAAGTCTCAGTTTGGTGCCTTGCCAGCTGATTGTAATATTCCTTTGCCTC 901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 GCTTCAAGCAGAGCTACAAGCTTTTAAGTCTCAGTTTGGTGCCTTGCCAGCTGATTGTAATATTCCTTTGCCTC 1480
Query 902 CCTCTAAAGAAGGTGGAACTGGCCACTCAGCACTTCCTCCTCCGCCTCCACTGCCTTCTGGTGGAGGGGTGCCG 975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 CCTCTAAAGAAGGTGGAACTGGCCACTCAGCACTTCCTCCTCCGCCTCCACTGCCTTCTGGTGGAGGGGTGCCG 1554
Query 976 CCTCCACCTCCTCCCCCACCACCTCCTCCACTTCCAGGAATGCGGATGCCATTCAGTGGTCCTGTGCCTCCACC 1049
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 CCTCCACCTCCTCCCCCACCACCTCCTCCACTTCCAGGAATGCGGATGCCATTCAGTGGTCCTGTGCCTCCACC 1628
Query 1050 ACCTCCCCTGGGATTCCTTGGAGGACAAAATTCTCCTCCTCTACCAATCCTGCCATTTGGGTTGAAACCAAAGA 1123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 ACCTCCCCTGGGATTCCTTGGAGGACAAAATTCTCCTCCTCTACCAATCCTGCCATTTGGGTTGAAACCAAAGA 1702
Query 1124 AAGAATTTAAACCTGAAATCAGCATGAGAAGATTGAATTGGTTAAAGATCAGACCTCATGAAATGACTGAAAAC 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 AAGAATTTAAACCTGAAATCAGCATGAGAAGATTGAATTGGTTAAAGATCAGACCTCATGAAATGACTGAAAAC 1776
Query 1198 TGTTTCTGGATAAAAGTAAATGAAAATAAGTATGAAAACGTGGATTTGCTTTGTAAACTTGAGAATACATTTTG 1271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 TGTTTCTGGATAAAAGTAAATGAAAATAAGTATGAAAACGTGGATTTGCTTTGTAAACTTGAGAATACATTTTG 1850
Query 1272 TTGCCAACAAAAAGAGAGAAGAGAAGAGGAAGATATTGAAGAGAAGAAATCGATTAAGAAAAAAATTAAAGAAC 1345
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 TTGCCAACAAAAAGAGAGAAGAGAAGAGGAAGATATTGAAGAGAAGAAATCGATTAAGAAAAAAATTAAAGAAC 1924
Query 1346 TTAAGTTTTTAGATTCTAAAATTGCCCAGAACCTTTCAATCTTCCTGAGCTCTTTTCGGGTGCCATATGAGGAA 1419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 TTAAGTTTTTAGATTCTAAAATTGCCCAGAACCTTTCAATCTTCCTGAGCTCTTTTCGGGTGCCATATGAGGAA 1998
Query 1420 ATCAGAATGATGATATTGGAAGTAGATGAAACACGGTTGGCAGAGTCTATGATTCAGAACTTAATAAAGCATCT 1493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 ATCAGAATGATGATATTGGAAGTAGATGAAACACGGTTGGCAGAGTCTATGATTCAGAACTTAATAAAGCATCT 2072
Query 1494 TCCTGATCAAGAGCAATTAAATTCATTGTCTCAGTTCAAGAGTGAATATAGCAACTTATGTGAACCTGAGCAGT 1567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 TCCTGATCAAGAGCAATTAAATTCATTGTCTCAGTTCAAGAGTGAATATAGCAACTTATGTGAACCTGAGCAGT 2146
Query 1568 TTGTGGTTGTGATGAGCAATGTGAAGAGACTACGGCCACGGCTCAGTGCTATTCTCTTTAAGCTTCAGTTTGAA 1641
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 TTGTGGTTGTGATGAGCAATGTGAAGAGACTACGGCCACGGCTCAGTGCTATTCTCTTTAAGCTTCAGTTTGAA 2220
Query 1642 GAGCAGGTGAACAACATCAAACCTGACATCATGGCTGTCAGTACTGCCTGCGAAGAGATAAAGAAGAGCAAAAG 1715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GAGCAGGTGAACAACATCAAACCTGACATCATGGCTGTCAGTACTGCCTGCGAAGAGATAAAGAAGAGCAAAAG 2294
Query 1716 CTTTAGCAAGTTGCTGGAACTTGTATTGCTAATGGGAAACTACATGAATGCTGGCTCCCGGAATGCTCAAACCT 1789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 CTTTAGCAAGTTGCTGGAACTTGTATTGCTAATGGGAAACTACATGAATGCTGGCTCCCGGAATGCTCAAACCT 2368
Query 1790 TCGGATTTAACCTTAGCTCTCTCTGTAAACTAAAGGACACAAAATCAGCAGATCAGAAAACAACGCTACTTCAT 1863
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 TCGGATTTAACCTTAGCTCTCTCTGTAAACTAAAGGACACAAAATCAGCAGATCAGAAAACAACGCTACTTCAT 2442
Query 1864 TTCCTGGTAGAAATATGTGAAGAGAAGTACCCTGATATACTGAATTTTGTGGATGATTTGGAACCTTTAGACAA 1937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 TTCCTGGTAGAAATATGTGAAGAGAAGTACCCTGATATACTGAATTTTGTGGATGATTTGGAACCTTTAGACAA 2516
Query 1938 AGCTAGTAAAGTCTCTGTAGAAACGCTGGAAAAGAATTTGAGGCAGATGGGAAGGCAGCTTCAACAGCTTGAGA 2011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 AGCTAGTAAAGTCTCTGTAGAAACGCTGGAAAAGAATTTGAGGCAGATGGGAAGGCAGCTTCAACAGCTTGAGA 2590
Query 2012 AGGAATTGGAAACCTTTCCCCCTCCTGAGGACTTGCATGACAAGTTTGTGACAAAGATGTCCAGATTTGTTATC 2085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 AGGAATTGGAAACCTTTCCCCCTCCTGAGGACTTGCATGACAAGTTTGTGACAAAGATGTCCAGATTTGTTATC 2664
Query 2086 AGTGCAAAAGAACAATATGAGACACTTTCGAAGTTACACGAAAACATGGAAAAGTTATACCAGAGTATAATAGG 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 AGTGCAAAAGAACAATATGAGACACTTTCGAAGTTACACGAAAACATGGAAAAGTTATACCAGAGTATAATAGG 2738
Query 2160 ATACTATGCCATTGATGTGAAGAAGGTGTCTGTGGAAGACTTTCTTACTGACCTGAATAACTTCAGAACCACAT 2233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 ATACTATGCCATTGATGTGAAGAAGGTGTCTGTGGAAGACTTTCTTACTGACCTGAATAACTTCAGAACCACAT 2812
Query 2234 TCATGCAAGCAATAAAGGAGAATATCAAAAAAAGAGAAGCAGAGGAAAAAGAAAAACGTGTCAGAATAGCTAAA 2307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 TCATGCAAGCAATAAAGGAGAATATCAAAAAAAGAGAAGCAGAGGAAAAAGAAAAACGTGTCAGAATAGCTAAA 2886
Query 2308 GAATTAGCAGAGCGAGAAAGACTCGAACGCCAACAAAAGAAAAAGCGTTTATTAGAAATGAAGACTGAGGGTGA 2381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 GAATTAGCAGAGCGAGAAAGACTCGAACGCCAACAAAAGAAAAAGCGTTTATTAGAAATGAAGACTGAGGGTGA 2960
Query 2382 TGAGACAGGAGTGATGGATAATCTGCTGGAGGCCTTGCAGTCCGGGGCTGCCTTCCGCGACAGAAGAAAAAGGA 2455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 TGAGACAGGAGTGATGGATAATCTGCTGGAGGCCTTGCAGTCCGGGGCTGCCTTCCGCGACAGAAGAAAAAGGA 3034
Query 2456 CACCGATGCCAAAAGATGTTCGGCAGAGTCTCAGTCCAATGTCTCAGAGGCCTGTTCTGAAAGTTTGTAACCAT 2529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035 CACCGATGCCAAAAGATGTTCGGCAGAGTCTCAGTCCAATGTCTCAGAGGCCTGTTCTGAAAGTTTGTAACCAT 3108
Query 2530 GGTAAT---AAACCGTATTTA----------------------------------------------------- 2547
|..||| |||..|.|.||.
Sbjct 3109 GAAAATCAGAAAGTGCAGTTGACAGAAGGGTCACGTTCACACTACAATATCAATTGCAACTCAACAAGGACTCC 3182
Query 2548 -------------------------------------------------------------------------- 2547
Sbjct 3183 AGTCGCCAAGGAGCTTAATTATAATCTAGACACTCATACGTCTACTGGGAGGATCAAGGCAGCTGAGAAGAAGG 3256
Query 2548 -------------------------------------------------------------------------- 2547
Sbjct 3257 AAGCGTGTAATGTAGAAAGCAACAGAAAAAAGGAAACGGAACTTCTTGGCTCTTTTTCTAAAAATGAATCAGTT 3330
Query 2548 --------------------------------------- 2547
Sbjct 3331 CCCGAAGTTGAAGCCCTGCTGGCAAGATTACGAGCTTTA 3369