Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_05264
• Subject: NM_001005740.1
• Aligned Length: 1984
• Identities: 1498
• Gaps: 302

Alignment

Query    1  ATGGATTATCCCAAAATGGATTATTTTCTGGATGT---AGAGTCTGCTC-------------------ACAGAC  52
                                           ||||   .|||.||.|||                   .|.|.|
Sbjct    1  -------------------------------ATGTGTGTGAGCCTCCTCCTTTCCCCTCCTCCCCCTTTCCGCC  43

Query   53  TCT---------------TGGATGTTGAGTCAGCTCAAAGATTCTTCTACAGTCAAGGAGCTCAAGCTCGCCGG  111
            |||               |          .||.|||       |||||.|..||          ||||||||||
Sbjct   44  TCTCTCCCTCCCCCTCTCT----------CCATCTC-------CTTCTCCTCTC----------AGCTCGCCGG  90

Query  112  GCGACCCTGCTCCTGCCTCCCACATTAATGGCGGCATCCTCGGAGGATGATATAGACCGGCGGCCCATCCGGAG  185
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||.|.||
Sbjct   91  GCGACCCTGCTCCTGCCTCCCACATTAATGGCGGCTTCTTCGGAGGATGACATAGACCGGCGGCCCATCAGAAG  164

Query  186  AGTGCGCTCCAAGAGCGACACGCCGTACCTCGCAGAGGCCAGGATCTCCTTTAACCTGGGGGCAGCTGAGGAAG  259
            |||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  165  AGTCCGCTCCAAGAGCGACACGCCATATCTCGCAGAGGCCAGGATCTCCTTTAACCTGGGGGCAGCCGAGGAAG  238

Query  260  TGGAGAGGCTGGCGGCGATGCGTTCTGACTCCCTCGTCCCAGGCACCCACACCCCACCCATCCGCAGGAGAAGT  333
            |||||||||||||.||.||||||||.|||||.||.||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||.|||
Sbjct  239  TGGAGAGGCTGGCAGCCATGCGTTCCGACTCGCTGGTCCCAGGTACGCACACCCCGCCCATCCGGAGGAGGAGT  312

Query  334  AAGTTTGCCAACCTGGGAAGGATTTTCAAGCCTTGGAAATGGAGGAAGAAGAAAAGCGAAAAGTTCAAACACAC  407
            |||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  313  AAGTTTGCCAACCTGGGGAGGATTTTCAAACCCTGGAAATGGAGGAAGAAGAAAAGTGAAAAGTTCAAGCACAC  386

Query  408  GTCAGCAGCCCTGGAAAGGAAAATATCTATGAGGCAAAGCAGAGAAGAGCTGATAAAGCGAGGAGTCCTGAAGG  481
            |||||||||.|||||||||||.||.||.||||||||.||||||||.||||||||.|||.||||.|||.||||||
Sbjct  387  GTCAGCAGCTCTGGAAAGGAAGATTTCGATGAGGCAGAGCAGAGAGGAGCTGATCAAGAGAGGGGTCTTGAAGG  460

Query  482  AAATCTATGATAAAGATGGGGAACTCTCTATATCCAATGAAGAGGACTCCCTAGAAAATGGGCAGTCCCTGAGC  555
            |.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||.||.||.||.||||||||||||
Sbjct  461  AGATCTACGATAAAGATGGAGAACTCTCTATATCAAATGAAGATGACTCCCTGGAGAACGGACAGTCCCTGAGC  534

Query  556  TCCAGCCAGCTGTCTCTGCCTGCCCTGTCCGAAATGGAGCCAGTCCCAATGCCCAGGGATCCCTGCTCATATGA  629
            ||||||||.||.|||.|||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||
Sbjct  535  TCCAGCCAACTCTCTTTGCCTGCTCTGTCGGAAATGGAGCCTGTCCCAATGCCCAGGGACCCATGCTCATATGA  608

Query  630  GGTGCTCCAACCGTCAGACATCATGGATGGGC------------------------------------------  661
            ||||||||||.|.||||||||.||||||||.|                                          
Sbjct  609  GGTGCTCCAAGCTTCAGACATTATGGATGGACCAGTGTCTGAAGAGAGTCCCTCTGCCAGTGAGTCTGGAGTCC  682

Query  662  --------------------------------------------------------------------------  661
                                                                                      
Sbjct  683  TCCTGTCCCAAGATCCTTCAGCCAAACCAGTTCTGTTCCTGCCCCCCAAAAAATCTGCTGCTTTCCCTGGAGAC  756

Query  662  --------------------------------------------------------------------------  661
                                                                                      
Sbjct  757  CATGAGGAGACCCCAGTGAAACAGTTGTCCCTTCACAAGCAGCCCCCGGCCCTGCCTCCCAAACCCACTGCCCG  830

Query  662  -----------------CAGATCCTGGCGCCCCTGTGAAATTGCCTTGTCTGCCAGTGAAACTGTCGCCTCCGC  718
                             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  831  GATTGCCAACCACTTAACAGATCCTGGCGCCCCTGTGAAATTGCCTTGTCTGCCAGTGAAACTGTCGCCTCCGC  904

Query  719  TACCTCCAAAGAAAGTCATGATCTGTATGCCCGTGGGGGGGCCAGACCTCTCACTGGTGTCCTACACAGCCCAG  792
            |||||||||||||||||.|||||||||||||.||.|||||||||||.|||.|.||||..|||||..||||||||
Sbjct  905  TACCTCCAAAGAAAGTCCTGATCTGTATGCCTGTAGGGGGGCCAGAGCTCACTCTGGCATCCTATGCAGCCCAG  978

Query  793  AAGAGTGGCCAGCAGGGTGTGGCCCAGCACCACCACACTGTCCTGCCCTCCCAGATCCAGCACCAGCTGCAGTA  866
            |||||..|||||||||..||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  979  AAGAGCAGCCAGCAGGCCGTGGCCCAGCACCACCACACCGTCCTACCATCCCAGATGCAGCACCAGCTGCAGTA  1052

Query  867  CGGCAGCCACGGCCAGCACCTCCCCTCCACCACCGGCTCCCTCCCCATGCACCCCTCGGGCTGCAGAATGATAG  940
            .|||||.|||||||||||.|||||.|||.||||||||.||.|.||||||||||||||.||||||||.|||||.|
Sbjct 1053  TGGCAGTCACGGCCAGCATCTCCCATCCTCCACCGGCACCTTGCCCATGCACCCCTCAGGCTGCAGGATGATCG  1126

Query  941  ACGAGCTCAACAAAACGCTGGCCATGACCATGCAGAGGCTGGAAAGCTCTGAGCAGCGGGTCCCCTGTTCCACT  1014
            |||||||.|||||.||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.
Sbjct 1127  ACGAGCTGAACAAGACACTCGCCATGACGATGCAGAGGCTGGAAAGCTCCGAGCAACGAGTCCCCTGTTCCACG  1200

Query 1015  TCTTACCACAGCTCTGGGTTGCACTCGGGTGATGGGGTCACCAAAGCAGGACCTATGGGCCTTCCAGAAATAAG  1088
            |||||||||||.|||||.||||||||..|.||.||..||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct 1201  TCTTACCACAGTTCTGGTTTGCACTCAAGCGACGGCATCACAAAAGCAGGACCCATGGGCCTTCCGGAAATAAG  1274

Query 1089  ACAAGTGCCAACTGTTGTGATTGAATGTGATGACAATAAAGAAAATGTGCCTCATGAGTCAGACTACGAAGACT  1162
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||..|.|||||.|||||||
Sbjct 1275  ACAAGTGCCAACTGTTGTGATTGAATGTGATGACAATAAGGAAAATGTGCCTCATGAACCCGACTATGAAGACT  1348

Query 1163  CTTCTTGCCTGTATACAAGAGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAGGACGAAGACGACGACAGCTCATTATACACCAGC  1236
            |..|.|||||||||....|.||.|||||||||||||||||.||.|||||.||.|||..|||.||.|||||||||
Sbjct 1349  CGCCCTGCCTGTATGGCCGGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAAGATGAAGATGATGACGCCTCTTTGTACACCAGC  1422

Query 1237  TCCCTGGCCATGAAGGTCTGCAGGAAGGACTCCTTAGCCATCAAACTCAGCAACAGGCCCTCCAAGCGAGAGCT  1310
            ||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1423  TCACTGGCCATGAAGGTGTGCAGGAAGGACTCCTTAGCCATCAAACTCAGCAACAGGCCCTCTAAGCGAGAGCT  1496

Query 1311  GGAAGAAAAGAACATCCTTCCCAGGCAGACGGATGAGGAGCGGCTGGAGCTGAGGCAACAGATTGGCACCAAGC  1384
            .|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||||||||||||||||
Sbjct 1497  AGAAGAAAAGAACATCCTCCCCAGACAGACGGATGAGGAACGGCTGGAGCTCAGACAGCAGATTGGCACCAAGC  1570

Query 1385  TCACCAGGCGGCTGAGCCAGAGGCCAACTGCAGAGGAACTGGAACAGAGGAACATTTTGAAACCTCGGAATGAA  1458
            ||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1571  TCACCAGGCGGCTGAGCCAGAGACCAACTGCAGAGGAACTGGAACAGAGGAACATTTTGAAGCCTCGGAATGAA  1644

Query 1459  CAAGAGGAACAGGAGGAGAAGAGAGAGATCAAGAGGAGGCTAACCCGAAAGCTCAGTCAAAGGCCCACGGTGGA  1532
            |||||.|||||||||||||||.|.||.||||||||||||||.||.||.||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1645  CAAGAAGAACAGGAGGAGAAGCGGGAAATCAAGAGGAGGCTGACTCGCAAGCTCAGCCAAAGGCCCACAGTGGA  1718

Query 1533  AGAGCTTCGGGAAAGAAAGATCCTCATCCGCTTCAGTGACTACGTGGAGGTGGCTGACGCTCAGGACTATGACC  1606
            |||.||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||.||||||||||
Sbjct 1719  AGAACTCCGGGAGAGGAAGATCCTTATCCGCTTCAGTGACTACGTGGAAGTGGCAGATGCCCAAGACTATGACC  1792

Query 1607  GCAGGGCAGATAAGCCGTGGACCCGCCTCACCGCTGCAGACAAAGCTGCCATCCGAAAGGAGCTCAATGAATTC  1680
            |.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||.
Sbjct 1793  GAAGGGCAGACAAGCCATGGACCCGCCTCACCGCTGCAGACAAAGCTGCCATTCGGAAGGAACTCAATGAGTTT  1866

Query 1681  AAAAGCACTGAGATGGAAGTTCATGAATTGAGTAGACACTTAACAAGGTTTCACCGACCT  1740
            |||||.||.|||||||||||.||.||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 1867  AAAAGTACCGAGATGGAAGTCCACGAGTTAAGTAGACACTTAACCAGGTTTCATCGACCT  1926