Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_04332
• Subject: NR_132428.1
• Aligned Length: 3570
• Identities: 2123
• Gaps: 1447

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  TTCTGAACGGGACCCTGCAGGTCTTCCGCCTGCTGTTGCATTAAATTTGGGGGTGGAAGAGGCTTCTGCGTTGT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TCCTTACCCGCAACGATGACCATGGCTTTGCCTTCTTTAAAATTGAGGCCTCCAACTCTGACGCTGACTGGAGA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  ATTGAAACCCGAACACACATTGGGCTCTTTTGGCACTTGACTAGAGCTAAAACCTCGGGATTCAGCGGGCAAGC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GTTGCTCAGCAACGGCGCGTAGGCTGTGTGCGGTTGGCTGGAGCCAGACCCCACCCCGGCCTCGGCCCATGCTC  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  TAGAGGGGACGTTGCCCCAATCCTGAAGGACTTCGGCACTCGAGACCTGTGGATGCCGCGTTGCTGTGGCCTGC  370

Query    1  ----------ATGAAGCCAGGTGCTACTGGCGAGTCCGATTTGGCCGAAGTGCTGCCCCAGCACAAGTTCGACA  64
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GGGGGTGATCATGAAGCCAGGTGCTACTGGCGAGTCCGATTTGGCCGAAGTGCTGCCCCAGCACAAGTTCGACA  444

Query   65  GCAAGTCCCTGGAGGCCTACCTAAACCAGCACTTGTCTGGCTTTGGGGCCGAACGTGAGGCTACGCTGACCATT  138
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCAAGTCCCTGGAGGCCTACCTAAACCAGCACTTGTCTGGCTTTGGGGCCGAACGTGAGGCTACGCTGACCATT  518

Query  139  GCCCAGTACAGAGCAGGAAAGTCCAATCCAACCTTTTATCTCCAGAAGGGCTTTCAAACATATGTGCTCAGGAA  212
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GCCCAGTACAGAGCAGGAAAGTCCAATCCAACCTTTTATCTCCAGAAGGGCTTTCAAACATATGTGCTCAGGAA  592

Query  213  AAAACCACCAGGTTCACTTCTTCCTAAAGCACATCAGATTGATAGAGAATTTAAAGTCCAGAAAGCCTTGTTTT  286
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAAACCACCAGGTTCACTTCTTCCTAAAGCACATCAGATTGATAGAGAATTTAAAGTCCAGAAAGCCTTGTTTT  666

Query  287  CAATTGGATTCCCCGTTCCCAAGCCTATACTGTACTGCAGTGATACTTCTGTCATTGGAACAGAATTTTACGTA  360
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CAATTGGATTCCCCGTTCCCAAGCCTATACTGTACTGCAGTGATACTTCTGTCATTGGAACAGAATTTTACGTA  740

Query  361  ATGGAACATGTGCAGGGTCGAATCTTCCGTGATTTAACAATTCCTGGACTTAGCCCAGCAGAACGTTCAGCCAT  434
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATGGAACATGTGCAGGGTCGAATCTTCCGTGATTTAACAATTCCTGGACTTAGCCCAGCAGAACGTTCAGCCAT  814

Query  435  ATATGTGGCCACGGTAGAAACATTGGCTCAGTTACATTCCTTGAATATACAGTCACTGCAGCTGGAAGGATATG  508
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATATGTGGCCACGGTAGAAACATTGGCTCAGTTACATTCCTTGAATATACAGTCACTGCAGCTGGAAGGATATG  888

Query  509  GTATAGGTGCTGGGTACTGCAAAAGACAGGTATCAACCTGGACAAAGCAATATCAAGCTGCAGCTCATCAGGAC  582
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GTATAGGTGCTGGGTACTGCAAAAGACAGGTATCAACCTGGACAAAGCAATATCAAGCTGCAGCTCATCAGGAC  962

Query  583  ATCCCTGCCATGCAACAGCTATCGGAGTGGCTAATGAAGAACTTGCCCGATAATGACAATGAAGAGAATTTGAT  656
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ATCCCTGCCATGCAACAGCTATCGGAGTGGCTAATGAAGAACTTGCCCGATAATGACAATGAAGAGAATTTGAT  1036

Query  657  TCATGGAGATTTCAGACTAGATAACATAGTTTTCCACCCTAAAGAGTGTCGAGTTATAGCAGTGCTGGATTGGG  730
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TCATGGAGATTTCAGACTAGATAACATAGTTTTCCACCCTAAAGAGTGTCGAGTTATAGCAGTGCTGGATTGGG  1110

Query  731  AGCTGTCAACCATTGGTCATCCTTTGTCAGACTTAGCTCATTTTTCCCTGTTCTACTTTTGGCCAAGGACAGTT  804
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGCTGTCAACCATTGGTCATCCTTTGTCAGACTTAGCTCATTTTTCCCTGTTCTACTTTTGGCCAAGGACAGTT  1184

Query  805  CCAATGATAAATCAAGGTTCTTATAGTGAAAACTCAGGGATACCATCAATGGAAGAACTGATTTCAATATATTG  878
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CCAATGATAAATCAAGGTTCTTATAGTGAAAACTCAGGGATACCATCAATGGAAGAACTGATTTCAATATATTG  1258

Query  879  CCGCTGCAGGGGAATTAATTCTATTCTTCCTAACTGGAATTTCTTTCTTGCCCTTTCATATTTTAAGATGGCTG  952
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCGCTGCAGGGGAATTAATTCTATTCTTCCTAACTGGAATTTCTTTCTTGCCCTTTCATATTTTAAGATGGCTG  1332

Query  953  GAATAGCACAGGGAGTATATAGCAGATATCTTCTGGGAAATAATTCATCTGAGGATAGCTTTTTATTTGCCAAT  1026
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GAATAGCACAGGGAGTATATAGCAGATATCTTCTGGGAAATAATTCATCTGAGGATAGCTTTTTATTTGCCAAT  1406

Query 1027  ATTGTGCAACCTCTGGCAGAAACTGGACTACAACTCTCCAAACGAACTTTCAGTACTGTACTACCACAGATTGA  1100
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  ATTGTGCAACCTCTGGCAGAAACTGGACTACAACTCTCCAAACGAACTTTCAGTACTGTACTACCACAGATTGA  1480

Query 1101  TACTACTGGACAGTTGTTTGTACAGACTCGGAAAGGTCAGGAAGTTCTTATTAAGGTGAAGCATTTCATGAAAC  1174
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TACTACTGGACAGTTGTTTGTACAGACTCGGAAAGGTCAGGAAGTTCTTATTAAGGTGAAGCATTTCATGAAAC  1554

Query 1175  AACACATTCTTCCAGCTGAAAAGGAGGTAACTGAGTTCTATGTTCAAAATGAAAATTCAGTGGACAAGTGGGGA  1248
            |||||||||||||||||||||                                                     
Sbjct 1555  AACACATTCTTCCAGCTGAAA-----------------------------------------------------  1575

Query 1249  AAACCTTTAGTGATTGATAAACTCAAGGAAATGGCCAAAGTCGAGGGTCTCTGGAACTTGTTTTTGCCAGCTGT  1322
                                                                                      
Sbjct 1576  --------------------------------------------------------------------------  1575

Query 1323  CAGCGGACTCAGCCACGTGGACTATGCCTTGATTGCTGAAGAAACAGGAAAATGCTTTTTTGCTCCAGATGTCT  1396
                                                                                      
Sbjct 1576  --------------------------------------------------------------------------  1575

Query 1397  TTAACTGCCAAGCACCAGACACAGGGAATATGGAGGTTCTGCACCTGTATGGAAGTGAGGAACAGAAGAAACAG  1470
                            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1576  ----------------AGACACAGGGAATATGGAGGTTCTGCACCTGTATGGAAGTGAGGAACAGAAGAAACAG  1633

Query 1471  TGGCTTGAGCCTCTTCTTCAAGGGAACATTACCTCTTGCTTCTGTATGACAGAACCTGATGTAGCTTCAAGTGA  1544
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1634  TGGCTTGAGCCTCTTCTTCAAGGGAACATTACCTCTTGCTTCTGTATGACAGAACCTGATGTAGCTTCAAGTGA  1707

Query 1545  TGCCACGAATATTGAATGCAGCATCCAACGAGATGAAGATAGCTATGTAATTAACGGCAAAAAATGGTGGAGCA  1618
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1708  TGCCACGAATATTGAATGCAGCATCCAACGAGATGAAGATAGCTATGTAATTAACGGCAAAAAATGGTGGAGCA  1781

Query 1619  GTGGAGCTGGGAATCCCAAGTGCAAAATTGCAATTGTTTTGGGAAGAACTCAAAATACTTCTCTCTCCAGACAC  1692
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782  GTGGAGCTGGGAATCCCAAGTGCAAAATTGCAATTGTTTTGGGAAGAACTCAAAATACTTCTCTCTCCAGACAC  1855

Query 1693  AAACAGCACAGCATGATTCTTGTTCCCATGAACACACCTGGAGTAAAAATAATAAGGCCTTTGTCAGTTTTTGG  1766
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856  AAACAGCACAGCATGATTCTTGTTCCCATGAACACACCTGGAGTAAAAATAATAAGGCCTTTGTCAGTTTTTGG  1929

Query 1767  CTACACAGATAATTTTCATGGAGGACATTTTGAGATCCATTTTAATCAAGTGCGAGTTCCTGCCACAAATCTAA  1840
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1930  CTACACAGATAATTTTCATGGAGGACATTTTGAGATCCATTTTAATCAAGTGCGAGTTCCTGCCACAAATCTAA  2003

Query 1841  TACTAGGTGAAGGTAGGGGATTTGAAATTTCCCAAGGCCGCCTTGGACCTGGCAGAATCCACCACTGTATGAGA  1914
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2004  TACTAGGTGAAGGTAGGGGATTTGAAATTTCCCAAGGCCGCCTTGGACCTGGCAGAATCCACCACTGTATGAGA  2077

Query 1915  ACAGTAGGTTTGGCGGAACGCGCTTTGCAGATCATGTGTGAGCGGGCAACACAAAGGATAGCTTTCAAGAAGAA  1988
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2078  ACAGTAGGTTTGGCGGAACGCGCTTTGCAGATCATGTGTGAGCGGGCAACACAAAGGATAGCTTTCAAGAAGAA  2151

Query 1989  GTTGTATGCACATGAGGTTGTGGCTCACTGGATTGCTGAAAGCCGCATTGCCATTGAGAAGATCCGCTTGTTGA  2062
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2152  GTTGTATGCACATGAGGTTGTGGCTCACTGGATTGCTGAAAGCCGCATTGCCATTGAGAAGATCCGCTTGTTGA  2225

Query 2063  CTCTGAAAGCTGCTCACAGCATGGACACTCTGGGCAGTGCTGGCGCTAAGAAAGAGATTGCAATGATCAAAGTG  2136
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2226  CTCTGAAAGCTGCTCACAGCATGGACACTCTGGGCAGTGCTGGCGCTAAGAAAGAGATTGCAATGATCAAAGTG  2299

Query 2137  GCTGCCCCACGGGCTGTCAGCAAAATCGTTGACTGGGCCATCCAGGTGTGCGGAGGTGCTGGTGTTTCCCAGGA  2210
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2300  GCTGCCCCACGGGCTGTCAGCAAAATCGTTGACTGGGCCATCCAGGTGTGCGGAGGTGCTGGTGTTTCCCAGGA  2373

Query 2211  TTACCCTCTGGCTAACATGTATGCTATAACCCGAGTTTTGCGTTTAGCAGATGGACCTGACGAAGTTCATCTTT  2284
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2374  TTACCCTCTGGCTAACATGTATGCTATAACCCGAGTTTTGCGTTTAGCAGATGGACCTGACGAAGTTCATCTTT  2447

Query 2285  CAGCAATCGCAACAATGGAGCTGCGGGACCAAGCCAAAAGACTGACAGCCAAGATA------------------  2340
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  
Sbjct 2448  CAGCAATCGCAACAATGGAGCTGCGGGACCAAGCCAAAAGACTGACAGCCAAGATATAAGGAGGGTGGCACTGC  2521

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 2522  CACATCCCACTGGCAGAAACTCTCCTTTATACAAACTTCATTGGCTCCAACATTTGAATCTCATATTTTTGTAG  2595

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 2596  CAGTTTGAGCACAGGGTTAATTATTCATTTGTGGTAAAGATTATAGCATCTATTTTGATCAGTGGGTTTTATTA  2669

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 2670  TTTCAAGGGTCACACAGGGTTAAGTTCAGTAAGAAATGCTGTAGCTGTTGTCATTCAATCTAGTGCCTCCTTGA  2743

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 2744  GGCCAGGAGTTCAGGACCAGCCTGGGCAACATAGCGAGACCCCCATTGCTACAAAAAATTTAAAAATGAAACAA  2817

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 2818  GTGTGGTGGCACATGCTTGTAGTCCTAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATTGCTTGAGTCTAGGAGTTT  2891

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 2892  GAGGTTACAGTAAGCTGTGATCGTGACATGGCCTCCAGCCTGGGTGACCGAGTGAGACTGTTTCTAAAAATAAA  2965

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 2966  AACAAAAAATAAATTTCTTCTTGAGGTGGGGTGGAGGTGGGGAGCAAGAATTTGACCTGGCTCTGATCCCTGGT  3039

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 3040  GTGTTGTGTGGGCCTCTTTAACGTTTGCCACTGAGCCTTAACCTCACTGTACTTCACTGTACTTCACACGCATT  3113

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 3114  GGTGTTAACATTTTAATCTTAGAAGACCCTGACCCACTGAGGGTTTGTTGTGAGAATTGCTGAAGCCACGTAGA  3187

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 3188  AGCACCTTGAAATCTGTAAAACCACAAGAAAGTACTTTATAAAAGGTATCCTTATTTGAAGTGGATAAATCTTG  3261

Query 2341  --------------------------------------------------------------------------  2340
                                                                                      
Sbjct 3262  TAACTCGAAAAGTTGTGATTTAGAAGACAGGATTGTTTTTGAACATTAGGAATTAAAGGCTATATCTGGTCCTT  3335

Query 2341  ------------------  2340
                              
Sbjct 3336  ACAAAAAAAAAAAAAAAA  3353